A replica for

“Simulation of molecular transport through an

electroporated cell using COMSOL
Multiphysics”
Juan Camilo Cataño Zuleta, Daniel Enrique López Yepes, Mauricio Toro Vasco.
Transport phenomena, Bioengineering program, Universidad de Antioquia

Abstract Methodology Results Conclusion

Add here your abstract version of the job done (500
characters max). Indicate if your team was able to
reproduce the authors results or not.
Se usó COMSOL, pues es el programa utilizado y sugerido por los autores Add your information, graphs and images to this section. Add your conclusions. Do not forget to mention if the
para llevar a cabo el experimento.
purpose of the activity was achieved.
Comparison between published and own results
Governing equations
La ecuación que se aplicó sobre la solución buffer, el poro y el citoplasma
Compare with images your own results with those
de la célula. En el cual se combino la ley de Fick con la migración published by the authors
molecular en medios porosos bajo un campo eléctrico para calcular el
transporte molecular.

Graphical abstract
Add here a graphical abstract of the job done Geometry
Se modela el transporte molecular a través de una celda electroporada
que tiene un diámetro externo de 7 μm y una membrana celular de 5 nm
de espesor. la membrana celular consta de un poro de 20 nm de radio
(representa el área promedio de todos los poros).

(a) (b)
Figura #. (a) geometría de la placa con la célula y los electrodos en los bordes (b) Geometría del poro

Boundary and initial conditions

Recommendations and future work
En comparación con los resultados del artículo, se obtuvo una menor
Introduction Las condiciones iniciales del experimento son: en el exterior de la célula, la concentración de la especie al interior de la célula, en los tramos de
Add recommendations and future work
La capacidad de transportar moléculas de manera controlable a través de concentración será de 200 mol/cm3 (200 mM), y en el interior, será de 0. tiempo la concentración era minima . Estas diferencias podrían deberse
las membranas celulares es necesaria en muchas aplicaciones biomédicas, Las condiciones de frontera es que la solución sólo se difundirá a través del a que no se contaba con los datos suficientes, dado que en el artículo
poro y no por el resto de las paredes de la célula. El potencial eléctrico está hubieron algunos valores y consideraciones que no fueron
en donde es necesario tener el transporte controlado de moléculas al
en todo el dominio. suministradas en el articulo.
interior de células con alta viabilidad celular. Sin embargo, Las técnicas de
electroporación actuales no son capaces de transfectar células de manera Material properties and other parameters Additional interesting results
controlable sin dañar la viabilidad celular. Con lo anterior haremos el uso
del software COMSOL con el fin de comprender el mecanismo de Dominio Materiales Conductividad (S/m) Permitividad Coeficiente de Difusión Include here figures of additional interesting results
Relativa (m^2/s)
transporte molecular de especies a través del poro. 1,7 (Electrodos) Oro 43E+6 6.9

8 (Citoplasma) Personalizado 0.95 87.7 2.07E-9

4,5,6 (Membrana) Personalizado 5E-8 16.8

2 (Solución Buffer) Personalizado 2 80 2.02E-20

3 (Poro acuoso) Personalizado 1.3 5E-14

Mesh
En la geometría se implementó una malla triangular libre con un tamaño de
malla personalizado. El elemento mínimo de la malla se estableció en 0.5 nm
(poro y membrana), ya que el tamaño máximo de la geometría es de 5 nm.

Figura 1. Transporte de moléculas a través de la membrana .

Acknowledgements
1. Paul J.Canatella, Joan F.Karr, John A.Petros and Mark R.Prausnitz, Quantitative Study of Electroporation-Mediated
Figura #. La geometría después del mallado Molecular Uptake and Cell Viability, Biophysical Journal,Volume 80, Issue 2, pp 755-764(2001)
con el tamaño de malla personalizado. 2. M.R.Prausnitz, C.D.Milano, J.A.Gimm, R.Langer and J.C.Weaver, Quantitative study of molecular transport due to
electroporation: uptake of bovine serum albumin by erythrocyte ghosts, Biophysical Journal, Volume 66, Issue 5, pp
Figura 2. Electroporación.
Solver 1522-1530(1994)

El experimento se simuló como dependiente en el tiempo, y se utilizan 15

segundos, con un salto de 0.25s.