Estrategias de la ingeniería metabólica de sistemas: Integrando Ingeniería metabólica

con Biología sintética y Sistemas.

BIOLOGÍA MOLECULAR:
Profesor titular: Dr. Antonio Ali Perez Maya
Presentan: Karen López y Pablo Carriquiry
 Ingeniería metabólica

Aparición década de los 90´s.

Producción de materiales, fármacos, alimentos, combustibles, solventes y
manejo de contaminantes.

Variedades de microorganismos+ enzimas + herramientas genéticas.

Tiempo, costos y esfuerzos elevados.

Competitividad industrial y menor impacto ambiental.

Biotecnología blanca o industrial.
1.Diseño proyecto

2.Selección cepa
huésped

3. Reconstrucción
de la vía
metabólica 4. Mejora en la
tolerancia

5. Optimización 6. Fermentación
del flujo
metabólico

7. Recuperación
y purificación
 Diseño del proyecto

Necesidades sociales y del mercado.

Ecofriendly, Orgánicos, GMO.

Materiales a granel. (vinagres, aceites)

Productos especializados. (fármacos)

Meta: Titulación (concentración)
* 100-200g/L
Productividad (procesos)
* gramos/horas
* sustratos, productos, purificación

Quimicos C1. (CO2, metanol, ac. fórmico)
 Selección de la cepa

E. coli, S. cerevisiae más utilizadas

Origen

Productores naturales:
Clostridium sp. = acetona
Corynebacterium = aa
Rhodococcus = ac. Grasos
Actinomycetos = ATB

GRAS (Generally Recognized As Safe)

Quimicos C1 (cyanobacterias, microalgas)

Termófilas

Halofilas

Autótrofos
 Reconstrucción flujos metabólicos

Tradicional = metabolismo endógeno

Novedad = metabolismo reconstruido

OMAs (Genómica, Transcriptómica, proteómica)

BRENDA, METACYC, KEGG

Simulación PC In silico

Ingeniería y ensamblado
CRISPcas9, ADN recomb, MAGE, CAGE

Expansión Bibliotecas free-open-source

REGLAS DE REACCIÓN
 D) Mejora de la
tolerancia

E) Optimización del flux

metabólico

F) Fermentación

G) Purificación y
recuperación

Escalamiento del
proceso

D) Mejora de la tolerancia del
huésped contra los químicos
objetivo
1. Sistemas ALE: proceso de adapatación de
microorganismos de varias generaciones hasta
obtener el fenotipo deseado
2. Análisis sistemático de las líneas celulares aisladas

• Herramientas y estrategias para incrementar la

diversidad genética:
• PACE
• YOGE
• ICE
• MAGE

• Herramientas para cultivar en serie:

• eVolver
• Mini Pilot Plant
• PALE ALE

2 1 3
• Tale
E) Optimización del flux metabólico
1. Análisis y ciencias que ayudan a la optimización
• Análisis del proteoma
• Metabolómica ND
TRE
• Análisis fluxómico

2. Incorporación con GEMs (In silico genome scale metabolic

models) y métodos de simulación.
GECKO: modelado para enzimas
Estrategia de ingeniería Descripción
genética

sRNA sintético Regulación corriente debajo de la

traducción de un mRNA objetivo en
bacteria
RNAi Knockdown de expresión génica en
eucariotes
CRISPRi Bloqueo de la transcripción del gen
deseado
 F) y G) Escalar el proyecto
a producción industrial

• Se debe considerar:
• Perfiles de transferencia de oxígeno en el biorreactor
• Mezclado adecuado al tamaño

• Estrategias para resolución de problemas

inesperados:
• Iteraciones de ciclos de los sistemas de ingeniería
metabólica con información de los bioprocesos
• Integrar cambios genéticos a los cromosomas
• Crecimiento celular construido por biología sintética
 Conclusiones y perspectivas

• Se ha logrado las mejores en el escalamiento de procesos nivel laboratorio

a industria gracias a 3 disciplinas: biología de sistemas, biología sintética e
ingeniería evolucionaria.
• El modelado y la simulación de procesos deben seguir en investigación
para lograr con un índice mayor de éxito
• La estandarización y modularización de las líneas o partes biológicas o el
desarrollo de heramientas in silico minimizaría la experimentación a
prueba y error, reduciendo costos.