ÁMINOÁCIDOS Y

PROTEÍNAS
Los aminoácidos son los constituyentes basicos de las enzimas,
hormonas, proteínas, y tejidos del cuerpo. Un péptido es un
compuesto de dos o más aminoácidos. Los oligopéptidos tienen
diez o menos aminoácidos. Los polipéptidos y las proteínas son
cadenas de más de diez aminoácidos, pero los péptidos que
contienen más de 50 aminoácidos se clasifican como proteínas
En el reino animal, los péptidos y las proteínas regulan el
metabolismo y proporcionan apoyo estructural. Las células y
los órganos del cuerpo son controlados por hormonas
peptídicas. Una insuficiencia de proteína en la dieta puede
prevenir la producción adecuada de hormonas peptídicas y
proteínas estructurales para mantener las funciones
normales del cuerpo
Muchas estructuras del cuerpo están formadas de
proteínas.
•El cabello y las uñas consisten de queratinas o keratinas
que son cadenas largas de proteínas con un alto porcentaje
(15% -17%) del aminoácido cisteína.
•El colágeno es la proteína más común en el cuerpo y
comprende aproximadamente el 20-30% de todas las
proteínas del organismo. Se encuentra en tendones,
ligamentos, y muchos tejidos que tienen funciones
estructurales o mecánicos.
•Los músculos se componen aproximadamente de 65% de
actina y miosina, que son las proteínas contráctiles que
permiten el movimiento muscular.
•La caseína es una proteína nutritiva presente en la leche.
Aproximadamente el 80% de la proteína en la leche es
caseína y contiene todos los aminoácidos comunes.
 Aminoácidos

Para empezar en todos son α-aminoácidos, es decir, el

grupo ácido (siempre un carboxilo) y el grupo amino se
hallan unidos al mismo átomo de carbono.

Grupo amino Grupo

carboxílico

Grupo R o cadena
lateral (parte Carbono
variable) α
 La configuración (S) de los aminoácidos.

Casi todos los aminoácidos naturales tienen configuración

(S), con estereoquímica parecida a la del L-(-)-
gliceraldehído, por lo que se denominan L-aminoácidos.
Excepto la glicina, todos los aminoácidos son quirales. El
centro quiral es el átomo de carbono asimétrico α.
Hay veinte α-
aminoácidos,
denominados
aminoácidos
estándar, que
prácticamente
se encuentran
en todas las
proteínas.
Los
aminoácidos
estándar
difieren
unos de
otros en la
estructura
de las
cadenas
laterales
enlazadas a
los átomos
de carbono
α.
 A pesar de que generalmente los aminoácidos se
escriben con un grupo carboxílico (-COOH) y un
grupo amino (-NH2), su estructura real es iónica y
depende del pH.

 El grupo carboxílico pierde un protón, dando lugar

a un ión carboxilato, y el grupo amino se protona y
da lugar a un ión amonio. A esta estructura se le
denomina ión dipolar o zwitterión.
 Curva de valoración de la glicina

El pH controla la carga
de la glicina: catiónica
por debajo de pH = 2.3;
aniónica por encima de
pH = 9.6 y zwitteriónica
entre pH = 2.3 y 9.6. El
pH isoeléctrico es 6.0.

El punto isoeléctrico es
el pH al que el
aminoácido se
encuentra en equilibrio
entre las dos formas,
como el zwitterión
dipolar con una carga
neta de cero.
Síntesis de laboratorio de los α aminoácidos

AMINÓLISIS DIRECTA DE LOS α-HALOACIDOS

(1) X2/P NH3 (exceso) -

R-CH2C02H R-CH-C02H R-CH-C02
(2) H2O +
X NH3

Es probable que este sea el método menos usado, en

razón de que sus rendimientos son muy bajos
A PARTIR DE LA FTALAMIDA DE POTASIO

N- K+ + Cl-CH2C02C2H5

O
-
N-CH2C02C2H5 CH2-C02
+
NH3
O
Síntesis de Gabriel y malónica.

Uno de los mejores métodos para sintetizar aminoácidos

consiste en combinar la síntesis de Gabriel de aminas con la
síntesis malónica de ácidos carboxílicos.

El éster N-ftalimidomalónico se alquila de la misma

forma que el éster malónico. La hidrólisis y la
descarboxilación da lugar a un α-aminoácido racémico.
Mecanismo de la síntesis de Strecker.

En un paso separado, la hidrólisis del α-aminonitrilo da lugar

a un α-aminoácido
Enzima acilasa.

Una enzima acilasa (como la acilasa del riñón de cerdo o la

carboxipeptidasa) sólo desacila al aminoácido natural L

La mezcla resultante de D-aminoácido y de L-

aminoácidos desacilados se separa fácilmente
Reacción de un aminoácido con ninhidrina.

La ninhidrina es un reactivo común para visualizar las

manchas o bandas de los aminoácidos que se han separado
por cromatografía o electroforesis.

La ninhidrina produce el mismo colorante púrpura,

independientemente de la estructura del aminoácido
original. La cadena lateral del aminoácido se pierde en
forma de aldehído. La ninhidrina se puede utilizar en la
detección de huellas dactilares dado que existen trazas de
aminoácidos en las secreciones de la piel
Determinación de la composición de los aminoácidos.

En el analizador de
aminoácidos, el
hidrolizado pasa a
través de una columna
de intercambio iónico.
La solución que
emerge de la columna
se trata con ninhidrina
y su absorbancia se
registra en función
del tiempo. Cada
aminoácido se
identifica por el
tiempo de retención
necesario para pasar a
través de la columna.
Composición de la bradiquinina humana

Utilización de un analizador de aminoácidos para

determinar la composición de la bradiquinina humana. Los
picos de la bradiquinina para la Pro, Arg y Phe son más
grandes que los de la mezcla equimolecular estándar, ya
que la bradiquinina tiene tres residuos Pro, dos residuos
Arg y dos residuos Phe
Secuenciación de los aminoácidos en polipéptidos y
proteínas
Una vez que se determina la composición de aminoácidos de
una proteína o polipéptido es necesario determinar su peso
molecular

Existen varios métodos entre los cuales están:

 métodos químicos
 ultracentrifugación
 dispersión de luz
 presión osmótica
 difracción de rayos X

El paso siguiente es, determinar el orden en el cual están unidos

los aminoácidos, es decir, debemos determinar la estructura
covalente (o estructura primaria) del polipéptido
 Formación de enlaces PEPTÍDICOS:
 PUENTES DI SULFURO

O O O O

C OH C OH C OH C OH

H 2N CH + H2N CH H2N CH H2N CH

H2C SH2 SH2 CH2 H2C S S CH2

 Polímeros de
aminoácidos de PM
menor a 6000 daltons
(<50 aa)
 Dipéptido: 2 aa
 Tripéptido: 3 aa
 Tetrapéptido: 4 aa
 Pentapéptido: 5 aa

Extremo N-terminal: comienzo de la

cadena
Extremo C-terminal: fin de la cadena
 AA1 AA2 AA3 AA4
enlaces peptídico

extremo extremo
amino libre carboxilo libre
“N terminal” “C-terminal”
El método de Sanger
El método de Sanger para la determinación N-terminal es una
alternativa. Utilizando como reactivo el 2,4-dinitrofluorobenceno
(DNFB) en una solución ligeramente básica, la reacción de sustitución
nucleofilica en la que participa el grupo amino libre del residuo N-
terminal
El método degradación Edman
Un segundo método de análisis N-terminal es la degradación de Edman.
Este método ofrece una ventaja sobre el método de Sanger, en cuanto a
que elimina el residuo N-terminal y deja intacto el resto de la cadena
peptídica.
Se basa en una reacción de marcado entre el grupo aminoácido N-terminal
y el isotiocianato de fenilo C6H5-C=S
El método C-terminal

Los residuos C-terminal se identifican a través del uso de

enzimas digestivas llamadas carboxipeptidasas.

Estas enzimas catalizan específicamente la hidrólisis del enlace

amida del residuo del aminoácido que contiene un grupo –CO2H,
y lo separa del resto como aminoácido libre, sin embargo, la
carboxipeptidasa continua su ataque contra la cadena de
polipéptidos que resta, desconectando de forma sucesiva los
residuos C-terminal
HIDROLISIS PARCIAL

El análisis de la sucesión por medio de la degradación

de Edman o la carboxipeptidasa,peor aun por el
método de Sanger es poco prácticaen el caso de
proteínas o polipéptidos de gran tamaño

Pero se puede recurrir ala ténica de la hidrólisis

parcial, por medio de ácidos diluídos o enzimas, se
intenta romper la cadena del péptido eb frgmentos
mas pequeños y los mismos se identifica por Edman o
carboxipeptidasa.

A continuación se examinan las estructuras de estos

fragmentos menores en busca de puntos de
sobreposición yse intenta reconstruir el orden de los
aminoácidos del polipéptido original
 ESTRUTURAS PRIMARIAS DE LOS POLIPEPTIDOS
Y LAS PROTEINAS
corresponde a la secuencia de aminoácidos de una proteína
y es mantenida por los enlaces peptídico

amino carboxilo
terminal terminal
ESTRUCTURA PRIMARIA

•Hace referencia a:
•La identidad de aminoácidos.
•La secuencia de aminoácidos.
•La cantidad de aminoácidos.
•La variación en un solo aa hace que cambie su función biológica.
•Los aa se unen por UNIONES PEPTÍDICAS.
 SINTESIS DE POLIPEPTIDOS Y PROTEINAS

Realizar la síntesis de un enlace amido es simple

R-C-O-C-R + R`-NH2 R-C-O-NHR` + R-C-O-H

El problema se hace más complicado cuando, tanto el

grupo ácido como el amino, están presentes en la misma
molécula, como en los aminoácidos; en especial, cuando el
objetivo es la síntesis de una poliamida de origen natural,
donde la sucesión de los distintos aminoácidos es muy
importante
GRUPOS PROTECTORES

La solución a este problema es “proteger” al grupo amino

del primer aminoácido antes de activarlo y dejarlo
reaccionar con el segundo aminoácido
Proteger el grupo amino significa convertir en algún otro
grupo de nucleofilidad baja, uno que no reaccione con un
derivado de acilo reactivo
El grupo protector debe elegirse con cuidado, porque una
vez se forma el enlace amida entre el primero y el
segundo aminoácido, es necesario poder eliminar dicho
grupo sin afectar ni alterar el nuevo enlace formado
 GRUPOS PROTECTORES

Se crearon un gran número de reactivos que cumplen con

estos requisitos .
Dos de uso muy frecuente son:
• cloroformato de bencilo
• carbonato de di-terc-butiloxicarbonilo

=O
=O

-CH2-0-C-Cl (CH3)3-C-O-C-O-C-(CH3)3

carbonato de
cloroformato de bencilo di-terc-butiloxicarbonilo
Ambos grupos reaccionan con los grupo amino para formar
derivados que no reaccionan ante la acilación adicional.
Adicionalmente ambos reactivos son de un tipo que
permite eliminar al grupo protector bajo condiciones que
no afectan a los enlaces peptídicos.
GRUPOS PROTECTORES
El grupo benciloxicarbonilo (que se abrevia Z-) se puede
eliminar por hidrogenación catalítica o por tratamiento de
los derivados con HBr frío en medio de ácido acético

=O
-CH2-0-C-Cl
cloroformato de bencilo

=O
=O

-CH2-0-C-Cl + H2N-R
OH-
-CH2-0-C-NH-R +HCl
25 ºc
=O

H2/Pd
-CH2-0-C-NH-R -CH3 + H2N-R + CO2
=O

HBr
-CH2-0-C-NH-R -CH2Br+ H2N-R + CO2
Ac. Acético frío
 GRUPOS PROTECTORES
El grupo terc-butiloxicarbonilo (que se abrevia Boc-) se
puede eliminar por tratamiento con HCl o CF3CO2H en
medio de ácido acético

=O
(CH3)3-C-O-C-O-C-(CH3)3
carbonato de
di-terc-butiloxicarbonilo
=O

=O
OH-
(CH3)3-C-O-C-O-C-(CH3)3 + H2N-R (CH3)3-C-O-C-NH-R
25 ºc

+(CH3)3C-OH
=O

HCl o CF3CO2H
(CH3)3-C-O-C-NH-R (CH3)2-C=CH2 + H2N-R + CO2
AC. Acético 25 ºc
ACTIVACIÓN DEL GRUPO CARBOXILO

Es necesario asegurar que la reacción entre el grupo

carboxilo y el grupo amino se realice por tanto al
carboxilo se debe activar

La forma más obvia de activar un grupo carboxilo

es convertirlo en un cloruro de acilo, pero los
grupos acilo son más reactivos de lo necesario
por lo que provocaría reacciones secundarias
complejas

Es mejor convertir el grupo carboxilo del aminoácido en

un anhídrido mixto por medio del cloroformato de etilo
=O

Cl-C-O-C2H5
 ¿Cómo sintetizar péptidos?

1º debemos proteger el aminoácido primero

O
Z NH CH C OH
R

2º Activamos el grupo carboxilo

O O
O O
Z NH CH C OH + Cl C O C 2 H5 Z NHCHC O C O C2H5
R R

3º Reacciona con el otro aminoácido

+ -
H3N CH CO 2
O O
O CH3
Z NHCHC O C O C2H5 Z NH CH C NH CH CO 2H + CO 2 + C2H5OH
R R R
 SINTESIS
AUTOMATICA DE
PEPTIDOS

Los métodos
utilizados se
emplean para
sintetizar un
sinnúmero de
polipéptidos son en
extremo lentos
R.B.Merriefield
creó un
procedimiento para
automatizar la
síntesis de
péptidos
 Estabilización por resonancia.

la estabilización por resonancia de una amida da lugar a su gran

estabilidad, a la disminución de basicidad del átomo de nitrógeno y a la
rotación restringida (carácter de doble enlace parcial) del enlace C-N.

En un péptido, el enlace amida se denomina enlace peptídico. Tiene

seis átomos en un plano: el C y el O del carbionilo, el N y su H, y los
dos átomos de carbono asociados.
Estructura secundaria

El enlace peptídico tiene una geometría plana

sólo existe libre rotación en torno al C

LA RESTRICCION EN LAS ROTACIONES DEL ENLACE
PEPTIDICO FAVORECE ALGUNAS CONFORMACIONES
DE LA CADENA POLIPEPTIDICA

ESTRUCTURAS SECUNDARIAS
estructuras periódicas, con ángulos f y y que se repiten
a lo largo de la estructura.

a-hélice lámina plegada

La a-hélice se estabiliza a través de puentes de
hidrógeno que se forman entre el grupo >C=O
de un enlace peptídico y el grupo >NH de otro

residuo “i” con “i + 4”

 -hélice

los puentes de hidrógeno

son paralelos al eje central
de la hélice

Los radicales van dirigidos

hacia afuera
3,6 aminoácidos /
vuelta
 Reordenamiento de lámina plegada.

Cada grupo carbonilo peptídico está unido mediante enlace

de hidrógeno al hidrógeno del grupo N-H de una cadena
peptídica adyacente.

Este ordenamiento puede hacer que se alineen muchas

moléculas de péptidos unas al lado de las otras, dando lugar
a una lámina bidimensional.
Estructura terciaria de las proteínas globulares.

En la estructura terciaria de una proteína globular típica se

mezclan segmentos de hélice α con segmentos de
enrollamiento al azar en los puntos donde se dobla la hélice.
 ESTRUCTURA TERCIARIA

Mioglobina Proteína ligante de ac. grasos

 PUENTE DE INTERACCION ENLACE IONICO
HIDROGENO HIDROFOBICA

PUENTE DISULFURO

INTERACCIONES Y ENLACES DE LA
ESTRUCTURA TERCIARIA
 ESTRUCTURA CUATERNARIA

La ESTRUCTURA CUATERNARIA
corresponde a la asociación de cadenas
polipeptídicas o SUBUNIDADES,
cada una de ella con su estructura terciaria.

Se mantiene por enlaces entre los

radicales de cadenas diferentes.
Son los mismos enlaces que mantienen
la estructura terciaria, pero intercadenas.
Se excluye el puente disulfuro.
HEMOGLOBINA dímero

TBP

tetrámero

HEMOGLOBINA
 Estructuras de una proteína
La estructura primaria es
la estructura enlazada
covalentemente, incluyendo
la secuencia de
aminoácidos y los puentes
disulfuro. La estructura
secundaria incluye las
áreas de hélices α, láminas
plegadas o enrollamientos
al azar. En la estructura
terciaria se incluye la
conformación total de la
molécula. En la estructura
cuaternaria se incluye la
asociación de dos o más
cadenas peptídicas de la
proteína activa.
 ESTRUCTURA DE PROTEINAS

Estructura Estructura Estructura Estructura

primaria secundaria terciaria cuaternaria

Secuencia Plegamiento Ensamblaje de

De α helice tridimensional subunidades
aminoácidos