Jose Osvaldo Jareca Chayña

Paolo Alejandro Barreda Zegarra

Karen Marleny Totora Escobar
Yeni Lourdes Quispe Esteban
Michelle Jazmin Laura Osco
Jersson Paolo Velasquez Tacora
 ANÁLISIS FUNCIONAL DE
MICROORGANISMOS: UN
ESTIMADOR DE DIVERSIDAD Y
E S T R U C T U R A C O M U N I TA R I A
J O S É O S VA L D O J A R E C A
C H AY Ñ A
FUNDAMENTO DEL ANÁLISIS
FUNCIONAL
• Las condiciones ambientales (temperatura, humedad, pH, recursos) pueden
afectar la actividad microbiana sin alterar la diversidad de especies,
modificando la velocidad de los procesos, manteniendo la diversidad a corto
plazo. Es por tal motivo, que la estructura funcional de comunidades
microbianas ha sido ampliamente utilizada como indicador biológico, debido a
la sensibilidad a los cambios y a su capacidad de proveer información que
integre diversos factores ambientales (Alkorta y col., 2003).
GRUPOS FUNCIONALES

• Las interacciones entre las poblaciones que conforman la comunidad

determinan la distribución espacial de las especies en función de la forma en
cómo los recursos del hábitat son utilizados. Por tanto es frecuente encontrar
grupos de especies diferentes que utilizan los mismos recursos, y a estos
grupos de especies se les denomina gremio (Madigan y col., 2003).
ESTIMACIÓN DE LA ESTRUCTURA
COMUNITARIA
• Las comunidades cambian a lo largo del tiempo tanto en estructura como en
organización (sucesión). Es decir, una comunidad puede convertirse en otra
de forma gradual, debido a que son sistemas abiertos con flujos de materia,
energía y organismos; por lo que se habla de variabilidad espacio-temporal
(Begon y col., 2006).
ASPECTOS METODOLÓGICOS PARA
DELIMITAR GRUPOS FUNCIONALES
• La metodología para separar los diferentes grupos funcionales consiste en
traducir el registro bioquímico de cada cepa o aislado en un hiperespacio n
dimensional; donde esta dimensión estaría dada por el número de pruebas
bioquímicas realizadas en la caracterización. En este hiperespacio la
ubicación de una cepa será dada por los valores de cada una de estas pruebas
(Ramos, 1996; Malaver, 1996). Se obtiene entonces una matriz S x τ; donde τ
es el número de características funcionales medidas en S especies (Petchey y
Gaston, 2002; Ricotta, 2005).
ASPECTOS METODOLÓGICOS PARA DELIMITAR LA
ESTRUCTURA DE GREMIOS MICROBIANOS

• La estructura de gremios de la comunidad es determinada a partir del patrón

de respuesta de cada microorganismo aislado ante un conjunto de sustratos o
fuentes de carbono. Así, para cada sustrato se determina la proporción de
cepas que lo utilizan como fuente de carbono y energía, obteniendo finalmente
un valor de frecuencia relativa (N° cepas que utilizan el sustrato/ N° total de
cepas). Estos valores podrían ser comparados con los aislados de diferentes
comunidades, o utilizados para establecer los procesos en los cuales los
microorganismos están involucrados (Bastardo, 2005; Torres y Lizarazo,
2006).
ESTIMACIÓN DE LA DIVERSIDAD
FUNCIONAL
• Además de la estructura comunitaria, determinar la diversidad funcional
permite comprobar si existen patrones espaciales y temporales en una
comunidad. La manera más común de determinar la diversidad funcional es
cuantificar el número de grupos funcionales.
METODOLOGÍA PARA EL
ANÁLISIS FUNCIONAL
PROPUESTA POR RAMOS
(1996)
DELIMITACION DE GRUPOS
FUNCIONALES
• Esta metodología aborda inicialmente la delimitación y cuantificación de
grupos funcionales (GF) utilizando la técnica multivariada de cluster mediante
el algoritmo de agrupación simple o vecino más cercano, donde la disimilitud
entre grupos es medida a través de la distancia Euclidiana. Este
procedimiento permite obtener gráficamente a través de un dendrograma las
coincidencias tanto positivas como negativas (ausencia o presencia de
utilización) de cada cepa, y por tanto, provee una estimación de la similitud
total entre las cepas que conforman los grupos.
 EQUIVALENCIAS FUNCIONALES
• Se entiende como equivalencia funcional la formación de un GIF que
incluye cepas de distinto tipo u origen, por ejemplo, bacterias
aeróbicas y anaeróbicas, o bacterias y hongos, u hongos
taxonómicamente distintos (Antía, 1995; Zamora, 2012b). Cuando
hay más de una especie con un papel ecológico similar en un
sistema, se consideran funcionalmente redundantes, y pueden
desempeñar un papel importante en garantizar la estabilidad del
ecosistema cuando algunas especies se pierden debido a cambios
ambientales, como el cambio climático.
CURVAS DE RECLUTAMIENTO

Curvas de reclutamiento de grupos funcionales. (A) suelo

prístino; (B) suelo sometido a biotratamiento (adaptado de Peña,
2005).
DISTANCIA MÁXIMA DE
AGRUPAMIENTO
INDICE DE DIVERSIDAD MICROBIANA

• Finalmente, el análisis funcional incluye el cálculo del Índice de Diversidad

Funcional (IDF), el cual permite cuantificar la diversidad de una comunidad
en términos de su actividad bioquímica degradativa. El índice se determina
realizando para un dendrograma dado, el cociente entre el número de grupos
o cluster formados entre el número total de aislados considerados para
realizar el dendrograma, y como resultado se obtiene un número acotado
entre 0 y 1; donde 1 representa el valor máximo de diversidad. En el caso del
ejemplo de la Figura 2, el IDF es 0,6; que corresponde a la relación entre los
12 GF formados respecto al total de cepas (20 cepas).
CONCLUSIONES Y
RECOMBINACIONES
• La caracterización funcional constituye una buena alternativa para
comprender el efecto de la biodiversidad sobre las propiedades del ecosistema.
Permite delinear claramente el efecto de los grupos funcionales y la respuesta
de estos grupos en un dado ecosistema, de manera que si se planifica realizar
un manejo del mismo, se cuente con rasgos que caractericen el
funcionamiento del ecosistema, más que la “caja negra” que representa la
diversidad de especies y sus interacciones.
 AISLAMIENTO Y
CARACTERIZACIÓN DE LA
COMUNIDAD BACTERIANA
C U LT I V A B L E E N E L R Í O
ALMENDARES
 INTRODUCCION
• La comunidad microbiana en los ecosistemas acuáticos juega un importante papel
en la biodegradación de contaminantes y contribuye a la natural auto purificación.
• Requiere de la habilidad de describir cambios ecológicos significativos utilizando
indicadores cuantitativos
• concentraciones de oxígeno disuelto, nitrógeno, fósforo, la turbidez, la
conductividad, el pH, entre otros
• indicadores que responden rápidamente a los cambios ambientales como
consecuencia de su rápido ciclo de vida y pueden ser utilizadas para monitorear la
variabilidad espacial y temporal presente naturalmente en sistemas de agua dulce
• cambios persistentes en los ecosistemas debido a la contaminación derivada de la
actividad humana o al cambio climático global
• Bacillus
• Pseudomonas
• Aeromonas
• Citrobacter
• Corynebacterium
• Enterobacter
• Escherichia
• Flavobacterium
• Klebsiella
• Micrococcus
• Proteus
• Vibrio
• Alcaligenes
ANALISIS FUNCIONAL DE
MICROORGANISMOS
• Este análisis permite reducir el espacio real de las intrincadas relaciones
microbianas a un espacio menos complejo y facilita la interpretación de datos
microbiológicos.
• surge un problema al intentar determinar la estructura de la misma, debido a que
esto implica la identificación taxonómica de sus integrantes
• En los últimos años se ha utilizado en ecología microbiana como indicador de la
diversidad y estructura de las comunidades microbianas
• Establece el perfil metabólico de los microorganismos y su comportamiento
• las capacidades metabólicas de los microorganismos y sus consecuencias
biogeoquímicas y/o participación en procesos del ecosistema
La historia evolutiva de los microorganismos se remonta a más de 3500
millones de años y una parte importante de ésta ha ocurrido en el
medio marino. Desde entonces, los microorganismos constituyen un
componente esencial de las redes tróficas de los ecosistemas marinos,
con una gran abundancia y biomasa, contribuyendo a la regeneración
de nutrientes e interactuando con una amplia gama de organismos.
 Con el avance de la Dentro de esta
El concepto del papel Microbiología se comunidad microbiana las
ecológico de los demostró que eran los bacterias heterótrofas
microorganismos en el microorganismos los que constituyen, después de
ecosistema marino ha ido estaban en la base y el los virus, la población
evolucionando desde los final de la anteriormente más numerosa y llevan a
primeros estudios al llamada cadena cabo funciones de
respecto. alimenticia, que pasó importancia fundamental
entonces a denominarse ya que controlan los
red trófica flujos de nutrientes en el
sistema a través de la
mineralización de la
materia orgánica
Esquema de la parte de la red trófica oceánica en la que los
microorganismos juegan un papel fundamental.
El océano es probablemente
el ecosistema más grande y
más antiguo del planeta y
hoy en día el éxito del
bacterioplancton se puede
medir en términos de
abundancia o por la cantidad
de nutrientes que utiliza.
Determinar la enorme Desde el pasado siglo se han
diversidad filogenética y aislado multitud de bacterias
ecológica del mundo marinas, y aún hoy en día
procariótico, y más aún existe controversia sobre la
cuantificar su abundancia en representatividad de estos
medios naturales, requiere aislados frente al total de
estudios basados en bacterias autóctonas.
secuencias de DNA.
 por esta razón el complemento
La opinión más generalizada es ideal para estudiar la diversidad
Por diversos motivos, hoy en día
que la proporción de microbiana en ambientes
todavía no es posible el
microorganismos aislados con naturales en general, y marinos
aislamiento y crecimiento en
respecto al global es una fracción en particular, es el estudio de
cultivo puro de la mayor parte
pequeña y poco representativa genes que pueden ser
de los procariotas presentes en
de la comunidad microbiana directamente amplificados a
el medio marino y
presente en el medio natural partir de la biomasa procariótica
presente en la muestra.
La amplificación mediante PCR de moléculas
filogenéticamente informativas abrió nuevas perspectivas en
cuanto al establecimiento de las relaciones evolutivas y la
diversidad procariótica existente en nuestro planeta

Las primeras aproximaciones consistían en la comparación

de sus genomas utilizando la técnica de hibridación DNA-
DNA, pero fue la utilización de los genes ribosómicos
(rDNA 16S en procariotas y rDNA 18S en eucariotas) lo
que simplificó en gran manera el problema.

- En los años 80 se empezaron a considerar las secuencias

de rRNA como aptas para caracterizar comunidades
procarióticas naturales, sin necesidad de obtener cultivos
puros
En la década de los 90 se aplicaron las técnicas moleculares para el
estudio de muestras marinas y se puso de manifiesto que existía una
gran diversidad microbiana que hasta entonces nos era totalmente
desconocida

Uno de los mayores logros de la aplicación de estas técnicas

moleculares al estudio de la microbiología marina durante la última
década ha sido el aislamiento y crecimiento en cultivo puro de la
bacteria marina Pelagibacter ubique (anteriormente conocida como
Grupo SAR11).

El Grupo SAR11 es uno de los filotipos (secuencia de rDNA 16S obtenida del medio
ambiente sin cultivo previo) más importantes, debido a su abundancia, del ecosistema
marino y sin embargo no se tuvo constancia de su existencia hasta la aplicación estas
técnicas. Posteriormente se constató su presencia en prácticamente todas las
muestras marinas que se estudiaban mediante esta aproximación

La utilización de estas técnicas también supuso una revolución con respecto al

conocimiento de las arqueas marinas ya que, hasta entonces, se creía que el
desarrollo de éstas en el medio marino estaba restringido a ambientes extremos tales
como sedimentos anaeróbicos o intestino de animales, surgencias termales o
fumarolas de aguas profundas, y ambientes con elevada salinidad
De forma muy general podríamos definir a los virus como agentes infecciosos
acelulares que poseen genomas formados por ácidos nucleicos (DNA o RNA)
encapsulados en una estructura formada por proteínas (cápside).

En los ecosistemas pelágicos la abundancia de los virus generalmente aumenta

con la productividad del sistema. Así, en ecosistemas marinos, la abundancia es
mínima en profundidad (104 - 105 ml-1 ), intermedia en aguas abiertas
superficiales (105 - 106 ml-1 ) y máxima en aguas costeras (106 - 107 ml-1 )

Las técnicas moleculares en general, y en especial la aplicación de las técnicas de

metagenómica (ver más adelante), han sido muy útiles para conocer más acerca de las
comunidades virales acuáticas.
En un estudio pionero sobre metagenómica
de fagos marinos se comprobó que un 65%
de los genes analizados no se
correspondían con ninguna de las
secuencias conocidas y depositadas en las
bases de datos existentes, lo que sugirió
que la mayor parte de la diversidad de los
fagos nos es completamente desconocida.

En este mismo estudio, y mediante la

aplicación de modelos matemáticos, se
determinó que esta diversidad podría ser
extremadamente elevada, pudiendo
existir hasta 7000 tipos de virus distintos
en el ecosistema marino.
En medios oceánicos el La mayor parte del
ecosistema marino pelágico
carbono orgánico disuelto generalmente no recibe . En este sentido el papel que
(COD) es aportes exógenos de juegan los virus es crucial ya
predominantemente nutrientes y por tanto las que su actividad lítica
consumido por las células bacterias heterotróficas, convierte las células
bacterianas heterotróficas, limitadas en su crecimiento infectadas en materia orgánica
que en última instancia son por el carbono disponible en disuelta . Los detritos
las responsables del el medio , dependen de la producidos forman agregados
consumo de alrededor del liberación del carbono que caen por gravedad a
50% de la producción asimilado por las bacterias profundidades mayores,
fotosintéticas (cianobacterias) saliendo de la zona fótica.
primaria total en estos y otros organismos
ecosistemas fitoplanctónicos eucariotas
 Estos agregados podrían
Se sabe que su composición actuar como reservorio de Los estudios demostraron
química es heterogénea, con nutrientes para las bacterias que las células pelágicas
cantidades significativas de de vida libre, que tomarían pertenecían
carbohidratos y proteínas su alimento directamente de mayoritariamente al grupo
que constituyen un ellos, aunque también se ha anteriormente nombrado
microhábitat rico en constatado que las células SAR11 de las -
nutrientes con que forman parte de los Proteobacteria, grupo muy
concentraciones de carbono agregados son responsables abundante y ubicuo en
y nitrógeno varios órdenes de la solubilización de las medios marinos, mientras
de magnitud mayor que la partículas de detritos que las agregadas estaban
encontrada en las aguas mediante actividad más relacionadas con el
circundantes. exohidrolasa, produciendo la grupo CFB y con las -
liberación de carbono Proteobacteria
orgánico al medio
circundante
 El hecho, ya comentado, de que las condiciones que prevalecen en los medios marinos
sean difíciles de reproducir en laboratorio provoca que un elevadísimo porcentaje de
estas bacterias (hasta un 99%) no haya podido ser cultivado, y por tanto se desconozca
qué papel ecológico juegan de manera individual. Pero hoy en día es posible también
abordar el estudio de la dinámica de un ecosistema natural a nivel genómico.
Estas técnicas permiten estudiar un ecosistema desde dos puntos de vista :

La primera aproximación consiste en la secuenciación completa de los

genomas de organismos individuales que se sabe juegan un papel ecológico
relevante en su ambiente natural. Mediante el análisis de los genomas
completos se puede intentar reconstruir el funcionamiento de los
microorganismos, así como su potencial fisiológico y metabólico, y
relacionarlo con los compuestos existentes en el ambiente en el que se
desarrollan.

La segunda aproximación consiste en el análisis de la comunidad completa

mediante el estudio de los denominados metagenomas .Las moléculas de
DNA extraídas a partir de muestras naturales (DNA procedente, en
principio, de todos los genomas de la muestra cuya suma constituye el
metagenoma de la misma) son secuenciadas tras ser clonadas en vectores
con capacidad de incorporar insertos de DNA de gran tamaño, tales como
cósmidos o BACs
• El primer trabajo realizado mediante el estudio de metagenomas en un ambiente natural consistió
en la descripción de la comunidad microbiana de un biofilm desarrollado sobre mineral de pirita en
una mina subterránea de California
• Gracias a la baja diversidad de especies presentes en la muestra, los autores fueron capaces de
reconstruir el genoma completo de los dos microorganismos mayoritarios presentes en esta
muestra

• El análisis de los fragmentos genómicos obtenidos reveló algunas tendencias interesantes que,
aparentemente, reflejaban el funcionamiento global del biofilm.
• Pero aunque estas reconstrucciones metabólicas son extremadamente importantes para el
conocimiento de cualquier ecosistema natural, no parecen ser apropiadas para el estudio de
comunidades más complejas, difícilmente abordable desde esta perspectiva.

• Los autores identificaron 1,2 millones de genes que estimaron provenían de unas 1800 especies
procarióticas
• Además, pudieron establecerse algunas conclusiones preliminares con respecto a los ciclos
biogeoquímicos y los microorganismos implicados en ellos. En cuanto a los procesos de nitrificación
en el océano, se descubrió que no solamente miembros del Dominio Bacteria podrían estar
implicados, ya que se encontró el gen de la amonio monooxigenasa en un fragmento genómico
perteneciente a una arquea
 NUTRIENTES
INORGÁNICOS
SOBRE DE LA
COMUNIDAD
BACTERIANA
Entre las corrientes fluviales de agua dulce de la capital de nuestro país, el
Almendares constituye la de mayor importancia debido a las diversas actividades
de las cuales depende parte de la población de la misma: recreación, alimentación,
suministro de agua, industria

MATERIAL Y MÉTODOS

Se seleccionó 9 Las muestras En el laboratorio se

estaciones de fueron tomadas procedió a realizar la
muestreo (1000 mL) filtración al vacío

Se reservaron 10 mL de cada filtrado en cuatro tubos Corning diferentes, uno

para cada nutriente (nitrato, nitrito, amonio y fosfato), en refrigeración para la
posterior cuantificación de los mismos

Para el conteo de bacterias totales cultivables mesófilas, se realiza seriadas a las

muestras colectadas en solución salina (0.8 %)
las concentraciones de nitritos, amonio y fosfatos son superiores a los valores máximos
RESULTADOS
permisibles para aguas recreacionales, los dos primeros son indicadores de contaminación por la
presencia de materia fecal, y el fosfato por vertimiento de detergentes de origen doméstico e
industrial

En los ecosistemas monitoreados las concentraciones, tanto de: nitratos, nitritos, amonio y
fosfatos; como los conteos de bacterias totales por epifluorescencia directa observándose que
en el río Almendares y afluentes, existe una correlación (p<0,05) entre el número de bacterias
totales y las concentraciones de amonio y fosfatos, no siendo así para los restantes nutrientes,
lo cual nos sugiere que estos dos nutrientes juegan un rol fundamental en la dinámica
poblacional bacteriana de dicho ecosistema.
 se obtuvo una explicación media
con una varianza acumulada
Segundo grupo: , se caracteriza
aproximada de 93.97% a través
por presentar concentraciones
medias de estos nutrientes y de de dos componentes principales.
bacterias totales Aquellos componentes que
explican el 6.07% de la varianza
Primer grupo: Las tienen se han desechado, asimismo es
concentraciones mínimas de importante recordar que las
los nutrientes monitoreados varianzas acumuladas con un
y de bacterias totales. porcentaje igual o superior al
90% se consideran aceptables
Tercer grupo: evidencia las
máximas concentraciones de para que sean definidas como
los nutrientes estudiados y de componentes principales
bacterias totales.

análisis de componentes principales para las concentraciones de nutrientes y bacterias totales se

puede inferir también que existe una asociación entre las concentraciones de nitritos, amonio y
fosfatos, y que al parecer no hay relación directa alguna entre estos nutrientes y el contenido de
nitratos en el agua del río Almendares y sus afluentes.
DISCUSIÓN

existe un balance hacia las formas reducidas del nitrógeno, avalado por las
altas concentraciones de nitritos y amonio, así como las bajas
concentraciones de nitratos

Conteos de bacterias totales por epifluorescencia directa con DAPI (color

verde con puntos negros) y bacterias totales cultivables mesófilas (color
beige) en el río Almendares y afluentes.
Estas condiciones inducen a la utilización del nitrato como aceptor final de electrones
por parte de algunos microorganismos, ocurriendo entonces su reducción
desasimilativa, la cual se puede llevar a cabo por la familia Enterobacteriaceae como
Escherichia coli y Enterobacter spp.

La principal fuente de nitratos es la agricultura donde se utilizan como componentes

de abonos y fertilizantes nitrogenados. La presencia de nitritos en cualquier fuente de
agua es indicador de vertimientos resientes de materia fecal

Otros investigadores han planteado que en aguas superficiales la cantidad de bacterias

va a ser más alta si el acuífero está afectado por las actividades antrópicas y estas
provienen principalmente de contaminantes de origen albañal
CONCLUSIONES:

• Existe una gran carga contaminante por desechos de origen doméstico,

demostrado por las altas concentraciones de nitritos, amonio y
fosfatos obtenidos.
• La alta carga microbiana del río Almendares tiene una relación directa
con las altas concentraciones de amonio y fosfatos.
• Se evidencia una pérdida en la biodiversidad bacteriana, pues existen
diferencias significativas entre los conteos de bacterias totales y viables
mesófilas.
• Las pérdidas de viabilidad-cultivabilidad bacterina fueron comprobadas
de hasta un 85% del total de bacterias cultivables mesófilas.
 DE L AS
COMUNIDADE
S
MICROBIANAS
EN LOS
RECURSOS Y
 INTRODUCCIÓN

Desde un enfoque ecológico los microorganismos participan en el reciclado de la

materia en los ecosistemas y por tanto, controlan la evolución de la biosfera al
interactuar de forma dinámica en los ciclos biogeoquímicos , desde el punto de
vista de la seguridad alimentaria algunas familias bacterianas como
Enterobacteriaceae y Vibrionaceae incluyen especies que son las responsables de
infecciones e intoxicaciones de los consumidores, que pueden originar hasta la
pérdida de vidas humanas.

Los productos pesqueros son una fuente importante de proteínas y otros

componentes nutritivos en la alimentación humana. Entre estos productos se
clasifican peces y mariscos; en estos últimos se agrupan camarones, ostras,
ostiones, almejas, calamares, pulpos, entre otros.
LAS COMUNIDADES MICROBIANAS Y LA IMPORTANCIA DE
SU ESTUDIO
Cuando se desea analizar a una especie o
grupo biológico, es importante conocer el contexto
ambiental y biológico en el que se encuentra; esto
último se requiere a las especies con las que coexiste
y en muchos casos de las que depende (hospedero).
El conjunto de especies que coexisten en un lugar
y tiempo constituye la comunidad o consorcio. En un
sistema microbiano el crecimiento celular forma
poblaciones; las poblaciones metabólicamente relacionadas
se denominan gremios y el conjunto de estas agrupaciones
interaccionan formando comunidades microbianas. Por lo
tanto, las comunidades microbianas consisten en
poblaciones de células de varias especies; que interactúan
entre sí desarrollando múltiples actividades funcionales al
interior de la comunidad y con su hospedero
 ESTUDIO MOLECULAR DE COMUNIDADES
BACTERIANAS
La incapacidad de cultivar las bacterias presentes
en un hábitat determinado, ha sido parcialmente
suplida por la posibilidad de aislar y caracterizar
el material genético de la comunidad microbiana
residente en dicho medio. A partir del estudio
de los genomas de los microorganismos contenidos
en la muestra, es posible reconstruir la estructura
poblacional de la comunidad. Al conjunto de los
genomas de los microorganismos de una muestra o
hábitat determinado se le llama metagenoma. Este tipo
de investigación parte del análisis de los ácidos
nucleicos e incluye a aquellos microorganismos
que aún no han podido ser cultivados en
condiciones simuladas.
Para obtener mayor conocimiento de la diversidad y estructura de las
comunidades microbianas en distintos ambientes, se han adaptado algunas
herramientas moleculares, para ser utilizadas con fines taxonómicos
ÍNDICES DE DIVERSIDAD EN COMUNIDADES
BACTERIANAS
Biodiversidad es la riqueza de organismos vivos de un ecosistema,
así como los complejos ecológicos de los que forman parte;
comprende la variación dentro de cada especie, entre las especies
y los ecosistemas . El conocimiento de la biodiversidad requiere
considerar los diferentes niveles jerárquicos de organización de la
vida (genes, especies, poblaciones, comunidades y ecosistemas),
junto con sus atributos de composición, estructura y funcionalidad.
Su estudio puede abordarse a partir de tres grandes preguntas en
cada uno de los niveles: Qué elementos la componen?, cómo están
organizados? Y cómo interactúan? . En estudios de biodiversidad se
debe especificar la escala geográfica, definir si es local o regional,
para asociarla a las medidas de la diversidad alfa, beta y gamma. El
número de especies o diversidad está referida a un nivel local y
refleja la coexistencia de las especies en una comunidad. La
diversidad es la riqueza de especies de una comunidad
determinada y que se considera homogénea.
 COMUNIDADES MICROBIANAS

La importancia de él estudio de comunidades

bacterianas en los recursos pesqueros, se debe a que
se ha generado un considerable interés en el uso de
bacterias probióticas para incrementar la resistencia
a enfermedades, mediante la estimulación del
sistema inmunológico en el cultivo de peces y mariscos. En el
camarón Marsupenaeus japonicus se ha indicado el papel
inmunomodulador de Lactobacillus lactis y en L. vannamei se
observó el efecto de la suplementación de la dieta con Bacillus
subtilis sobre el crecimiento y la respuesta inmune
COMUNIDADES BACTERIANAS EN PRODUCTOS
PESQUEROS
En la comercialización e industrialización
de los pescados y mariscos, algunas especies
bacterianas constituyen agentes que pueden causar
olores y sabores extraños, formación de exudados,
producción de gases, pérdida de color y cambios de
textura , causando el deterioro de los
productos y por consiguiente, pérdidas económicas.

Se han hecho extensivas investigaciones

enfocadas al estudio de comunidades bacterianas
en diversos productos pesqueros con potencial
económico, a partir de técnicas moleculares de
huellas genéticas. Adicionalmente, en los productos
derivados de la pesca se han utilizado los métodos de
huellas genéticas para revelar la autenticidad de
origen de los productos pesqueros
 CONCLUSIONES

El sector pesquero es una de las actividades económicas con mayor potencial

de crecimiento en la producción de alimentos de origen animal. Sin embargo, en
los sistemas de cultivo intensivo de peces y mariscos, así como en la
comercialización e industrialización de los productos pesqueros
frecuentemente son causa de infecciones e intoxicaciones alimentarias en los
seres humanos; debido a enfermedades bacterianas causadas por especies
patógenas al organismo o desequilibrio en su ora de acompañamiento, lo cual
origina pérdidas económicas. En este sentido es importante citar que el estudio
de la biodiversidad de un determinado ecosistema, como el de los mantos
acuíferos estaría incompleto sin la inclusión de los microorganismos, ya que
ellos contribuyen de manera esencial al funcionamiento global del planeta y al
desarrollo sostenible de la biosfera.
 MANANTIALES SALINOS:
INVENTARIOS DE L A
DIVERSIDAD METABÓLICA
Y FILOGENÉTICA DE
MICROORGANISMOS DE
AMBIENTES SALINOS

J E R S S O N PA O L O V E L A S Q U E Z TA C O R A 2 0 1 4 - 1 1 8 0 1 6
 INTRODUCCIÓN
Colombia tiene una gran diversidad biológica, 0,7 % de la superficie 10 % de la biota total del planeta

Microorganismos en el mantenimiento de la biosfera al regular los ciclos

biogeoquímicos de los principales elementos y participar en los procesos de
descomposición de la materia orgánica y de los compuestos contaminantes y
en el ciclo de nutrientes.

Exploración de la diversidad microbiana de

manantiales salinos que se caracterizan por
aflorar sobre o cerca de un trazo de falla
geológica, a pocos metros de drenaje mayores,
algunos de los cuales se utilizaron en épocas
precolombinas para la extracción de sal con
diferentes fines, desde el consumohumano hasta
la orfebrería
MATERIALES Y MÉTODOS
Sitios de estudio
Muestreos y análisis
Recolección muestras de agua a diferentes
profundidades: en el manantial SC la profundidad
oscilaba entre 90 y 100 cm, en el manantial LC entre
70 y 80 cm y en el SP entre 100 y 120 cm.

Caracterización de la composición de las

comunidades microbianas en los manantiales salinos
sus características morfológicas mediante microscopía
electrónica de barrido en los manantiales SC y SP,

Caracterización de la composición de las comunidades

microbianas en los manantiales salinos
 Generación de inventarios biológicos a partir del
aislamiento de microorganismos

Para el aislamiento de microorganismos se recolectaron en

cada sitio de muestreo 100 mL de agua en botellas de vidrio
estériles para ser usados como inóculos microbianos y cinco
litros de agua en garrafas plásticas previamente purgadas con
agua del manantial para los medios de cultivo utilizados en las
diferentes series de aislamiento.

Características morfológicas de las Identificación taxonómica de los organismos aislados

comunidades microbianas
Para observar la comunidad microbiana in situ se
utilizó la técnica de microscopía electrónica de
barrido en los manantiales SC y SP
marcador el gen ARNr 16S. Se extrajo ADN de cada una de
las cepas y se hizo la secuenciación del gen marcador (~
1.300 pb). Se describieron las principales características
fenotípicas y estructuras celulares, metabolismo y
condiciones de salinidad, temperatura y pH
RESULTADOS Y DISCUSIÓN
Caracterización de la composición fisicoquímica del agua
de los manantiales salinos
Los manantiales SC y LC se
clasifica como hábitats polisalinos
(33.000-40.000 µS/cm), en tanto
que el manatial SP como un
hábitat eusalino (46.000-55.000
µS/cm)

Los análisis químicos del agua de

los manantiales SC y LC
mostraron un alto contenido de
cloro (Cl-) y calcio (Ca2+), y las
aguas del manantial SP se
caracterizaron por una alta
concentración de sodio (Na+),
potasio (K+) y sulfato (SO42-).
 Caracterización de la composición de las comunidades microbianas

En el manantial SC se observaron principalmente bacilos curvos con

extremos puntiagudos, bacilos rectos de 0,5 a 0,7 µm de ancho
por1,5 a 2,0 µm de largo , bacilos rectos de extremos redondos,
solos o en pares, y bacilos rectos de extremo redondo.

Se observó la presencia de células ligeramente englobadas de 3,5 a

4,0 µm de ancho por 5,5 µm de largo, con una pequeña elongación
uno de sus extremos por su tamaño podrían catalogarse como
protozoos
 SP bacilos rectos o ligeramente curvos
con terminación en punta, los bacilos
ligeramente curvos con extremos
redondos, los bacilos rectos de
extremo redondo los bacilos de 0,3
µm de ancho por 0,6 µm de largo, y
los bacilos en pares o individuales; los
cocos estaban presentes en menor
proporción.

La presencia de diatomeas,
principalmente del género Nitzchia

En el primero predominaban los bacilos curvos o espirilos,

La presencia de diatomeas, que hacen parte del
mientras que en el segundo predominaron los bacilos rectos
fitoplancton y participan en procesos de producción
y los cocos SC se observaron células similares a las de los
primaria, se observó únicamente en el manantial SP;
protozoos, posibles causantes de la mortalidad bacteriana
 Generación de inventarios biológicos

Una de las limitantes del solo es posible recuperar un bajo

aislamiento fue la purificación, así porcentaje de células viables de
como la carencia de información great plate count anomaly comunidades microbianas en cultivo
para recrear las condiciones puro mediante los métodos
naturales de crecimiento tradicionales con agar

El análisis de la secuencia del gen ARNr

16S permitió identificar estos aislamientos
como pertenecientes al dominio Bacteria

Se identificaron taxonómicamente en los

filos Proteobacteria (alfa, delta y gama),
Bacteroidetes,Firmicutes, Synergistetes y
Actinobacteria
Más del 70 % de las cepas
bacterianas son móviles, lo cual
puede ser relevante en manantiales
donde la materia orgánica disuelta
de bajo peso molecular (azúcares,
fosfatos y aminoácidos) está
disponible en un tiempo y espacio
limitado en la columna de agua, por
lo cual una conducta sensorial
móvil proporciona a las células
ventajas competitivas que favorecen
su supervivencia
la caracterización de los microorganismos
aislados, que incluyó la determinación del
rango óptimo de salinidad ,demostró que
aunque los tres manantiales presentaban
una salinidad incluso más alta que la
reportada para ambientes marinos, la
mayoría de las cepas aisladas no tenía un
requerimiento específico del ion Na+,

En los manantiales SC y LC se aislaron

cepas bacterianas relacionadas
principalmente con organismos halófilos de
ambientes marinos. Por el contrario, la
composición microbiana del manantial SP
fue bastante heterogénea y se relacionó
con organismos halotolerantes y halófilos
de agua dulce