QUIMICA DE LA VIDA: naturaleza molecular

de los procesos de la vida.

1
 Bioquímica General

LOGICA QUIMICA MOLECULAR

CRECIENTE DE LAS CELULAS

BASES Y GENERALIDADES.

Eduardo I. Sánchez
Dr. en Bioquímica
Profesor Titular
2
 Bioquímica General

• Estudia la química de los seres vivos a

nivel molecular y general.:
Estudia los componentes químicos de los organismos
vivos y las vías metabólicas o reacciones químicas
para obtener energía del entorno.
Un organismo tiene vida cuando es capaz de obtener
energía del entorno, autorreplicarse y transmitir
información genética.
Todos los seres vivos usan los mismos tipos de
biomoléculas y consumen energía
3
• Usa la energía para realizar trabajo:
• Biosíntesis
• Osmótico
• Mecánico
• Activación

E. Potencial resultado de su estado o posición:

- En los enlaces químicos, en gradiente de
concentración, en un potencial eléctrico.

E. Cinética movimiento, capacidad de cambio

puede existir en forma de calor, luz, etc.
4
 - Todos los procesos de la vida requieren
energía

• El sol es la principal fuente de energía de todos los seres vivos.

• Las plantas captan esa energía lumínica mediante fotosíntesis y la

emplean para transformar el CO2 en sacarosa, que es el
almacenamiento potencial de energía química.

• Un atleta puede consumir la sacarosa y liberar la energía potencial

que contiene, transformándola en forma de movimiento muscular:
energía cinética.

- Las diferentes formas de energía se

transforman unas en otras:
5
• Energía mecánica

• Energía química

• Energía osmótica

• Energía eléctrica

• Energía lumínica

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Oxidación:
• Liberan energía
• Ganancia de oxígeno
• Pérdida de hidrógeno
• Pérdida de electrones

Reducción:
• Necesitan energía
• Pérdida de oxígeno
• Ganancia de hidrógeno
• Ganancia de electrones
7
Metabolismo : Anabolismo + Catabolismo

- Suma total de procesos químicos en un

organismo

• Reacciones anabólicas: reacciones de síntesis.

• Ej: formación de polímeros a partir de sus monómeros.

8
• Reacciones catabólicas: disgregación
y oxidación de las biomoléculas.

9
Cada célula desarrolla miles de reacciones químicas

Exergónicas: con liberación de energía

Endergónicas: con consumo de energía

En su conjunto constituyen el METABOLISMO CELULAR

• Las células regulan las reacciones químicas por

medio de catalizadores biológicos: ENZIMAS.

10
Estructura del ATP
es un nucleótido compuesto por la adenina (base
nitrogenada), un azúcar (ribosa) y tres grupos fosfato.

11
12
 Clasificación de los organismos según fuente de energía y fuente de
carbono

Tipo Proced. Proced. Dador de Ejemplos

organismo carbono Energía electrón y/o
hidrógeno
FOTOTROFOS FOTOLITO CO2 LUZ Compuestos Cel.verdes de
TROFOS inorgánicos plantas super.
H2O, H2S, S Algas azul-verd
FOTO Compuestos LUZ Compuestos Bacterias
ORGANO orgánicos Orgánicos purpureas no
TROFOS sulfuradas
QUIMIOTROFOS QUIMIOLITO CO2 Reacciones Compuestos Bacterias
TROFOS REDOX .inorgánicos desnitrificantes
H2O, H2S, S,
Fe NH3
QUIMIO Compuestos Reacciones Compuestos Todos los
ORGANO orgánicos REDOX Orgánicos animales super.
TROFOS (glucosa) Mayoria de MO
13
Cómo se originaron los
seres vivos??

Todos los tipos

celulares tienen tantas
características celulares
en común que es
razonable decir que
todas tuvieron el mismo
origen.

Tanto las moléculas y

las células deben haber
surgido de moléculas
muy simples: H2O,
CH4, CO2, NH3, N2 e
H2.

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Fundamentos químicos de la
bioquímica
• Puede un químico sintetizar en el laboratorio las
moléculas de la vida?

• Existió la creencia de la existencia de fuerzas vitales

hasta que en 1828 se sintetizó urea a partir de
cianato de amonio

• En la actualidad cualquier compuesto de un

organismo vivo puede ser sintetizado en el
laboratorio.

15
La vida se basa en el carbono

Al analizar químicamente cualquier organismo: animal, planta o

microorganismo se observa que hay muy pocos elementos de la
tabla periódica presentes en los seres vivos.
Carbono, hidrógeno,nitrógeno y oxígeno: 95% de los seres vivos
Si se agrega el fósforo y azufre: 98% de los seres vivos

16
Los comienzos de la biología: el
origen de la vida
• Teoría cosmológica del origen del
Universo: big-bang explosión
cataclísmica

• Gases en la tierra primitiva:

NH3,H2S,CO,CO2,N2,H2 y H2O.

• Cómo se formaron las biomoléculas?

17
Los elementos simples se combinan de muchas
maneras diferentes y complejas a nivel molecular
formando pocos tipos de compuestos:

Agua 70%
Glúcidos 3%
Lípidos 2%
AA y proteínas 15%
PoliNucleótidos:
RNA 6%
DNA 1%
Moléculas orgánicas pequeños 2%
Iones inorgánicos 1%

18
Biomoléculas:
Son las moléculas de tamaño grande o pequeño que se
encuentran en los seres vivos y son fabricadas por la célula.

BioPolímeros:
Unión de cientos o miles de unidades monómeros para formar
una molécula de gran tamaño en las células.
Homopolímeros: se repite el mismo monómero.
Heteropolímeros: constituido por distintos monómeros.

Ejemplos bioquímicos

Monómero Polimero

Aminoácidos Proteínas

Monosacáridos Polisacáridos

Nucleótidos Polinucleótidos
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20
 De las moléculas a las células
• Catalizadores y del código genético.

• Proteínas y ADN

• ARN codificador original y actividad

catalítica

21
 • Organización biológica: estructural y molecular
• Todos los seres vivos están formados por células
• Todas las células derivan de otras células
• Todas las reacciones metabólicas de los seres vivos se
llevan a cabo en el interior de las células.

Células: diferentes en tamaño y forma

Todas presentan organelas, rodeadas de membranas biológicas.
Las membranas que rodean los compartimientos no son paredes
inertes.
Funciones:
Permeabilidad selectiva
Participación en la producción de energía
Separar a la célula del medio que las rodea
Mantener un equilibrio dentro y fuera de la célula
22
23
24
25
• El único tipo de macromoléculas biológicas que
no tienen naturaleza polimérica, son los lípidos.

• Los lípidos los encontramos asociados al

concepto membrana.

• Las membranas están constituidas por uniones

físicas de fosfolípidos con proteínas intercaladas.

• No son estructuras fuertes desde el punto de vista

mecánico, con uniones químicas, en contraste con
la pared celular de células vegetales o bacterias.

26
27
Enlaces químicos
Enlaces covalentes
Enlace fuerte presente en la mayoría de los compuestos
orgánicos.
Los átomos comparten electrones y es alta la energía
requerida para romper el enlace.

Enlaces no covalentes
Enlaces y fuerzas distintas del enlace covalente.
algunas muy fuertes como la atracción iónica y otras
muy débiles, como las fuerzas de Van der Waals,
dipolo-dipolo inducido o las fuerzas de dispersión de
London.
28
Enlaces No covalentes

29
30
EL AGUA: la vida existe en medio acuoso

31
 El H2O en la vida
• El agua es vital para la vida, no solo por su
participación porcentual en la química celular, sino
que además, es en el medio acuoso donde se
realizan las reacciones del metabolismo, tanto para
obtener energía como para utilizarla en los
procesos de biosíntesis.
• Las propiedades del agua solo se interpretan, si
consideramos la estructura espacial molecular y el
grado de asociación intermolecular, mediante
puentes de hidrógeno, para constituir un verdadero
polímero físico, con propiedades eléctricas, P.Eb.
elevado, capacidad calorífica, efecto buffer, etc.
32
Los elementos simples se combinan de muchas maneras diferentes y
complejas a nivel molecular formando pocos tipos de compuestos:

Composición Porcentual en Célula bacteriana.

Agua 70%
Glúcidos 3%
Lípidos 2%
Aa y proteínas 15%
Nucleótidos,
RNA y DNA 7%
Moléculas orgánica 2%
Iones inorgánicos 1%

33
El agua constituye el 70% del peso de los organismos
vivos.

La molécula consta de dos H entrelazados en forma

covalente a un átomo de Oxígeno electronegativo.

La molécula de agua es polar.

34
 Enlace o Puente de Hidrógeno

Entre sus moléculas se forma una red de puentes

hidrógeno, comportándose como un polímero
físico, no químico, lo que explica sus especiales
propiedades.

Disolvente de moléculas polares con las que forma

puente H:
compuestos con grupos -CO2,-NH2,-NH3,-OH.

Las moléculas no polares son insolubles ya que

interrumpen la estructura de puentes hidrógeno del
agua sin formar interacciones favorables con la
misma.

35
36
Molécula de agua
Los orbitales sp3 del Oxìgeno están ordenados de manera
tetrahédrica.

37
Puente de hidrógeno en el agua:
La fuerza de la interacción es máxima cuando el enlace
covalente O—H de la molécula apunta directamente hacia la
nube de electrones del par libre de la otra.

38
 El agua como solvente

1.- Compuestos iónicos:

Las sustancias iónicas son solubles en agua.

Los cristales de compuestos como Na+ Cl- tienen una red

altamente ordenada, pero cuando se ponen en contacto
con agua, los iones se van rodeando con moléculas de
agua y terminan por separarse y dispersarse en
el solvente.

Los cationes Na+, K+, Ca++, Mg++ (inorgánicos) y amonios

C–NH3+ (orgánicos) atraen la zona de carga parcial
negativa de las moléculas de agua.
39
• Los aniones Cl-, HPO4-2, HCO3- (inorgánicos), grupos
carboxilato –COO- (orgánicos), atraen la zona de carga
positiva del dipolo agua.

40
2.- Compuestos polares no iónicos:
Con alcoholes, aldehídos o cetonas el agua puede
formar enlaces de hidrógeno con los grupos
hidroxilos o carbonilos presentes en esas moléculas
facilitando su disolución.

Los compuestos iónico y no iónicos son hidrófilos

41
3.- Compuestos apolares:

Los hidrocarburos (alcanos y alcenos) son

APOLARES e insolubles en agua.

Son sustancias hidrófobas y solubles en solventes

orgánicos no polares o poco polares (benceno,
Cl4C o Cl3CH).

Las moléculas apolares pueden ejercer entre sí,

atracciones denominadas hidrofóbicas

42
4.- Compuestos anfipáticos:

Son sustancias que poseen grupos hidrófobos e

hidrófilos en la misma molécula.

Ejemplo:
Los fosfolípidos de las membranas.

Las sales de los ácidos grasos de cadena larga

con metales monovalentes (Na+ o K+).

Son sustancias anfifílicas o anfipáticas que, en

contacto con agua, se colocan con su parte
hidrofílica dirigida hacia la superficie del agua,
formando micelas.
43
44
El agua como electrolito.

Electrolitos son las sustancias que, en solución acuosa, se

disocian en partículas con carga o “iones” con capacidad de
pasar corriente eléctrica.

En base a dicha capacidad, los electrolitos se dividen en

“fuertes” o “débiles”.

Ej: la solución de ácido HCl 1 M es mejor conductora que una

de ácido acético (CH3-COOH), 1 M.

La primera se ha disociado en iones en mayor proporción que

la segunda ya que, al ser un electrolito débil, solo una pequeña
parte del total de moléculas disueltas se separa en iones.

45
En los electrólitos fuertes, prácticamente todas las
moléculas se dividen en iones y la reacción transcurre
en un solo sentido:
HCl  H+ + Cl-

Si designamos AB a un electrólito débil que se ioniza

parcialmente en A+y B-, la notación será:

AB  A+ + B-

En el estado de equilibrio, las velocidades de reacción

para la ionización es igual a la velocidad de
reasociación
V1 = k1 [AB] = k2 [A+ ] [B-] = V2

Para un sistema en equilibrio químico (a una dada

temperatura) existe una relación numérica Keq.

Keq. = [A+] [B-] / [AB]

46
Para un sistema en equilibrio químico (a una dada
temperatura) existe una relación numérica Keq.
Keq. = k2/k1

Keq. = [A+] [B-] / [AB]

En los sistemas biológicos se puede considerar fuerte

a un electrólito cuando su Keq. es mayor a 10-4 o sea
0,0001.

Cuando el valor de Keq. es menor de 10-14, se

considera que la sustancia no es un electrólito.

47
 Equilibrio de ionización del agua
El agua se ioniza muy débilmente generando iones
hidrógeno (protones) e iones hidroxilo, según la
reacción:
H2O  H+ + OH-
Dado el estado asociado del agua con puentes de
hidrógeno, debería representarse al protón como
H3O+ (catión hidrónio).

La Keq. para el agua se expresa por la ecuación:

Keq. = [H+] [OH-] / [H2O]

Varía con la temperatura entre 1,8 a 4,3 x 10-18 (de 25 y

37ºC) y no debería considerarse un electrólito..

Sin embargo, aún este pequeño valor tiene efectos

importantes en los sistemas biológicos.
48
Dado que un mol de agua pesa 18 g, En 1000 g de
agua hay 55,5 moles, de los cuales solo 0,0000001 se
encuentra ionizado.
Si reordenamos la ecuación anterior nos queda:

Keq. [H2O] = [H+] [OH-]

que llamamos Kw o producto iónico del agua, cuyo valor

a 25 ºC es:
Kw = 1.10-7 x 1.10-7 = 1.10-14

Todo aumento en la [H+] o de [OH-], inmediatamente

hará disminuir la concentración del otro, para mantener
el valor del equilibrio.

En el equilibrio, la solución es Neutra.

49
 Acidos y bases
Una solución es Acida cuando la concentración
de hidrogeniones es mayor que la de los iones
hidroxilo.
Es Básica ó Alcalina cuando la concentración
de hidrogeniones de menor que la de los iones
hidroxilo. Según definió Arrenhius:
Acidos son sustancias que producen aumento
de hidrogeniones, al ser disueltos en soluciones
acuosas.
Bases son sustancias que producen disminución
de hidrogeniones, al ser disueltos en soluciones
acuosas. 50
Según Brônsted y Lowry (B-L)

Acidos son todos los compuestos o iones capaces

de ceder protones H+ (hidrogeniones) al medio
Bases son los que pueden aceptar protones del
medio.
Así la definición se ha extendido a iones, por ej.
HSO4- o NH4+, que pueden ceder un H+en solución.

Cuando una molécula o anión puede tomar un H+

(base de B-L), se forma un “ácido conjugado”.

Base Protón Acido conjugado

OH- + H+  H2O
NH3 + H+  NH4+
CO3-2 + H+  CO3H-
51
 Acido Protón Base conjugada

HCl  H+ + Cl-
H2SO4  H+ + SO4H-
HNO3-  H+ + NO3-

Según Lewis (L)

Acidos son todos los compuestos o iones capaces de aceptar un

par de electrones

Básicos son los compuestos que pueden ceder un par de

electrones.

52
 Fuerza de ácidos y bases
• La fuerza de un ácido o de una base esta determinada
por su tendencia a perder o ganar protones.

• Los ácidos pueden dividirse en:

fuertes (H2SO4, HCl, HNO3)
débiles (H2PO4-, CH3-COOH, H2CO3).

• La capacidad de un ácido para perder protones, se

expresa por su constancia de disociación (Ka)

Ka = [H+] [A-] / (HA)

• Los ácidos fuertes están totalmente disociados

• Los débiles, por el contrario, muy poco.

53
 Concepto de pH
El bioquímico danés Sôrensen propuso en 1909 la
notación pH, para indicar la concentración de iónes
hidrógeno.

Para obtener el pH se define como el logaritmo de la

inversa de la concentración de protones [H+] o el
logaritmo negativo de concentración de H+.

En el agua pura a 25ºC, [H+] = 10-7

pH = log 1 / [H+] = - log [H+] = 7

54
 TIPOS de REACCIONES

El tipo de reacción que pueden sufrir los reactivos para

su transformación en productos, depende de la
naturaleza de los mismos.

De las condiciones en que se realice la reacción.

Por ejemplo: Reacciones de Acidos y Bases.

Los ácidos y las bases son sustancias químicas

comunes con las que estamos en contacto
habitualmente.

Cuando probamos jugo de limón o vinagre, sentimos

que se trata de una sustancia agria o ácido. 55
Esto se debe al ácido cítrico y al ácido acético
presentes respectivamente.

La sensación resbalosa que muestra el jabón, se debe

a su relativa alcalinidad.

Los equilibrios entre los ácidos, las bases y el agua en

todas las células, son vitales para la supervivencia de
los organismos.
Las células del estómago producen ácidos.

Las células del intestino delgado dan alcalis.

56
Las sustancias ácidas en solución acuosa producen
aumento en la concentración de iones H+ (protón).

Las sustancias básicas producen aumento de iones OH-.

Según Arrhenius se pueden definir como:

-Acido: es una sustancia que tiene en su molécula H y

en solución acuosa cede iones H+ (protones)

-Base: es una sustancia que tiene OH y en agua,

produce iones OH- .

57
La neutralización se define como la reacción de iones H+ con
iones OH- para formar moléculas de agua.

Reacciones Acido-Base o Neutralización: Generalmente

ocurren en medio acuosa, es una reacción entre un ácido y una
base, dando sales.

58
Las sustancias ácidas en solución acuosa producen
aumento en la concentración de iones H+ (protón).

Las sustancias básicas producen aumento de iones OH-

Esta es la reacción que corresponde a los fenómenos de

neutralización entre ácidos y bases.

H+ + OH-  H20

59
 ACIDOS Y BASES EN SISTEMAS ACUOSOS

El agua pura es un electrolito que se disocia muy

ligeramente en catión hidronio y anión hidróxido.

H2O + H2O  H3O+ + HO-

La constante de equilibrio para esta reacción

(Kw) = [H3O+] + [HO-] es:

Kw = (1O-7 ) x (1O-7) = 1O-14

Ka = (1O-7 ) y Kb = (1O-7 )

60
Las sustancias ácidas en solución acuosa producen
aumento en la concentración de iones H+ (protón).

Las sustancias básicas producen aumento de iones OH-.

Según Arrhenius se pueden definir como:

-Acido: es una sustancia que tiene en su molécula H y

en solución acuosa cede iones H+ (protones)

-Base: es una sustancia que tiene OH y en agua,

produce iones OH- .

61
 CONCEPTO DE pH

Se denomina pH al logaritmo negativo de la

concentración de hidrogeniones (o los que es igual, al
logaritmo de la inversa de la concentración de
hidrogeniones.

pH = - log [H3O+] o log 1 / [H3O+]

En el agua pura a 25 ºC, la concentración del [H3O+] =

[HO- ] = 10-7 M y, por lo tanto
pH = p OH = 7

62
Las sustancias ácidas en solución acuosa producen
aumento en la concentración de iones H+ (protón).

Las sustancias básicas producen aumento de iones OH-.

Según Arrhenius se pueden definir como:

-Acido: es una sustancia que tiene en su molécula H y

en solución acuosa cede iones H+ (protones)

-Base: es una sustancia que tiene OH- y en agua,

produce iones OH- .

63
El pH de trabajo del estómago es 1 (àcido) y en el
intestino delgado, resulta superior a 8,6 (alcalino).

La orina tiene pH = 6 y decimos que tiene pOH = 8,

por lo tanto es ácida.

El pH de la sangre es 7,4 (ligeramente alcalino).

Por debajo de 7,3 entramos en acidosis

y por encima de 7,5 en alcalosis.

64
65
SOLUCIONES AMORTIGUADORAS DE pH o BUFFERS.

Se llaman soluciones amortiguadoras o “buffers” a

aquellas que resisten cambios bruscos de pH. En otros
términos, frenan las desviaciones bruscas de pH por el
agregado de un ácido o una base en el medio orgánico o
biológico.

En la sangre distinguimos 3 efectos buffers:

a) El correspondiente al respiratorio:
C02 + H2O = CO3H2 que se conjuga con el CO3H-

b) El correspondiente al óseo:
PO4H- que se conjuga con el PO4H-2

c) El correspondiente a la contribución de las proteínas

66
de la sangre
Hidrofóbico: que odia el agua

Hidrofílico: afinidad por el agua

Los compuestos no polares, sin afinidad por el agua no se mezclan

libremente con ella porque se requiere energía para el proceso.

Puede ser toda la molécula o grupos que forman parte de ella

Ej: proteína es soluble en agua pero presenta grupos hidrofóbicos

en el interior de la molécula y grupos hidrofílicos en el exterior.

Este ordenamiento estabiliza a la molécula en su forma

biológicamente activa y, como consecuencia, los enlaces en el
interior de la molécula son mucho más estables dado que allí el
medio es hidrofóbico.

67
Disoluciones ácidas y básicas:

Ácido: toda sustancia dadora de protones

Base: toda sustancia aceptora de protones

CO2 + H2O  H2CO3  HCO3- + H+

Acido base conjugada

El pH: logaritmo negativo de la concentración de protones

Si pH = 7 neutro
Si pH < 7 ácido
Si pH > 7 básico

Una solución reguladora de pH o buffer controla los cambios

de pH y está formada por un par ácido-base conjugado:

H2CO3  HCO3- + H+

68
 Mecanismo de la acción amortiguadora de un
buffer

Una solución de ácido carbónico se disocia en

iones bicarbonato (HCO3-) e hidrogenión
(H3O+), según la siguiente reacción:

H2CO3 + H2O  HCO3- + H3O+

La constante de disociación de este ácido

débil (Ka), viene dada por la relación:

Ka = [HCO3- ][H+] / [H2CO3 ]

69
Si a esta solución se le agrega una sal del mismo
ácido, se constituye un sistema Buffer o
amortiguador:
NaHCO3  HCO3- + Na+

Ambas ecuaciones presentan al HCO3- como ión

común. Si se le agrega un ácido fuerte (ClH),
aumenta la [H+], se desplaza hacia la formación de
moléculas de ácido carbónico:
HCO3- + ClH  CO3H2 + Cl-

El aumento en la [H+] en la solución es muy escaso y

el pH casi no se modifica.

70
 pH de las soluciones amortiguadoras

Si, al sistema buffer se le adiciona un base (NaOH),

se generan iones OH- que son fijados por los
hidrogeniones [H+], dando agua.

Como consecuencia, el pH solo se altera levemente y

es posible calcularlo, a partir de la constante de
disociación del ácido y de las concentraciones
iniciales del ácido y de la sal:
pH = pKa + log (sal) / (ácido)

Si la (sal) / (ácido) = 1, y el log. de 1 = 0, de acuerdo

a esta ecuación de Henderson-Hassselbach, el pH
es igual al pKa.
71
 Curva de titulación de ácidos y bases
La titulación ácido-base es un procedimiento que
permite determinar la concentración o “título” de una
solución ácida (o básica).

Por la adición de una cantidad medida y equivalente

de una solución básica (o ácida), llegando al punto
de equivalencia.

La marcha de este proceso de neutralización puede

representarse mediante las llamadas curvas de
calibración.

En las cuales se indican los cambios producidos en

el pH en función del volumen de neutralizante
agregado.

72
Curva de titulación del acido acético

73
Analizaremos una curva de titulación de un ácido débil,
(ej: 10 ml de Acido Acético 0,1 N) mediante el agregado
de una solución de NaOH 0,1 N.

Este concepto es de gran importancia médica y de gran

uso en terapias intensivas e intermedias, para mantener
el medio interno de los pacientes.

Biológicamente el CH3COOH se forma como producto

de nuestro proceso de respiración y su formación
llevaría a una Acidosis Metabólica incompatible con la
vida, que se neutraliza con los grupos amonios (NH4+),
desde el metabolismo de los aminoácidos (y llevaría a
Alcalosis Metabólica), originando un buffer que permite
mantener el pH sanguíneo en 7,4.
74
Consideremos, en un proceso teórico práctico, que el
CO3H2 producido se neutraliza con HONa y se
produce la reacción:
CH3-COOH + NaOH  CH3COO- + Na+ + H2O

La disminución de [H+] es compensada por la del

ácido, para formar la sal, pero el pH varía muy poco.

Cuando se llega a neutralizar el 50 % del ácido

originalmente presente, existirá en el medio igual
cantidad de ácido y sal y el pH coincidirá con el pKa
(4,76) del ácido.

Cuando se neutraliza el 100 %, se produce un brusco

ascenso del pH a 8,72 y se rompe el efecto buffer de
poder amortiguar en +/- 1 el pKa del sistema.

75