Profesora: Julia Opazo Durn

Taxonoma: Ciencia de la Clasificacin

Teora y proceso de la estructuracin de los organismos en taxones, en funcin de su semejanza o parentesco evolutivo.
Sub-disciplinas Nomenclatura: asignacin Identificacin: de nombre a los grupos determinar que un taxonmicos de conformidad aislamiento particular con normas publicadas. pertenece a un taxn reconocido.

Taxn: grupo de organismos, considerado como una unidad en cualquier rango del sistema clasificatorio.

Taxonoma
Caracterizacin exhaustiva
Aplicacin de teora y mtodo de clasificacin Formacin de grupos taxonmicos (taxones) Nomenclatura

Identificacin
Caracterizacin por nmero limitado de tests adecuados al problema Comparacin con especies conocidas Asignacin a una especie No identificado: estudio taxonmico

La identificacin es un control de la eficiencia de la clasificacin taxonmica.

Objetivos de la Taxonoma
Organizar el conocimiento sobre los microorganismos: Todos los miembros de un grupo especfico comparten numerosas caractersticas. Agrupar a los microorganismos en grupos tiles y significativos con nombres precisos.

Hacer predicciones y formular hiptesis.

Propiedades importantes de una clasificacin taxonmica

Estable Robusta Predictiva

En BIOLOGA, especie es la unidad bsica de la clasificacin biolgica. ESPECIE

Se define generalmente, como grupo de organismos capaces de entrecruzarse y de producir descendencia frtil.

En MICROBIOLOGIA Especie es la unidad taxonmica bsica

Especie: Grupo de cepas que tiene un alto grado de similitud en sus propiedades y que difieren en forma significativa de otros grupos de cepas. Cepa: poblacin de organismos que desciende de un nico organismo o de una sola clula. Definicin en revisin continua Definicin metodolgica estndar: % de Hibridacin > 70% Actualmente, el criterio es POLIFSICO (combinacin de caractersticas fenotpicas, genmicas y filogenticas)

RANGOS TAXONOMICOS EN CLASIFICACION BACTERIANA

Taxones: Dominio Phylum Clase Orden Familia Gnero Especie Sub-especie

Categoras de clasificacin a nivel de serovariedad o serotipo (antgenos distintos) fagovariedad (tipificacin por fagos) subespecie (tipificacin) biovariedad (diferencias bioqumicas y fisiolgicas)
patovariedad (patogenicidad) morfovariedad (diferencias morfolgicas) genomovariedad (grupos con ADN similares)

Dominio
Phylum

Clase
Orden Familia Genero Especie

categora que separa a los seres vivos por sus caractersticas celulares esta categora divide a los seres vivos por su naturaleza en comn categora que agrupa a los seres vivos por su mismo sistema de organizacin. por sus caractersticas ms comnes que hay entre ellos, es decir, por las semejanzas mayores que existan entre los integrantes de un filo

el orden es una divisin de la clase que tambin se basa en caractersticas comunes de algunos seres vivos dentro de una clase
es la agrupacin de seres vivos con caractersticas comunes dentro de un orden. categora taxonmica que emparenta a las especies relacionadas entre s por medio de la evolucin categora ms baja. Es usada para referirse a un grupo de individuos que cuentan con las mismas caractersticas permitiendo la descendencia frtil entre ellos.

Bacteria
Proteobacteria
GammaProteobacteria
Enterobacteriales

Enterobacteriacea

Escherichia

Escherichia coli

Estructura Jerarquica en Taxonoma

Dominio

Eubacteria
Phylum

Proteobacteria
Clase

-proteobacteria -proteobacteria -proteobacteria -proteobacteria proteobacteria

Thiotrichales Legionellales Pseudomonadales Vibrionales Enterobacteriales Enterobacteriaceae
Gnero

Chromatiales

Pasteurellales

Orden

Familia

Escherichia Klebsiel a
Especie

Proteus Salmonella Serratia

Shigella

Yersinia

S. flexneri S. soneei

Sistema binomial de nomenclatura (Linneo) Gnero: Bacillus Especie: subtilis B. cereus, B. stearothermophilus, B. acidocaldarius

PUBLICACIONES International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology. Publicado por la Sociedad General de Microbiologa Otros: Applied and Environmental Microbiology, Systematic Applied Microbiology
COLECCIONES (cepas tipo y otras) ATCC (American Type Culture Collection) DSMZ (Deutsche Sammlung von Mikroorganismen und Zelkulturen, Coleccin alemana) CIP (Coleccin del Instituto Pasteur, Francia)

Gracilicutes es un taxn creado en 1978 por Gibbons y Murray, editores del Manual de Bergey, para agrupar a las bacterias gram negativas. Viene de cutes = piel y gracilis = delgado

Gnero de bact. Gram (-) Familia principal de las sulfobacterias

Del dominio provienen los reinos, de los reinos proceden los filos, los filos se dividen en clases, las clases se separan en rdenes, estos rdenes son

agrupaciones de familias, las familias son

gneros unidos, un gnero es un grupo de

especies emparentadas y una especie es

un grupo capaz de reproducirse mutuamente.

La caracterizacin de los microorganismos incluye el estudio de su fenotipo y genotipo

Algunos caracteres utilizados para la clasificacin: Morfolgicos Fisiolgicos Ecolgicos Bioqumicos Moleculares

Fenotpicos Genotpicos

Carcter fentico: cualquier carcter utilizado, fenotpico o genotpico.

Caracteres fenotpicos de valor taxonmico

Morfologa: forma, tamao y tincin Presencia y disposicin del esporo Movilidad: tipo y disposicin de flagelos Nutricin y fisiologa: fottrofo, quimitrofo, aerobio o anaerobio, temperatura y pH ptimos, fuentes alternativas de C, N y S Otros: pigmentos, inclusiones celulares, sensibilidad a antibiticos, patogenicidad

Carcter genotpico
Determinacin del contenido GC del ADN genmico
%G+C= G + C G+C+A+T x 100

Por mtodos cromatogrficos Por gradiente de CsCl

Amplio rango en procariotas: 20 al 80% Poca informacin para la caracterizacin taxonmica

POLIFSICA
Es la tendencia moderna. Consenso en la integracin de distintos tipos de caracteres:

Fenotpicos: Genotpicos:

- clsicos (morfologa, nutricin, etc) - marcadores quimiotaxonmicos - perfil de protenas totales y enzimas clsicos: % G+C hibridacin DNA-DNA nuevos: fingerprinting (ej. perfiles moleculares
por restriccin o amplificacin de ADN)

Filogenticos:

basados en el gen del ARNr 16S

Clasificacin filogentica: Filogenia

Plantea hiptesis de EVOLUCIN (determina relaciones de parentesco entre las especies) Mtodo: Comparar la secuencia de molculas y establecer la relacin entre ellas.

Los cambios en las secuencias ocurren al azar y de un modo temporal-dependiente y cierta proporcin de stos permanece fijo en las molculas. LAS SECUENCIAS DE LAS MOLCULAS SON EL REGISTRO HISTRICO DE LA EVOLUCIN.

rbol Filogentico Universal (Olsen y Woese, 1993)

Uso de programas para alinear construir rboles filogenticos.

secuencias

Longitud de la lnea entre organismos proporcional a la distancia evolutiva.

es

Similitud de secuencias implica similitud en los genes.

Ejemplo de un rbol filogentico basado en el gen ARNr 16S. La barra indica la sustitucin de 10 nucletidos cada 100

Bergeys Manual of Determinative Bacteriology 1923 (1ed)-1994 (9ed) Utilizado en la identificacin de bacterias Bergeys Manual of Systematic Bacteriology 1a Ed 1984 (vol 1)-1989(vol 4) Principalmente fentica. Bacterias G(-) de importancia general, mdica o industrial. Bacterias G(+) distintas de actinomycetes. Bacterias G(-) con propiedades caractersticas, cianobacterias y arqueobacterias. Actinomycetos Bergeys manual of Systematic Bacteriology 2a Ed 2001-2005 (vol 1-vol 5) Fundamentalmente filogentica. Archaea, Cianobacterias, Prottrofos verdes y Gneros muy ramificados. Proteobacterias. Bacterias G(+) con bajo contenido G+C. Bacterias G(+) con alto contenido G+C. Planctomycetes, Chlamydiae, Spirochetes, Fibrobacters, Bacteroidetes, Fusobacteria, Acidobacteria, Verrucomicrobia, Dictyoglomi, and Gemmatomonadetes The Prokaryotes (http:/www.prokaryotes.com)

1923, David Bergey y colaboradores Bergeys Manual of Determinative Bacteriology Bergeys Manual of Systematic Bacteriology Caractersticas generales :
Morfologa Tincin de Gram Relacin con el oxigeno Motilidad

Propiedad Pared clula

Gram + Membrana externa con lpidos, protenas y LPS

Gram Pared gruesa de peptidoglucano y cidos teicoicos Esferas, bacilos o filamentos

Micoplasmas Carecen de pared celular y peptidoglucano

Forma celular

Esferas, valos, bacilos rectos o curvos, helices; algunos tienes capsulas Fisin binaria, a veces gemacin Fototrofico, quimiolitoautotrofico

Pleomorficos

Reproduccin

Fisin binaria

Gemacin o fisin binaria

Metabolismo

Habitualmente quimioorganoheterotrofico

Quimioorganoheterotrofico

Motilidad

Mviles o inmviles

Con mayor frecuencia inmviles, con flagelacin peritrica cuando son mviles

Inmviles

Apndices

Pili y fimbrias

Habitualmente carecen de apndices Algunos pueden formar

Carecen de apndices

Endosporas

No forman

No forman endosporas

I. Eubacterias gram negativas que tienen pared celular

II. Eubacterias gram positivas que tienen pared celular

III. Eubacterias que carecen de pared celular IV. Arqueobacterias

Es mi aislamiento un microorganis mo procariote o eucariote? Capitulo III

A cual categora mayor pertenece mi aislamiento? Capitulo IV

A cual grupo pertenece mi aislamiento? Capitulo V

A cual genero pertenece mi aislamiento? Capitulo V

A cual especie pertenece mi aislamiento? Capitulo V

Identificacin