On the road to Reading the RNA-interference code RNA de Interferencia (RNAi) o Silenciamiento por RNA involucra RNAs pequeos

no codificantes (~20-30 nucletidos) que estn asociados a complejos regulatorios que contienen nucleasas y luego un par de RNA mensajero complementario especficos que evita la expresin de estos mRNAs. Proceso de RNAi en tres pasos: 1.- Una cadena doble de RNA (dsRNA) que es expresado en o introducido dentro de una clula como resultado hay una complementariedad de bases de transcriptos sentidos y antisentidos o la formacin de un stem- loop. Y es procesado en RNA dobles pequeos por ribonucleasas III (RNase III= Dicer) 2.- Estos dplex estn desenrrollado, y una cadena es cargado a un complejo proteico conocido como complejo de silenciamiento inducido por ARN (RISC= protena Argonauta). 3.- El RNAss , cadena gua, dirige una endonucleasa que est presente en el RISC para cortar al RNAs que contiene secuencias homologas al ssRNA. Esta cadena gua determina la secuencia especifica de respuesta del RNAi. RNAi implica dos componentes principales: los ARNs, lo que determina la especificidad de la respuesta, y las protenas Argonauta, que llevan a cabo la represin. Se puede controlar la sntesis de protena y la estabilidad del ARNm, mantener la integridad del genoma o producir un conjunto especfico de las pequeas RNAs. La actividad de las vias ARNi est sujeta a la intensa regulacin en los distintos niveles, desde el nivel de la biognesis de los pequeos RNAs hasta el modo de silenciamiento de la RISC. Esta revisin, se describe la biognesis de la cadena de gua de los pequeos RNAs y la formacin y acciones de los RISC, y se discute comprensin de los mecanismos moleculares de RNAi a la luz de los ltimos ideas sobre cmo silenciar las vas se especifican y regulado. Biognesis de RNAs pequeos Son generados por la actividad de las enzimas RNasaIII (ya sea solo o Dicer Drosha y Dicer).Dos principales categoras: El corte de un precursor dsRNA largo exgeno en respuestas de una infeccin viral o despus de la introduccin artificial que genera RNAs de interferencia pequeos (siRNAs), donde el procesamiento del genoma codificado por unas estructuras Stem-loop generan microRNAs (miRNAs). Una caracterstica comn de todos estos pequeos RNAs es que se cargan a las protenas Argonauta para llevar a cabo su funcin de orientacin. Los Dicer (Tabla 1) procesan a largo ARN dplex y genera siRNAs (21-25-nucletidos). Esta protena (Dicer) contiene un dominio PAZ, que se une al extremo 3 del siRNA, y dos dominios de RNaseIII, que tienen la actividad cataltica. Funciona como monmeros, pero los dominios RNasaIII pueden asociarse entre s para formar un "dmero interno. La distancia entre el dominio PAZ y los dos dominios RNaseIII es la longitud que cubren 25 pb del RNA (regla molecular). Del mismo modo, los miRNAs son de 21-25 nucletidos pero difiere en biognesis notablemente de la siRNAs. Los precursores primarios de miRNAs (pri-miRNAs) se codifican en el genoma, y las regiones genmicas relevantes son en su mayora por el ARN transcrito polimerasa II. Durante la produccin miRNA en las plantas, un tipo de RNasaIII, como la protena Dicer-1 (DCL1), genera el miRNA-miRNA dplex * en el ncleo. Por el contrario, en los animales, los miRNAs se derivan en un proceso de dos pasos, RNasaIII Drosha localizado en el ncleo define un extremo terminal del miRNA-miRNA duplex * y libera un miARN precursor (pre-miRNA) de ~ 65-70 nucletidos. La horquilla de premiRNA es exportado al citoplasma, donde Dicer completa el procesamiento. Drosha est presente en un gran complejo, conocido como el microprocesador complejo, que funciona como una regla molecular para determinar el sitio de corte en el pri-miRNAs. Drosha interacta con su cofactor, conocido como

DGCR8 o Pasha y tambin se une al dsRNA. DGCR8 podria tener una funcin como un anclaje molecular que mide la distancia desde la unin ssRNA-dsRNA. La imprecisin de Drosha o divisin Dicer podra resultar en la produccin de un conjunto de Duplex miRNA miRNA * -con una variedad de extremos 5 y 3. Estudios recientes indican que las clulas humanas podra tomar ventaja de este tipo divisin imprecisa, debido a la generacin de un conjunto diverso de miRNAs a partir de un nico precursor podra ser una manera de ampliar la red de factores y procesos que estn regulados por miRNAs. RNasaIII independiente de las vas de la biognesis de ARN pequeos En algunos sistemas, RNAs pequeos no parece que se producen en respuesta de dsRNA, pero las seales de silenciamiento se an amplifican. Debido a que estos RNAs pequeos no surgen a partir de precursores dsRNA, las enzimas RNasaIII no pueden participar en su generacin. Hay tres grupos filogenticos de la protena Argonauta: la subfamilia AGO, la subfamilia PIWI y la WAGO. Los ARNs pequeos conocidos como piRNAs fueron nombrados por su capacidad de unirse a un grupo de protenas conocidas como protenas Argonauta PIWI. Estos ARNs pequeos (de ~ 24-31 nucletidos) se encuentra slo en las clulas germinales, y son importantes para el desarrollo de lnea germinal y suprimir la actividad de transposones en las clulas germinales de mamferos, peces y D. melanogaster. Si Dicer est mutado, la produccin de piRNAs no se ve afectada, lo que indica que la biognesis es distinta que miRNAs y siRNAs y no involucra a los precursores dsRNA. Las vas de silenciamiento de ARN incluye mecanismos que regular los genes endgenos y restringir la expresin del material gentico egosmo o exgenos, y las vas de estos a menudo comparten componentes comunes como Dicer. Por lo tanto, no debe haber competencia entre las diferentes vas de silenciamiento para determinados componentes. Formas de superar tales la competencia tambin debe existir, por ejemplo, mediante la amplificacin de una seal dbil de silenciamiento. Es posible que un cambio de adaptacin tambin podra ocurrir durante la evolucin de los genes que codifican miRNA en D. melanogaster, en que DCR-1 se podra generar miRNAs en lugar de endo-siRNAs generado por DCR-2. Desdibujamiento de las fronteras entre los tipos de ARN pequeos Como se describi anteriormente, las tres principales clases de ARN pequeos - siRNAs, miRNAs y piRNAs - son distintos en su biognesis y roles celulares. Cultivos de clulas y tejidos somticos en D. melanogaster ha descubierto otra clase de ARN pequeos, estos ARN endgeno se derivan de los transposones. A pesar de siRNAs y miRNAs se clasifican en funcin a su origen en lugar de su tamao o funcin, el descubrimiento de endo-siRNAs hace difcil distinguir entre siRNAs y miRNAs. Esta confusin de los lmites entre los diferentes tipos de ARN pequeos cuenta con interesantes implicaciones evolutivas. Por lo tanto, las estructuras de steem loop desde las que endo-siRNAs derivados podran ser intermedios evolutivos que se transforman gradualmente en miRNA precursores. La carga y clasificacin de los pequeos RNAs por el RISC En las vas de silenciamiento gnico iniciado por los precursores dsRNA. Los pequeos dplex de ARN deben estar disociados en hebra simple 'competente' para funcionar como guas para RISCs.

El cargado Para las siRNAs las conocidas interacciones entre Dicer y la protena Argonauta indican que la produccin de los pequeos ARN y el montaje de los RISC podran estn unidos fsicamente. Por lo contrario, en los seres humanos, pre-miRNAs se unen a un complejo preformado trimrica de AGO2,DICER1,los dsRBD del DICER1 que contiene a su pareja TRBP. Este complejo puede cortar RNAs especficos usando pre-miRNA y puede distinguir miRNA de miRNA* en ausencia de hidrolisis de ATP, sugiriendo que el DICER1 es media el corte y la deteccin de la estabilidad termodinmica que se produce en serie en el complejo Ago2-DICER1-TRBP. El proceso por el cual la pre-RISC es convertido a un holo-RISC puede tambin ocurre por un mecanismos independiente al corte. Tres de los cuatro protenas Argonauta en los seres humanos (AGO1, AGO3 Y AGO4) carecen de la actividad de corte pero sin embargo es cargado con una hebra simple gua siRNAs. Clasificacin Una vez montado, RISCs median una gama de pasos efectores en todo el mecanismo de silenciamiento por ARN, desde la traduccin que conduce a represin para mantener la estabilidad del genoma. Las funciones especializadas de RISCs son resultado de las protenas especficas que se asocian con cada uno de las protenas Argonautas. Por lo tanto, es crucial que un determinado conjunto de ARN pequeas guas sean dirigidos a especificas protenas Argonautas. La identidad de los nucletidos en el extremo 5 y la medida en que este nucletido es fosforilado tambin influye en que la protena Argonauta se asocie con RNA pequeo. Estos hallazgos han llevado a la hiptesis de que la afinidad de unin de las protenas Argonautas con los ARN pequeos est determinada por la secuencia de nucletidos en el extremo 5. Salvaguardias en las vas de silenciamiento Los guardianes en el sistemas son requeridos para asegurar que la protena Argonauta se pueda unir al ARN pequea gua pero sin degradar a los ARNs pequeos, evitando de este modo sileciar los que se encuentra fuera del objetivo. Este mecanismo parece depender de la estructura principalmente caractersticas especficas de los ARNs pequeos guas. El dominio PAZ del argonauta podra, como primer paso, distinguir a los ARN de unin tpico 3saliente del ARNs. Adems para llegar a incorporarse en el RISC y mediar el corte del RNAm especfico, la hebra gua de un siRNAs debe tener un grupo fosfato en el extremo 5. La amplificacin de la seal de silenciamiento debe ser equilibrado contra los peligros de amplificacin de los silenciamientos fuera del objetivo. Objetivos de modos de deteccin y los modos de efectos de la RISC Cuando el RISC es cargado con la hebra de un ARN pequeo gua, como encuentra a su ARNm especifico? La funcin de un RISC parece depender del contexto, y su modo efector influenciado no solo por estructuras de sititos de unin al RNA pequeo especifico sino tambin por las protenas especificas asociadas a cada protena Argonauta. Regulacin de las vas de silenciamientos Ya est claro que la competencia entre las diferentes vas de silenciamientos es un paso clave en como cada etapa del mecanismo ARNi es regulado. Protenas celulares tambin pueden regular al ARNi. La actividad de la RISC tambin puede ser regulado.

Perspectivas: Estudios recientes apuntan a que las clulas humanas contienen un gran nmero de ARN pequeos similares al miARNs o siARNs, con la posibilidad de regular la expresin de casi todos los genes humanos. Los retos del futuro son muy claras. Hay an muchas preguntas por responder: Cuntos ARN pequeos hay? Cmo se generan? tipo de actividad biolgica? . La prxima generacin de secuenciacin de tecnologas pronto deber ayudar a descubrir toda la gama de pequeas molculas de ARN. Un desafo importante ser la identificacin de cmo es la unin especifica RNA-protena afecta al resultado final de la regulacin de genes por ARN pequeos, dado que los ARNs en un clula suelen estar asociados con mltiples protenas y que regulan varios aspectos de la expresin gnica. Finalmente, los cambios de actividad y especificidad de las vas del silenciamiento podran crear la variacin gentica cuantitativa y cualitativa en la expresin gnica. Estos cambios podran haber contribuido a muchos proceso, incluyendo la evolucin humana.