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Manual del procesamiento de imágenes del PH4 para el mapeo de vegetación

en Pix4Dmapper Pro (Generación de ortomosaicos y DSMs)

Method · December 2019

DOI: 10.13140/RG.2.2.31572.35208

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3 authors, including:

Ximena Tagle Silvana Di Liberto

Instituto de Investigaciones de la Amazonía Peruana Universidad Nacional Agraria La Molina
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project

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 Iquitos, 2019

Manual del procesamiento de imágenes del PH4 para el mapeo de vegetación en

Pix4Dmapper Pro (Generación de ortomosaicos y DSMs)

Ximena Tagle, Silvana Di Liberto, Julinho Benavides

Este manual fue diseñado para procesar imágenes de las cámaras del Vehículo Aéreo No
Tripulado Phantom 4 Pro y cámara Parrot Sequoia en el marco del proyecto “Evaluación de
rodales naturales y plantaciones de bambú mediante técnicas de teledetección empleando
imágenes de alta resolución de Vehículos Aéreos No Tripulados (VANTs) en las regiones de
Cajamarca y Loreto, Perú”. Este manual está basado en recomendaciones de Pix4D y nuestra
experiencia en los procesamientos.

Paper de referencia: Tagle Casapia, X.; Falen, L.; Bartholomeus, H.; Cárdenas, R.; Flores, G.; Herold, M.;
Coronado, E.N.H.; Baker, T.R. Identifying and Quantifying the Abundance of Economically Important
Palms in Tropical Moist Forest Using UAV Imagery. Remote Sens. 2020, Vol. 12, Page 9 2019, 12, 9.

1. Abrir Pix4D Mapper y elegir “New Project”.

2. Crear un nuevo proyecto

- Se recomienda guardar el proyecto desde el principio para evitar la pérdida de

información.
- Una forma de guardar el proyecto podría ser “Lugar-Número de parcela_Número de
misión_Método”.
- Detalles:
- Lugar: 3 letras mayúsculas
- Número de parcela: 2 dígitos o más
- Número de misión (o combinación de misiones)
- Método: a) _tr para generación del DSM y ortomosaico usando triangulación
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b) _idw para generación del DSM y ortomosaico usando la interpolación de

distancia inversa ponderada
c) _e para posterior edición del mosaico

3. Seleccionar la carpeta de trabajo donde se guardará el proyecto.

4. Añadir las imágenes

- Remover las imágenes que no agregan valor al mosaico, como las imágenes en formato
incompatible con el programa, las imágenes borrosas y aquellas que pertenecen al
despegue y aterrizaje.
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5. Seleccionar el sistema de coordenadas de las imágenes:

- Este puede aparecer automáticamente, pero es mejor revisar si es el correcto. En todo

caso, seleccionar “Edit” y elegir el Sistema de coordenadas adecuado.

6. Revisar el modelo de cámara y los grupos

- En el caso de PH4 o las cámaras ya conocidas (i.e Parrot Sequoia o Micasense Rededge),
este aparece automáticamente. Si no aparece, puede ser seleccionada. Cuando las fotos
tomadas durante el aterrizaje o despegue se han mantenido, otro modelo de cámara
puede aparecer, mostrando que esas fotos cuentan con una menor resolución.
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7. Seleccionar las opciones del modelo de procesamiento

- En caso no exista una plantilla predeterminada, seleccionar “Standard: 3D Maps” para

el caso del PH4 y “Ag Multispectral” para la cámara Parrot Sequoia, y realizar los cambios
pertinentes para luego guardar la plantilla según los parámetros convenientes.
- Nosotros hemos creado 3 plantillas predeterminadas, una cuando la vegetación es pura
y densa llamada “Forest”, otra cuando existe vegetación mixta con edificaciones y arena
llamada “Canteras” y finalmente una cuando se utiliza la cámara multiespectral llamada
“Sequoia”. Cada una de estas plantillas tienen los parámetros definidos según el tipo de
objetos sobrevolados en las misiones.
- No debe olvidar deseleccionar “Start processing now”, para ser capaz de realizar algunos
cambios en las opciones de procesamiento.

8. Seleccionar “Processing options”.

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1° Procesamiento inicial

En la categoría “General”:

- Elegir “Full” para “Keypoint image scale”, nosotros usamos esta opción para resultados más
precisos, ya que se trabaja con imágenes en escala original para el alineamiento.
- Seleccionar la opción “Generate Orthomosaic Preview in Quality Report” de “Quality report”
para poder visualizar previamente el Ortomosaico y DSM en el informe de calidad.

En la categoría “Matching”:

- Seleccionar “Aerial Grid or Corridor” (esto depende del plan de la misión, en nuestro caso son
grillas aéreas) para “Matching image pairs”.
- Solo seleccionar la opción “Use Geometrically Verified Matching” cuando se trabaja con
patrones (por ejemplo, filas de plantas en un campo de cultivo, esquinas de ventanas en la
fachada de un edificio, etc.)
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En la categoría “Calibration”:

- Seleccionar “Automatic” para “Targeted Number of keypoints, esto puede ser modificado con
la opción “Custom” para personalizar de ser necesario.
- Seleccionar “Standard” para “Calibration method” y “All” para la optimización de parámetros
internos y externos.
- Elegir “Automatic” para “Rematch”, permite calcular más coincidencias entre las imágenes.
- Finalmente, exportar “Camera Internals and externals, AAT, BBA” para obtener los parámetros
de la cámara en la carpeta con el siguiente nombre (…\proyecto_nombre\1_initial\params).
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2° Nube de puntos y red

En la categoría “Point Cloud”:

- En la densidad de la nube de puntos, opción “Image scale”, seleccionar ¼ o 1/8 si se está

trabajando con vegetación para obtener más puntos (debido a la complejidad de la
vegetación); otra opción es seleccionar ½ cuando se está trabajando con campos de cultivo,
edificios o construcciones de forma regular.
- Seleccionar “Multiscale” para calcular los puntos 3D adicionales en imágenes a múltiples
escalas. Empezará con la escala seleccionada de la lista de opciones de “Image scale” para
luego continuar con la escala menor que en este caso sería 1/8 (eighth image size, tolerant).
- Seleccionar “High” para “Point density” y usar 3 para “Minimun number of Matches”. Si
necesita editar la nube de puntos en un software diferente, seleccionar la opción LAS para
exportar.
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En la categoría “3D Textured Mesh”:

- Deseleccionar “Generate 3D Textured Mesh”, este proceso consume tiempo y no se requiere

para generar un Ortomosaico y DSM. Solo mantenerlo activado si realmente se necesita para
otros propósitos.
- Elegir “Medium resolution (default)” de la configuración.

En la categoría “Advanced”:

- “Matching Windows Size” es el tamaño de la grilla usada para igualar la densidad de puntos en
las imágenes originales. Para mapeo de vegetación con el PH4, 7x7 pixeles es la opción más
rápida. Pix4D sugiere esta opción cuando se usan imágenes aéreas a 90 grados (nadir) y es
recomendable usar 9x9 pixeles cuando se usan imágenes oblicuas.
- Seleccionar “Use processing Area and use Annotations” para los filtros de la nube de puntos.
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3° DSM, Ortomosaico e Índice

En la categoría “DSM and Orthomosaic”:

- Seleccionar la opción “Automatic” or “Custom”, la resolución podrá definirse. Siempre

seleccionar una resolución más a la esperada (ejm: si la imagen tiene 5.3 cm/pixel, redondear
a 6 cm/pixel) para “Resolution”.
- Elegir “Use noise filtering” para reducir el ruido y “Use Surface smoothing” y seleccionar la
opción “Sharp” para remover drásticamente los puntos que se encuentran fuera del modelo
también llamados “outliers” para “DSM filters”.
- En la opción “RASTER DSM”, elegir la opción GeoTIFF, seleccionar “Triangulation” (para
vegetación densa) o IWD (para estructuras más definidas: palmeras, campo de cultivos,
edificios, etc.) para “Method”. Seleccionar “Merge tiles” para obtener el DSM completo en una
carpeta.
- En la opción Ortomosaico, elegir “GeoTIFF” and “Merge tiles”.
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4° Recursos y notificaciones

Con el fin de maximizar las capacidades del procesamiento en Pix4D mapper, la máxima
capacidad de la RAM debe estar habilitada. En el caso de tener opciones de GPU, los subprocesos
del CPU se reducen y se habilitan los del GPU.

- La opción “Send me an email notification when processing is done” es útil para obtener
información sobre el procesamiento.
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- Seleccionar la opción “Save Templates” para poder guardar la plantilla creada y colocar el
nombre para la misma. Si se desea editar la plantilla, selecccionar la opción “Manage
templates”.

- Después de seleccionar las opciones, no olvidar hacer click en OK.

- Y luego hacer click en “Start”,

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*** En el caso de tener Puntos de control terrestre (GCPs) seguir los pasos que se detallan a
continuación, caso contrario continuar con el paso 9 Edición del mosaico:

1. Antes de iniciar el procesamiento, deseleccionar las opciones “Point Cloud and Mesh”
y “DSM, Orthomosaic and Index” y luego hacer click en Project -> GCP/MTP manager.
No olvidar que es necesario ejecutar la opción “Start processing” para continuar con
los siguientes pasos.

2. Importar los GCPs.

- Seleccionar la opción “Import GCPs”.
- Elegir el orden de las coordenadas en el archivo desplegando la lista de la opción
“Coordinates Order”.
- Cargar el archivo de puntos de control terrestre (.csv o .txt) en la opción “Browse” y dar
click en OK.
- Es importante que todos los GCPs que se vayan a utilizar tengan el mismo sistema de
coordenadas que las imágenes.
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3. Una vez que el paso 1 ha terminado, hacer click en la opción “ray CloudEditor”.
Aparecerá una ventana hacia el lado izquierdo con la opción “Layers” dentro de la cual
debemos desplegar la opción “Tie Points” y dentro de ella “GCPs/MTPs”. Para poder
observar la ventana “Properties” al lado derecho, hacer clic en el punto de control
agregado.

4. Ubicación del GCP

- La ventana “Properties” posee las opciones “Selection” e “Images”, en esta última

encontraremos todas las imágenes de proyecto. La ubicación del GCP se podrá
encontrar como un ícono de color azul en alguna de las imágenes.
- En estas imágenes procederemos a ubicar el Target del punto de control y con la cruz
amarilla seleccionar la posición central del mismo.
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- Este procedimiento debe realizarse hasta que en la siguiente imagen aparezca una cruz
verde que muestre la posición correcta del GCP.

Figura 1 El ícono azul Figura 2 El target del GCP

muestra la posición del ubicado en las imágenes.
GCP.

Figura SEQ Figura \*

ARABIC 4 Ubicación de la
posición central en más
imágenes, la cruz verde
muestra la posición
correcta.

Figura 3 Posición central del Figura 4 Posición correcta

target del GCP marcado del GCP marcado con cruz
con una cruz amarilla verde.

5. Luego procederemos a desplegar la opción “Selection” y elegir la opción “Automarking”

que permite al software Pix4Dmapper buscar la correlación de color automática del
pixel seleccionado en el resto de las imágenes. De este modo, la posición de los GCP
puede ser ubicada en más imágenes que las seleccionadas si la correlación de color es
buena. Las imágenes que tienen una cruz verde son consideradas durante el
procesamiento.
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6. Revisar el resto de las imágenes.

- Si la cruz verde indica la posición correcta del CGP: No se necesita marcar el punto en
más imágenes.

- Si la cruz verde indica la posición incorrecta del GCP: Marcar el GCP en más imágenes.
En todo momento el GCP está moviéndose para encontrar la posición correcta, lo cual
será observado cuando se visualice la cruz verde

7. Cuando la cruz verde está en la posición correcta en la TODAS las imágenes, hacer click
en “Apply”.

8. Repetir pasos del 4 al 7 para el resto de GCPs.

9. Cuando todos los GCPs están marcados en las imágenes, hacer click en Process ->
Reoptimize. Esto reoptimiza la reconstrucción usando los GCPs.
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10. La reoptimización con los GCPs ha sido terminada.

11. Ejecutar las opciones “Point Cloud and Mesh” y “DSM, Orthomosaic and Index” que al
inicio se habían deseleccionado.

9. Editar el mosaico

- Una vez generado el mosaico, si el ortomosaico tiene desperfectos, Abrir el editor de

mosaico.

- Acercar y hacer click en la opción de Dibujo para empezar a delinear el área que necesita
ser editada. El puntero puede aparecer con una cruz, hacer click algunas veces antes de
delinear el área a editar. Para finalizar el delineado, usar una vez click derecho.
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- Con el fin de evitar distorsiones (con la proyección plana), seleccionar ortoproyección y

elegir las imágenes que añadan información al mosaico.

- Una vez que las áreas han sido editadas. Hacer click en “Save” y luego click en “Export”.
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- El ortomosaico y DSM serán actualizados.

**** En el caso que hubieran más de 2 misiones cerca al mismo tiempo y condiciones de luz,
con diferente altitud (i.e AGL de 90 m y 65 m), las imágenes pueden ser combinadas juntando
los dos proyectos separados.

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