The RNA World: molecular

cooperation at the origins of life

Paul G. Higgs and Niles Lehman

Resumen | El concepto de RNA World postula que hubo un período de tiempo en

la historia primitiva de la Tierra hace unos 4 mil millones de años cuando la
sustancia viviente primaria era RNA o algo químicamente similar. En los últimos 50
años, esta idea ha pasado de la especulación a una idea predominante. En esta
revisión, resumimos la lógica clave detrás del RNA World y describimos algunos
de los más recientes avances recientes que se han hecho para apoyar y ampliar
esta lógica. También discutimos las formas en que la cooperación molecular que
implica RNAs facilitaría la aparición y la evolución temprana de la vida. El futuro
inmediato de la investigación del RNA World debe ser muy dinámico.

Abstract | The RNA World concept posits that there was a period of time in
primitive Earth’s history about 4 billion years ago when the primary living
substance was RNA or something chemically similar. In the past 50 years, this
idea has gone from speculation to a prevailing idea. In this Review, we summarize
the key logic behind the RNA World and describe some of the most important
recent advances that have been made to support and expand this logic. We also
discuss the ways in which molecular cooperation involving RNAs would facilitate
the emergence and early evolution of life. The immediate future of RNA World
research should be a very dynamic one

El mundo del ARN es la idea conceptual de que hubo un período en la historia

temprana de la vida en la Tierra cuando el ARN, o algo químicamente muy similar,
llevó a cabo la mayor parte del procesamiento de la información y las
transformaciones metabólicas necesarias para que la biología emergiera de la
química. Este escenario, si realmente existió, tuvo lugar hace unos 4 mil millones
de años. Por el contrario, la comprensión de que el ARN es un buen candidato
para la aparición de la vida es una idea que sólo tiene unos 50 años de edad.
Crick Orgel y otras personas reconocieron que el ARN tiene tanto un genotipo
como un fenotipo y que un sistema basado en ARN sería un precursor plausible
del sistema mucho más complejo de proteínas de ADN-ARN en las que se basa la
vida actual. También se observó que las coenzimas ribonucleotídicas utilizadas
ahora por muchas proteínas pueden ser "fósiles" moleculares de un metabolismo
basado en ARN. Los descubrimientos de los catalizadores de ribozima de anillo de
origen natural, tales como intrones de empalme automático y el catalizador de
ribonucleasa P, se produjeron en los años ochenta Y, con la demostración de que
el ARN ribosomal cataliza la formación de enlaces peptídicos en el ribosoma las
credenciales de ARN como un catalizador se estableció firmemente. Los
experimentos clásicos de Spiegelman con el fago bacteriano Q β mostraron cómo
el ARN viral podría evolucionar con el tiempo en respuesta a la selección. Este
estudio dio lugar al campo de la evolución in vitro, demostrando que el ARN podría
comportarse de una manera darwiniana en ausencia de células. Una vez realizada
esta comprensión, pioneros como Orgel, Eigen, Joyce, Gold y Szostak
demostraron plenamente las capacidades evolutivas del ARN e hicieron difícil
ignorar la posibilidad de que la vida comenzara con el ARN. Sin embargo, piezas
adicionales de datos de ambos ángulos nuevos y viejos entonces se hicieron
disponibles. Se demostró que el repertorio catalítico de ARN era diverso, se
detectaron riboswitches de ARN en bacterias y se demostró que estaban muy
extendidos en biología, y se encontró un ciclo autocatalítico basado en ARN
ligasas. Además, se seleccionaron y mejoraron las ribozimas de polimerasa que
pueden usar otra secuencia como plantilla (véase más adelante). Diversas
cuestiones de investigación se están reuniendo paulatinamente para reunir un
panorama completo de la emergencia de la vida a través del escenario de RNA
World (Figura 1).

Se están estudiando nuevas rutas de síntesis química de ribonucleótidos que

podrían operar prebióticamente y también hay otros experimentos para aislar
ribozimas de secuencias aleatorias de ARN. Estas áreas se analizan a
continuación. Se están desarrollando modelos teóricos de la acción del ARN para
describir el origen y la evolución de los sistemas de replicación. Un punto que
emerge tanto del trabajo teórico como de los experimentos de laboratorio es que la
cooperación a nivel molecular es esencial para la supervivencia de las secuencias
de replicación. Un objetivo clave de esta revisión es describir los diferentes
sentidos en los que la cooperación es relevante en el mundo ARN. Argumentamos
que la replicación del ARN también debe encajar en un contexto termodinámico y
biológico más amplio si esto fuera para formar la base de la vida (FIG.1). ¿Cuál
fue la fuente de energía que impulsó la síntesis de grandes macromoléculas en la
Tierra primitiva? ¿Cuáles fueron las condiciones ambientales en el lugar donde
estas moléculas se estaban formando? ¿Cómo se asoció la replicación de ARN
con el crecimiento y la división de protocélulas? Las ideas actuales sobre algunas
de estas cuestiones se
esta reseña.

¿Cómo ocurrió la síntesis prebiótica del ARN?

El primer problema, y de alguna manera el más importante, que enfrenta el mundo

ARN es la dificultad de la síntesis prebiótica del ARN. Este punto ha sido
formulado con fuerza por Shapiro y ha permanecido un punto focal de los
esfuerzos de los químicos prebióticos durante décadas. El pensamiento
"tradicional" era que si uno podía montar un azúcar de ribosa, una nucleobase y
un fosfato, entonces un nucleótido podría surgir a través de la creación de un
enlace glucosídico y un enlace fosfoester. Si los nucleótidos eran entonces
químicamente. Activados de alguna forma, entonces podrían polimerizarse en una
cadena de ARN. Cada uno de estos eventos sintéticos plantea tremendos
obstáculos para la Tierra prebiótica, sin mencionar la crítica a menudo invocada de
la inestabilidad inherente del ARN en una solución acuosa. Por lo tanto, surge la
cuestión de si podría haber habido un solo entorno en el que se llevaron a cabo
todos estos pasos. Benner ha observado elocuentemente que las reacciones de
un solo recipiente de suficiente complejidad conducen a la "asfaltización"
(básicamente, la producción de "goo" intratable) y abogaron por un modelo
discontinuo de síntesis. En este modelo, diferentes ambientes podrían generar
materiales distintos y su compilación en El ARN se habría producido
secuencialmente, como por ejemplo, una corriente que se filtra por una montaña
hacia un estanque. A lo largo del camino, varias reacciones clave podrían haberse
beneficiado de los entornos locales. Por ejemplo, la aparición de ribosa como
azúcar principal para ácidos nucleicos se potencia en presencia de boratos o
silicatos estabilizantes.
Sin embargo, los esfuerzos para simular algo cercano a una ruta en un solo
recipiente para la síntesis de nucleótidos continúan y han demostrado ser
exitosos. En 2009, Sutherland y sus colegas se dieron cuenta de la posibilidad de
que hay muchas rutas alternativas a la síntesis de nucleótidos además del
esquema de azúcar-nucleobases-fosfato al mostrar que unas pocas moléculas
prebióticamente plausibles podrían ser codificadas.

En un nucleótido activado bajo condiciones bastante suaves. Una característica

clave de esta síntesis son los múltiples roles que un único compuesto -en este
caso, fosfato inorgánico- tiene en el esquema de reacción global. El fosfato actúa
como un catalizador, un tampón de pH y un reactivo en la ruta hacia el fosfato
cíclico β-ribocitínico -2', 3'. Esto es efectivamente un "tres-fer" en que tres-
beneficios-en-uno se puede extraer de fosfato. Como la síntesis prebiótica de RNA
es de hecho un problema recalcitrante, debemos estar buscando más situaciones
en las que múltiples beneficios pueden venir de una sola faceta. Por otra parte,
aunque la disponibilidad prebiótica del fosfato inorgánico fue una vez un eslabón
perdido crucial en sí mismo, el trabajo reciente de Pasek ha demostrado que
varias especies de fósforo, incluyendo fosfato inorgánico y pirofosfato, pueden
resultar de la interacción de meteoritos ricos en hierro con agua. Así, algunos de
los problemas se están convirtiendo ahora en soluciones. En este sentido, los
esfuerzos del grupo de Sutherland y los de sus antiguos alumnos demuestran que
otros datos de la Tierra abiótica -como los iones metálicos reducidos y el alto flujo
de luz ultravioleta, y / o la probabilidad de tioacetatos resultantes de los sulfuros de
hierro Sugerido por Wächtershäuser) - se puede ejercer realmente en la ventaja
de hacer nucleótidos activados. Importantemente, las nuevas maneras creativas
de ensamblar monómeros en polímeros están saliendo a la luz. En el pasado, uno
de los medios más exitosos de hacer esto era utilizar algún tipo de plantilla - ya
sea una cadena de polímero preexistente o un sustrato sólido como la arcilla -
para orientar y guiar los monómeros en posición uno junto al otro con el fin de
Reducir la barrera de energía de activación necesaria para formar enlaces inter-
monómero (por ejemplo, fosfodiéster). Alternativamente (o adicionalmente), la fase
eutéctica en la interfase agua-hielo puede ayudar a conducir reacciones de
condensación de otro modo desfavorables (véase más adelante).
No obstante, Cafferty et al., Han observado recientemente que el efecto hidrófobo
que impulsa el apilamiento de las bases es una fuerza a menudo poco apreciada
que estabiliza los ácidos nucleicos y mantiene dos cadenas juntas, mostrando que
esto puede conducir a la polimerización no covalente de estructuras planas muy
largas Polímeros. Esta estrategia general se ha extendido desde entonces a pares
de nucleótidos perse, donde este efecto aumenta la formación de enlaces
covalentes entre miembros adyacentes en una pila.
Aunque la evidencia de que el ARN precedió a las proteínas y el ADN es
relativamente fuerte, es menos cierto que el ARN era el polímero replicante
original, y es posible que el ARN sea un paso en una cadena más larga que
conduce desde el origen de la vida a la bioquímica moderna. En BOX, discutimos
el progreso con el estudio de ácidos nucleicos alternativos que podrían haber
existido antes de ARN.

¿Cómo pudo el ARN replicarse?

El principio central del mundo ARN es que el ARN podría haber hecho una copia
de sí mismo, con lo que "establecer el escenario" para la evolución y, por tanto, la
biología. Esto es apoyado por estudios que han investigado la replicación de ARN
en el laboratorio utilizando tres enfoques diferentes. La primera es una
polimerización no enzimática dirigida a una plantilla, en la que una hebra de ARN
promueve la formación de su cadena complementaria sin la presencia de una
ribozima o una enzima proteínica. La segunda es la polimerización de ARN
mediante una ribozima (o replicasa) de ARN polimerasa general que cataliza la
copia de una cadena molde para formar una secuencia complementaria de La
plantilla y la tercera es el desarrollo de redes de moléculas que catalizan la
formación de otras secuencias específicas en la red de tal manera que la red
como un todo es autocatalítica mutuamente. Polimerización no enzimática dirigida
por plantilla. Este enfoque fue iniciado por el grupo de Orgel , Quien mostró
Que una cadena de ácido nucleico preexistente podría promover la síntesis de una
cadena complementaria utilizando mononucleótidos activados. A lo largo de los
años, se han realizado mejoras en este proceso, pero persisten problemas
debidos a la inhibición del producto y al sesgo de nucleótidos. En 2011, Deck et al.
Utilizó cuatro estrategias simultáneamente para demostrar que los
oligonucleótidos se podían polimerizar con alta eficiencia en pocos días. Una de
las herramientas utilizadas en este estudio fueron las bajas temperaturas (0 ºC).
Esto resultó ser un 'dos-fer', ya que el frío servía no sólo para ayudar a la unión de
nucleótidos sucesivos a la plantilla, sino también a la lenta
La tasa de hidrólisis de la cadena creciente de ARN. Es importante señalar que los
escenarios de frío están ganando terreno en la comunidad ARN. Aunque la idea
de un arranque en frío a la vida ha existido desde hace algún tiempo, se ha
convencionalmente pensado que la química prebiótica tuvo que haber tenido lugar
en un ambiente bastante térmicamente activo. Esto puede deberse a que, en
general, las reacciones (especialmente aquellas con rendimientos pobres) tienden
a aumentarse cuando hay más energía presente. Por otra parte, la idea de que
había un comienzo caliente a la vida también traza sus orígenes a la noción de
que la Tierra Hadean era de hecho muy caliente, y un ejemplo suave de esto es la
idea de "pequeño estanque caliente" propuesta por Darwin. El descubrimiento de
los respiraderos hidrotermales de aguas profundas y los microorganismos
extremófilos que habitan estas localidades también proporcionaron ciertamente un
mayor apoyo a esta noción. Sin embargo, la utilidad de temperaturas frías, incluso
sub-cero, en la promoción de varias reacciones clave está saliendo a la luz.
Independientemente de la temperatura media de la Tierra prebiótica, seguramente
habría habido microambientes fríos, como los que se encuentran en los polos o en
profundidad en los cuerpos de agua.

Polimerización de ARN mediante una ribozima de ARN polimerasa general.

En este enfoque, se replica una plantilla como resultado de la acción catalítica de
una ribozima de ARN polimerasa. Para muchos, esta polimerasa es el "santo grial"
del mundo ARN porque, si pudiera actuar sobre una plantilla de la misma longitud
que ella misma, podría sostener un ciclo autocatalítico alternando la copia de sí
misma y su complementariedad secuencia. Un ejemplo de una polimerasa de este
tipo es R18, que se deriva del ribozima de ligasa de clase I 18 (figura 2a). Este
enfoque también se ha beneficiado de la consideración de escenarios fríos. El
grupo Holliger había logrado un éxito notable en este aspecto mediante la
ingeniería y selección de mutaciones en ribozimas de polimerasa que podrían
catalizar la polimerización dirigida por plantilla de una cadena de ARN de
aproximadamente la mitad de su propia longitud 49. Sin embargo, cuando
seleccionaron otras variantes que son operables En la fase eutéctica de una
solución de hielo de agua a 7 ° C, pudieron lograr una mejora sustancial en la
actividad y mostraron, por primera vez, que el ARN podía replicar hebras de su
propia longitud (206 nucleótidos en este caso) o Por encima de 50. Esto se
presenta como la cadena más larga replicada por la polimerización nucleotídica
dirigida por ARN por nucleótido, y la temperatura fría ha desempeñado una
función importante ya que ayuda a mantener la ribozima en la tarea al promover
una unión más estrecha a sus sustratos. Aunque la secuencia que se replicó no
era la de la ribozima en sí y esto por lo tanto no es todavía una demostración de
autorreplicación, este estudio logró una prueba crucial de concepto hito 51.
También debe señalarse que estas longitudes de plantilla son mucho más largos
Que los que resultan de la síntesis no enzimática (véase más arriba), que todavía
tienen que generar productos de más de 30-50 nucleótidos 37,44

Otro punto clave es que la velocidad de polimerización catalizada por ribozima

debería ser mucho menos sensible a la secuencia de la plantilla que la de la
síntesis no enzimática. Una ribozima de polimerasa también podría replicar
diferentes secuencias que tienen otras funciones útiles pero que no son ellas
mismas polimerasas. De esta manera, se prevé la construcción de un sistema de
muchas ribozimas que controlan una función metabólica, todos los cuales son
copiados por la misma polimerasa. Esto sería comparable al sistema genético de
los organismos modernos en el que existe un mecanismo único para la replicación
del ADN, la transcripción de ARN o la traducción de proteínas que opera sobre
genes de diferentes funciones. Un ribozima de polimerasa es un cooperador en el
sentido de que copia otra secuencia de plantilla en lugar de copiarse directamente
(Fig. 2a, b). Por lo tanto, la replicación de la polimerasa requiere una segunda
copia de la polimerasa. Las polimerasas cooperativas son vulnerables a la
explotación por parásitos que actúan como plantillas pero que no contribuyen a la
replicación de la polimerasa. Las soluciones al problema de las plantillas
parasitarias (figura 2c, d) se discuten a continuación. Redes de ARN mutuamente
autocatalíticas. Si una ARN polimerasa general estuviera operando en el mundo
ARN, entonces era presumiblemente bastante larga (por ejemplo, 200 nucleótidos
o más), y todavía no está claro qué probable sería que la primera molécula se
creara por la química prebiótica . Por esta razón, otro enfoque de la replicación de
ARN se centra en la posible acción combinada de muchas hebras más cortas en
lugar de la búsqueda de una única polimerasa general. Dado que los
mononucleótidos pueden de hecho polimerizar sobre diversos sustratos tales
como la arcilla 44,52 hasta al menos 20 nucleótidos de longitud, se pueden
imaginar escenarios en los que estos ARNs pueden interactuar y reaccionar para
promover la ruptura y formación del enlace fosfoéster. Kauffman 53 introdujo la
idea de un conjunto autocatalítico (Fig. 3a) y propuso que todas las moléculas del
conjunto pueden ser sintetizadas por reacciones que son catalizadas por otras
moléculas en el conjunto. El conjunto en su conjunto es autocatalítico
mutuamente, aunque ninguna de las moléculas es individualmente autocatalítica.
Las sutilezas químicas de este proceso se han elaborado en teoría [54] y se ha
demostrado que es aplicable a los sistemas de ARN [55], y esta idea debe
mantenerse incluso si los componentes del conjunto no son polímeros [56].
El sistema de dos ligasas mutuamente catalíticas 17 (Figura 3b) es un ejemplo
elegante de un conjunto autocatalítico rudimentario construido a partir de
secuencias de ARN. Un segundo ejemplo son los sistemas de recombinasa, en los
que oligómeros de ARN de ~ 50 nucleótidos pueden ensamblarse para formar
catalizadores que pueden promover la síntesis de más de ellos mismos
57, 58 (figura 3c). Estas secuencias de ARN se recombinan para producir nuevas
secuencias que pueden ser mejoradas y acortadas a través de la selección 59.
Además, la cooperación de más alto nivel entre conjuntos de ARNs (en oposición
a fragmentos individuales) (FIG.3d) podría competir con sistemas de replicación
egoísta cuando se enfrentan Para los recursos comunes 60. Además, los
fragmentos de ARN tienen la capacidad, cuando cooperan, de reciclarse dentro y
fuera de los ARN más grandes de una manera que está sujeta a la selección
natural 61. Debe señalarse que los tres enfoques de replicación anteriores no
necesitan Han sido mutuamente excluyentes. Como se observó anteriormente 62,
la evolución de la replicación probablemente procedió en etapas.
Cooperación en el mundo del ARN Como se discutió anteriormente, hay tres
sentidos en los que la cooperación es relevante en el ARN Mundial: la cooperación
entre la polimerasa y las cadenas molde (FIG.2); Cooperación entre componentes
en un conjunto autocatalítico (Fig. 3a, b, d); Y la cooperación entre hilos de ARN
que se reúnen para formar un catalizador (figura 3c). La evolución de la
cooperación ha fascinado a los biólogos porque el altruismo debe ser
seleccionado contra. Sin embargo, se observan ejemplos de cooperación en la
biología en muchos niveles, y se han encontrado varias razones que indican que
la cooperación y el altruismo pueden seleccionarse sobre el comportamiento
puramente egoísta 63-65.
A continuación se comparan los diferentes tipos de cooperación que son
relevantes para el mundo ARN. Para complementar esta discusión, la CAJA 2
enfatiza los tipos de sistemas de reacción química que están asociados con estos
casos. Para empezar, observamos que si cada secuencia es independientemente
capaz de replicarse, como en el caso de la replicación del virus ARN, entonces no
se requiere cooperación para la supervivencia de los replicadores. La cooperación
resulta relevante cuando una ribozima de ARN polimerasa actúa en Trans (es
decir, sin un enlace covalente) en una secuencia de plantilla, como con las ARN
polimerasas empíricas desarrolladas hasta ahora y como se ha previsto para una
polimerasa general en el ARN Mundial. Una polimerasa transaccionante es un
cooperador altruista porque replica otras secuencias pero sólo se repliega a sí
misma cuando otra polimerasa la usa como molde.
Desde el punto de vista de la teoría evolutiva, existen muchos ejemplos conocidos
de cooperadores que son vulnerables a los parásitos en sistemas bien mezclados
(es decir, cuando las moléculas reaccionan entre sí al azar en proporción a su
concentración) pero que pueden sobrevivir más fácilmente en dos -dimensional
modelos espaciales en los que las interacciones se producen entre las moléculas
vecinas en una superficie. Esto se ha demostrado en muchos tipos diferentes de
modelo, incluyendo 'hiperciclos' un modelo simple de una ARN polimerasa
transaccional y modelos de replicadores metabólicos con varios tipos de ARN
cooperantes
. Por la misma razón, si una polimerasa más rápida evoluciona en un sistema bien
mezclado, entonces es sólo marginalmente evolutivamente estable porque
beneficia a otras secuencias competidoras tanto como a sus beneficios
. En un sistema espacialmente distribuido, las polimerasas mejoradas pueden
seleccionarse positivamente porque benefician otras copias de la misma
secuencia que son vecinas cercanas. Una polimerasa "exitosa" tendría que actuar
a veces como un catalizador y algunas veces como una plantilla, y estas funciones
pueden estar en oposición (por ejemplo, es presumiblemente necesaria una
estructura terciaria bien plegada para ser un catalizador, mientras que una sola
hebra desplegada puede Ser una mejor plantilla). Las simulaciones también
muestran que tanto la plantilla como las capacidades de polimerasa pueden
coevolver en modelos espacialmente distribuidos.
Una ribozima de ARN polimerasa general se replica por medio de un ciclo de dos
componentes que implica sí mismo y su complemento. Esto es diferente de un
hiperciclo de dos componentes, en el que cada componente es un catalizador
específico para la replicación del otro componente. El hiperciclo se propuso
originalmente como un medio para superar los problemas del umbral de error.
Aunque hiperciclos han sido ampliamente estudiados teóricamente no somos
conscientes de ningún sistema experimental de ARN que corresponde a un
hiperciclo. También se han realizado estudios teóricos de transacciones de
polimerasas, aunque la mayoría de éstas han ignorado la alternancia entre hilos
complementarios y asumieron que una hebra es una plantilla para otra copia de sí
misma. Otros modelos que consideran alternación de hebras son más complejos
en que incluyen un algoritmo de plegado para cada secuencia y una aptitud que
depende de la estructura secundaria, o implican replicación a través de una
reacción de desplazamiento de hebra más compleja. Recientemente hemos
considerado el origen y la propagación de una polimerasa cooperativa que emerge
como una copia única en un sistema prebiótico que apoya la síntesis de ARN
aleatorios y síntesis dirigida plantilla no enzimática
. La polimerasa recién desarrollada tiene que enfrentarse con plantillas
parasitarias que ya están presentes debido a la química prebiótica, así como con
nuevos parásitos que se producen mediante replicación inexacta de la polimerasa.
Una simulación de este caso enfatiza que la agrupación espacial ocurre en
modelos bidimensionales, de modo que los cooperadores tienden a estar cerca de
otros cooperadores que los apoyan.

Otro factor que permite que los replicadores altruistas sobrevivan es la

compartimentación, como se ve en una protocélula en la que están presentes
varias secuencias diferentes que se replican. Entonces se produce la división
celular y la segregación aleatoria de las secuencias entre las células hijas. La
célula hija sobrevive si hereda todas las secuencias funcionales relevantes pero
muere si carece de secuencias funcionales o tiene demasiados parásitos. En un
sistema bien mezclado sin compartimentos, los parásitos que se multiplican
rápidamente destruirían el sistema, pero cuando los compartimentos están
presentes, la selección del grupo puede operar y puede a veces superar la
selección individual en moléculas individuales. Esto se mostró originalmente en el
modelo corrector estocástico. Modelos más recientes han permitido la
comparación de compartimentación y agrupación espacial, mostrando que ambos
mecanismos permiten la supervivencia de los replicadores de ARN. Todavía no
está claro cómo los replicadores de ARN se asociaron con los compartimentos y
hasta qué punto los sistemas de replicación espacialmente distribuidos podrían
evolucionar y volverse más complejos en ausencia de compartimentos. También
es posible que los primeros replicadores estuvieran ya dentro de compartimentos
protocelulares (véase más adelante).

El segundo sentido en el que las secuencias de ARN podrían haber cooperado en

el mundo ARN es mediante la formación de un conjunto autocatalítico de hilos
mutuamente dependientes
(véase más arriba). Los componentes de un conjunto autocatalítico son
cooperadores en el sentido de que sólo pueden funcionar cuando están presentes
todos los demás, pero, a diferencia de lo general
RNA polimerasa y los componentes de un hiperciclo, no muestran altruismo. La
diferencia esencial es que las reacciones en el conjunto autocatalítico forman una
secuencia a partir de precursores (por ejemplo, mediante reacciones de ligación o
recombinación) y no mediante la replicación de una secuencia existente. Los
conjuntos autocatalíticos pueden ser estables en sistemas de reacción bien
mezclados, y la estructura espacial no es necesaria para evitar la toma de control
por parásitos, a diferencia de los ribozimas de la ARN polimerasa general. El
aspecto clave de este segundo tipo de cooperación es que cada una de las
moléculas tiene una función diferente que contribuye a la replicación del sistema
en su conjunto. Esto también se aplica al modelo de replicador metabólico, en el
que varios tipos de catalizadores cooperan para sintetizar los monómeros
requeridos para la síntesis de ARN.
El tercer sentido de la cooperación es entre las hebras que ensamblan en una
ribozima que tiene una sola función. Los filamentos más cortos son cooperadores
porque sólo pueden funcionar cuando todos se unen. Como cada hebra corta por
sí sola no tiene función, los hilos no tienen más opción que cooperar. Por lo tanto,
no hay altruismo involucrado. Este tipo de cooperación es potencialmente
importante para el surgimiento de la vida y puede haber precedido temporalmente
a los otros tipos de cooperación discutidos anteriormente.

Hay varias razones para esto. En primer lugar, la abundancia de hebras formadas
por la química aleatoria normalmente decae exponencialmente a medida que la
longitud de secuencia aumenta la formación de incluso unas pocas secuencias
funcionales largas puede ser extremadamente improbable. Por lo tanto, cualquier
mecanismo que permita secuencias más cortas para ser funcional hará que la
aparición de la vida más probable. En segundo lugar, las polimerasas están
limitadas por la tasa de error. La teoría del umbral de error estándar indica que la
tasa máxima de error por nucleótido en la que un replicador puede sobrevivir es
inversamente proporcional a la longitud de la secuencia. Por lo tanto, es plausible
que una ribozima compuesta de componentes más cortos podría sobrevivir a una
tasa de error por base mucho mayor que si se tratara de una sola cadena larga.
En tercer lugar, una importante limitación de los ribozimas de polimerasa hasta
ahora desarrollados en los laboratorios es que no son completamente
procesadores a lo largo de la hebra molde. Incluso el más procesado desarrollado
hasta ahora tiene una longitud de plantilla máxima de ~ 200 nucleótidos. Es
posible que una polimerasa no procesada compuesta por varios componentes
más cortos pueda replicar cada una de las hebras componentes, mientras que
sería incapaz de replicar una única hebra de la misma longitud total. En este caso,
sería concebible que una función de ribozima cruda que únicamente consiste en
química de ligación o recombinación evolucione antes de la función de
procesamiento, lo que simplificaría enormemente el problema del origen de la
polimerasa. En la actualidad, es difícil saber si la vida Es más probable que se
origine a través de una única polimerasa o mediante un conjunto autocatalítico.
¿Cuál de estos parece más simple depende de lo que uno ve como simple o
complejo. Una red es compleja porque tiene muchos componentes, pero una única
ribozima polimerasa puede considerarse compleja porque su función es difícil de
encontrar en una mezcla de ARNs aleatorios. Si las reacciones que ocurren en la
red son reacciones de ligación y recombinación relativamente simples, entonces la
replicación de una red de moléculas interactivas podría ser realmente más fácil de
conseguir que la química necesaria para la replicación general por una única
polimerasa, en cuyo caso la replicación podría ser una biótica posterior invención.
Aunque los sistemas de laboratorio de ligasa y recombinasa han establecido que
las secuencias de ARN pueden mantener conjuntos autocatalíticos, es menos
claro si tal sistema podría emerger desde cero de la química prebiótica. En los
casos experimentales, las cadenas precursoras son demasiado largas para ser
creadas en concentraciones apreciables por polimerización aleatoria. Para que un
conjunto autocatalítico sea viable en el momento del origen de la vida, tendría que
usar como monómeros de entrada solamente o oligómeros cortos que podemos
suponer que estuvieron presentes en concentraciones razonables antes de la vida.
Una ventaja importante del punto de vista de la polimerasa es que funciona con
sólo monómeros como entrada.

En esta revisión, adoptamos la opinión de que si un sistema de ARN de

replicación estuviera presente en el mundo del ARN, entonces esto contaría como
"vida", ya que satisfaría la definición frecuentemente utilizada de que la vida es un
sistema químico autosuficiente que es capaz De la evolución. En la revisión de los
últimos progresos en la comprensión de cómo un sistema de vida, la replicación
podría haber surgido de un no-vivo prebiotic chemicalsystem.

¿Cuándo surgieron las células?.

Volvemos ahora a la cuestión de si los compartimentos celulares eran el motor de

la vida y existían desde el principio, o si eran un producto de la vida que
aumentaba su potencial metabólico y evolutivo. Existen razones obvias de que la
vida se beneficiaría de las células, incluyendo (pero no limitado a) la ventaja de
concentrar reactivos, el potencial energético de formar un gradiente de
concentración entre el interior y el exterior de una célula y la posibilidad de vincular
el fenotipo de Una entidad espacialmente con el genotipo que lo codificó. La
existencia de compartimentos también permite operar la selección de grupos, que
es uno de los mecanismos importantes para estabilizar la evolución de la
cooperación (véase más arriba).

Muchos esfuerzos han tenido éxito en la creación de varios tipos de protocélulas,

muchas de las cuales se basaron en lípidos, otras en componentes de proteínas y
otras en emulsiones de waterinoil. Estos son demasiados para enumerar aquí y se
revisan en otra parte.
Algunos trabajos recientes han aumentado estos estudios a la vez que aportan
nuevos conocimientos que son relevantes para la cooperación y el conflicto en el
mundo ARN, y ya se ha demostrado que las protocélulas pueden competir entre sí
de una manera que provoca la selección. En primer lugar, la catálisis dirigida a
ARN puede mejorarse realmente tras la compartimentación.
El mecanismo para esto parece ser aglomeración molecular, de tal manera que la
concentración local de ARN se puede aumentar, dando lugar a un aumento
catalítico de hasta 70 veces. Por lo tanto, el mero proceso de poner el ARN en una
estructura de células pequeñas puede conferir una ventaja selectiva a un genotipo.
En segundo lugar, las protocélulas pueden afectar localmente a la distribución de
sustancias como los iones Mg2 +, que se requieren en altas concentraciones para
permitir que la ribozima o la polimerasa ribozima de la recombinasa funcionen
eficientemente. El grupo Szostak ha demostrado ahora que la coencapsulación de
iones citrato puede permitir que concentraciones tan altas de iones Mg 2 + se
acumulen en protocélulas basadas en lípidos, lo que permite que la extensión de
cebador de ARN dirigida por plantilla no enzimática tenga lugar dentro.
The RNA World is the conceptual idea that there was a period in the early history
of life on Earth when RNA, or something chemically very similar, carried out most
of the information processing and metabolic transformations needed for biology to
emerge from chemistry. This scenario, if it indeed existed, took place some 4
billion years ago. By contrast, the realization that RNA is a good candidate for the
emergence of life is an idea that is only ~50 years old. It was recognized early on
by Crick Orgel and others that RNA has both a genotype and a phenotype, and
that a system based on RNA would be a plausible precursor to the much more
complex system of DNA–RNA– proteins on which current life is based. It was also
realized that the ribonucleotide coenzymes now used by many proteins may be
molecular ‘fossils’ from an RNA-based metabolism Discoveries of naturally occur
ring ribozyme catalysts, such as self-splicing introns and the ribonuclease P
catalyst, were made in the 1980s and, with the demonstration that ribosomal RNA
catalyses peptide bond formation in the ribosome the credentials of RNA as a
catalyst became firmly established. Spiegelman’s classic experiments with the
bacterio phage Q β showed how viral RNA could evolve over time in response to
selection. This study gave rise to the field of in vitro evolution by demonstrating that
RNA could behave in a Darwinian manner in the absence of cells. Once this
realization has been made, pioneers such as Orgel, Eigen, Joyce, Gold and
Szostak fully demonstrated the evolutionary capabilities of RNA and made it
difficult to ignore the possibility that life started with RNA. However, additional
pieces of data from both new and old angles then became available. The catalytic
repertoire of RNA was shown to be diverse, RNA riboswitches were detected in
bacteria and shown to be widespread in biology, and an autocatalytic cycle based
on RNA ligases was found. Furthermore, polymerase ribozymes that can use
another sequence as a template were selected and improved (see below).

Different research questions are gradually being brought together to assemble a

complete picture of the emergence of life via the RNA World scenario (FIG. 1).
New routes of chemical synthesis of ribonucleotides that could opérate
prebiotically are being studied, and there are also further experiments to isolate
ribozymes from random RNA sequences. These areas are reviewed below.
Theoretical models of RNA action are being developed to describe the origin and
evolution of replicating systems. A point that emerges both from theoretical work
and from laboratory experiments is that cooperation at the molecular level is
essential for the survival of replicating sequences. A key aim of this Review is to
describe the different senses in which cooperation is relevant in the RNA World.
We argue that RNA replication must also fit into a broader thermodynamic and
biological context if this were to form the basis of life (FIG.1). What was the energy
source that drove the synthesis of large macromolecules on early Earth? What
were the environmental conditions at the location where these molecules were
forming? How did RNA replication become associated with growth and division of
protocells? Current ideas on some of these questions are considered later in
this Review.

How did prebiotic synthesis of RNA occur?

The first, and in some ways the most important, problem facing the RNA World is
the difficulty of prebiotic synthesis of RNA. This point has been made forcefully by
Shapiro and has remained a focal point of the efforts of prebiotic chemists for
decades. The ‘traditional’ thinking was that if one could assemble a ribose sugar, a
nucleobase and a phosphate, then a nucleotide could arise through the creation of
a glycosidic bond and a phosphoester bond. If nucleotides were then chemically.
Activated in some form, then they could polymerize into an RNA chain. Each of
these synthetic events poses tremendous hurdles for the prebiotic Earth, not to
mention the often-invoked critique of the inherent instability of RNA in an aqueous
solution. Thus, the issue arises of whether there could have been a single
environment in which all these steps took place. Benner has eloquently noted that
single-pot reactions of sufficient complexity lead to ‘asphaltization’ (basically, the
production of intractable ‘goo’) and argued for a discontinuous synthesis model In
this model, different environments could generate distinct materials, and their
compilation into RNA would have occurred sequentially as, for example, a stream
percolates down a mountain into a pond. Along the way, various key reactions
could have benefited from local environments. For example, the appearance of
ribose as the main sugar for nucleic acids is enhanced in the presence of
stabilizing borates or silicates.
Nevertheless, efforts to simulate something close to a one-pot route to nucleotide
synthesis continue and have proved to be successful. In 2009, Sutherland and
colleagues realized the possibility that there are many alternative routes to
nucleotide synthesis besides the sugar–nucleobases–phosphate scheme by
showing that a few prebiotically plausible molecules could be coaxed
into an activated nucleotide under fairly mild conditions. A key feature of this
synthesis is the multiple roles that a single compound — in this case, inorganic
phosphate — has in the overall reaction scheme. Phosphate acts as a catalyst, a
pH buffer and a reactant in the route towards β –ribocytidine -2ʹ,3ʹ
cyclicphosphate. This is effectively a ‘three-fer’ in that three-benefits-in-one can be
extracted from phosphate. As the prebiotic synthesis of RNA is indeed a
recalcitrant problem, we should be looking for more situations in which multiple
benefits can come from single facets. Moreover, although the prebiotic availability
of inorganic phosphate was once a crucial missing link in itself, recent work by
Pasek has shown that various phosphorus species, including inorganic phosphate
and pyrophosphate, can result from the interaction of iron-rich meteorites with
water. Thus, some of the problems are now being turned into solutions. Along
these lines, efforts of the Sutherland group and those of his former students are
showing that other particulars of the abiotic Earth — such as reduced metal ions
and high ultraviolet light flux, and/or the likelihood of thioacetates resulting from
iron sulphides(as previously suggested by Wächtershäuser) — can actually be
wielded to the advantage of making activated nucleotides.Importantly, creative new
ways to assemble monomers into polymers are coming to light. In the past, one of
the most successful means of doing this was to use some sort of template — either
a pre-existing polymer strand or a solid substrate such as clay — to orient and
guide monomers into position next to one another in order to lower the activation
energy barrier needed to form inter-monomer (for example, phosphodiester)
bonds. Alternatively (or additionally), the eutectic phase at the water–ice interface
can help to drive otherwise unfavourable condensation reactions (see below).
However, Cafferty et al.realized recently that the hydrophobic effect that drives
base stacking is an often under-appreciated force that stabilizes nucleic acids and
holds two strands together, and showed that this can drive the non-covalent
polymerization of planar structures into very long polymers. This general strategy
has since been extended to nucleotide pairs perse, where this effect augments the
covalent bond formation among adjacent members in a stack.
Although the evidence that RNA preceded proteins and DNA is relatively strong, it
is less certain that RNA was the original replicating polymer, and it is possible that
RNA is a step in a longer chain leading from the origin of life to modern
biochemistry. In BOX, we discuss progress with study of alternative nucleic acids
that might have existed beforeRNA.
How could RNA have replicated itself?
The central principle of the RNA World is that RNA could have made a copy of
itself, thereby ‘setting the stage’ for evolution and hence biology. This is supported
by studies that have investigated RNA replication in the laboratory using three
different approaches. The first is non-enzymatic template-directed polymerization,
in which an RNA strand promotes the formation of its complementary strand
without the presence of either a ribozyme or a protein enzyme. The second is RNA
polymerization by a general RNA polymerase ribozyme (or replicase) that
catalyses the copying of a template strand to make a complementary sequence of
the template, and the third is the development of networks of molecules that
catalyse the formation of other specific sequences in the network such that the
network as a whole is mutually autocatalytic.Non-enzymatic template-directed
polymerization.This approach was initiated by Orgel’s group, who showed
that a pre-existing nucleic acid strand could promote the synthesis of a
complementary strand using activated mononucleotides. Over the years,
improvements have been made to this process, but problems due to product
inhibition and nucleotide bias have persisted. In 2011, Deck et al. used four
strategies concurrently to show that oligonucleotides could be polymerized with
high efficiency in a few days. One of the tools used in this study was cold
temperatures (0 ̊C). This turned out to be a ‘two-fer’, as the cold served not only to
aid the binding of successive nucleotides to the template but also to slow
the rate of hydrolysis of the growing RNA strand,.It is important to note that cold
scenarios are gaining ground in the RNA community. Although the idea of a cold
start to life has been around for some time,, it has conventionally been thought that
prebiotic chemistry had to have taken place in a rather thermally active
environment. This may be because, in general, reactions (especially those with
poor yields) tend to be augmented when more energy is present. Moreover, the
idea that there was a hot start to life also traces its origins to the notion that the
Hadean Earth was in fact very hot, and a mild example of this is the ‘warm little
pond’ idea proposed by Darwin. The discovery of deep-sea hydrothermal vents
and the extremophilic microorganisms that inhabit these localities also certainly
provided further support to this notion. However, the utility of cold, even sub-zero,
temperatures in promoting various key reactions is coming to light. Regardless of
the average temperature of the prebiotic Earth, there certainly would have been
cold microenvironments, such as those at the poles or at depth in bodies of water.
RNA polymerization by a general RNA polymerase ribozyme.
In this approach, a template is replicated as a result of the catalytic action of an
RNA polymerase ribozyme. For many, such a polymerase stands as the ‘holy grail’
of the RNA World because, if it was able to act on a template of the same length as
itself, then it could sustain an autocatalytic cycle by alternating copying of itself and
its complementary sequence. An example of a polymerase of this type is R18,
which is derived from the class I ligase ribozyme 18 (FIG.2a). This approach has
also benefited from the consideration of cold scenarios. The Holliger group had
achieved notable success in this regard by engineering and selecting mutations in
polymerase ribozymes that could catalyse the template- directed polymerization of
an RNA chain of roughly half of its own length 49. However, when they selected for
further variants that are operable in the eutectic phase of a water–ice solution at 7
°C, they were able to achieve a substantial improvement in activity and showed, for
the first time, that RNA could replicate strands of their own length (206 nucleotides
in this case) or above 50.This stands as the longest strand replicated by RNA-
directed nucleotide-by-nucleotide polymerization, and the cold temperature again
had an important role in that it helps to keep the ribozyme on task by promoting
tighter binding to its substrates. Although the sequence that was replicated was not
that of the ribozyme itself and this is therefore not yet a demonstration of self-
replication, this study achieved a crucial proof of concept milestone 51. It should
also be noted that these template lengths are very much longer than those that
result from non-enzymatic synthesis (see above), which have yet to generate
products longer than 30–50 nucleotides 37,44.
Another key point is that the rate of ribozyme-catalysed polymerization should be
much less sensitive to the sequence of the template than that of non-enzymatic
synthesis. A polymerase ribozyme could also replicate different sequences that
have other useful functions but that are not themselves polymerases. In this way,
we envisage building up a system of many ribozymes that control a metabolic
function, all of which are copied by the same polymerase. This would be
comparable to the genetic system of modern organisms in which there is a single
mechanism for DNA replication, RNA transcription or protein translation that
operates on genes of different functions. A polymerase ribozyme is a cooperator in
the sense that it copies another template sequence rather than directly copying
itself (FIG.2a,b). Replication of the polymerase thus requires a second copy of the
polymerase. Cooperative polymerases are vulnerable to exploitation by parasites
that act as templates but that do not contribute to the replication of the polymerase.
Solutions to the problem of parasitic templates (FIG.2c,d) are discussed below.
Mutually autocatalytic RNA networks. If a general RNA polymerase were operating
in the RNA World, then it was presumably fairly long (for example, 200 nucleotides
or more), and it is still not clear how likely it would be for the first such molecule to
be created by prebiotic chemistry. For this reason, another approach to RNA
replication focuses on the possible combined action of many shorter strands rather
than on the search for a single general polymerase. Given that mononucleotides
can in fact polymerize on various substrates such as clay 44,52 up to at least 20
nucleotides in length, one can envision scenarios in which these RNAs can interact
and react to promote phosphoester bond breakage and formation. Kauffman 53
introduced the idea of an autocatalytic set (FIG.3a) and proposed that all
molecules in the set can be synthesized by reactions that are catalysed by other
molecules in the set. The set as a whole is mutually autocatalytic, even though
none of the molecules is individually autocatalytic. The chemical subtleties of this
process have been worked out in theory 54 and shown to be applicable to RNA
systems 55, and this idea should hold even if the set components are not polymers
56.
The system of two mutually catalytic ligases 17 (FIG.3b) is an elegant example of a
rudimentary autocatalytic set constructed from RNA sequences. A second example
is recombinase systems, in which RNA oligomers of ~50 nucleotides can
assemble to form catalysts that can promote the synthesis of more of themselves
57, 58(FIG.3c). These RNA sequences recombine to produce new sequences that
can be improved and shortened through selection 59. Moreover, higher-level
cooperation among sets of RNAs (as opposed to single fragments) (FIG.3d) could
out-compete selfishly replicating systems when pitted together for common
resources 60. Furthermore, RNA fragments have the capacity, when they
cooperate, to recycle themselves in and out of larger RNAs in a manner that is
subject to natural selection 61. It should be noted that the above three approaches
to replication need not have been mutually exclusive. As noted previously 62, the
evolution of replication probably proceeded in stages.
Cooperation in the RNA World As discussed above, there are three senses in
which cooperation is relevant in the RNA World: cooperation between polymerase
and template strands (FIG.2); cooperation between components in an autocatalytic
set (FIG.3a,b,d); and cooperation between RNA strands that assemble to form
acatalyst (FIG.3c). The evolution of cooperation has fascinated biologists because
altruism should be selected against. Nevertheless, examples of cooperation are
seen in biology at many levels, and several reasons have been found that
cooperation and altruism can be selected over purely selfish behaviour 63–65.

We comparebelow the differen tkinds of cooperation that are relevant to the RNA
World. To complement this discussion, BOX 2 emphasizes the kinds of chemical
reaction systems that are associated with these cases. To begin, we note that if
each sequence is independently able to be replicated, as in the case of RNA virus
replication, then no cooperation is required for the survival of the replicators.
Cooperation becomes relevant when an RNA polymerase ribozyme acts in Trans
(that is, without a covalent linkage) on a template sequence, as with the empirical
RNA polymerases developed so far and as envisaged for a general polymerase in
the RNA World. A transacting polymerase is an altruistic cooperator because it
replicates other sequences but is only replicated itself when another polymerase
uses it as a template.
From the standpoint of evolutionary theory, there are many known examples of
cooperators that are vulnerable to parasites in well-mixed systems (that is, when
molecules react with one another at random in proportion to their concentration)
but that can survive more easily in two-dimensional spatial models in which
interactions occur between neighbouring molecules on a surface. This has been
shown in many different types of model, including ‘hypercycles’ a simple model of a
transacting RNA polymerase and models of metabolic replicators with several
types of cooperating RNAs
. For the same reason, if a faster polymerase evolves in a well-mixed system, then
it is only marginally evolutionarily stable because it benefits other competing
sequences as much as its benefits it self
. In a spatially distributed system, improved polymerases can be positively selected
because they benefit other copies of the same sequence that are close
neighbours. A ‘successful’ polymerase would have to act sometimes as a catalyst
and sometimes as a template, and these functions may be in opposition (for
example, a well-folded tertiary structure is presumably necessary to be a catalyst,
whereas an unfolded single strand might be a better template). Simulations also
show that both template and polymerase abilities can coevolve in spatially
distributed models.
A general RNA polymerase ribozyme replicates by means of a two-component
cycle that involves itself and its complement. This is different from a two
component hypercycle, in which each component is a specific catalyst for the
replication of the other component. The hypercycle was originally proposed as a
means of overcoming the problems of the error threshold. Although hypercycles
have been widely studied theoretically we are not aware of any experimental RNA
system that corresponds to a hypercycle. There have also been theoretical studies
of transacting polymerases, although most of these have ignored the alternation
between complementary strands and assumed that a strand is a template for
another copy of itself. Other models that consider strand alternation are more
complex in that they include a folding algorithm for each sequence and a fitness
that depends on the secondary structure, or they involve replication via a more
complex strand displacement reaction. We have recently considered the origin and
spread of a cooperative polymerase that emerges as a single copy in a prebiotic
system which supports the synthesis of random RNAs and non-enzymatic template
directed synthesis
. The newly evolved polymerase has to contend with parasitic templates that are
already present owing to prebiotic chemistry, as well as with new parasites that are
made by inaccurate replication of the polymerase. A simulation of this case
emphasizes that spatial clustering occurs in two-dimensional models, such that
cooperators tend to be close to other cooperators that supportthem.
Another factor that permits altruistic replicators to survive is compartmentalization,
as seen in a protocell in which several different sequences that replicate are
present . Cell division and random segregation of sequences between daughter
cells then occur. The daughter cell survives if it inherits all the relevant functional
sequences but dies if it lacks functional sequences or has too many parasites. In a
well-mixed system without compartments, rapidly multiplying parasites would
destroy the system but, when compartments are present, group selection can
operate and can sometimes overcome individual selection on single molecules.
This was originally shown in the stochastic corrector model. More recent models
have permitted the comparison of compartmentalization and spatial clustering,
showing that both mechanisms allow the survival of RNA replicators. It is still
unclear how RNA replicators became associated with compartments and the
extent to which spatially distributed replicating systems could evolve and become
more complex in the absence of compartments. It is also possible that the first
replicators were already inside protocell compartments (see below).
The second sense in which RNA sequences could have cooperated in the RNA
World is by the formation of an autocatalytic set of mutually dependent strands
(see above). The components of an autocatalytic set are cooperators in the sense
that they can only function when all the others are present but, unlike the general
RNA polymerase and the components of a hypercycle, they are not displaying
altruism. The essential difference is that the reactions in the autocatalytic set form
a sequence from precursors (for example, by ligation or recombination reactions)
and not by replicating an existing sequence. Autocatalytic sets can be stable in
well-mixed reaction systems, and spatial structure is not necessary to prevent
takeover by parasites, unlike for general RNA polymerase ribozymes. The key
aspect of this second type of cooperation is that each of the molecules has a
different function that contributes to the replication of the system as a whole. This
also applies to the metabolic replicator model, in which several types of catalysts
cooperate to synthesize the monomers required for RNA synthesis.
The third sense of cooperation is between strands that assemble into a ribozyme
which has a single function
. The shorter strands are cooperators because they can only function when all of
them come together. As each short strand on its own has no function, the strands
have no option but to cooperate. There is thus no altruism involved. This kind of
cooperation is potentially important for the emergence of life and may have
temporally preceded the other types of cooperation discussed above.
There are several reasons for this. First, the abundance of strands formed by
random chemistry typically decays exponentially as the sequence length increases
the formation of even just a few long functional sequences may be extremely
unlikely. Thus, any mechanism that allows shorter sequences to be functional will
make the emergence of life more likely. Second, polymerases are limited by the
error rate. The standard error threshold theory states that the maximum rate of
error per nucleotide at which a replicator can survive is inversely proportional to the
length of the sequence. It is therefore plausible that a ribozyme composed of
shorter components could survive at a much higher per-base error rate than if it
were a single long strand. Third, an important limitation of polymerase ribozymes
so far developed in laboratories is that they are not completely processive along
the template strand. Even the most processive developed so far has a maximum
template length of ~200 nucleotides. It is possible that a non-processive
polymerase composed of several shorter components might be able to replicate
each of the component strands, whereas it would be unable to replicate a single
strand of the same total length. In this case it would be conceivable for a crude
ribozyme function that solely consists of ligation or recombination chemistry to
evolve before the processivity function, which would greatly simplify the problem of
the origin of the polymerase.At present, it is difficult to know whether life is more
likely to originate via a single polymerase or via an autocatalytic set. Which of
these seems simpler depends on what one sees as being simple or complex. A
network is complex in that it has many components, but a single polymerase
ribozyme might be considered complex because its function is difficult to find in a
mixture of random RNAs. If the reactions occurring in the network are relatively
simple ligation and recombination reactions, then replication of a network of
interacting molecules might actually be easier to achieve than the chemistry
needed for general replication by a single polymerase, in which case replication
might be a later biotic invention/
. Although the ligase and recombinase laboratory systems have established that
RNA sequences can maintain autocatalytic sets, it is less clear whether such a
system could emerge from scratch from prebiotic chemistry. In the experimental
cases, the precursor strands are too long to be created in appreciable
concentrations by random polymerization. For an autocatalytic set to be viable at
the time of the origin of life, it would have to use as input only monomers or short
oligomers that we may assume to have been present in reasonable concentrations
before life. An important advantage of the polymerase point of view is that it
operates with only monomers as input.
In this Review, we adopt the view that if a replicating RNA system were present in
the RNA World, then this would count as ‘life’, as it would satisfy the frequently
used definition that life is a self-sustaining chemical system that is capable of
evolution. In we review recent progress in understanding how a living, replicating
system could have emerged from a non-living prebiotic chemicalsystem.
When did cells arise?
We now returnto the question of whether cell - like compartments were the driver of
life and existed from the beginning, or whether they were a product of life that
enhanced its metabolic and evolutionary potential. There are obvious reasons that
life would benefit from cells, including (but not limited to) the advantage of
concentrating reagents, the energetic potential of forming a concentration gradient
between the inside and the outside of a cell, and the chance to link the phenotype
of an entity spatially with the genotype that encoded it. The existence of
compartments also permits group selection to operate, which is one of the
important mechanisms for stabilizing the evolution of cooperation (see above).
Many efforts have succeeded in creating various types of protocells, many of which
were based on lipids, others on protein components, and still others on waterinoil
emulsions. These are too numerous to list here and are reviewed elsewhere
. Some recent work has augmented these studies while providing new insights that
are relevant to cooperation and conflict in the RNA World, and it has already been
shown that protocells can compete with each other in a manner that elicits
selection. First, RNA-directed catalysis can actually be improved upon
compartmentalization
. The mechanism for this seems to be molecular crowding, such that the local
concentration of RNA can be increased, leading to a catalytic enhancement of up
to 70 fold. Thus, the mere process of putting RNA into a tiny cell-like structure can
confer a selective advantage on a genotype. Second, protocells can locally affect
the distribution of substances such as Mg 2+ ions, which are required in high
concentrations to allow either recombinase ribozymesor polymerase Ribozymes to
function efficiently. The Szostak group has now demonstrated that the
coencapsulation of citrate ions can allow such high concentrations of Mg 2 +ions to
accumulate in lipid-based protocells, which enables non-enzymatic template-
directed RNA primer extension to take place inside. Of note is that citrate ions also
seems to protect the nascent RNA from spontaneous hydrolytic degradation and is
thus at least a ‘two-fer’ in this context. Finally, some exciting work from the Yomo
group shows how compartmentalization can influence the evolutionary trajectory of
its components. Bansho et al. used waterinoil droplets to encapsulate a cell-free
transcription–translation system that replicated the Q
Β RNA genome and found that the smaller the cell, the more protected the genome
was from the encroachment of short parasitic RNA species that have a tendency to
hijack in vitro evolution experiments
. This result fits well with hypotheses on the origins of life because anything
simpler, including smaller, would have been more prebiotically accessible; it also
hints that the RNA World may have at least overlapped with a cellular world at
some point. Later, this system was shown to demonstrate ‘Darwinian-type’
evolution by the accumulation of point mutations over time, further supporting the
notion that RNA may have benefited from being inside cells. However, there are
remaining issues as to whether RNA led a cell-free life before
compartmentalization and/or whether RNA compartments that are alternative to
cell-like structures (for example, rock fissures) precededcells.
Conclusions and perspectives Contemporary studies both in the laboratory and by
simulation are beginning to reveal the cooperative nature of the RNA World, as
well as how various types of cooperation and conflict probably guided the earliest
evolutionary processes. The basics of the RNA World concept are well established,
but the details continue to evolve. A powerful theme has begun to emerge from
many of these new approaches and their results. One way to describe this is
systems chemistry 100. By focusing not on single reactions in isolation but on the
collective set of processes that must all occur contemporaneously, systems
chemistry can lead to the discovery of ‘multifers’ in which the system as a whole
can establish itself through the shared use of common conditions, reactants or
products. Another way to look at this process, one that we highlighted in this
Review, is that of chemical cooperation.
This newer view, embedded in the broader perspective of intermolecular
cooperation and conflict, is pervading other aspects of study of the RNA
World, as we explored above.
Key questions for the next decade of research include the following. How long
were the first ribozymes? In Otherwords, what is the extent of the error threshold
problem? How specific were the first ribozymes? Was life sparked by a single
polymerase or a random autocatalytic set? How far can the RNA World go without
being encapsulated in a cell, or were there cells already at the earliest stage? What
was the energy source for the RNA World? Thus, how was it possible to link a
stable energy supply to a metabolic synthesis of RNA? The RNA World idea
emphasizes replication, but thermodynamic driving force is still needed for
synthesis. We anticipate that the answers to many of these questions will not only
be within our conceptual reach in the next decade or two, but will also invoke the
insights gained from a more systematic appreciation of how conflict and
cooperation can influence molecular processes.
Es de notar que los iones citrato también parece proteger el ARN naciente de la
degradación hidrolítica espontánea y por lo tanto es por lo menos un "dos-fer" en
este contexto. Por último, un interesante trabajo del grupo Yomo muestra cómo la
compartimentación puede influir en la trayectoria evolutiva de sus componentes.
Bansho et al. Utilizó gotitas de waterinoil para encapsular un sistema de
transcripción-traducción libre de células que replicaba la Q
Β ARN genoma y encontró que cuanto más pequeña de la célula, el más protegido
del genoma fue la invasión de corto parásito RNA especies que tienen una
tendencia a secuestrar in vitro evolución experimentos
. Este resultado encaja bien con hipótesis sobre los orígenes de la vida porque
cualquier cosa más simple, incluso más pequeña, habría sido más accesible
prebióticamente; También sugiere que el mundo ARN puede tener al menos
superpuesta con un mundo celular en algún momento. Más tarde, se demostró
que este sistema demostraba una evolución 'tipo darwiniana' por la acumulación
de mutaciones puntuales a lo largo del tiempo, apoyando aún más la noción de
que el ARN podría haberse beneficiado de estar dentro de las células. Sin
embargo, existen problemas pendientes en cuanto a si el RNA llevó una vida libre
de células antes de la compartimentación y / o si los compartimentos de ARN que
son alternativas a las estructuras celulares (por ejemplo, las fisuras de roca)
antecedieron a células.
Conclusiones y perspectivas Los estudios contemporáneos tanto en el laboratorio
como en la simulación están empezando a revelar la naturaleza cooperativa del
mundo ARN, así como la forma en que varios tipos de cooperación y conflicto
probablemente guiaron los primeros procesos evolutivos. Los fundamentos del
concepto de RNA World están bien establecidos, pero los detalles siguen
evolucionando. Un tema poderoso ha comenzado a surgir de muchos de estos
nuevos enfoques y sus resultados. Una manera de describir esto es la química de
los sistemas 100. Al centrarse no en las reacciones aisladas aisladamente, sino en
el conjunto colectivo de procesos que deben ocurrir simultáneamente, la química
de los sistemas puede conducir al descubrimiento de "multifíseros" en los que el
sistema en su conjunto puede Establecerse a través del uso compartido de
condiciones, reactivos o productos comunes.
Otra forma de examinar este proceso, que hemos destacado en esta revisión, es
la de la cooperación química.
Esta visión más reciente, incrustada en la perspectiva más amplia de la
cooperación y el conflicto intermoleculares, está impregnando otros aspectos del
estudio del ARN
Mundo, como hemos explorado anteriormente.

Las preguntas clave para la próxima década de investigación son las siguientes.
¿Cuánto duraron las primeras ribozimas? En otras palabras, ¿cuál es el alcance
del problema del umbral de error? ¿Cuán específicas fueron las primeras
ribozimas? ¿Fue la vida provocada por una sola polimerasa o un conjunto
autocatalítico aleatorio? ¿Hasta dónde puede ir el mundo de ARN sin estar
encapsulado en una célula, o había células ya en la primera etapa? ¿Cuál fue la
fuente de energía para el RNA World? Así, ¿cómo fue posible vincular un
suministro de energía estable a una síntesis metabólica de ARN? La idea de RNA
World hace hincapié en la replicación, pero la fuerza motriz termodinámica sigue
siendo necesaria para la síntesis. Anticipamos que las respuestas a muchas de
estas preguntas no sólo estarán dentro de nuestro alcance conceptual en la
próxima década o dos, sino que también invocarán los puntos de vista obtenidos
de una apreciación más sistemática de cómo el conflicto y la cooperación pueden
influir en los procesos moleculares.