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Protocolo
Número de 4364031
Rev. B 01/2006
Contenido
Prefacio v.......................................................................................................................................................................................
Safety en Cómo................................................................................................................................ obtener soporte
Sección................................................................................................................................................................................................. 1
Introducción.............................................................................................................................................................................................
Visión general.............................................................................................................................................................................................................1
Propósito....................................................................................................................................................................................................................1
Acerca de los microARN............................................................................................................................................................................................1
Acerca de este producto............................................................................................................................................................................................2
Ensayos............................................................................................................................................................. de microARN TaqMan disponibles
.................................................................................................................................................................................................................................... 2
Acerca de este............................................................................................................................................................................................. protocolo
.................................................................................................................................................................................................................................... 2
Descripción..................................................................................................................................................................................................... general
..............................................................................................................................................................................................................de laquímica 3
Two-St ep................................................................................................................................................................. RT-PCR
...................................................................................................................................................................................3
.....................................................................................................................................................................................
Acerca de las sondas.......................................................................................................................................................................4
Proceso de ensayo de nucleasa................................................................................................................................................................. de
.................................................................................................................................................................................5'4
.....................................................................................................................................................................................
Materiales y Equipos.....................................................................................................................................................................6
Productos................................................................................................................................................disponibles6
Almacenamiento 6...................................................................................................................................................................................
Materiales y equipos no............................................................................................................................................... incluidos
...................................................................................................................................................................................6
.....................................................................................................................................................................................
Prevención de la contaminación...........................................................................................................................................................9
Visión general 9...................................................................................................................................................................................
Prácticas generales....................................................................................................................................................... de PCR
...................................................................................................................................................................................9
.....................................................................................................................................................................................
Resumen....................................................................................................................................deprocedimientos 10
Amplificación......................................................................................................................................por PCR14
Visión general 14..........................................................................................................................................................................
PCR P................................................................................................................................................................rocess 14
Directrices para la preparación de reactivos.............................................................................................................................15
Componentes de reacción por.............................................................................................................................................PCR15
Preparación de la placa de reacción.................................................................................................................................... pcrista 16
Configuración del docu............................................................................................................................................................. 17
de la......................................................................................................................................................................
placa
Corriendo la placa............................................................................................................................................................18
Bibliografía 23..........................................................................................................................................................................
Obtención de MSDS
La MSDS para cualquier producto químico suministrado por Applied
Biosystems está disponible para usted de forma gratuita las 24 horas del
día. Para obtener MSDS:
1. Ir a https://docs.appliedbiosystems.com/msdssearch.html
2. En el campo Buscar de la página Búsqueda de MSDS:
a. Escriba el nombre del producto químico, el número de pieza u
otra información que espera que aparezca en la MSDS de
interés.
Eliminación de residuos
Si se generan residuos potencialmente peligrosos al operar el
instrumento, debe:
Para obtener los servicios más recientes y la información de soporte para todas
las ubicaciones, vaya a http://www.appliedbiosystems.comy, a continuación,
haga clic en el enlace Soporte.
En la página de soporte, puedes:
Visión general
Introducción
tiempo real de Applied Biosystems.
Los ensayos de microARN de TaqMan ofrecen varias ventajas distintas sobre los
métodos convencionales de detección de miARN, que incluyen:
Acerca de los microARN Los microARN son ARN endógenos, de aproximadamente 22 nucleótidos de
largo, que desempeñan importantes funciones reguladoras en animales y plantas
al dirigirse a las transcripciones de ARNm para el ahorro o la represión
traslacional (Bartel, 2004). Hasta la fecha, se han identificado cientos de miRNAs
únicos y maduros en todas las especies, y se siguen descubriendo más.
Sus niveles de expresión varían mucho entre especies y tejidos (Kim
et al., 2004).
Los miRNAs poco abundantes han sido difíciles de detectar en base a las tecnologías
actuales, como la clonación, la hibridación del norte (Lim et al., 2003), microarreglos
y otras técnicas.
http://www.appliedbiosystems.com/http://www.appli edbiosystems.com
Este protocolo proporciona:
RT-PCR de
dos pasos La cuantificación utilizando los ensayos de microARN de TaqMan se realiza
mediante RT-PCR de dos pasos:
Introducción
1. En el paso de transcripción inversa (RT), el ADNc se transcribe inversamente
de muestras de ARN total utilizando cebadores específicos de miRNA de los
ensayos de MicroARN de TaqMan y reactivos del Kit de Transcripción
Inversa de MicroARN de TaqMan®.
Paso 1 = RT
Extensión de la
imprimación sobre
miRNA Imprim
5 3 ación
Mirna
RT en
bucle
3 5
Paso 2 = PCR en tiempo real
Imprimación delantera
3 5
Ciclo #1
Síntesis de segundo aDNc
hebra
5
3
3 5
Ciclo #2 Amplificación por PCR del
ADNc
Imprimación delantera
5
3
3
5
Imprimación inversa
Proceso de ensayo de
nucleasa de 5' El proceso de ensayo de nucleasa5' (Figuras 2 a 6)tiene lugar durante la
amplificación por PCR. Este proceso ocurre en cada ciclo y no interfiere con la
acumulación exponencial del producto.
= No fluorescente Extintor
NFQ MGB R
= Aglutinante de ranura menor
P
= Reportero
= ADN polimerasa de arranque en caliente
Cartilla delantera
5 P
3 5
5 3
5 P
NFQ R
Imprimación inversa
MGB
Figura 3 Polimerización
Cartilla delantera
5 P
3 5
5 3
Introducción
5 P
NFQ
R Imprimación inversa
MGB
La ADN polimerasa escinde solo sondas que se hibridan al objetivo (Figura 5). La
escisión separa el tinte reportero del tinte quencher; la separación del tinte
reportero del tinte quencher da como resultado un aumento de la fluorescencia por
parte del reportero. El aumento de la señal de fluorescencia ocurre solo si la
secuencia objetivo es complementaria a la sonda y se amplifica durante la PCR.
Debido a estos requisitos, no se detecta la amplificación inespecífica.
Forward Primer
5 P
3 5
5 3
5 P
NFQ
Imprimación inversa
MGB
R
Figura 5 Escisión
Cartilla
delantera
5
3 5
5 3
5
Imprimación inversa
R
NFQ
MGB
Productos disponibles
Los ensayos de microARN de TaqMan están disponibles para una variedad de
especies. Para obtener la lista más reciente de ensayos, consulte el sitio web de
Applied Biosystems:
http://www.appliedbiosystems.com
Cada ensayo consiste en:
• Un tubo de imprimación RT
• Un tubo de ensayo TaqMan (imprimación preformulada
forward/reverse y sonda MGB)
• Suficiente material para 150 reacciones de PCR en tiempo real (a un
volumen total de reacción de 20 L)
¡IMPORTANTE! Los ensayos de microARN de TaqMan están específicamente
optimizados para trabajar con la transcriptasa inversa de MuLV contenida en el kit
de transcripción inversa de microARN de TaqMan. Applied Biosystems no puede
garantizar el rendimiento del ensayo si utiliza otras enzimas de transcriptasa
inversa.
Además, Applied Biosystems recomienda que utilice TaqMan® 2✕ Universal PCR
Master Mix, No AmpErase® UNG con ensayos de microARN TaqMan.
Materiales y equipos no
La Tabla 1 incluye equipos y materiales requeridos y opcionales para el
Incluido uso de ensayos de microARN de TaqMan. A menos que se indique lo contrario,
muchos de los artículos enumerados están disponibles en los principales
proveedores de laboratorios.
Introducción
Applied Biosystems 7900HT Sistema rápido de PCR
en tiempo real Póngase en contacto
Applied Biosystems 7300/7500/7500 Sistema rápido de con su oficina local
PCR en tiempo real de ventas de Applied
Biosystems.
GeneAmp® termociclador PCR System 9700
ABI PRISM® placa de reacción óptica de 96 pozos con 4326659 PN de
código de barras (código 128) Applied
Biosystems
®
ABI PRISM placa de reacción óptica transparente de 4309849 PN de
384 pozos con código de barras (código 128) Applied
Biosystems
ABI PRISM ® Cubiertas adhesivas 4311971 PN de
ópticas (cantidad 100) Applied
Biosystems
Cubiertas adhesivas ópticas (cantidad 25) 4360954 PN de
Applied
Biosystems
®
ABI PRISM Tapas ópticas, 8 tapas/tira 4323032 de PN de
Applied
Biosystems
®
Herramienta de instalación de abi pRISM cap 4330015 PN de
Applied
Biosystems
Kit aplicador de sello adhesivo 4333183 PN de
Applied
Biosystems
™
MicroAmp películas adhesivas transparentes 4306311 PN de
Applied
Biosystems
Almohadillas de compresión óptica (cantidad 5) 4312639 de PN de
Applied
Biosystems
Tubos de reactivo de Applied Biosystems con tapas, 4305932 de PN de
10 ml Applied
Biosystems
Centrífuga con portaplazas Principal
proveedor de
laboratorio
(MLS)
Guantes desechables MLS
Microcentrífuga MLS
Puntas de pipeta, resistentes a aerosoles, sin nucleasas: MLS
rango de 1 a 20L, rango de 20 a 200-L, rango de
100 a
Introducción
General PCR
Prácticas Prácticas generales de PCR para prevenir la contaminación:
65 minutos
Termociclador Instrumentos de PCR en tiempo
real
15 minutos
12 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12
AB C D E F G
15 minutos
Analizar
resultados (2
min)
Transcripción inversa
Plantilla de ARN
Directrices Para el rendimiento óptimo del kit de transcripción inversa de microARN
de TaqMan y de los ensayos de microARN de TaqMan, Applied Biosystems
recomienda utilizar ARN con las siguientes características:
Uso de ensayos
individuales
Cantidad de ¡IMPORTANTE! No desnaturalizar el ARN. La desnaturalización del
entrada por reacción de ARN puede reducir el rendimiento del ADNc para algunos objetivos
ARN total de miARN.
Volumen de
Componente mezcla maestra/
15-L Reacción
a
DNTP 100 metros (con dTTP) 0.15
MultiScribe™ Transcriptasa Inversa, 1.00
50 U/L
10✕ Búfer de transcripción inversa 1.50
Inhibidor de la RNasa, 20U/L 0.19
Agua libre de nucleasas 4.16
un. Cada
Total reacción RT de 15-L consta de 7 L demezcla
7.00 maestra, 3
L de imprimación y 5 L de muestrade ARN.
Preparando el RT
Para preparar la reacción RT:
Reacción
1. Para cada reacción RT de 15-L combinar la mezcla
maestra de RT (del paso 2 en la página 12) con el
ARN total en la proporción de:
7 L RT maestro
mezclar un
5 L de ARN total
Por ejemplo, combinar 7.7 L de mezcla maestra RT
con 5.5 L de ARN total. Recuerde incluir la misma
proporción de exceso de volumen de ARN total que para la
mezcla maestra Rt. En este ejemplo, se incluyó Uno
exceso de volumen del 10% tanto para la mezcla maestra
de RT como para el ARN total.
Nota: Applied Biosystems recomienda utilizar de 1 a 10
de la ARN total por reacción.
2. Mezclar suavemente. Centrifugadora para llevar la
solución al fondo del tubo.
¡IMPORTANTE! No exceda las 2000 RPM o 5 minutos al
centrifugar.
Uso de ensayos
1 en la página 13)en un tubo de reacción de polipropileno
individuales
de 0.2 Ml. (Este eso el tubo de reacción RT.)
Nota: Alternativamente puede despedir en único pozo
de una placa de reacción de 96 pozos.
Reactivo
Preparación Seguir estas pautas garantiza un rendimiento óptimo de la PCR:
Directrices
• Mantenga todos los ensayos de microARN de TaqMan protegidos de la
luz, en el congelador, hasta que esté listo para usarlos. La exposición
excesiva a la luz puede afectar a las sondas fluorescentes.
• Antes de su uso, mezcle bien el TaqMan Universal PCR Master
Mix girando la botella.
Componentes de • Prepare la mezcla de reacción de PCR antes de transferirla a la placa de
reacción de PCR reacción para el ciclo térmico y el análisis de fluorescencia.
Applied Biosystems recomienda realizar cuatro réplicas de PCR por reacción rt. El
volumen de reacción recomendado es de 20 L. Prepare la placa de modo que
cada reacción de PCR contenga los componentes enumerados en la siguiente
tabla.
PELIGROQUÍMICO. TaqMan 2✕
Universal PCR Master Mix, No AmpErase UNG puede causar irritación de los
ojos y la piel. La exposición puede causar molestias si se ingiere o inhala. Lea el
MSDS y siga las instrucciones de manejo. Use gafas protectoras, ropa y
guantes apropiados.
Volumen
Componente (L) / 20-L
Reacción
Ensayo de microARN TaqMan (20✕) 1.00
Uso de ensayos
individuales
Agua libre de nucleasas 7.67
Volumen total 20
PELIGROQUÍMICO. TaqMan 2✕
Universal PCR Master Mix, No AmpErase UNG puede causar irritación de los
ojos y la piel. La exposición puede causar molestias si se ingiere o inhala. Lea el
MSDS y siga las instrucciones de manejo. Use gafas protectoras, ropa y
guantes apropiados.
Volumen de mezcla
Reactivo maestra para una
reacción de 20-L
TaqMan 2✕ Mezcla maestra de PCR 10.00
universal sin AmpErase JOVEN
Agua libre de nucleasas 7.67
Uso de ensayos
7. Prepare la placa de reacción de PCR dispensando 20 L de la
individuales
mezcla maestra de PCR completa (incluido el producto de
imprimación y RT) en cada uno de los cuatro pozos.
Ajuste Hacia
arriba el Plato Consulte la guía del usuario del instrumento correspondiente para obtener
Documento instrucciones sobre cómo configurar el documento de placa.
Parámetro Valor
Volumen de muestra 20 L
Parámetros de
ciclo térmico Amplifica
Taq Oro®
PCR
activación
Paso enzimática
SOSTENE CICLO (40 ciclos)
R
Desnatural Anneal/
izar Extende
r
Hora 10 15 60
minutos segundos segundos
Temp 95 95 60
eratur
Configuración Acepte los valores predeterminados. (El valor
de incremento predeterminado es 0.)
automático
Configuraci Acepte los valores predeterminados. (El valor
ón de la tasa predeterminado es Estándar).
de rampa
Recogida de datos Acepte los valores predeterminados. (El valor
predeterminado es 60 C.)
Ejecución de la placa Consulte los siguientes documentos para obtener instrucciones detalladas
sobre la carga y el funcionamiento de las placas PCR:
3. Inicie la ejecución.
Uso de ensayos
individuales
Procesogeneral El proceso general para analizar los datos de los ensayos de expresión
génica implica los siguientes procedimientos:
Análisis de datos
Afonina, I., Zivarts, M., Kutyavin, I. , et al. 1997. Cebado eficiente de PCR
con oligonucleótidos cortos conjugados a un aglutinante de ranura menor. Ácidos
nucleicos Res. 25:2657–2660.
Bartel, D. P. 2004. MicroRNAs: Genómica, Biogénesis, Mecanismo y Función.
Celda 116:281-287.
Förster, V. T. 1948. Migración de energía intermolecular y fluorescencia. Anales de
Física (Leipzig) 2:55–75.
Kim., J., Krichevsky, A., Grad, Y., Hayes, G.D., Kosik, K.S., Church, G.M., y
Gary Ruvkun. 2004. Identificación de muchos microARN que copurifican con
poliribosomas en neuronas de mamíferos. PNAS 101:360—365.
Kutyavin, I.V., Lukhtanov, E.A., Gamper, H.B., y Meyer, R.B. 1997.
Oligonucleótidos con dihidropiroindole tripéptidos conjugados: composición de
la base y efectos de la columna vertebral sobre la hibridación. Ácidos nucleicos
Res. 25:3718–3723.
Applera se compromete a
proporcionar la tecnología y la
información líderes en el mundo
para los científicos de la vida.
Applera Corporation está
formada por los negocios de
Applied Biosystems y Celera
Genomics.
Sede
850 Lincoln Centre
Drive Foster City,
CA 94404 USA
Teléfono: +1
650.638.5800
Línea gratuita (en América del
Norte): +1 800.345.5224 Fax: +1
650.638.5884
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