VARIANTES II SARS - CoV-2 KIT

REPRESENTANTE EXCLUSIVO EN CHILE Solo para uso profesional
AllplexTM
SARS-CoV-2 Variants II Assay

(Nú m. Cat. RV10305X)
AllplexTM SARS-CoV-2 Variants II Assay es un producto sanitario de diagnóstico in

vitro diseñado para la detección cualitativa de mutaciones de la proteína spike (L452R,
W152C, K417T, y K417N) del SARS-CoV-2 con PCR de transcripción inversa en
tiempo real a partir de aspirados nasofaríngeos, hisopo nasofaríngeo, lavado
broncoalveolar, hisopo orofaríngeo (garganta), esputo y saliva.
Para uso con

1. Microlab NIMBUS IVD y Microlab STARlet IVD
2. Seegene NIMBUS y Seegene STARlet
Para uso con

1. CFX96™ Real-time PCR Detection System (CFX Manager™ Software-IVD v1.6)
2. CFX96™ Dx System (CFX Manager™ Dx Software v3.1)
Solo para uso en diagnó stico in vitro
Seegene Inc.,
Taewon Bldg., 91 Ogeum-ro, Songpa-gu, Seoul, Corea del Sur 05548
Medical Technology Promedt Consulting GmbH
Altenhofstrasse 80, D-66386 St. Ingbert, Alemania
No disponible en los Estados Unidos

Allplex™ SARS-CoV-2 Variants II Assay
ÍNDICE
AVISOS ---------------------------------------------------------------------------------------------- 3
USO PREVISTO ----------------------------------------------------------------------------------- 4
PRINCIPIOS Y DESCRIPCIÓ N GENERAL DEL PROCEDIMIENTO --------------- 5
ANTECEDENTES --------------------------------------------------------------------------------- 6
REACTIVOS ---------------------------------------------------------------------------------------- 8
ALMACENAMIENTO Y MANIPULACIÓ N -------------------------------------------------- 8
MATERIALES NECESARIOS Y NO INCLUIDOS ---------------------------------------- 9
PROTOCOLO -------------------------------------------------------------------------------------- 10
CONFIGURACIÓ N DEL INSTRUMENTO DE PCR EN TIEMPO REAL Y

ANÁ LISIS DE LOS RESULTADOS ---------------------------------------------------------- 18
CFX96™ Real-time PCR Detection System (CFX Manager™ Software-IVD v1.6 )----- 18
CFX96™ Dx System (CFX Manager™ Dx Software v3.1) ------------------------------------- 28
RESULTADOS ------------------------------------------------------------------------------------- 38
SOLUCIÓ N DE PROBLEMAS ----------------------------------------------------------------- 40
RENDIMIENTO ------------------------------------------------------------------------------------- 42
REFERENCIAS ------------------------------------------------------------------------------------ 54
SÍMBOLOS ------------------------------------------------------------------------------------------ 56
INFORMACIÓ N PARA PEDIDOS ------------------------------------------------------------ 57
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AVISOS
⚫ Solo para uso en diagnóstico in vitro.

⚫ El Allplex™ SARS-CoV-2 Variants II Assay debe realizarlo personal con la cualificación y la
formación adecuadas.
⚫ La fiabilidad de los resultados depende de que el procedimiento de recogida,
almacenamiento, transporte y procesamiento de las muestras sea adecuado.
⚫ Este producto es solo para su uso con Microlab NIMBUS IVD, Microlab STARlet IVD,
Seegene NIMBUS y Seegene STARlet en 5 ejecuciones diferentes como máximo.
⚫ Esta prueba se ha validado para los siguientes tipos de muestras: aspirado
nasofaríngeo, hisopo nasofaríngeo, lavado broncoalveolar, hisopo orofaríngeo
(garganta), esputo y saliva. Esta prueba no se ha validado para otros tipos de muestras.
⚫ Almacene las muestras de RNA a ≤ -20°C hasta que las use y consérvelas en hielo
durante el uso.
⚫ La sensibilidad del ensayo puede reducirse si las muestras se congelan o descongelan
varias veces o si se almacenan durante más tiempo.
⚫ El flujo de trabajo del laboratorio debe ser unidireccional.
⚫ Use guantes desechables y cámbieselos antes de entrar en zonas diferentes. Cámbiese
los guantes inmediatamente si se contaminan o trátelos con reactivo de descontaminación
de DNA.
⚫ Los consumibles y el equipo deben ser específicos de las zonas de trabajo y no se deben
trasladar de una zona a otra.
⚫ No pipetee con la boca.
⚫ No coma, beba ni fume en las zonas de trabajo del laboratorio. Use guantes sin polvo
desechables, batas de laboratorio y protección ocular cuando manipule muestras y
reactivos. Lávese bien las manos después de manipular muestras y reactivos de prueba.
⚫ Evite la contaminación de los reactivos cuando quite partes alícuotas de los tubos de
reactivo. Se recomienda usar puntas de pipeta desechables resistentes a aerosoles y
estériles.
⚫ No agrupe reactivos de lotes diferentes ni de tubos diferentes del mismo lote.
⚫ No use el producto después de su fecha de caducidad.
⚫ No reutilice los artículos desechables.
⚫ Use tubos con tapón de rosca y evite posibles salpicaduras o contaminación cruzada de
muestras durante la preparación.
⚫ Tenga cuidado de no contaminar los reactivos con los ácidos nucleicos extraídos, los
productos de PCR ni los controles positivos. Para evitar la contaminación de los reactivos,
se recomienda usar puntas con filtro.
⚫ Use zonas de trabajo separadas y segregadas para cada experimento.
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⚫ Para evitar la contaminación de las zonas de trabajo con productos amplificados, abra los
tubos de reacción de PCR o las tiras solo en las áreas de trabajo designadas después de la
amplificación.
⚫ Almacene los materiales positivos separados de los reactivos del kit.
⚫ Deben seguirse los procedimientos de seguridad en laboratorios (consulte Biosafety in
Microbiological and Biomedical Laboratories y los documentos del CLSI) al manipular
muestras. Limpie y desinfecte bien todas las superficies de trabajo con hipoclorito de sodio
al 0,5% (en agua desionizada o destilada). Los componentes del producto (residuos del
producto, embalaje) pueden considerarse residuos de laboratorio. Deseche los reactivos
sin usar y los residuos de acuerdo con la normativa local, regional y estatal aplicable.
⚫ La fecha de caducidad es de 13 meses a partir de la fecha de fabricación a ≤ -20°C.
Consulte la fecha de caducidad en la etiqueta.
⚫ Es necesaria correlación clínica con la historia del paciente y otra información de
diagnóstico para determinar el estado de infección del paciente.
⚫ Seegene NIMBUS y Seegene STARlet son el mismo equipo que Microlab NIMBUS IVD y
Microlab STARlet IVD, respectivamente, aunque el fabricante es diferente. Dado que no ha
habido cambios de hardware en los dispositivos, los resultados de la prueba son los
mismos en ellos.
⚫ La marca “CFX96™ Real-time PCR Detection System-IVD” se ha cambiado a “CFX96™ Dx
System”. Dado que no ha habido cambios de hardware en los sistemas, se espera obtener
los mismos resultados de ambos sistemas.
⚫ “CFX Manager™ Dx Software v3.1” es una actualización de “CFX Manager™ Software-IVD
v1.6”. El software actualizado incluye mejoras en el menú “Run” (Ejecución). Estas mejoras
no influyen en los resultados del análisis de datos; por lo tanto, los resultados serán los
mismos.
USO PREVISTO
Allplex™ SARS-CoV-2 Variants II Assay es un producto sanitario de diagnóstico in vitro

diseñado para la detección cualitativa de mutaciones de la proteína spike (L452R, W152C,
K417T, y K417N) del SARS-CoV-2 con PCR de transcripción inversa en tiempo real a partir de
aspirados nasofaríngeos, hisopo nasofaríngeo, lavado broncoalveolar, hisopo orofaríngeo
(garganta), esputo y saliva.
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PRINCIPIOS
1. Principios
Allplex™ SARS-CoV-2 Variants II Assay es un ensayo RT-PCR multiplex en tiempo real que
permite la amplificación y detección simultáneas de mutaciones de la proteína spike (L452R,
W152C, K417T, y K417N) del SARS-CoV-2 con control interno (IC).
Para amplificar y detectar varios objetivos con mayor precisión en una sola reacción, este kit de
ensayo emplea las tecnologías innovadoras patentadas DPO™ y TOCE™ de Seegene. La
presencia de la secuencia de genes concreta en la reacción se declara como valor Ct mediante
el software de análisis Seegene Viewer.
Se usa un gen endógeno como IC para supervisar todo el proceso de recogida de la muestra,
extracción de ácido nucleico y verificación de posibles inhibiciones de PCR.
Para evitar que el producto de amplificación actúe como potencial contaminante, se emplea el
sistema Uracilo-DNA glicosilasa (UDG)-dUTP en el Allplex™ SARS-CoV-2 Variants II Assay. El
sistema UDG-dUTP se suele usar al realizar PCR para eliminar la transferencia del amplicón
utilizando UDG para extirpar los residuos de uracilo del DNA mediante la rotura del enlace N-
glicosídico.
2. Resumen del procedimiento
Muestras
(aspirado nasofaríngeo, hisopo nasofaríngeo, lavado broncoalveolar,
hisopo orofaríngeo (garganta), esputo y saliva)
Extracció n de ácido nucleico
Á cido nucleico
RT-PCR en tiempo real

con el AllplexTM system
Resultados
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ANTECEDENTES
1. Síndrome respiratorio agudo severo coronavirus 2 (SARS-CoV-2)
El Coronavirus es un virus RNA que contiene aproximadamente 27–32 kb de RNA de una sola
hebra en sentido positivo. En los humanos, provoca infecciones del tracto respiratorio que
pueden ir de leves a letales.
En diciembre de 2019, una serie de pacientes con neumonía de etiología desconocida
aparecieron en Wuhan, China, y se detectó que el agente causante era el síndrome respiratorio
agudo severo coronavirus 2 (SARS-CoV-2), un nuevo coronavirus. La enfermedad de
Coronavirus 19 (COVID-19) se ha propagado por el mundo y la Organización Mundial de la
Salud (OMS) declaró la pandemia de COVID-19 en marzo 2020. A fecha de marzo de 2021, se
ha informado a la OMS de más de 100.000.000 casos confirmados y de más de 2.500.000
fallecimientos a causa de la COVID-19 en todo el mundo.
El SARS-CoV-2 se transmite mediante gotitas de los pacientes infectados. Los pacientes
infectados por COVID-19 presentan cuadro clínico que incluye fiebre y tos como
manifestaciones clínicas principales. Otros son la falta de aire, la mialgia, etc. Sin embargo,
también están surgiendo casos de infección asintomáticos, lo que hace que resulte muy
importante diagnosticar y adoptar medidas de cuarentena con rapidez.
2. Variantes preocupantes (VOCs) de SARS-CoV-2
Todos los virus, incluido el SARS-CoV-2, cambian con el tiempo. El potencial de mutación del
virus aumenta según la frecuencia de infección en humanos y animales. Actualmente, se han
notificado varias mutaciones del SARS-CoV-2. Las variantes emergentes y circulantes que
cuentan con varias mutaciones en una misma región geográfica se consideran variantes de
interés (VOI). Una VOC suele ser una variante con mutaciones en el dominio de los receptores
de enlace (RBD) de la proteína spike, que interactúan con el receptor de la enzima convertidora
de angiotensina humana (ACE2) para provocar una infección con evidencias de
transmisibilidad o infecciosidad aumentadas. Se han notificado varias VOCs del SARS-CoV-2
con una mutación característica en el RBD.
El linaje B.1.1.7 (501Y.V1), que se identificó inicialmente en el Reino Unido, contiene la
mutación N501Y en el RBD. También se ha descubierto que la mutación N501Y está presente
en el linaje B.1.351 (501Y.V2), que se identificó en Sudáfrica, y el linaje P.1 (501Y.V3), que se
identificó en Brasil. El linaje B.1.351 contiene K417N, E484K y N501Y en el RBD de diez
mutaciones de la proteína spike. El linaje P.1 contiene K417T, E484K y N501Y en el RBD de
doce mutaciones de la proteína spike. K417N en B.1.351 y K417T en P.1 son
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mutaciones únicas en cada linaje. Los linajes B.1.427 y B.1.429, que se identificaron
inicialmente en California (EE. UU.), contienen L452R en el RBD de tres mutaciones de la
proteína spike (S13I, W152C y L452R). El linaje B.1.617, también conocido como VUI (variante
en investigación) -21APR-01, se identificó inicialmente en India y es una mutación doble, con
E484Q y L452R en el RBD. La mutación L452R es una característica común que está presente
en las variantes de California y la India, mientras que W152C y E484Q son únicas.
Como el efecto de cada mutación puede afectar de manera diferente a las características
virales (por ejemplo, la infecciosidad viral, la antigenicidad o la evasión de anticuerpos), se
requiere un diagnóstico específico urgente de las mutaciones para identificar las cepas
variantes del SARS-CoV-2 con fines de epidemiología, tratamiento y prevención de la
propagación del virus.
7 05/2021 V1.00_(ES)
REACTIVOS
Los reactivos contenidos en un kit son suficientes para 100 reacciones.

Información para pedidos ( Núm. Cat. RV10305X)
Símbolo Contenido Volumen Descripció n
Mezcla de oligos:
SC2V2 MOM 500 µL
- Reactivo de amplificación y detección
- RTase
- DNA polimerasa
EM5 500 µL
- Uracilo-DNA glicosilasa (UDG)
- Tampón con dNTPs
Tampón para PCR en tiempo real

EM5 Buffer 500 µL
- Tampón que contiene BSA y glicerol
Control positivo (PC):

SC2V2 PC 50 µL - Mezcla de clones del objetivo y el
IC
RNase-free Water 1.000 µL Calidad ultrapura, para PCR
Manual del usuario
ALMACENAMIENTO Y MANIPULACIÓ N
Todos los componentes de Allplex™ SARS-CoV-2 Variants II Assay deben almacenarse

a ≤ -20°C. Todos los componentes son estables en las condiciones de almacenamiento
recomendadas hasta la fecha de caducidad indicada en la etiqueta. Este producto se puede
usar durante los 30 días posteriores a la apertura inicial del kit, y su rendimiento no se ve
afectado hasta un máximo de 5 ciclos de congelación y descongelación. Si los reactivos solo
se van a usar intermitentemente, deben almacenarse en partes alícuotas.
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MATERIALES NECESARIOS Y NO INCLUIDOS
⚫ Guantes sin polvo desechables (de látex o nitrilo)

⚫ Pipetas (ajustables) y puntas de pipeta estériles
⚫ Tubos de microcentrífuga de 1,5 mL
⚫ Kit de extracción de ácido nucleico (ver Extracción de ácido nucleico)
⚫ Banco de limpieza
⚫ Máquina de hielo
⚫ Centrífuga de sobremesa
⚫ Agitador vórtex
⚫ CFX96TM Real-time PCR Detection System (Bio-Rad)
⚫ CFX96TM Dx System (Bio-Rad)
⚫ Sellador para placas PX1 PCR (sellador automático, Núm. Cat. 181-4000, Bio-Rad)*
⚫ Productos relacionados con PCR**
Fabricante Tubo de PCR Cubierta aplicable
Tiras de 8 tubos de 0,2 mL de perfil bajo
Tiras planas ópticas de 8 tapones
sin tapón (color blanco, Núm. Cat.
(Núm. Cat. TCS0803)
TLS0851)
Tiras planas ópticas de 8 tapones
Placas de PCR Hard-Shell® de 96 pocillos,
(Núm. Cat. TCS0803)
de perfil bajo, de pared fina, con falda,
Bio-Rad Sellado térmico transparente
blanco/blanco (Núm. Cat. HSP9655)
permanente (Núm. Cat. 1814035)*
Placas de PCR Hard-Shell® de 96 pocillos, Tiras planas ópticas de 8 tapones (Núm.
de perfil bajo, de pared fina, con falda, Cat. TCS0803)
blanco/blanco, con código de barras (Núm. Sellado térmico transparente
Cat. HSP9955) permanente (Núm. Cat. 1814035)*
Tira de 8 tubos de 0,1 ml EU, LP, W, Tiras anchas ópticas de 8 tapones EU
extrarrobusto (Núm. Cat. B72719) (Núm. Cat. B57801)
BIOplastics
Placa de 96 × 0,1 mL, LP, W, LLENA, Lámina de sellado óptico Opti-Seal
placa de 96 pocillos (Núm. Cat. B70679) (Núm. Cat. 157300)
Tira de 8 tapones G2 PCR, sin tubo,
óptica, natural, estéril RNase y DNase
Placas G2 PCR de 0,1 ml, media faldilla,
free (Núm. Cat. PCR-B8GC)
GenFollower blancas, estériles, RNase y DNase free
Película de sellado transparente para
(Núm. Cat. B96HS-01W)
placas PCR, transparente, estéril, RNase
y DNase free (Núm. Cat. QPCR96F-1)
* Asegúrese de usar juntos el sellado térmico y el sellador para placas indicados anteriormente.
** Utilice la placa/tira de 8 tubos con la cubierta compatible que se muestra en la tabla.
9 05/2021 V1.00_(ES)
PROTOCOLO
1. Recogida, almacenamiento y transporte de las muestras
Nota: Todas las muestras deben tratarse como material potencialmente infeccioso. Solo se
permiten los materiales de muestra recogidos, almacenados y transportados siguiendo
estrictamente estas reglas y estas instrucciones.
Nota: Para garantizar una alta calidad de las muestras, las muestras deben transportarse lo
más rápidamente posible a las temperaturas indicadas.
A. Recogida de las muestras
aspirado nasofaríngeo, hisopo nasofaríngeo, lavado broncoalveolar, hisopo orofaríngeo

(garganta)
⚫ Las muestras de aspirado nasofaríngeo, hisopo nasofaríngeo, lavado broncoalveolar,
hisopo orofaríngeo (garganta) se examinan de forma rutinaria en busca de patógenos
respiratorios comunes.
⚫ En algunos pacientes puede resultar difícil la obtención de las muestras respiratorias.
En tales casos, se pueden recoger hisopos nasofaríngeos de una manera sencilla y
eficiente con new nylon flocked swabs (COPAN, Italia) y Universal Transport Medium
(UTM).
Fabricante Dispositivo de recogida de muestras Núm. Cat.

COPAN ESwab 482CE
ENAT PM 2ML PERNASAL APPLICATOR
COPAN (APLICADOR PARA VÍA NASAL ENAT PM 606CS01P*
2ML)
UTM with Flocked Swabs
COPAN 360C / 305C
(UTM con hisopos flocados)
UTM with Flexible Minitip Flocked Swab
DIAGNOSTIC HYBRIDS (UTM con hisopo flexible de minipunta de 403C / 406C
fibras)
COPAN MSwab® kit 6E012N / 6E013N
COPAN MSwab® bulk 6E011N
CTM (Clinical Virus Transport Medium) UTNFS-3B-2-N1P
Noble Biosciences
(Medio de transporte de virus clínico) / UTNFS-3B-2
SG Medical GeneTM Set (GTS1) T5002
SG Medical GeneTM Set (GTS2) T5001
SG Medical ALLTM Set (ATS 1) T5003
SG Medical ALLTM Set (ATS 2) T5004
SG Medical Medio ALLTM T5103
* Utilice los números de catálogo mostrados anteriormente para comprar productos a Seegene
Inc.
10 05/2021 V1.00_(ES)
Esputo
⚫ Cuando recoja muestras de esputo, dé instrucciones clara a los pacientes. Los
pacientes deben recoger las muestras en exterior, al aire libre o alejados de otras
personas. Los pacientes no deben recoger las muestras en lugares cerrados, como
baños.
⚫ Enjuagar la boca con agua antes de recoger el esputo. El paciente debe toser fuerte y
expectorar el esputo directamente en el recipiente.
⚫ Una muestra de esputo debe tener un volumen de 3 a 5 mL.
Saliva
1. No coma, beba, fume, cepille los dientes ni masque chicle durante los 30 min anteriores
a la recogida de la muestra.
2. Lávese las manos a conciencia durante 30 s.
3. Quite el tapón del tubo vacío esterilizado.
Nota: No toque el interior del tapón ni el interior del tubo esterilizado.
4. Vierta con suavidad la saliva en el tubo esterilizado hasta que se hayan recogido entre
1 y 2 mL. Tenga mucho cuidado de no salpicar ni de que se emitan aerosoles.
Nota: Si cae saliva en el exterior del tubo, límpiela con una toallita de algodón con
alcohol.
5. Apriete con firmeza el tapón del tubo de muestras.
B. Almacenamiento y transporte de las muestras
Almacenamiento y
Muestra transporte Nota
Temp. Duració n*
Aspirado nasofaríngeo
Hisopo nasofaríngeo
- El rendimiento puede verse
Lavado broncoalveolar afectado por el almacenamiento
2~8°C 3 días
prolongado de las muestras.
Hisopo orofaríngeo
- Las muestras deben seguir las
(garganta)
instrucciones locales y nacionales
Esputo de transporte de materiales
patógenos.
2~8°C 4 días
Saliva
15~25°C 2 días
* Duració n: El periodo de tiempo desde la recogida de la muestra hasta la prueba final (incluye
el transporte y el almacenamiento de las muestras antes de la prueba).
11 05/2021 V1.00_(ES)
2. Extracció n de ácido nucleico
[Métodos de extracció n de distintas muestras]
Nota: Utilice los kits manuales o el sistema de extracción automatizada según la muestra que se
presenta en la siguiente tabla.
Sistema de extracció n automatizada
Microlab Seegene
Muestra NIMBUS IVD / STARlet IVD NIMBUS / STARlet KingFisher MagNA Maelstrom
Universal Viral DNA/RNA Universal Viral DNA/RNA Flex* Pure 96* ™ 9600**
Cartridge Kit 200 C Kit *** Cartridge Kit 200 C Kit ***
Aspirado
O X O X O O X
nasofaríngeo
Hisopo
O O O O O O O
nasofaríngeo
Lavado
O X O X X X X
broncoalveolar
Hisopo orofaríngeo
O O O O O O O
(garganta)
Esputo O X O X O O O
Saliva§ O X O X X X X
* El lavado broncoalveolar y la saliva no se han validado con KingFisher Flex y MagNA Pure
96.
** El aspirado nasofaríngeo, el lavado broncoalveolar y la saliva no se han validado con
Maelstrom™ 9600.
*** El aspirado nasofaríngeo, el lavado broncoalveolar, el esputo y la saliva no se han validado
con Viral DNA/RNA 200 C Kit.
§ La saliva se ha validado con Universal Cartridge Kit.
12 05/2021 V1.00_(ES)
A. Pretratamiento de la muestra
Esputo
⚫ Añada 2 volúmenes de 1X PBS o solución salina a la muestra de 1 volumen en el tubo

cónico de 15 mL y agítelo en el agitador vórtex a conciencia para dispersar la muestra.
⚫ Transfiera el volumen recomendado (consulte Vol. recomendado de 2-B) de muestra a un
tubo nuevo.
⚫ Siga el protocolo del kit de extracción.
Nota: Si la muestra no presenta viscosidad, el paso de tratamiento previo NO es necesario.
Saliva
⚫ Añada 1 volumen de 1X PBS a la muestra de 1 volumen en el tubo esterilizado y agítelo

en el agitador vórtex a conciencia para dispersar la muestra.
⚫ Transfiera el volumen recomendado (consulte Vol. recomendado de 2-B) de muestra a un
tubo nuevo.
⚫ Siga el protocolo del kit de extracción.
B. Sistema de extracció n de ácido nucleico automatizada
Nota: Use los volúmenes recomendados de muestra y elución indicados a continuación. Para
otros datos, consulte el protocolo del fabricante.
B-1. Microlab NIMBUS IVD
Sistema de extracción automatizada Fabricante Núm. Cat. Vol. recomendado
Microlab NIMBUS IVD Hamilton 65415-02* -
744300.4. Muestra: 300 µL

STARMag 96 X 4 Universal Cartridge Kit Seegene
UC384 Elución: 100 µL
Muestra: 300 µL
STARMag 96 X 4 Viral DNA/RNA 200 C Kit** Seegene EX00013C
Elución: 100 µL
* Utilice los números de catálogo mostrados anteriormente para comprar productos a

Seegene Inc.
** El aspirado nasofaríngeo, el lavado broncoalveolar, el esputo y la saliva no se han validado.
13 05/2021 V1.00_(ES)
B-2. Microlab STARlet IVD
Microlab STARlet IVD Hamilton 173000-075* -
744300.4. Muestra: 300 µL

Muestra: 300 µL
STARMag 96 X 4 Viral DNA/RNA 200 C Kit** Seegene EX00013C
Elución: 100 µL
* Utilice los números de catálogo mostrados anteriormente para comprar productos a
Seegene Inc.
** El aspirado nasofaríngeo, el lavado broncoalveolar, el esputo y la saliva no se han validado.
B-3. Seegene NIMBUS
Seegene NIMBUS Seegene 65415-03 -
744300.4. Muestra: 300 µL

Muestra: 300 µL
STARMag 96 X 4 Viral DNA/RNA 200 C Kit* Seegene EX00013C
Elución: 100 µL
* El aspirado nasofaríngeo, el lavado broncoalveolar, el esputo y la saliva no se han validado.
B-4. Seegene STARlet
Seegene STARlet Seegene 67930-03 -
744300.4. Muestra: 300 µL

Muestra: 300 µL
STARMag 96 X 4 Viral DNA/RNA 200 C Kit* Seegene EX00013C
Elución: 100 µL
* El aspirado nasofaríngeo, el lavado broncoalveolar, el esputo y la saliva no se han validado.
14 05/2021 V1.00_(ES)
B-5. KingFisher™ Flex Purification System, KingFisher with 96 Deep-well Head
KingFisher™ Flex Purification System, Thermo Fisher

5400630 -
KingFisher with 96 Deep-well Head Scientific
MagMAX™ Viral/Pathogen Nucleic Acid Thermo Fisher Muestra: 200 µL

A42352
Isolation Kit Scientific Elución: 80 µL
Nota: El lavado broncoalveolar y la saliva no se han validado con KingFisher Flex.
B-6. MagNA Pure 96
Roche
MagNA Pure 96 06541089001 -
Diagnostics
MagNA Pure 96 DNA and Viral NA Small Roche Muestra: 200 µL

06543588001
Volume Kit Diagnostics Elución: 100 µL
Nota: El lavado broncoalveolar y la saliva no se han validado con MagNA Pure 96.
B-7. Maelstrom™ 9600
⚫ Continúe con el proceso de extracción con el protocolo “665-Rapid”.

Sistema de extracció n
Fabricante Nú m. Cat. Vol. recomendado
automatizada
Taiwan
Maelstrom™ 9600 Advanced M9600 -
Nanotech Inc.
Taiwan
TANBead® Nucleic Acid Extraction Kit Muestra: 300 µL
Advanced W665S66
OptiPure Viral Auto Tube Elución: 80 µL
Nanotech Inc.
Taiwan
Advanced W665A46
OptiPure Viral Auto Plate Elución: 80 µL
Nanotech Inc.
Taiwan
Advanced W665A10
OptiPure Viral Bulk Plate Elución: 80 µL
Nanotech Inc.
Nota: El aspirado nasofaríngeo, el lavado broncoalveolar y la saliva no se han validado con
Maelstrom™ 9600.
15 05/2021 V1.00_(ES)
3. Preparació n para RT-PCR en tiempo real
Nota: Deben usarse los tapones y los tubos correctos (ver MATERIALES NECESARIOS
PERO NO PROPORCIONADOS).
Nota: Deben usarse guantes ajustados y puntas con filtro resistentes a aerosoles al preparar
reacciones de RT-PCR. Tenga sumo cuidado para evitar que haya contaminación cruzada.
Nota: Descongele completamente todos los reactivos en hielo.
Nota: Centrifugue brevemente los tubos de reactivo para quitar las gotitas del interior del tapón.
Nota: los pasos A~C se procesan automáticamente en Microlab NIMBUS IVD, Microlab
STARlet IVD, Seegene NIMBUS y Seegene STARlet. Consulte cada manual de uso.
A. Prepare la mezcla maestra de reacción.
5 µL SC2V2 MOM
5 µL EM5
5 µL EM5 Buffer
15 µL Volumen total de mezcla maestra
Nota: Calcule la cantidad total de cada reactivo en función del número de reacciones, incluidas
muestras y controles.
B. Mezcle en el agitador vórtex con rapidez y centrifugue brevemente.
C. Divida en partes alícuotas 15 µL de la mezcla maestra de reacción y añada 5 µL de los

ácidos nucleicos de cada muestra a los tubos de PCR.
15 µL Mezcla maestra de reacción

5 µL Á cido nucleico de la muestra
20 µL Volumen total de reacción
D. Cierre el tapón y centrifugue brevemente los tubos de PCR.
E. Compruebe que el líquido que contiene todos los componentes de PCR esté en la parte
inferior de cada tubo de PCR. Si no lo está, centrifugue de nuevo a más rpm durante más
tiempo.
16 05/2021 V1.00_(ES)
Nota: Se recomienda centrifugar los tubos de PCR antes de la PCR para eliminar las
burbujas de aire y recoger todos los líquidos residuales en la parte inferior de los tubos.
Correcto Incorrecto
Nota: Use una punta de pipeta estéril nueva para cada muestra.
Nota: Para el control negativo (NC), use 5 µL de RNase-free Water en lugar del ácido
nucleico de la muestra.
Nota: Para el control positivo (PC), use 5 µL de SC2V2 PC en lugar del ácido nucleico de la
muestra.
Nota: Tenga cuidado de no contaminar de forma cruzada la mezcla maestra de reacción y las
muestras con el control positivo.
Nota: No etiquete el tubo de reacción en el tapón. La fluorescencia se detecta desde la parte
superior de cada tubo de reacción.
17 05/2021 V1.00_(ES)
CONFIGURACIÓ N DEL INSTRUMENTO DE PCR EN TIEMPO REAL Y ANÁ LISIS

DE LOS RESULTADOS
1. CFX96TM Real-time PCR Detection System (CFX ManagerTM Software-IVD v1.6)
1.1. Configuració n del instrumento de PCR en tiempo real
Nota: La configuración del experimento de CFX96™ Real-time PCR Detection System (Bio-
Rad) puede dividirse en tres pasos: Protocol Setup (Configuración del protocolo), Plate Setup
(Configuración de la placa) y Start Run (Iniciar ejecución).
A. Protocol Setup (Configuració n del protocolo)
1) En el menú principal, seleccione File (Archivo) → New (Nuevo)→ Protocol (Protocolo)

para abrir Protocol Editor (Editor de protocolos).
Fig. 1. Protocol Setup (Configuració n del protocolo)
18 05/2021 V1.00_(ES)
2) En Protocol Editor (Editor de protocolos), defina el perfil térmico como se indica a

continuación:
Paso N.º de ciclos Temperatura Duración

1 50°C 20 min
1
2 95°C 15 min
3 95°C 10 seg
4 3 60°C 40 seg
5 72°C 20 seg
6 GOTO (Ir a) paso 3, 2 veces más
7 95°C 10 seg
8* 42 60°C 15 seg
9* 72°C 10 seg
* Lectura de placa en paso 8 y 9. La fluorescencia se detecta a 60°C y 72°C.
Fig. 2. Protocol Editor (Editor de protocolos)
3) Haga clic en el cuadro situado junto a Sample Volume (Volumen de muestra) para
introducir directamente 20 µL.
19 05/2021 V1.00_(ES)
4) Haga clic en OK (Aceptar) y guarde el protocolo para abrir la ventana Experiment Setup
(Configuració n del experimento).
Fig. 3. Experiment Setup (Configuració n del experimento): Protocol (Protocolo)
B. Plate Setup (Configuració n de la placa)
1) En la ficha Plate (Placa) de Experiment Setup (Configuració n del experimento), haga clic
en Create New (Crear nuevo) para abrir la ventana Plate Editor (Editor de placas).
Fig. 4. Plate Editor (Editor de placas)
20 05/2021 V1.00_(ES)
2) Haga clic en Select Fluorophores (Seleccionar fluorocromos) para indicar los

fluorocromos (FAM, HEX, Cal Red 610, Quasar 670, y Quasar 705) que se usarán y haga clic
en OK (Aceptar).
Fig. 5. Select Fluorophores (Seleccionar fluorocromos)
3) Seleccione los pocillos en los que se colocará el tubo de PCR y seleccione sus tipos de
muestra en el menú desplegable Sample Type (Tipo de muestra).
- Unknown (Desconocido): muestras clínicas
- Negative Control (Control negativo)
- Positive Control (Control positivo)
4) Haga clic en las casillas correspondientes (FAM, HEX, Cal Red 610, Quasar 670, y Quasar
705) para especificar los fluorocromos que se detectarán en los pocillos seleccionados.
5) Escriba el Sample Name (Nombre de la muestra) y pulse la tecla Entrar.
21 05/2021 V1.00_(ES)
6) En Settings (Configuració n) en el menú principal Plate Editor (Editor de placas), elija el

Plate Size (96 wells) (Tamañ o de placa [96 pocillos]) y el Plate Type (BR White) (Tipo de
placa [blanco BR]).
Fig. 6. Plate Setup (Configuració n de la placa)
7) Haga clic en OK (Aceptar) para guardar la nueva placa.
8) Volverá a la ventana Experiment Setup (Configuració n del experimento).
Fig. 7. Experiment Setup (Configuració n del experimento): Plate (Placa)
22 05/2021 V1.00_(ES)
9) Haga clic en Next (Siguiente) para Start Run (Iniciar ejecución).
C. Start Run (Iniciar ejecució n)
1) En la ficha Start Run (Iniciar ejecució n) de Experiment Setup (Configuració n del

experimento), haga clic en Close Lid (Cerrar tapa) para cerrar la tapa del instrumento.
Fig. 8. Close Lid (Cerrar tapa)
2) Haga clic en Start Run (Iniciar ejecució n).
3) Almacene el archivo de la ejecución en Mis documentos o en una carpeta específica.

Introduzca el nombre del archivo, haga clic en SAVE (GUARDAR) y se iniciará la ejecución.
1.2. Análisis de datos
A. Cree carpetas para la exportació n de datos
1) Para guardar datos para todo el paso de detección de la curva de amplificación desde el
archivo de resultados, cree una carpeta.
2) El nombre de la carpeta puede ser el que desee el usuario (para la función “Seegene Export”
(Exportación de Seegene), se crean automáticamente las carpetas “QuantStep8” y
“QuantStep9” para guardar los datos de cada curva de amplificación en la carpeta creada por el
usuario).
23 05/2021 V1.00_(ES)
B. Preconfiguració n del análisis de datos en CFX ManagerTM
1) Después de la prueba, haga clic en la ficha Quantitation (Cuantificació n) para confirmar los
resultados de la curva de amplificación.
Fig. 9. Resultados de la curva de amplificació n
2) Seleccione No Baseline Subtraction (Sin resta de línea de base) en Analysis Mode

(Modo de análisis) en el menú Settings (Configuració n).
Fig. 10. No Baseline Subtraction (Sin resta de línea de base)
24 05/2021 V1.00_(ES)
3) Seleccione Seegene Export (Exportació n de Seegene) en el menú Tools (Herramientas).
Fig. 11. Seegene Export (Exportació n de Seegene)
4) Elija una ubicación para guardar los datos y haga clic en OK (Aceptar).
Fig. 12. Seegene Export (Exportació n de Seegene) a la carpeta específica
25 05/2021 V1.00_(ES)
C. Configuració n del análisis de datos en Seegene Viewer
1) Abra el programa Seegene Viewer y haga clic en Option (Opció n) para seleccionar CFX96
en Instrument (Instrumento).
Fig. 13. Seegene Viewer
2) Haga clic en Open (Abrir) para encontrar el archivo guardado en la carpeta “QuantStep8”,
abra el archivo de resultados y seleccione el kit de prueba en el menú PRODUCT
(PRODUCTO).
Fig. 14. Configuració n del análisis de datos en Seegene Viewer
26 05/2021 V1.00_(ES)
3) Compruebe el resultado de cada pocillo.
Fig. 15. Resultado de la prueba en Seegene Viewer
4) Criterios de validez de los resultados de control
a. Ejecución del ensayo válida
Para confirmar la validez de los experimentos, las ejecuciones de PCR deben ir
acompañadas de PC (control positivo) y NC (control negativo). Se determina que la
ejecución del ensayo es válida cuando se cumplen todos los criterios siguientes:
Resultado de Seegene Viewer (Ct)
Control Cal Red

FAM HEX Quasar 705 Quasar 670 Interpretación
610
automática
L452R W152C K417T K417N IC
Positivo Control
≤ 42 ≤ 42 ≤ 42 ≤ 42 ≤ 42
Control positivo (+)
Negativo Control
N/A N/A N/A N/A N/A
Control negativo (-)
b. Ejecución del ensayo no válida
En caso de fallo de la validez, los resultados no deben interpretarse ni debe informarse
de ellos. Además la reacción de PCR debe repetirse.
27 05/2021 V1.00_(ES)
2. CFX96TM Dx System (CFX ManagerTM Dx Software v3.1)
2.1. Configuració n del instrumento de PCR en tiempo real
Nota: La configuración de ejecución de CFX96™ Dx System (Bio-Rad) se puede dividir en tres

pasos: Protocol Setup (Configuración del protocolo), Plate Setup (Configuración de la placa) y
Start run (Iniciar ejecución).
A. Protocol Setup (Configuració n del protocolo)
1) En el menú principal, seleccione File (Archivo) → New (Nuevo)→ Protocol (Protocolo)

para abrir Protocol Editor (Editor de protocolos).
Fig. 1. Protocol Setup (Configuració n del protocolo)
28 05/2021 V1.00_(ES)
2) En Protocol Editor (Editor de protocolos), defina el perfil térmico como se indica a

continuación:
Paso N.º de ciclos Temperatura Duración

1 50°C 20 min
1
2 95°C 15 min
3 95°C 10 seg
4 3 60°C 40 seg
5 72°C 20 seg
7 95°C 10 seg
8* 42 60°C 15 seg
9* 72°C 10 seg
* Lectura de placa en paso 8 y 9. La fluorescencia se detecta a 60°C y 72°C.
Fig. 2. Protocol Editor (Editor de protocolos)
3) Haga clic en el cuadro situado junto a Sample Volume (Volumen de muestra) para
introducir directamente 20 µL.
29 05/2021 V1.00_(ES)
4) Haga clic en OK (Aceptar) y guarde el protocolo para abrir la ventana Run Setup
(Configuració n de la ejecució n).
Fig. 3. Run Setup (Configuració n de la ejecució n): Protocol (Protocolo)
B. Plate Setup (Configuració n de la placa)
1) En la ficha Plate (Placa) de Run Setup (Configuració n de la ejecució n), haga clic en
Create New (Crear nuevo) para abrir la ventana Plate Editor (Editor de placas).
Fig. 4. Plate Editor (Editor de placas)
30 05/2021 V1.00_(ES)
2) Haga clic en Select Fluorophores (Seleccionar fluorocromos) para indicar los

fluorocromos (FAM, HEX, Cal Red 610, Quasar 670, y Quasar 705) que se usarán y haga clic
en OK (Aceptar).
Fig. 5. Select Fluorophores (Seleccionar fluorocromos)
3) Seleccione los pocillos en los que se colocará el tubo de PCR y seleccione sus tipos de
muestra en el menú desplegable Sample Type (Tipo de muestra).
- Unknown (Desconocido): muestras clínicas
- Negative Control (Control negativo)
- Positive Control (Control positivo)
4) Haga clic en las casillas correspondientes (FAM, HEX, Cal Red 610, Quasar 670, y Quasar
705) para especificar los fluorocromos que se detectarán en los pocillos seleccionados.
5) Escriba el Sample Name (Nombre de la muestra) y pulse la tecla Entrar.
31 05/2021 V1.00_(ES)
6) En Settings (Configuració n) en el menú principal Plate Editor (Editor de placas), elija el

Plate Size (96 wells) (Tamañ o de placa [96 pocillos]) y el Plate Type (BR White) (Tipo de
placa [blanco BR]).
Fig. 6. Plate Setup (Configuració n de la placa)
7) Haga clic en OK (Aceptar) para guardar la nueva placa.
8) Volverá a la ventana Run Setup (Configuració n de la ejecució n).
Fig. 7. Run Setup (Configuració n de la ejecució n): Plate (Placa)
32 05/2021 V1.00_(ES)
9) Haga clic en Next (Siguiente) para Start Run (Iniciar ejecución).
C. Start Run (Iniciar ejecució n)
1) En la ficha Start Run (Iniciar ejecució n) de Run Setup (Configuració n de la ejecució n),
haga clic en Close Lid (Cerrar tapa) para cerrar la tapa del instrumento.
Fig. 8. Close Lid (Cerrar tapa)
2) Haga clic en Start Run (Iniciar ejecució n).
3) Almacene el archivo de la ejecución en Mis documentos o en una carpeta específica.

Introduzca el nombre del archivo, haga clic en SAVE (GUARDAR) y se iniciará la ejecución.
2.2. Análisis de datos
A. Cree carpetas para la exportació n de datos
1) Para guardar datos para todo el paso de detección de la curva de amplificación desde el
archivo de resultados, cree una carpeta.
2) El nombre de la carpeta puede ser el que desee el usuario (para la función “Seegene Export”
(Exportación de Seegene), se crean automáticamente las carpetas “QuantStep8” y
“QuantStep9” para guardar los datos de cada curva de amplificación en la carpeta creada por el
usuario).
33 05/2021 V1.00_(ES)
B. Preconfiguració n del análisis de datos en CFX ManagerTM
1) Después de la prueba, haga clic en la ficha Quantitation (Cuantificació n) para confirmar los
resultados de la curva de amplificación.
Fig. 9. Resultados de la curva de amplificació n
2) Seleccione No Baseline Subtraction (Sin resta de línea de base) en Baseline Setting

(Configuració n de valor basal) en el menú Settings (Configuració n).
Fig. 10. No Baseline Subtraction (Sin resta de línea de base)
34 05/2021 V1.00_(ES)
3) Seleccione Seegene Export (Exportació n de Seegene) en el menú Export (Exportació n).
Fig. 11. Seegene Export (Exportació n de Seegene)
4) Elija una ubicación para guardar los datos y haga clic en OK (Aceptar).
Fig. 12. Seegene Export (Exportació n de Seegene) a la carpeta específica
35 05/2021 V1.00_(ES)
C. Configuració n del análisis de datos en Seegene Viewer
1) Abra el programa Seegene Viewer y haga clic en Option (Opción) para seleccionar CFX96 Dx
en Instrument (Instrumento).
Fig. 13. Seegene Viewer
2) Haga clic en Open (Abrir) para encontrar el archivo guardado en la carpeta “QuantStep8”,
abra el archivo de resultados y seleccione el kit de prueba en el menú PRODUCT
(PRODUCTO).
Fig. 14. Configuració n del análisis de datos en Seegene Viewer
36 05/2021 V1.00_(ES)
3) Compruebe el resultado de cada pocillo.
Fig. 15. Resultado de la prueba en Seegene Viewer
4) Criterios de validez de los resultados de control
a. Ejecución del ensayo válida
Para confirmar la validez de los experimentos, las ejecuciones de PCR deben ir
acompañadas de PC (control positivo) y NC (control negativo). Se determina que la
ejecución del ensayo es válida cuando se cumplen todos los criterios siguientes:
Resultado de Seegene Viewer (Ct)
Control Cal Red

FAM HEX Quasar 705 Quasar 670 Interpretación
610
automática
L452R W152C K417T K417N IC
Positivo Control
≤ 42 ≤ 42 ≤ 42 ≤ 42 ≤ 42
Control positivo (+)
Negativo Control
N/A N/A N/A N/A N/A
Control negativo (-)
b. Ejecución del ensayo no válida
En caso de fallo de la validez, los resultados no deben interpretarse ni debe informarse
de ellos. Además la reacción de PCR debe repetirse.
37 05/2021 V1.00_(ES)
RESULTADOS
1. Informació n sobre analitos
Fluorocromo Analito
FAM L452R
HEX W152C
Cal Red 610 K417T
Quasar 670 IC
Quasar 705 K417N
2. Interpretació n de los resultados
Analitos Valor Ct Resultado
≤ 42 Detectado (+)
Objetivos
N/A No detectado (-)
≤ 42 Detectado (+)
IC
N/A No detectado (-)
Objetivo IC
Interpretació n
Resultado Resultado
+ + Á cido nucleico objetivo, detectado
Á cido nucleico objetivo, detectado*

+ - - Pueden haber presentes analitos adicionales no
detectados.
- + Á cido nucleico objetivo, no detectado
No válido**
1) La recogida de la muestra puede ser incorrecta.
- - 2) La extracción o el PCR podrían inhibirse.
3) Repetir a partir de la extracción de ácido nucleico. Si se
muestra el mismo resultado, repetir a partir de la recogida
de la muestra.
* Un nivel elevado de ácidos nucleicos de destino puede causar interferencia en la detección y
la lectura del control interno. Una señal de IC no válida no indica que los resultados positivos
de los objetivos no son válidos.
** Consulte la sección SOLUCIÓ N DE PROBLEMAS para ver instrucciones detalladas.
38 05/2021 V1.00_(ES)
3. Aplicació n a muestras clínicas
Muestra 1
Muestra 2
Muestra 3
FAM HEX Cal Red 610 Quasar 705 Quasar 670 Interpretació n
Muestra
L452R C(t) W152C C(t) K417T C(t) K417N C(t) IC C(t) automática
1 + 15,97 + 16,31 - N/A - N/A + 21,81 L452R,W152C
2 - N/A - N/A + 21,18 - N/A + 23,18 K417T
3 - N/A - N/A - N/A + 15,74 + 19,16 K417N
39 05/2021 V1.00_(ES)
SOLUCIÓ N DE PROBLEMAS
OBSERVACIÓ N CAUSAS PROBABLES SOLUCIÓ N
Los fluorocromos del

Seleccione los fluorocromos correctos para el
análisis de datos no
análisis de datos.
cumplen el protocolo
Configuración incorrecta del Compruebe las condiciones del ciclo térmico y

No hay señ al termociclador en tiempo real repita la prueba con la configuración correcta.
Compruebe las condiciones de almacenamiento

Almacenamiento incorrecto
(ver página 8) y la fecha de caducidad (consulte la
o caducidad vencida del kit
etiqueta) del kit de prueba y use un kit nuevo si es
de prueba
necesario.
Si se observa una señal de patógeno objetivo,

pero no el IC, es posible que la amplificación del
Carga elevada de ácido IC se haya inhibido debido a un título elevado de
nucleico del patógeno patógeno objetivo. Si desea observar la señal de
IC, diluya la muestra (1/3~1/10) en tampón salino
y repita la prueba desde el paso de extracción.
No hay señ al de
Diluya el ácido nucleico extraído (1/2~1/5) en
control interno
RNase-free Water y repita la prueba desde el
Presencia de inhibidor de
paso RT-PCR. Si se muestra el mismo resultado
PCR
diluya la muestra (1/3~1/10) en tampón salino y
repita la prueba desde el paso de extracción.
Recogida incorrecta de la Recoja la muestra de nuevo y repita la prueba
muestra desde el paso de extracción.
Descontamine las superficies y los instrumentos

Señ ales putativas
con hipoclorito de sodio y etanol. Use solo puntas
de falso positivo u
con filtro durante todo el procedimiento y cambie
objetivo observadas Contaminación
las puntas entre tubos. Repita todo el
en el control
procedimiento desde la extracción de ácido
negativo
nucleico con el nuevo conjunto de reactivos.
40 05/2021 V1.00_(ES)
OBSERVACIÓ N CAUSAS PROBABLES SOLUCIÓ N
Error en la recogida de las Compruebe el método de recogida de las
muestras muestras y recoja de nuevo la muestra.
Recoja de nuevo la muestra y repita todo el

Almacenamiento incorrecto
procedimiento. Asegúrese de que la muestra se
de la muestra
almacene como se recomienda.
Compruebe el procedimiento de extracción de

Error en la extracción de
ácido nucleico y la concentración de ácido
ácido nucleico
nucleico y vuelva a extraer el ácido nucleico.
Señ ales putativas
Compruebe los números de muestra de los tubos
de falso negativo o
Error en la adición de ácido que contienen ácido nucleico, asegúrese de
ausencia de señ al
nucleico a los tubos de PCR añadir ácido nucleico a los tubos de PCR
observadas en el
correctos correctos y repita con cuidado la prueba si es
control positivo
necesario.
Diluya la muestra (1/3~1/10) en tampón salino y

Presencia de inhibidor
repita la prueba desde el paso de extracción.
Confirme que se hayan añadido todos los
componentes a la mezcla de reacción (la
Mezcla de PCR incorrecta sensibilidad se pone en riesgo con la premezcla
precompuesta). Todos los reactivos deben
homogeneizarse y centrifugarse antes de usarse.
Picos en cualquier
ciclo de la curva de Burbuja en el tubo de PCR Centrifugue el tubo de PCR antes de la ejecución.
amplificació n
41 05/2021 V1.00_(ES)
RENDIMIENTO
1. Especificidad
La alta especificidad de Allplex™ SARS-CoV-2 Variants II Assay está garantizada por los oligos
diseñados concretamente para los objetivos de interés. Allplex™ SARS-CoV-2 Variants II
Assay se ha probado en lo referente a la reactividad cruzada con 90 patógenos diferentes, y
solo se identificaron detección y amplificación de PCR en los objetivos especificados.
N.º Organismo Origen Aislado Núm Resultado†

Synthetic RNA for Spike protein
1 Synthetic RNA - L452R detectedo
mutation of SARS-CoV-2 (L452R)
Synthetic RNA for Spike protein
2 Synthetic RNA - W152C detectedo
mutation of SARS-CoV-2 (W152C)
Twist Synthetic SARS-CoV-2 RNA TWIST
3 104043 K417N detectedo
Control 16 (B.1.351_678597) BIOSCIENCE
4 104044 K417T detectedo
Control 17 (P.1_792683) BIOSCIENCE
SARS-CoV-2 (VOC-202012/01; GR
5 NCCP 43381 No detectado
clade (B.1.1.7))
6 SARS-CoV-2 ATCC VR-1986D No detectado
10 SARS-CoV-2 ZMC 0810587CFHI No detectado

13 103907 No detectado
Control 14 (B.1.1.7_710528) BIOSCIENCE
14 103909 No detectado
Control 15 (B.1.1.7_601443) BIOSCIENCE
15 Human adenovirus 1 ATCC VR-1 No detectado
16 Human adenovirus 2 KBPV VR-58 No detectado
19 Human adenovirus 5 KBPV VR-61 No detectado
42 05/2021 V1.00_(ES)

27 Influenza A virus (H1N1) ATCC VR-95 No detectado
39 Influenza B virus ATCC VR-101 No detectado
47 Human respiratory syncytialvirus A ATCC VR-26 No detectado
48 Human respiratory syncytialvirus B ATCC VR-955 No detectado
49 Human parainfluenza virus 1 ATCC VR-1380 No detectado
52 Human parainfluenza virus 4A ATCC VR-1378 No detectado
53 Human parainfluenza virus 4B ATCC VR-1377 No detectado
54 Human rhinovirus 14 ATCC VR-284 No detectado
43 05/2021 V1.00_(ES)

59 Human coronavirus NL63 ZMC 0810228CF No detectado
60 Human coronavirus 229E ATCC VR-740 No detectado
61 Human coronavirus OC43 KBPV VR-8 No detectado
62 Human coxsackievirus A9 KBPV VR-11 No detectado
63 Human coxsackievirus A24 ATCC VR-583 No detectado
64 Human coxsackievirus B1 KBPV VR-13 No detectado
70 Human echovirus 6 KBPV VR-19 No detectado
72 Human echovirus 9 ATCC VR-39 No detectado
76 Human enterovirus 71 ATCC VR-784 No detectado
77 Human herpesvirus 1 KBPV VR-52 No detectado
78 Human cytomegalovirus KBPV VR-7 No detectado
79 Epstein-Barr virus ATCC VR-1491 No detectado
80 Mumps virus ATCC VR-106 No detectado
81 Bordetella pertussis ATCC 9797 No detectado
82 Candida albicans KCCM 50651 No detectado
83 Chlamydia trachomatis type A ATCC VR-571B No detectado
84 Lactobacillus acidophilus KCTC 3140 No detectado
85 Legionella pneumophila ATCC 12009 No detectado
86 Moraxella catarrhalis ATCC 25238 No detectado
87 Mycoplasma hominis ATCC 23114 No detectado
88 Mycoplasma genitalium ATCC 49895 No detectado
44 05/2021 V1.00_(ES)

89 Streptococcus salivarius KCTC 5512 No detectado
90 Pseudomonas aeruginosa KCTC 2004 No detectado

† Las pruebas de especificidad se repitieron 3 veces.
※ ATCC: American Type Culture Collection

ZMC: ZeptoMetrix Corporation
NCCP: National Culture Collection for pathogens
KCTC: Korean Collection for Type Culture
KBPV: Korea Bank for Pathogenic Viruses
KCCM: Korean Culture Center of Microorganisms
45 05/2021 V1.00_(ES)
2. Sensibilidad analítica
Para determinar la sensibilidad de Allplex™ SARS-CoV-2 Variants II Assay, se solicitaron dos

viales con el mismo RNA de SARS-CoV-2 a TWIST BIOSCIENCE (SARS-CoV-2 RNA Control
16, Núm. Cat. 104043 y SARS-CoV-2 RNA Control 17, Núm. Cat. 104044). SARS-CoV-2 RNA
Control 16 contiene la mutación K417N identificada en la variante de Sudáfrica (B.1.351).
SARS-CoV-2 RNA Control 17 contiene la mutación K417T identificada en la variante de Brasil
(P.1). Se utilizaron dos viales de RNA de transcripción in vitro de SARS-CoV-2, que contenían
L452R y W152C, respectivamente. En la transcripción del S gene, se identificaron ambas
mutaciones (L452R y W152C) en la variante de California (B.1.429). Estos RNAs se diluyeron
en serie en una matriz de muestra negativa y los ácidos nucleicos se extrajeron de cada
dilución mediante Microlab NIMBUS IVD. Los ácidos nucleicos extraídos se analizaron con
Allplex™ SARS-CoV-2 Variants II Assay.
El límite de detección de Allplex™ SARS-CoV-2 Variants II Assay verificado mediante RNA
sintético de ambos TWIST BIOSCIENCE es de 5.000 copias/mL (= 50 copias de RNA/rxn). El
límite de detección de Allplex™ SARS-CoV-2 Variants II Assay verificado con RNA de
transcripción in vitro (mutaciones L452R y W152C, respectivamente) de BIONICS es de 1.000
copias/mL (= 10 copias de RNA/rxn).
P.1 variant B.1.351 variant B.1.429 variant (L452R) B.1.429 variant (W152C)
TWIST BIOSCIENCE TWIST BIOSCIENCE RNA de transcripció n in RNA de transcripció n in
(Nú m. Cat. 104044) (Nú m. Cat. 104043) vitro vitro
Analito
Límite de Positivo Límite de Positivo Límite de Positivo Límite de Positivo
detección /Total detección /Total detección /Total detección /Total
(copias/mL) (%) (copias/mL) (%) (copias/mL) (%) (copias/mL) (%)
24/24
L452R - - - - 1.000 - -
(100%)
24/24
W152C - - - - - - 1.000
(100%)
24/24
K417T 5.000 - - - - - -
(100%)
24/24
K417N - - 5.000 - - - -
(100%)
46 05/2021 V1.00_(ES)
3. Reproducibilidad
La prueba de reproducibilidad se preparó incluyendo muestras negativas, débilmente positivas

(1 X LoD) y moderadamente positivas (3 X LoD). En cada lugar de pruebas, el kit se probó
durante cinco días, con dos ejecuciones al día realizadas por dos experimentadores diferentes
y triplicado de cada objetivo. Se observaron las tasas de positivos para cada objetivo para el
estudio de reproducibilidad: 100,0% para muestras moderadamente positivas, ≥95% para
muestras débilmente positivas. La reproducibilidad de Allplex™ SARS-CoV-2 Variants II Assay
se evaluó entre ejecuciones, centros y lotes de producto. Las tasas de positivo de todas las
concentraciones y valores de CV cumplieron los criterios de menos del 10% (<10%).
Los resultados eran acordes con los criterios establecidos anteriormente, lo que confirma los
resultados reproducibles de Allplex™ SARS-CoV-2 Variants II Assay.
4. Sustancias interferentes
Añadir las sustancias no tuvo efecto alguno sobre los resultados: ni detecciones no específicas
ni inhibiciones de la amplificación del objetivo. Según los resultados, 16 sustancias
interferentes no tuvieron efecto alguno sobre los resultados de Allplex™ SARS-CoV-2 Variants
II Assay.
Concentració n de
N.º Sustancias interferentes Origen
prueba
Mucin (bovine submaxillary gland, Sigma-Aldrich
1 60 g/mL
type I-S) (Núm. Cat.M3895)
Sigma-Aldrich
2 Mupirocin (Antibiotic, nasal ointment) 6,6 mg/mL
(Núm. Cat.1448901)
Sigma-Aldrich
3 Oxymetazoline (Afrin Nasal Spray) 15% (v/v)
(Núm. Cat.O2378)
4 Blood Human 2% (v/v)
Sigma-Aldrich
5 Tobramycin (Antibacterial, systemic) 4,0 g/mL
(Núm. Cat.T4014)
Sigma-Aldrich
6 Zanamivir (Anti-viral drug-Relenza) 3,3 mg/mL
(Núm. Cat.SML0492)
Sigma-Aldrich
7 Oseltamivir (Anti-viral drug-Tamiflu) 25 mg/mL
(Núm. Cat.1479304)
Pulmicort® (Nasal corticosteroid) - AstraZeneca

8 125 µg/mL
Budesonide (Núm. Cat.199403233)
Sigma-Aldrich
9 Benzocaine (Throat lozenges) 25 mg/mL
(Núm. Cat.E1501)
47 05/2021 V1.00_(ES)
Concentració n de
N.º Sustancias interferentes Origen
prueba
Sigma-Aldrich
10 Menthol (Throat lozenges) 25 mg/mL
(Núm. Cat.M2772)
Sigma-Aldrich
11 Zinc sulfate 0,55 mg/mL
(Núm. Cat.83265)
Sigma-Aldrich
12 Sodium chloride 0,8% (w/v)
(Núm. Cat.S3014)
Sigma-Aldrich
13 Phenylephrine hydrochloride (0,5%) 15% (v/v)
(Núm. Cat. P6126)
Sigma-Aldrich
14 Nicotine 0,12 mg/mL
(Núm. Cat.N3876)
15 Pasta de dientes Colgate® 0,0625% (v/v)
16 Enjuague bucal Listerine® 20% (v/v)
5. Resultados clínicos
En estos resultados clínicos se probaron un total de 51 muestras de hisopos

nasofaríngeos/orofaríngeos (garganta). Los resultados clínicos de Allplex™ SARS-CoV-2
Variants II Assay se evaluaron mediante la comparación con otro panel de diagnóstico de
SARS-CoV-2 en tiempo real RT-PCR que está aprobado mediante CE-IVD anteriormente. Los
resultados clínicos de las S variants (L452R, W152C, K417T, y K417N) se evaluaron mediante
la comparación con los análisis de secuenciación de las S variants.
En este ensayo clínico se sometieron a prueba un total de 17 muestras de saliva. La validación
clínica de la saliva se realizó usando muestras recogidas de pacientes de COVID-19 30 min
después de despertarse.
En el caso de muestras de aspirado nasofaríngeo, lavado broncoalveolar y esputo, las pruebas
obtenidas se prepararon agregando ácidos nucleicos positivos a las S variants (L452R, W152C,
K417T, y K417N). Se realizaron pruebas de un total de 60 muestras marcadas; 20 muestras
positivas (5 muestras positivas por objetivo) para cada tipo de muestra. Se realizaron pruebas
de 27 muestras negativas (9 muestras negativas por cada tipo de muestra).
La prueba de comparación demuestra más que ≥ 95% para Porcentaje de acuerdo positivo
(PPA) y ≥ 97% para Porcentaje de acuerdo negativo (NPA) en la muestra clínica. Por tanto, se
confirma que la calidad de Allplex™ SARS-CoV-2 Variants II Assay es válida. Los resultados se
resumen en la tabla.
48 05/2021 V1.00_(ES)
<Hisopo nasofaríngeo/Hisopo orofaríngeo (garganta>

Resultado comparativo aprobado por CE-IVD
L452R
Positivo Negativo Total
Positivo 14 0 14
Allplex™ SARS-CoV-2
Negativo 0 37 37
Variants II Assay
Total 14 37 51
- PPA (Porcentaje de acuerdo positivo): 100% (95% CI: 76,84% a 100,00%)
- NPA (Porcentaje de acuerdo negativo): 100% (95% CI: 90,51% a 100,00%)
- OPA (Porcentaje de acuerdo general): 100% (95% CI: 93,02% a 100,00%)
- Valor kappa: 1,00 (95% CI: 1,000 a 1,000)
Secuenciació n
W152C
Positivo 14 0 14
Negativo 0 37 37
Variants II Assay
Total 14 37 51
- Valor kappa: 1,00 (95% CI: 1,000 a 1,000)
Secuenciació n
K417T
Positivo 4 0 4
Negativo 0 47 47
Variants II Assay
Total 4 47 51
- Valor kappa: 1,00 (95% CI: 1,000 a 1,000)
Secuenciació n
K417N
Positivo 4 0 4
Negativo 0 47 47
Variants II Assay
Total 4 47 51
- Valor kappa: 1,00 (95% CI: 1,000 a 1,000)
49 05/2021 V1.00_(ES)
<Saliva>
L452R
Positivo 4 0 4
Negativo 0 13 13
Variants II Assay
Total 4 13 17
- Valor kappa: 1,00 (95% CI: 1,000 a 1,000)
Secuenciació n
W152C
Positivo 4 0 4
Negativo 0 13 13
Variants II Assay
Total 4 13 17
- Valor kappa: 1,00 (95% CI: 1,000 a 1,000)
Secuenciació n
K417T
Positivo 2 0 2
Negativo 0 15 15
Variants II Assay
Total 2 15 17
- Valor kappa: 1,00 (95% CI: 1,000 a 1,000)
Secuenciació n
K417N
Positivo 2 0 2
Negativo 0 15 15
Variants II Assay
Total 2 15 17
- Valor kappa: 1,00 (95% CI: 1,000 a 1,000)
50 05/2021 V1.00_(ES)
<Aspirado nasofaríngeo>
L452R
Positivo 5 0 5
Negativo 0 24 24
Variants II Assay
Total 5 24 29
- Valor kappa: 1,00 (95% CI: 1,000 a 1,000)
Secuenciació n
W152C
Positivo 5 0 5
Negativo 0 24 24
Variants II Assay
Total 5 24 29
- Valor kappa: 1,00 (95% CI: 1,000 a 1,000)
Secuenciació n
K417T
Positivo 5 0 5
Negativo 0 24 24
Variants II Assay
Total 5 24 29
- Valor kappa: 1,00 (95% CI: 1,000 a 1,000)
Secuenciació n
K417N
Positivo 5 0 5
Negativo 0 24 24
Variants II Assay
Total 5 24 29
- NPA (Porcentaje de acuerdo negativo): 100% (95% CI: 85,75%a 100,00%)
- OPA (Porcentaje de acuerdo general): 100% (95% CI: 88,06%a 100,00%)
- Valor kappa: 1,00 (95% CI: 1,000 a 1,000)
51 05/2021 V1.00_(ES)
<Lavado broncoalveolar (BAL)>

L452R
Positivo 5 0 5
Negativo 0 24 24
Variants II Assay
Total 5 24 29
- Valor kappa: 1,00 (95% CI: 1,000 a 1,000)
Secuenciació n
W152C
Positivo 5 0 5
Negativo 0 24 24
Variants II Assay
Total 5 24 29
- Valor kappa: 1,00 (95% CI: 1,000 a 1,000)
Secuenciació n
K417T
Positivo 5 0 5
Negativo 0 24 24
Variants II Assay
Total 5 24 29
- Valor kappa: 1,00 (95% CI: 1,000 a 1,000)
Secuenciació n
K417N
Positivo 5 0 5
Negativo 0 24 24
Variants II Assay
Total 5 24 29
- Valor kappa: 1,00 (95% CI: 1,000 a 1,000)
52 05/2021 V1.00_(ES)
<Esputo>
L452R
Positivo 5 0 5
Negativo 0 24 24
Variants II Assay
Total 5 24 29
- Valor kappa: 1,00 (95% CI: 1,000 a 1,000)
Secuenciació n
W152C
Positivo 5 0 5
Negativo 0 24 24
Variants II Assay
Total 5 24 29
- Valor kappa: 1,00 (95% CI: 1,000 a 1,000)
Secuenciació n
K417T
Positivo 5 0 5
Negativo 0 24 24
Variants II Assay
Total 5 24 29
- Valor kappa: 1,00 (95% CI: 1,000 a 1,000)
Secuenciació n
K417N
Positivo 5 0 5
Negativo 0 24 24
Variants II Assay
Total 5 24 29
- Valor kappa: 1,00 (95% CI: 1,000 a 1,000)
53 05/2021 V1.00_(ES)
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55 05/2021 V1.00_(ES)
SÍMBOLOS
Clave de los símbolos usados en el manual y las etiquetas
Símbolo Explicació n
Producto sanitario de diagnóstico in vitro
Código de lote
Número de catálogo
Fecha de caducidad
Límite máximo de temperatura
Mezcla de oligonucleótidos para amplificación y detección
Mezcla de enzimas
Tampón
RNase-free Water
Control positivo (PC)
Consultar instrucciones de uso
Fabricante
Fecha de fabricación
Representante autorizado en la Comunidad Europea
Precaución
Contiene suficiente para <n> pruebas
56 05/2021 V1.00_(ES)
INFORMACIÓ N PARA PEDIDOS
Nú m. Cat. Producto Tamañ o
Serie AllplexTM
RV10306Y AllplexTM SARS-CoV-2 Variants II Assay 50 rxns
RV10305X Allplex TM
SARS-CoV-2 Variants II Assay 100 rxns*
* Para usar solo con Microlab NIMBUS IVD, Microlab STARlet IVD, Seegene NIMBUS y
Seegene STARlet
Producto accesorio
SG1701 Ribo_spin vRD (Viral RNA/DNA Extraction Kit) 50 preps
Sistemas de extracció n automatizada
65415-02 Microlab NIMBUS IVD EA
173000-075 Microlab STARlet IVD EA
65415-03 Seegene NIMBUS EA
67930-03 Seegene STARlet EA
744300.4.UC384 STARMag 96 X 4 Universal Cartridge Kit 384T / 1box
EX00013C STARMag 96 X 4 Viral DNA/RNA 200 C Kit 384T / 1box
SG71100 SEEPREP32 EA
EX00009P STARMag 96 ProPrep (Plate Type) 96T / 1box
EX00009T STARMag 96 ProPrep (Tube Type) 96T / 1box
EX00017P STARMag 96 ProPrep C (Plate Type) 96T / 1box
EX00017T STARMag 96 ProPrep C (Tube Type) 96T / 1box

M9600 Maelstrom™ 9600 EA
TANBead® Nucleic Acid Extraction Kit

W665S66 72 T / 1 box
OptiPure Viral Auto Tube
TANBead® Nucleic Acid Extraction Kit

W665A10 960 T / crt
OptiPure Viral Bulk Plate
57 05/2021 V1.00_(ES)

VARIANTES II SARS - CoV-2 KIT

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AllplexTM SARS-CoV-2 Variants II Assay es un producto sanitario de diagnóstico in

Para uso con

Para uso con

Solo para uso en diagnó stico in vitro

Taewon Bldg., 91 Ogeum-ro, Songpa-gu, Seoul, Corea del Sur 05548

Medical Technology Promedt Consulting GmbH

Altenhofstrasse 80, D-66386 St. Ingbert, Alemania

No disponible en los Estados Unidos

USO PREVISTO ----------------------------------------------------------------------------------- 4

PRINCIPIOS Y DESCRIPCIÓ N GENERAL DEL PROCEDIMIENTO --------------- 5

ALMACENAMIENTO Y MANIPULACIÓ N -------------------------------------------------- 8

MATERIALES NECESARIOS Y NO INCLUIDOS ---------------------------------------- 9

CONFIGURACIÓ N DEL INSTRUMENTO DE PCR EN TIEMPO REAL Y

SOLUCIÓ N DE PROBLEMAS ----------------------------------------------------------------- 40

INFORMACIÓ N PARA PEDIDOS ------------------------------------------------------------ 57

⚫ Solo para uso en diagnóstico in vitro.

Allplex™ SARS-CoV-2 Variants II Assay es un producto sanitario de diagnóstico in vitro

2. Resumen del procedimiento

Extracció n de ácido nucleico

RT-PCR en tiempo real

1. Síndrome respiratorio agudo severo coronavirus 2 (SARS-CoV-2)

2. Variantes preocupantes (VOCs) de SARS-CoV-2

Los reactivos contenidos en un kit son suficientes para 100 reacciones.

Allplex™ SARS-CoV-2 Variants II Assay

Símbolo Contenido Volumen Descripció n

Tampón para PCR en tiempo real

Control positivo (PC):

RNase-free Water 1.000 µL Calidad ultrapura, para PCR

Manual del usuario

Todos los componentes de Allplex™ SARS-CoV-2 Variants II Assay deben almacenarse

MATERIALES NECESARIOS Y NO INCLUIDOS

⚫ Guantes sin polvo desechables (de látex o nitrilo)

1. Recogida, almacenamiento y transporte de las muestras

A. Recogida de las muestras

aspirado nasofaríngeo, hisopo nasofaríngeo, lavado broncoalveolar, hisopo orofaríngeo

Fabricante Dispositivo de recogida de muestras Núm. Cat.

B. Almacenamiento y transporte de las muestras

2. Extracció n de ácido nucleico

[Métodos de extracció n de distintas muestras]

Sistema de extracció n automatizada

⚫ Añada 2 volúmenes de 1X PBS o solución salina a la muestra de 1 volumen en el tubo

Nota: Si la muestra no presenta viscosidad, el paso de tratamiento previo NO es necesario.

⚫ Añada 1 volumen de 1X PBS a la muestra de 1 volumen en el tubo esterilizado y agítelo

B. Sistema de extracció n de ácido nucleico automatizada

B-1. Microlab NIMBUS IVD

Sistema de extracción automatizada Fabricante Núm. Cat. Vol. recomendado

Microlab NIMBUS IVD Hamilton 65415-02* -

744300.4. Muestra: 300 µL

* Utilice los números de catálogo mostrados anteriormente para comprar productos a

B-2. Microlab STARlet IVD

Sistema de extracción automatizada Fabricante Núm. Cat. Vol. recomendado

Microlab STARlet IVD Hamilton 173000-075* -

744300.4. Muestra: 300 µL

B-3. Seegene NIMBUS

Sistema de extracción automatizada Fabricante Núm. Cat. Vol. recomendado

Seegene NIMBUS Seegene 65415-03 -

744300.4. Muestra: 300 µL

B-4. Seegene STARlet

Sistema de extracción automatizada Fabricante Núm. Cat. Vol. recomendado

Seegene STARlet Seegene 67930-03 -

744300.4. Muestra: 300 µL