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  • Model Cuant Circuitos

    Cargado por

    Ceca Nadamas
    9 vistas29 páginas
    Este documento describe el modelado cuantitativo de circuitos biológicos. Explica cómo las redes de genes y proteínas controlan procesos biológicos como la quimiotaxis, el choque térmico y la esporulación a través de modelos matemáticos. Describe cómo se pueden analizar estas redes mediante nuevas técnicas experimentales, el análisis de grandes conjuntos de datos y la identificación de elementos recurrentes. A continuación, presenta modelos simples de un solo estado de equilibrio y de dos dimensiones para anal

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    model_cuant_circuitos

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    model_cuant_circuitos

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    Modelado cuantitativo

    de circuitos biológicos

    Sandra Moreno García


    Las redes controlan la vida
    ● Quimiotaxis
    Las redes controlan la vida
    ● Quimiotaxis
    ● Choque térmico
    Las redes controlan la vida
    ● Quimiotaxis
    ● Choque térmico
    ● Esporulación
    Las redes controlan la vida
    ● Quimiotaxis
    ● Choque térmico
    ● Esporulación
    ● Reparación de ADN
    ...
    Claves para descifrarlas
    ● Nuevas técnicas experimentales
    ● Análisis masivos de datos
    ● Principios generales de diseño
    ● Elementos recurrentes: motivos
    ● Semejanza con circuitos electrónicos
    ● Redes sintéticas
    Modelo simple

    ¡¡Equilibrio!!
    Modelo simple

    ● Estado de equilibrio = la concentración no


    cambia con el tiempo → punto fijo

    ● Pero, ¿es estable?


    Estabilidad 1D
    Estabilidad 1D
    ¿Cómo evoluciona una pequeña perturbación?

    Haciendo un desarrollo en serie queda


    Estabilidad 1D
    Lo metemos en la ecuación anterior y queda:

    entonces

    Inestable

    Estable
    Regulación: funciones no lineales

    Representamos mediante funciones de Hill

    Activación:

    Represión:
    Funciones de Hill

    Valor umbral:

    Si n > 10 se puede
    aproximar HA:
    Tipos de regulación

    Circuito Positivo Negativo


    Propiedades Diferenciación Homeostasis
    biológicas Oscilaciones
    Interacciones Par Impar
    negativas
    Ejemplos
    Feedback negativo: homeostasis

    Estable!!
    Feedback negativo: homeostasis
    Feedback negativo: homeostasis
    Feedback positivo: diferenciación

    Multiestabilidad
    Feedback positivo: diferenciación
    2 Dimensiones

    Puntos fijos: y

    Nulclinas
    2 Dimensiones
    2 Dimensiones

    Vector field
    Bifurcaciones
    Curva de señal-respuesta
    Bifurcaciones

    Prediction and measurement of an


    autoregulatory genetic module
    Farren J. Isaacs, Jeff Hasty, Charles R. Cantor,
    and J. J. Collins
    PNAS 2003;100;7714-7719
    Bifurcaciones

    Prediction and measurement of an autoregulatory genetic module


    Farren J. Isaacs, Jeff Hasty, Charles R. Cantor, and J. J. Collins
    PNAS 2003;100;7714-7719
    Estabilidad en 2D
    Linearizamos el sistema: matriz jacobiana

    Buscamos trayectorias análogas al caso 1D


    Estabilidad en 2D
    Metemos esta solución en las ecuaciones
    Estabilidad en 2D
    Llegamos a un problema de autovalores
    Estabilidad en 2D
    Según los valores de la traza y el
    determinante los puntos fijos pueden ser:

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