Bioquímica, Programa Lic. En ciencias naturales www.usco.edu.

co
Informe de práctica de campo o laboratorio

Aminoácidos, péptidos y proteínas

Barreiro H.1.
Estudiante del curso de Bioquímica. Programa de Licenciatura en
ciencias naturales QFB. Universidad Surcolombiana. Neiva, Huila,
Colombia.
1
Correo electrónico: u20152142563@universidad.edu.co

Actividad entregada: 02/Diciembre/2020.

Cuestionario
Capítulo 3

1. diagramar las estructuras y conocer los códigos de tres y de una letra designados
Para cada uno de los aminoácidos presentes en las proteínas.

RESPUESTA:

Nombre Símbolo Formula estructural

Glicina Gli (G)

Alanina Ala (A)

Valina Val (V)

Leucina Leu(L)

Isoleucina Ile (I)

Serina Ser (S)

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 Título del informe de la práctica

Treonina Tre (T)

Tyrosina Tir (Y)

Cisteina Cis (C)

Metionina Met (M)

Acido aspártico Asp (D)

Asparagina Ans (N)

Ácido glutámico Glu (E)

Glutamina Gln (Q)

Arginina Arg(R)

Lisina Lis (K)

Histidina His (H)

Fenilalanina Fen (F)

Tirosina Tir (Y)

Triptófano Trp (W)

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 Nombre de los autores del informe la práctica

Prolina Pro (P)

2. proporcionar ejemplos de cómo cada tipo de grupo r de los aminoácidos proteicos contribuye a
sus propiedades químicas.

RESPUESTA:

Los grupos R de aminoácidos determinan sus funciones bioquímicas singulares. Los aminoácidos
se clasifican como básicos, algunos tienen carga positiva neta y otros tienen carga positiva o
negativa, En los grupos de ácidos hay dos aminoácidos con carga negativa neta, y los aromáticos
son relativamente apolares (hidrófobos) su cadena R es aromática (grupo fenilo) y los alifáticos
son apolares e hidrófobos. En las proteínas, permanecen en el interior. La glicina es el
aminoácido más simple de este grupo.

3. Enumerar funciones adicionales importantes de los aminoácidos, y explicar cómo ciertos

aminoácidos en las semillas de las plantas pueden afectar gravemente la salud humana.

RESPUESTA:

La ingestión de ciertos aminoácidos presentes en las semillas de leguminosas del género Lathyrus
da por resultado latirismo, una enfermedad irreversible trágica en la cual los individuos pierden el
control de las extremidades. Ciertos aminoácidos de semillas de plantas también han quedado
implicados en la enfermedad neurodegenerativa en nativos de Guam.
Algunos de los l-a-aminoácidos presentes en plantas y en semillas de plantas pueden tener efectos
perjudiciales sobre la salud de humanos, por ejemplo, en el latirismo.

4. Nombrar los grupos ionizables de los aminoácidos proteicos y enumerar sus valores aproximados
de pKa como aminoácidos libres en solución acuosa.

RESPUESTA

Grupo en disociación pKa

α-carboxilo 3.5 a 4.0
COOH no – α de Asp o Glu 4.0 a 4.8
Imidazol de His 6.5 a 7.4
SH de Cis 8.5 a 9.0
OH de Tir 9.5 a 10.5
α -Amino 8.0 a 9.0
€-Amino de Lis 9.8 a 10.4
Guanidinio de Arg ~12.0

5. calcular el pH de una solución acuosa no tamponada de un aminoácido poli funcional, y el

cambio en el pH que ocurre después de la adición de una cantidad dada de ácido fuerte o álcali.

RESPUESTA

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 Título del informe de la práctica

Para un aminoácido como la alanina que sólo tiene dos grupos que se disocian, no hay
ambigüedad. La primera pKa (R-COOH) es de 2.35, y la segunda pKa (R-NH3 +) es 9.69. De
este modo, el pH isoeléctrico (pI) de la alanina es:

6. definir pi y explicar su relación con la carga neta en un electrólito polifuncional.

RESPUESTA

El pI, el pH isoeléctrico, es el pH al cual un aminoácido no porta carga neta y, así, no se mueve

en un campo eléctrico de corriente continua

7. Explicar cómo el pH, pKa y pi se pueden usar para predecir la movilidad de un polielectrólito, tal
como un aminoácido en un campo eléctrico de corriente continua.

RESÚESTA:

Los valores de pKa de todos los grupos funcionales de un aminoácido o de un péptido dictan su
carga neta a un pH dado. El pI, el pH isoeléctrico, es el pH al cual un aminoácido no porta carga
neta y, así, no se mueve en un campo eléctrico de corriente continua.

8. describir la direccionalidad, la nomenclatura y la estructura primaria de los péptidos.

RESÚESTA:

Los péptidos reciben su nombre por el número de residuos aminoácidos presentes y como
derivados del residuo carboxilo terminal. La estructura primaria de un péptido es su secuencia de
aminoácidos, empezando a partir del residuo amino terminal.

9. describir las consecuencias conformacionales del carácter de doble enlace parcial del enlace
peptídico, e identificar los enlaces en la estructura central del péptido que pueden rotar
libremente.

RESÚESTA:

El carácter de doble enlace parcial del enlace que une el carbono carbonilo y el nitrógeno de un
péptido hace coplanares los cuatro átomos del enlace peptídico y, por ende, restringe el número
de conformaciones peptídicas posibles.

Capítulo 4

1. Nombrar cuatro métodos cromatograficos comúnmente empleados para el aislamiento de

proteínas de materiales biológicos.

RESÚESTA:

 En la cromatografía de columna la matriz de fase estacionaria consta de cuentas pequeñas

cargadas en un recipiente cilíndrico de vidrio, plástico o acero llamado una columna.

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 los sistemas de cromatografía líquida de alta presión han desplazado en su mayor parte las
columnas de vidrio alguna vez familiares en el laboratorio de purificación de proteína.
 En la cromatografía de exclusión de tamaño o filtración en gel— se separan las proteínas
con base en su radio de Stokes, el radio de la esfera que ocupan a medida que entran en
solución. El radio de Stokes es una función de la masa y la forma moleculares. Una
proteína alargada que cae ocupa un mayor volumen que una proteína esférica de la misma
masa.
 La cromatografía de afinidad explota la alta selectividad de casi todas las proteínas para
sus ligandos. Las enzimas pueden purificarse mediante cromatografía de afinidad usando
sustratos, productos, coenzimas o inhibidores, inmovilizados

2. describir cómo se puede usar la electroforesis en geles de poliacrilamida para determinar la

pureza, la composición de la subunidad, la masa relativa y el punto isoeléctrico de una proteína.

RESÚESTA:

El método más ampliamente utilizado para determinar la pureza de una proteína es SDS-PAGE —
la electroforesis en gel de poliacrilamida (PAGE) — en presencia del detergente aniónico
dodecilsulfato sódico (SDS, sodium dodecyl sulfate). La electroforesis separa las biomoléculas
cargadas en función de las velocidades a las que migran en un campo eléctrico aplicado. Para
SDS-PAGE, la acrilamida se polimeriza y se retícula para formar una matriz porosa.

3. describir la base sobre la cual los espectrometros de cuadrupolo y tiempo de vuelo (tOF, time-of-
flight) determinan la masa molecular.

RESPUESTA:

Se coloca una muestra al vacío y se deja evaporar en presencia de una fuente de protones para
suministrar una carga positiva. Un campo eléctrico luego impulsa los cationes hacia un tubo de
vuelo curvo donde se encuentran con un campo magnético, que los desvía en ángulo recto a su
dirección original. La corriente que alimenta el electroimán que genera este campo se incrementa
de manera gradual hasta que la trayectoria de cada ion se doble lo suficiente como para golpear un
detector montado en el extremo del tubo de vuelo. tiempo de vuelo (TOF) emplean un tubo de
vuelo lineal. Después de la vaporización de la muestra en presencia de una fuente de protones, se
aplica brevemente un campo eléctrico para acelerar los iones hacia un detector al final del tubo de
vuelo.
Los espectrómetros de masas cuadrupolos se usan por lo general para determinar las masas de
moléculas de 4 000 Da o menos, mientras que los espectrómetros de masas TOF se usan para
determinar las grandes masas de proteínas completas.

4. Explicar que se entiende por “el proteoma” y citar ejemplos de su importancia potencial.

RESPUESTA:

Es identificar la totalidad de proteínas elaboradas por una célula en diversas condiciones, el

proteoma es el conjunto de todas las proteínas expresadas por una célula individual en un
momento particular que representa un blanco en movimiento de formidables dimensiones.

5. describir las ventajas y limitaciones de los chips de genes como una herramienta para controlar la
expresión de proteínas.

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 Título del informe de la práctica

RESPUESTA:

Estos chips podrían usarse para detectar la presencia de mRNA que contienen secuencias de
nucleótidos complementarias. Aunque los cambios en la expresión del mRNA que codifica una
proteína no reflejan necesariamente cambios comparables en el nivel de la proteína
correspondiente

6. comentar sobre las contribuciones de la genómica, los algoritmos informáticos y las bases de
datos a la identificación de los marcos abiertos de lectura (OrF, open reading frames) que
codifican una proteína determinada.

RESPUESTA:

Los algoritmos por computadora facilitan la identificación de los ORF que codifican para una
proteína dada, al usar secuencias parciales y establecimiento de perfil de masa peptídica para
investigar bases de datos de secuencia.

Capítulo 5

1. Indicar las ventajas y desventajas de varios métodos para clasificar proteínas.

RESPUESTA:

Por ejemplo, las proteínas que se pueden extraer de las células usando soluciones acuosas de pH
fisiológico y fuerza iónica se clasifican como solubles. La extracción de proteínas integrales de
membrana requiere la disolución de la membrana con detergentes. Las proteínas globulares son
moléculas compactas, aproximadamente esféricas que tienen proporciones axiales (proporción
entre sus dimensiones más cortas y las más largas) de no más de tres.

2. Explicar e ilustrar las estructuras primaria, secundaria, terciaria y cuaternaria delas proteínas.

RESPUESTA:

Figura 1 Representación grafica de las estructuras proteicas

La estructura primaria codificada por gen de un polipéptido es la secuencia de sus aminoácidos.

Su estructura secundaria se produce por plegado de polipéptidos hacia motivos con enlaces de
hidrógeno, como la hélice a, la hoja plegada b, flexiones b y asas. Las combinaciones de estos
motivos pueden formar motivos súper secundarios. La estructura terciaria alude a las relaciones
entre dominios estructurales secundarios. La estructura cuaternaria de proteínas que tienen dos o
más polipéptidos (proteínas oligoméricas) se refiere a las relaciones espaciales entre diversos tipos
de polipéptidos.

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3. identificar los principales tipos de estructura secundaria y explicar los motivos súper secundarios.

RESPUESTAS:

Su estructura secundaria se produce por plegado de polipéptidos hacia motivos con enlaces de
hidrógeno, como la hélice a, la hoja plegada b, flexiones b y asas. Las combinaciones de estos
motivos pueden formar motivos súper secundarios.

4. describir el tipo de intensidad relativa de las fuerzas que estabilizan cada orden de las estructuras
de las proteínas.

RESPUESTAS:

Las proteínas que pueden ser extraídas de las células usando soluciones acuosas a pH fisiológico y
fuerza iónica son clasificadas como solubles. La extracción de proteínas de membrana integrales
requiere disolución de la membrana con detergentes. Las proteínas globulares son moléculas
compactas, de forma más o menos esférica, con proporciones axiales (la proporción entre sus
dimensiones más corta y más larga) de no más de 3.
Casi todas las enzimas son proteínas globulares. En contraste, muchas proteínas estructurales
adoptan conformaciones muy extendidas; tales proteínas fibrosas poseen proporciones axiales de
10 o más. Las lipoproteínas y glucoproteínas contienen lípidos y carbohidrato unido de manera
covalente, respectivamente. La mioglobina, la hemoglobina, los citocromos y muchas otras
metaloproteínas contienen iones metálicos estrechamente asociados.
Si bien han surgido métodos de clasificación más precisos con base en la similitud, u homología,
en la secuencia y la estructura tridimensional de aminoácidos, aun se usan muchos términos de
clasificación antiguos.

5. describir la información resumida por un gráfico de ramachandran.

RESPUESTAS:

6. Resumir los principios operativos básicos que subyacen en tres métodos clave para determinar la
estructura de las proteínas: cristalografía de rayos X, espectroscopia de resonancia magnética
nuclear y criomicroscopia electrónica.

RESPUESTA:

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 cristalografía de rayos X: primero se precipita unaproteína en condiciones que forman

cristales bien ordenados. Para establecer las condiciones apropiadas, los ensayos de
cristalización usan unos pocos microlitros de solución de proteína y una matriz de
variables (temperatura, pH, presencia de sales o solutos orgánicos como polietilenglicol)
para establecer las condiciones óptimas para la formación de cristales. Los cristales
montados en capilares de cuarzo se irradian primero con rayos X monocromáticos de
longitudde onda aproximada de 0.15 nm para confirmar que están compuestos de
proteína, no de sales. Los cristales de proteínas pueden congelarse en nitrógeno líquido
para la posterior recolección de un conjunto de datos de alta resolución
 espectroscopia de resonancia magnética nuclear: mide la absorbancia de la energía
electromagnética de radiofrecuencia por parte de ciertos núcleos atómicos. Los isótopos
“activos en NMR” de elementos biológicamente relevantes incluyen 1H, 13C, 15N y 31P.
La frecuencia, o desplazamiento químico, en la cual un núcleo particular absorbe energía
es una función tanto del grupo funcional dentro del cual reside como de la proximidad de
otros núcleos activos en NMR.
 criomicroscopia electrónica: La Crio-EM emplea medios ultrafríos como nitrógeno
líquido (T alrededor de –195 °C), etano líquido o helio líquido para estabilizar
biomoléculas en un estado hidratado y protegerlas del calentamiento cuando son
bombardeadas por el haz de electrones.

7. indicar el estado actual del conocimiento sobre el proceso gradual mediante elcual se considera
que las proteínas alcanzan su conformación nativa.

RESPUESTA:

En la primera etapa, a medida que el polipéptido recién sintetizado emerge del ribosoma, los
segmentos cortos se pliegan en unidades estructurales secundarias que proporcionan regiones
locales de estructura organizada. En la segunda etapa, las regiones hidrófobas se segregan en el
interior de la proteína lejos del disolvente y forman un “glóbulo fundido”, un polipéptido plegado
de manera parcial en el que los módulos de estructura secundaria se reordenan hasta que se
alcanza la conformación madura de la proteína

8. identificar la función fisiológica en la maduración de proteínas chaperonas, proteína disulfuro

isomerasa, e isomerasa cis-trans de la peptidilprolina.

RESPUESTA:

Las proteínas chaperón: participan en el plegado de más de la mitad de las proteínas de

mamíferos. La familia de chaperones hsp70 (proteína de choque por calor de 70 kDa) se une a
secuencias cortas de aminoácidos hidrofóbicos que emergen mientras un nuevo polipéptido está
siendo sintetizado, lo que los protege contra solvente.
Proteína desulfuro isómeras: El proceso se inicia por la enzima protein-sulfhidril-oxidasa, el
cual cataliza la oxidación de los residuos de cisteína para formar enlaces disulfuro. Sin embargo,
la formación de enlace disulfuro es inespecífica, una cisteina dada puede formar un enlace
disulfuro con cualquier residuo cisteinilo accesible.
Prolina-cis, trans-isomerasa: promover la maduración de las proteínas naturales, las ciclofilinas
también participan en el plegamiento de las proteínas expresadas por invasores virales. En
consecuencia, las ciclofilinas son un objetivo en el desarrollo de fármacos como la ciclosporina y
Alisporivir para el tratamiento del HIV, la hepatitis C y otras enfermedades transmitidas por virus.

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9. describir las principales tecnicas biofisicas empleadas en el estudio de las estructuras terciaria y
cuaternaria de las proteinas.

RESPUESTA:

 Cristalografía de rayos X
 Espectroscopia de resonancia magnética nuclear
 Microscopia electronica
 Criomicroscopia electrónica
 Modelado molecular

10. Explicar cómo los trastornos genéticos y nutricionales de la maduración de los colágenos ilustra el
estrecho vínculo entre la estructura de la proteína y la función.

RESPUESTA:

La compleja serie de eventos en la maduración del colágeno proporciona un modelo que ilustra las
consecuencias biológicas de la maduración incompleta de polipéptidos. El defecto mejor conocido
de la biosíntesis de colágeno es el escorbuto, un resultado de una deficiencia en la dieta de
vitamina C requerida por las prolilo y lisilo hidroxilasas. El deficit resultante del número de
residuos hidroxiprolina e hidroxilisina socava la estabilidad conformacional de las fibras de
colágeno, lo que lleva a encías sangrantes, hinchazón de articulaciones, cicatrización inadecuada
de heridas y por último la muerte. El síndrome de Menkes, caracterizado por pelo rizado y retraso
del crecimiento, refleja una deficiencia en la dieta del cobre requerido por la lisilo oxidasa, que
cataliza un paso clave en la formación de enlaces covalentes que fortalecen las fibras de colágeno.

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