La Novena Conferencia Panamericana de Países estaba en plena realización
en Bogotá y el principal objetivo del gobierno de los Estados Unidos en ella era la de convencer a los países participantes de realizar un acuerdo para declarar el comunismo como una actividad fuera de la ley. Esta daría comienzo a lo que más tarde se llamaría Organización de Estados Americanos (OEA). Paralelamente se estaba organizando unCongreso Latinoamericano de Estudiantes conformado como respuesta a la Conferencia Panamericana, con el fin de protestar contra el intervencionismo estadounidense en varias naciones de América. El Congreso Estudiantil fue ideado y promovido por un estudiante en Leyes cubano de nombre Fidel Castro, financiado por el gobierno peronista argentino y convocaba estudiantes de varios países latinoamericanos, en particular Panamá, Costa Rica, México, Venezuela y Cuba. Entre los estudiantes se encontraba el mismo Fidel Castro quien había llegado a Bogotá hacia el 31 de marzo y los otros después.2
Según un acuerdo previo realizado el día anterior en la oficina de Gaitán entre
Fidel, otros estudiantes que lo acompañaban y Gaitán, se haría una manifestación que terminaría en la plaza de Bolívar en la cual Gaitán daría un discurso. Otra cita se había fijado para hablar del tema hacia las 2:00 de la tarde del 9 de abril, pero esta no alcanzó a realizarse debido al asesinato del líder liberal.
Dos individuos sospechosos se habían visto unas 18 o 20 veces en las
vecindades de las oficinas de Gaitán pasado el medio día desde mediados de marzo lo que despertó sospechas en Pablo López, el ascensorista del edificio quien le expresó sus dudas a la secretaria de Gaitán. 2
A la 1 de la tarde del 9 de abril, estos dos individuos fueron vistos nuevamente,
uno más alto, más delgado y de mayor edad que el otro. Habían estado en la puerta del edificio o en sus alrededores preparados para la salida de Gaitán. Al ver que Gaitán salía uno de ellos (probablemente el más alto) le hizo una señal con la cabeza al otro que se mostraba bastante nervioso. Al salir Gaitán por el portón del edificio giró hacia el norte con el fin de ir a almorzar con sus amigos que lo acompañaban, uno junto a él y los otros más atrás. En este momento el hombre más bajo le dio el paso y le disparó por detrás. El número y frecuencia de los disparos varía de testigo en testigo, lo cierto es que una bala le dio en la nuca y dos en el cuerpo, todas mortales. El hombre alto se debió haber esfumado por entre la multitud, mientras que el más bajo se dio a la retirada retrocediendo y amenazando a los que podrían seguirlo hasta que el dragoneante de la policía Carlos Alberto Jiménez lo capturó, pero a pesar de los cuidados de los policías para protegerlo, la multitud se encargó de lincharlo. La persona linchada fue identificada como Juan Roa Sierra.2