Análisis del artículo “Gap Junction Channels of Innexins and

Connexins:Relations and Computational Perspectives”

Integrantes:
Germán Andrés Gómez Pabón - 2200117
Juan Pablo Pereira Anillo - 2200125
Jhonatan Yesid Sierra Plata - 2182007

En primer lugar el artículo introduce a algo que se le denomina uniones gap (GJ)
lo que viene siendo canales citoplasmáticos intracelulares compuestos por una
disposición de proteínas transmembrana particulares de los metazoos. Y
básicamente que el estudio de las uniones gap (GJ) a lo largo del tiempo se ha
utilizado para comprender la comunicación de célula a célula en vertebrados,
claramente, esto para darse una idea ya que como se mencionó, las uniones gap
(GJ) están presentes en invertebrados, de hecho, se menciona lo siguiente; “ Los
modelos animales que se basan en el sistema nervioso de los invertebrados han
revelado una relación entre los GJ y la formación de sinapsis eléctricas durante la
embriogénesis y la edad adulta” (Sánchez. et al, 2019). Por tanto, todos estos
estudios proporcionan información para curas a futuro con lo relacionado a tejidos
y propagación celular, también mencionado en el artículo.

Posteriormente se explica la función de los canales y el cómo lo hacen,

básicamente permiten el intercambio de iones intracelulares y demás con el fin de
distribuir sinapsis eléctricas y coordinar la señalización celular, luego se habla de
las superfamilias de genes que componen los hemi-canales ya mencionados,
estas superfamilias son conexinas, pannexinas e innexinas. Básicamente en esta
parte se trata o se habla sobre el parentesco y similitudes que se han encontrado
dentro del genoma de varios vertebrados con respecto a su superfamilia,
vertebrados (pannexinas) cuya identificación se dio gracias a la homología cona
las innexinas, mencionando también parentesco con respecto a la topología y esta
vez en las 3. A su vez para ampliar el desarrollo de la idea se hace uso de una
figura para dar a conocer secuencia de nucleótidos que muestra la similitud entre
las innexinas y conexinas, curiosamente en esa figura, La conexina humana
Cx31.9 (GJA11) presentó el nivel más alto de similitud con las innexinas de
sanguijuela, a su vez, se identificó varias familias genéticas en diferentes
animales, ya sean conexinas en ratones (Mus musculus) o innexinas en la mosca
de la fruta ( Drosophila melanogaster ), por dar algunos ejemplos, sin embargo, el
artículo se interesó sobre todo por el sistema nervioso de las sanguijuelas como
modelo biológico para comprender el sistema nervioso humano, gracias a lo
anteriormente mencionado.

Se comenta sobre cómo es el sistema nervioso de la sanguijuela medicinal, donde

básicamente consiste en un cordón nervioso que recorre lo largo del lado ventral
del animal. Entre los ganglios periféricos se encuentran 21 ganglios segmentarios,
cada uno de los cuales posee aproximadamente 400 neuronas, y aquí cualquier
neurona individual puede tener varios neurotransmisores y neuropéptidos
mencionados en el artículo. “La coordinación de estas moléculas de señalización
junto con los ganglios segmentarios proporciona la base fundamental de los
patrones de comportamiento jerárquico (alimentarse, nadar y gatear)” mencionan
Sánchez y compañía. Básicamente por el afán de estudiar los patrones de
acoplamiento de las uniones gap (GJ) se realizaron diversos estudios y modelos,
el que mejor funcionó fue el de las sanguijuelas medicinales, debido a su eficiencia
y su sistema nervioso práctico, además, otra razón en parte es la similitud entre
conexinas humanas y las innexinas de las sanguijuelas, de esto también se habla
en otra figura. Por tanto, para la investigación centrada en los mecanismos
subyacentes de la transmisión sináptica y la neuroquímica, así como el desarrollo
y la regeneración neuronal, la sanguijuela medicinal puede ser un modelo
adecuado para analizar la adhesión y la comunicación de célula a célula. Dicho
esto, es indiscutible el valor que tienen las sanguijuelas para este tipo de
investigaciones. Pero para saber a fondo todo lo necesario sobre
neurotransmisores y sistema nervioso en cuanto a la similitud que se puede hallar
en vertebrados e invertebrados se necesita saber la estructura molecular de las
Connexinas / Innexinas.

Las cuales están constituidas principalmente por monómeros de conexina /

innexina que en cierta disposición generan uniones de tipo Gap, además en el
artículo se mencionan que estas uniones pueden adoptar diferentes tipos de
acuerdo a la variación que presenten en su secuencia. Por parte de las
características que poseen en general se encuentra que cuentan con segmentos
de transmembrana del tipo tetra-helicoidales α, además de un bucle citoplasmático
y dos que se encuentran en la parte extracelular. Otra característica estructural
que mencionan es la ubicación de los terminales amino y carboxi ubicados la cara
intracelular de la membrana de unión, es un lugar importante dado que allí se
realiza el ensamblaje que proporciona una variedad de propiedades como
activación de la unión Gap.

Más adelante en el artículo se mencionan la función de los bucles extracelulares ,

los cuales son sitios de acoplamiento que se encuentran cada uno entre enlaces
disulfuro de tres cisteínas que también pueden ser dos dependiendo del tipo de
bucle,otras características mencionadas en el artículo es la presencia de
aminoácidos los cuales afectan la especialidad del acoplamiento de la cadena. Se
sugiere en el mismo párrafo la necesidad de conocer más a fondo las
características y composición molecular de las proteínas de unión gap.

Se habla de cómo es la alineación del hemicanal el cual está orientado en el

sentido de las manecillas del reloj , se hablan de los modelos que se tienen para
predecir cómo son los mecanismos dentro de las proteínas de unión en aspectos
como la permeabilidad. También menciona que se ha determinado varias
características que van desde la forma que presentan hasta las propiedades
otorgadas por los componentes de los canales, como su propiedad de sensor y
como estas se relacionan para lograr su potencial.

Otro tema que se aborda en el artículo es cómo sucede o por qué procesos se
puede dar la inhibición de la comunicación que hacen las uniones gap,
describiendo cada una de estas a lo largo de una serie de párrafos, empezando
por los mecanismos químicos que involucran la participación de agentes como el
octanol, el heptanol y el ácido araquidónico. El siguiente método que menciona el
artículo es .por Interferencia de ARN, se dice en el texto que por medio de la
modificación ya sea disminuyendo o eliminando un ARNm diana se puede obstruir
la comunicación, se traen diversos ejemplos donde de manera práctica se indica el
motivo de esta reacción ayudando de gran manera a la comprensión, otros
métodos que se mencionaron en el artículo son: anticuerpos anti-péptidos,
oligonucleótidos antisentido y péptidos miméticos.

El artículo también menciona la importancia de las técnicas computacionales en el

estudio de procesos biológicos, ya que el aprendizaje automático se ha utilizado
en ingeniería y en ciencias naturales (física, química y biología) y puede ayudar en
las ciencias de la vida al proporcionar modelos computacionales útiles para la
neurociencia. Sin embargo, es necesario aplicar más aplicaciones del aprendizaje
automático al estudio de los canales de unión gap debido a la falta de
investigación que involucre enfoques computacionales en el estudio de los canales
de innexina y conexina.

Hay una falta de aplicaciones de aprendizaje automático con respecto a la

inhibición o bloqueo de GJ. Existe un beneficio en el uso de técnicas de
aprendizaje automático, específicamente redes neuronales convolucionales, para
procesar imágenes.

En relación con las aplicaciones metabólicas, el aprendizaje automático se utilizó

para desarrollar un modelo para discriminar entre genotipos relacionados
utilizando datos de análisis del metaboloma. Además, se utilizó un método de
aprendizaje automático para predecir las vías metabólicas en función de los datos
del genoma y estudiar el proceso metabólico de los fármacos utilizando datos de
cáncer genético.

Los enfoques de aprendizaje automático son de particular interés en el desarrollo

de fármacos debido a su aplicabilidad en varios pasos de la metodología de
descubrimiento de fármacos. Se utilizó una SVM para predecir la capacidad de
escisión de los oligopéptidos en proteasas del VIH. Se utilizó un enfoque de
aprendizaje automático para discernir entre sustratos de un inhibidor de proteínas
transportadoras que se utilizará en el desarrollo de fármacos. Por último, la SVM
se entrenó con términos de energía de los sitios de acoplamiento para predecir la
afinidad de unión y su aplicación a la afinidad de unión del fármaco.

Sin embargo, nuevos enfoques (como el aprendizaje automático) podrían

proporcionar nuevos conocimientos para el estudio de esas señales entre células
conectadas.

Ya para finalizar, se concluye que los GJ se forman a partir de proteínas

codificadas por tres tipos de genes: innexinas en invertebrados y conexinas y
pannexinas en vertebrados. Se han identificado innexinas y conexinas en varios
modelos animales, donde diferentes especies comparten similitudes en las
funciones biológicas realizadas por las proteínas codificadas por esos genes.

La sanguijuela medicinal es un modelo biológico adecuado para el estudio del

sistema nervioso, en parte debido a las similitudes entre las conexinas humanas y
las innexinas de la sanguijuela. En este sentido, la sanguijuela parece ser un
modelo apropiado para estudiar los comportamientos de las conexinas humanas
en un modelo de vida más simple.

Varios estudios han utilizado roedores para estudiar las funciones de las innexinas
o conexinas utilizando diferentes métodos destinados a inhibir la formación de GJ.

Existen diferentes aplicaciones de las técnicas de aprendizaje automático para

estudiar la estructura de las proteínas y las interacciones con otras moléculas. La
investigación que involucra proteínas de innexina y conexina podría fortalecerse
con el uso del aprendizaje automático para mejorar los estudios estructurales y
funcionales. Además, el desarrollo de fármacos novedosos que se dirijan a genes
o proteínas de unión gap podría beneficiarse de algoritmos que predicen la
afinidad de unión de algunas moléculas a otras moléculas y predicen cómo
funcionará una molécula en una vía metabólica específica.

El aprendizaje automático ofrece nuevas oportunidades en el estudio de conexinas

e innexinas, GJ, flujo de moléculas de membrana, bloqueadores de GJ, etc.,
particularmente para complementar y expandir lo que ya se conoce en el campo.