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En 1893 Emil Fisher propuso una hipótesis para explicar la formación del
complejo, el Modelo de la Llave-Cerradura. Recibe el nombre por su
similitud con el ajuste que se debe de producir entre una llave y la cerradura
adecuada para que pueda ser abierta, y el de la enzima con el sustrato para
que ocurra la catálisis. La unión entre la enzima y el sustrato ocurre a nivel
de sitio activo, el cual tiene una conformación tridimensional rígida que
condiciona su ajuste por encaje con un tipo de sustrato y no otro. Este
modelo explica la enorme especifidad enzimática y cómo pequeños
cambios en el sitio activo pueden alterar enormemente la eficacia de la
enzima.
El Modelo del Ajuste Inducido propuesto en 1958 por Daniel Koshland,
modifica el de la llave-cerradura añadiendo que el encaje entre enzima y
sustrato no es rígido sino flexible. Esto supone que las conformaciones
estructurales de la molécula de sustrato y del centro activo enzimático no
deben de ser perfectas, sino compatibles. De esta manera, cuando un
sustrato y enzima compatibles se encuentran, se produce una adecuación
conformacional en el centro activo, adaptándose para un perfecto acople y
catálisis al sustrato.