Seminario Citogénetica y Organización del genoma Clara Pastene

Seminario N°1

CITOGENÉTICA: ORGANIZACIÓN DEL GENOMA HUMANO

INTRODUCCIÓN

Se denomina genoma al total de la información genética de un individuo o especie, y compromete

a todo el material genético en forma de ácido dexocirribunucleíco (DNA) que este individuo o especie tiene,
tanto al contenido en el núcleo (DNA nuclear) como en el citoplasma (DNA mitocondrial y cloroplastidial).
En este seminario revisaremos la organización del DNA nuclear de la especie humana, a través del estudio
tanto del cariotipo humano como de la distribución de genes en los cromosomas.
El DNA unido a proteínas histónicas forma la cromatina, la que se distribuye en 46 cromosomas en
todas las células somáticas humanas. Los 46 cromosomas logran su máximo nivel de compactación durante
la mitosis, adquiriendo una estructura característica para cada par cromosómico. De esta manera, un
primer nivel de organización del genoma corresponde al número y estructura de los cromosomas. La
citogenética es una subdisciplina de la genética que estudia la estructura y herencia de los cromosomas.
En estas últimas dos décadas se ha producido un progreso notable en el conocimiento y
comprensión de la organización del genoma humano, principalmente gracias al desarrollo del Proyecto
Genoma Humano (PGH), que en el año 2001 dio a conocer un primer borrador de la secuencia de los 3.000
millones de pares de bases nucleotídicas que componen nuestro genoma. El trabajo concluyó el año 2003,
sin embargo el esfuerzo por conocer el genoma humano ha continuado con proyectos como “1.000
genomas”.
En este Seminario se revisarán las principales características estructurales de los cromosomas
humanos en su conjunto, así como los criterios para su ordenamiento en el cariotipo. Se analizará la
localización en los cromosomas de algunas secuencias repetitivas del DNA como son aquellas que cumplen
principalmente un rol estructural en los cromosomas o aquellas que son codificantes del RNA ribosomal.
Finalmente, se analizarán las características y distribución de los genes codificantes de proteínas presentes
en los cromosomas humanos.

LOGROS DE APRENDIZAJE

a) Describe las características básicas de los cromosomas metafásicos y del cariotipo humano.
b) Comprende la información contenida en el cariograma por bandeo G.
c) Infiere patrones de distribución de genes en el cromosoma 21, y extrapola estos patrones a los
cromosomas restantes.

BIBLIOGRAFÍA

a) Strachan T & Andrew P. Read “Human Molecular Genetics” 4º Edición. Garland Science, 2011.

b) Nussbaum R, McInees RR, Willard HF. “Thompson y Thompson Genética en Medicina”. 7º Edición.
Disponible en http://www.sciencedirect.com/science/book/9788445818701 (sólo a través de
conección a internet en la U de Chile o conección VPN)
c) Berrios S., Genética Humana, Editorial Mediterraneo, 2014.

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EL CARIOTIPO HUMANO

El material genético humano, organizado como fibras de cromatina, está contenido en el núcleo durante la
interfase, y en los cromosomas mitóticos y meióticos durante las divisiones celulares respectivas. Los cromosomas
mitóticos están formados por las fibras de cromatina interfásicas que se replicaron durante el período S del ciclo
celular, y que posteriormente se compactaron progresivamente durante la división celular.

El humano posee 46 cromosomas en todas sus células somáticas. Para efectos de su descripción y comparación, el
cariotipo (conjunto de cromosomas característicos de la especie) humano se ordena, según morfología y tamaño
de los cromosomas que lo forman (Convención de Denver, 1960), en siete grupos designados por letras (A- G). Cada
uno de estos grupos contiene un cierto número de pares de cromosomas homólogos identificados por números
arábigos (1 al 22) más los cromosomas sexuales, X e Y (Tabla 1).

TABLA 1.- Clasificación de los cromosomas humanos

Grupo Pares de Descripción de los cromosomas

Cromosómico cromosomas
A 1-3 Metacéntricos grandes (centrómero en la mitad)
B 4-5 Submetacéntricos grandes
C 6-12 + X Submetacéntricos medianos
D 13-15 Subtelocéntricos grandes con NOR y satélites (centrómero más abajo del
telómero)
E 16-18 Metacéntrico (16) y submetacéntricos (17-18) más bien pequeños.
F 19-20 Metacéntricos pequeños.
G 21-22 + Y Subtelocéntricos pequeños con NOR y satélites, exceptuando el
cromosoma Y.

Los cromosomas se pueden clasificar por tamaño y por posición del centrómero. Aquellos cromosomas
subtelocéntricos tienen NOR excepto el cromosoma Y.

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Figura 1. Cromosomas obtenidos de

una metafase mitótica de un varón
normal. Se observan los diversos
tamaños y morfologías cromosómicas
según la posición del centrómero. Los
cromosomas están teñidos con el
colorante Giemsa, que tiene afinidad
por el DNA.

Por otra parte, técnicas especiales que consisten en la aplicación sobre los cromosomas de tratamientos
relativamente simples antes de ser teñidos, han permitido visualizar en los cromosomas sectores discretos de
ubicación específica denominados bandas cromosómicas. Estas bandas, junto con poner en evidencia los distintos
tipos de DNA cromosómico subyacente, presentan patrones de distribución que son propios a cada par de
cromosomas homólogos y, por consiguiente, constituyen descriptores muy precisos de los cromosomas y de los
cariotipos.

1. Observación de cromosomas humanos

a) El siguiente esquema ilustra el procedimiento para la obtención de cromosomas metafásicos a

partir de sangre periférica. Revíselo y descríbalo de forma general.

Se obtiene una muestra de sangre venosa la cual

se incuba con un medio de cultivo +
fitohemaglutina que permite activar los leucocitos
Fotografía
Cariotipo para que proliferen. Se incuba durante 3 días,
donde estarán en mitosis. Se agrega a colchicina
Tinción
Sembrar en 125
que inhibe la división celular en metafase (se une
ml de RPMI +
fitohemaglutinina
a las fibras del huso mitótico, las inactiva, por lo
Dispersión celular tanto impide que se continúe la mitosis hacia
Incubar a 37 ºC
S sobre un portaobjetos
por goteo anafase). Luego se agrega solución hipotónica
durante 3 días salina, para que ingrese agua, aumentando el
volumen de la célula.
Esas células hinchadas se fijan y se ponen sobre un
Solución
Añadir colchicina hipotónica Fijación de portaobjeto. La gota se esparce y se revienta y
salina las células
Carnoy
queda cada célula separada con sus respectivos
ClK 0,075M
cromosomas metafásicos.

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b) Observe la placa metafásica de la figura 1 y la que se muestra a continuación. Identifique en ellas

los cromosomas metafásicos, distinga los diferentes tipos cromosómicos según tamaño y posición
del centrómero.

Subtelocéntrico
Submetacéntrico
Metacéntrico

No hay cromosomas telocéntricos

en la especie humana

c) El humano tiene 46 cromosomas en sus células somáticas. ¿Cuántos cromosomas deberían

observarse en una de estas placas metafásicas? ¿Existe variación en el número de cromosomas
entre las placas metafásicas? Explique.

46. Técnicamente si puede existir variación porque cuando se forman las placas metafásicas es posible que se
escape uno o dos cromosomas de una célula, pero que originalmente tenía todos los cromosomas.

2. Cariotipo humano con bandeo G.

Los cromosomas son tratados con una técnica (tripsina + tinción) que produce patrones de bandas oscuras y
claras cuyo patrón es específico para cada par de cromosomas homólogos (bandas G).

¿Cómo funciona el bandeo G?

A una placa de cromosomas metafásico se agrega tripsina que degrada proteínas de los brazos cromosómicos.
La tripsina no degrada todos los sectores de un cromosoma: los sectores no degradados son los que están más
condensados y quedaron protegidos de ser degradados. Las partes que no se degradaron van a quedar como
bandas oscuras (G+) y las que si se degradaron quedarán como bandas claras(G-). Las bandas oscuras son ricas
en Adenina y Timina, esas bases inducen la compactación, por ende no son degradadas.

Pregunta: ¿Cómo no se rompe la estructura del cromosoma cuando se trata con tripsina?
Respuesta: El cromosoma no se rompe por completo porque la tripsina no rompe todo, exagera la
descondensación nomás.

El análisis de cariotipos bandeados G, junto con facilitar el reconocimiento de los cromosomas homólogos y
la identificación inambigua de cada uno de ellos, permite conocer con precisión los cromosomas y las
regiones cromosómicas involucradas en eventuales reordenamientos cromosómicos estructurales y de
número.

2 conceptos clave para el bandeo G de cromosomas homólogos: patrón de bandeo G es el mismo para cada par de
cromosomas homólogos, y tienen un patrón específico. El patrón de bandeo del cromosoma 1 es diferente al del
par 2. El bandeo G también es propio de la especie

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a) En el cariotipo de la Figura 2, complete los pares de cromosomas homólogos, utilizando los cromosomas
que se encuentran en la parte inferior del impreso.

b) Con la información proporcionada (Tabla 1, Figuras 1 y 2) ¿cuál sería probablemente el par cromosómico 7
en la Figura 1? Fundamente su elección. Si utilizara la técnica de Bandeo G (Figura 2) ¿le sería posible tener mejor
certeza en la identificación del cromosoma 7? ¿Por qué?

En la figura 1 no se podría identificar. Solo con la placa metafásica, no es posible saber con certeza cuál es el
cromosoma 7, porque tiene una morfología muy similar al cromosoma 6 y 8 en cuanto a tamaño y posición de
centrómero. Sería necesario aplicar la técnica de bandeo G para comprobar la información

c) Respecto al patrón de bandas G (G+ = bandas oscuras) y G- = bandas claras) en cariogramas de distintos
individuos 46, XY y 46, XX fenotípicamente normales. ¿Esperaría encontrar variación del patrón de bandas G
entre esos individuos? Fundamente.

Los cromosomas sexuales no tienen el mismo bandeo G, pero a nivel de los autosomas no deberían haber
variaciones de bandeo.

Pregunta: ¿Cómo afecta al bandeo G el hecho de que existan distintos alelos de un mismo gen?
Respuesta: La diferencia entre dos alelos de un gen generalmente se da a nivel de un par de nucléotidos, lo que
no afecta al bandeo. El bandeo es propio de la especie, a pesar de ser fenotípicamente distintos.

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¿Cómo afectan las mutaciones al bandeo G?

Mutaciones donde hay translocaciones de genes sí son notables en el bandeo G, pero mutaciones silenciosas
no generan un cambio tan grande por lo que no se perciben alteraciones en el bandeo.

d) En un estudio citogenético realizado en distintos tipos celulares de una mujer de fenotipo normal (46, XX)
¿esperaría encontrar variación en el patrón de bandas G entre los diferentes tipos celulares? Fundamente.

No, porque el genoma de una célula es el mismo

3. GENES CODIFICANTES EN LOS CROMOSOMAS HUMANOS

3.1 Proporción de genes codificantes en el total del genoma humano

En la especie humana, el número promedio de nucleótidos de las secuencias codificantes de proteínas (exones)
es de alrededor 1.508 pb, el número de genes es aproximadamente 21.000 y el número total de pares de bases
(pb) de todo el genoma es de 3 x 109 pb.

Con estos datos calcule el porcentaje de DNA codificante y no codificante presentes en el genoma humano.

1 gen=1508 pb
21.000 genes=31668000 pb
31668000: (3 x 109 ) x 100= 1,05% DNA codificante
98,95% DNA no codificante

3.2 Distribución de genes codificantes en el cromosoma humano Nº 21.

El siguiente enlace (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/gdv/) le permitirá visualizar y explorar el mapa de

las secuencias de todos los cromosomas humanos (y otras especies), entre ellos él del cromosoma 21 según
último genoma de referencia humano publicado (GRCh38).

a) ¿Cuántos pares de bases posee el cromosoma 21?

(Seleccionar desde telómero a telómero en la página web)

46.7 millones pares de bases

b) Examine el tamaño de los genes conocidos. ¿Todos los genes tienen el mismo tamaño?

No necesariamente. Hay genes más grandes. En esta banda del cromosoma 21 el gen más grande es DSCM
(Ubicación: q22.2). El tamaño no es similar entre genes, hay genes muy grandes y otros más pequeños.

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c) La distribución de los genes a lo largo del cromosoma ¿es homogénea o heterogénea?

La distribución es heterogénea. Las bandas claras tienen más genes, es decir más densidad de genes.

*Datos extra: Hay zonas donde no hay genes, todavía no se sabe qué hay en esos lugares. Hay cromosomas
donde los genes sí se distribuyen de forma homogénea (en tándem) pero esos no son genes codificantes

4. Distribución de los genes en los cromosomas

En la figura 3 se representan gráficamente los cromosomas humanos con bandeo G (idiograma G). A la derecha
de cada cromosoma se representa la densidad génica (genes codificantes de proteínas) en las bandas a lo largo
del cromosoma (http://www.ensembl.org/Homo_sapiens/Location/Genome).

a) Analice la distribución de los genes de acuerdo a las bandas G y a los sectores cromosómicos. ¿Se puede
concluir lo mismo que en el cromosoma 21?. Fundamente.

Si se puede ver que las bandas claras tienen más genes que las bandas oscuras

b) ¿La cantidad de genes que tiene un cromosoma, es directamente proporcional al tamaño del
cromosoma? Fundamente.

Por lo general, la cantidad de genes tiende a relacionarse con el tamaño del cromosoma. Sin embargo, esto no
siempre es así. Por ejemplo: el cromosoma 19 tiene un tamaño relativamente pequeño en comparación a otros
cromosomas pero tiene un gran número de genes (todavía no hay una explicación clara de esto).

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Figura 3: Contenido de genes en los cromosomas humanos.

1 2 3 4 5

Tamaño (Mb) 248 Mb 242 Mb 198 Mb 190 Mb 181 Mb

Genes codificantes 2.044 1.292 1.073 746 882
Genes no codificantes 1.924 1.598 1.158 993 1.207

6 7 8 9 10

Tamaño (Mb) 170 Mb 159 Mb 145 Mb 138 Mb 134 Mb

Genes codificantes 1.038 984 670 775 728
Genes no codificantes 985 973 1.052 788 881

11 12 13 14 15

Tamaño (Mb) 135 Mb 133 Mb 114 Mb 107 Mb 101 Mb

Genes codificantes 1.301 1.033 324 820 605

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Genes no codificantes 1.060 1.202 586 856 992

16 17 18 19 20

Tamaño (Mb) 90 Mb 83 Mb 80 Mb 58 Mb 64 Mb
Genes codificantes 865 1.184 268 1.469 540
Genes no codificantes 1.046 1.199 608 894 594

21 22 X Y

Tamaño (Mb) 46 Mb 51 Mb 156 Mb 57 Mb

Genes codificantes 234 489 841 63
Genes no codificantes 404 515 639 109