Introducció n

En este trabajo se ha querido representar las similitudes a nivel de secuencias de nucleótidos de estos celentéreos , analizando y
comparándolos con otras especies , viendo así que las características de los seres vivos que guardan ciertas similitudes que nos
evidencia que en algún momento estuvieron relacionadas ,eso se podrá observar al momento de realizar un árbol filogenético .

Resumen
En este trabajo tomamos la siguiente especie de medusa Chrysaora sp de donde se toma una secuencia de nucleótidos con el
marcador ITS, la cual es comparada con otras especies del banco de datos del NCBI, de donde se deduce que en la secuencia tomada
puede haber ciertas similitudes, esto se evidencia alineando las secuencias parecidas con ayuda de clustalw y el programa Bioedit, y
finalmente se realiza el árbol filogenético donde se observa la evolución divergente de esta especie .
Mé todo experimental
1. Utilizando el NCBI
a. Escogemos la especie de interés en este caso la Medusa chrysaora con marcador ITS

b. Seleccionar la secuencia problema , siendo lo siguiente las características de dicha especie escogida

Chrysaora sp. MD-2005 18S ribosomal RNA gene and internal transcribed spacer 1, partial
sequence
LOCUS DQ083525 276 bp DNA linear INV 01-SEP-2006
DEFINITION Chrysaora sp. MD-2005 18S ribosomal RNA gene and internal
transcribed spacer 1, partial sequence.
ACCESSION DQ083525
VERSION DQ083525.1 GI:73476619
KEYWORDS .
SOURCE Chrysaora sp. MD-2005
ORGANISM Chrysaora sp. MD-2005
Eukaryota; Metazoa; Cnidaria; Scyphozoa; Semaeostomeae; Pelagiidae;
Chrysaora.
REFERENCE 1 (bases 1 to 276)
AUTHORS Dawson,M.N.
TITLE Cyanea capillata is not a cosmopolitan jellyfish: Morphological and
molecular evidence for C. annaskala and C. rosea (Scyphozoa,
Semaeostomeae, Yaneidae) in southeast Australia
JOURNAL Unpublished
REFERENCE 2 (bases 1 to 276)
AUTHORS Dawson,M.N.
TITLE Direct Submission
JOURNAL Submitted (02-JUN-2005) Evolution & Ecology, UCD, One Shields Ave.,
Davis, CA 95616, USA
FEATURES Location/Qualifiers
source 1..276
/organism="Chrysaora sp. MD-2005"
/mol_type="genomic DNA"
/isolate="NHQ61-001"
/db_xref="taxon:338719"
/dev_stage="medusa"
/country="Australia: Noosa Heads, Queensland"
rRNA <1..4
/product="18S ribosomal RNA"
misc_RNA 5..>276
/product="internal transcribed spacer 1"
ORIGIN
1 attaccgttg gagtacgctt gatgcgtgca atttattgat gtgcctagca caccaatgat
61 acactgtgaa catgtattga tctgtgtgag gtggtcagag cctgtcagtg catctgacag
121 tcgtctgggc tcaaatggca ggcgttttcc tgccggcctc acatggagtt tttttcttat
181 gtgtctttga atactttatg aatattttct aaataaaagg tgaacacatc tgttgtgtgt
241 gagcctatgt gagagaaaat aagagacaac ttctaa

c. Luego se copia la secuencia en el formato fasta en u bloc de notas ,guardar dicha información
d. Luego usando BLAST(proporcionado por el NCBI) , escogemos BLASTN ,donde colocamos la secuencia problema.
e. Siendo el resultado del BLAST , comparar la secuencia problema con la base de datos del programa

f. En este cuadro se puede observar el porcentaje de similitud y diferencia que existe entre la secuencia problema y la base de datos
del programa.
g. De los 12 resultados obtenidos ,seleccionamos 5 de loscuales podemos ver a continuación
 h. Des

pués de seleccionar las 5 especies que se parecen a nuestra seceuncia problema ,las pasamos a formato fasta y guardarlo en un bloc
de notas
2. Usando Bioedit
a. Abrir el archivo donde se encuentran las 5 secuencias selecionadas anteriormente
b. Para poder diferenciar y comparar los nucleótidos de las secuencias seleccionadas con la secuencia problema
c. Para alinear las secuencias de nucleótidos comunes,usamos un accesorio del BioEdit llamado ClustalW
 3. El paso 2.c. también se puede realizar en el programa ClustalW en una página de internet

a. Copiar las secuencias de nucleótidos y por lo tanto escogemos DNA

Resultado : CLUSTAL 2.1 multiple sequence alignment

gi|332106255|gb|GU941284.1| AGTAAAAGTCGTAACAAGGTTTCCGTAGGTGAACCTGGCGGAAGGATCAT 50
gi|332106249|gb|GU941278.1| -------GTCGTAACAAGGTTTCCGTAGGTGAACCTG-CGGAAGGATCAT 42
gi|73476619|gb|DQ083525.1| ------------------------------------------------AT 2
gi|167215855|dbj|AB377552.1| ---------------AAGG---------ATCA---TTACCGAAATAATAT 23
gi|167215856|dbj|AB377553.1| ---------------AAGG---------ATGA---TTACTGAATAAATAT 23
**

gi|332106255|gb|GU941284.1| TACCGAGCGATGAAGTACGTGTA-GTACTTCGCA----CTTGTAGTCGC- 94
gi|332106249|gb|GU941278.1| TACCGAGCGATGAAGTACGTGTA-GTACTTCGCA----CTTGTAGTCGC- 86
gi|73476619|gb|DQ083525.1| TACCGT----TGGAGTACGCTTG-ATGCGTGCAA----TTTATTGATGT- 42
gi|167215855|dbj|AB377552.1| -ACAGTTCGATGACATACATGTACGTGTCTGTCATGGGCTGGCACTTGCT 72
gi|167215856|dbj|AB377553.1| -ACAGTTCGATGACATACATGTACGTGTCTGTCATGGGCTGGCACTTGCT 72
** * ** *** * * * * * *

gi|332106255|gb|GU941284.1| GCG-AGCAA--CTACA-------CTTGCACACTGTGAACCTGTACCGATC 134

gi|332106249|gb|GU941278.1|
gi|73476619|gb|DQ083525.1|
gi|167215855|dbj|AB377552.1|
gi|167215856|dbj|AB377553.1|
GCG-AGCAA--CTACA-------CTTGCACACTGCGAACCTGTACCGATC 126
GCCTAGCA---CACCA-------ATGATACACTGTGAACATGTATTGATC 82 Secuencias de nucleótidos iguales
ACGATGTACTACCTCGTAGTGGGCTTGCACGCTGTGAACCTGTATTGATC 122
ACGATGTAC--CTCCGTAGTGGGCTTGCACCCTGTGAACCTGTATTGATT 120 a la secuencia problema .
* * * * * * ** *** **** **** ***

gi|332106255|gb|GU941284.1| TGTGTGAGGTGGACAGAGGCGTACGTAC-TAGGCA----GTACGTC---- 175

gi|332106249|gb|GU941278.1|
gi|73476619|gb|DQ083525.1|
gi|167215855|dbj|AB377552.1|
gi|167215856|dbj|AB377553.1|
gi|332106255|gb|GU941284.1|
gi|332106249|gb|GU941278.1|
gi|73476619|gb|DQ083525.1|
gi|167215855|dbj|AB377552.1|
gi|167215856|dbj|AB377553.1|
TGTGTGAGGTGGACAGAGGCGTACGTAC-TAGGCA----GTACGTC---- 167
TGTGTGAGGTGGTCAGAG---------C-CTGTCA----GTGCATCTGAC 118
TGTGTGAGGAGGAAAGAGGCGCATTCATATCTACATCGTGTAGGTGAATG 172
TGTGTGAGGTGGACAGAGGGGCATTCATATTTACATTGTGTAGGTGAATG 170 Secuencias de nucleótidos
********* ** **** ** ** *
iguales a la secuencia problema .
-GTCGTCTGTGCTCAAATGACAGGCGTTTTCCTGCCGGCCTCACATGGAG 224
-GTCGTCTGTGCTCAAATGACAGGCGTTTTCCTGCCGGCCTCACATGGAG 216
AGTCGTCTGGGCTCAAATGGCAGGCGTTTTCCTGCCGGCCTCACATGGAG 168
CGTCGTCTGTGCTCTAATGGCAGGCGTTTTCCTGCCGGCCTCACATGGAG 222
CGTTGTTTGTGCTTGAATGGCAGGCGTTTTCCTGCCGGCCTCACATGGAG 220
** ** ** *** **** ******************************

gi|332106255|gb|GU941284.1| CTTGTTCGTT-TGT-TTTTTCAA--CACTTGAAAGA-TAATTCCTGAATG 269

gi|332106249|gb|GU941278.1| CTTGTTCGTT-TGT-TTTTTCAA--CACTTGAAAGA-TAATTCCTGAATG 261
gi|73476619|gb|DQ083525.1| TTTTTTTCTTATGTGTCTTTGAA--TACTTTATGAA-TATTTTCTAAATA 215
gi|167215855|dbj|AB377552.1| CTTTTTTCTG-TGATTTTTTCAAAACACTTTCTAATCTATTTCCTGA-TG 270
gi|167215856|dbj|AB377553.1| CTTTTTTCTG-TGATTTTTTCAAAACACTTTCTTATCTATTTCCTGA-TG 268
** ** * ** * *** ** **** ** ** ** * *
gi|332106255|gb|GU941284.1| TACG-----TGCACAC---CACCGACCGGTGGTGGCTCGATTGAGAAACA 311
gi|332106249|gb|GU941278.1| TACG-----TGCACAC---CACCGACCGGTGGTGGCTCGATTGAGAAACA 303
gi|73476619|gb|DQ083525.1| AAAGG----TGAACAC---ATCTGTTGTGTGTGAGCCTATGTGAGAG--- 255
gi|167215855|dbj|AB377552.1| CGCGGCGGGTGCAAACAGACTCTG-TATGTGCCTGCCTGCACGATATG-A 318
gi|167215856|dbj|AB377553.1| CGCGGCGGGTGCAAACAGACTCTG-TATGTGCCTGCCTGCACGATATG-A 316
* ** * ** * * *** ** ** *

gi|332106255|gb|GU941284.1| AAAATGAGAGACAACTTCTAACGGTGGATCTCTTGGCTCGTGCATCGATG 361

gi|332106249|gb|GU941278.1| AAAATGAGAGACAACTTCTAACGGTGGATCTCTTGGCTCGTGCATCGATG 353
gi|73476619|gb|DQ083525.1| AAAATAAGAGACAACTTCTAA----------------------------- 276
gi|167215855|dbj|AB377552.1| AAAACACGAAACAACTTCTAACGGTGGATCTCTTGGCTCGTGCAT----- 363
gi|167215856|dbj|AB377553.1| AAAACACGAGACAACT-CTAACGGTGGATCTCTTGG-------------- 351
**** ** ****** ****

gi|332106255|gb|GU941284.1| AAGAACGCAGCCAGCTGCGATAAGTAATGTGAATTGCAGAACTCAGTGAA 411

gi|332106249|gb|GU941278.1| AAGAACGCAGCCAGCTGCGATAAGTAATGTGAATTGCAGAACTCAGTGAA 403
gi|73476619|gb|DQ083525.1| --------------------------------------------------
gi|167215855|dbj|AB377552.1| --------------------------------------------------
gi|167215856|dbj|AB377553.1| --------------------------------------------------

gi|332106255|gb|GU941284.1| TCATCGAATCTTTGAACGCAAATGGCGCTCCTTGGTTCTCCAGGGAGCAT 461

gi|332106249|gb|GU941278.1| TCATCGAATCTTTGAACGCAAATGGCGCTCCTTGGTTCTCCAGGGAGCAT 453
gi|73476619|gb|DQ083525.1| --------------------------------------------------
gi|167215855|dbj|AB377552.1| --------------------------------------------------
gi|167215856|dbj|AB377553.1| --------------------------------------------------

gi|332106255|gb|GU941284.1| GTCTGTCTGAGCGTCGTGACAAGTAAAACCACGTATGCACCGCTACTGCA 511

gi|332106249|gb|GU941278.1| GTCTGTCTGAGCGTCGTGACAAGTAAAACCACGTATGCACTGCTACTGCA 503
gi|73476619|gb|DQ083525.1| --------------------------------------------------
gi|167215855|dbj|AB377552.1| --------------------------------------------------
gi|167215856|dbj|AB377553.1| --------------------------------------------------

gi|332106255|gb|GU941284.1| GCAGTGTGTACGGCGTTGAGATCTCGTGCATGCATGCAACGCATGCGCGT 561

gi|332106249|gb|GU941278.1| GCAGTGTGTACGGCGTTGAGATCTCGTGCATGCATGCATCGCATGCGCGT 553
gi|73476619|gb|DQ083525.1| --------------------------------------------------
gi|167215855|dbj|AB377552.1| --------------------------------------------------
gi|167215856|dbj|AB377553.1| --------------------------------------------------

gi|332106255|gb|GU941284.1| GTCTTGAAATATAGCACCGTTGCAAAAGCATCGGATGTGACGACGAGTGG 611

gi|332106249|gb|GU941278.1| GTCTTGAAATATAGCACCGTTGCAAAAGCATCGGATGTGACGACGAGTGG 603
gi|73476619|gb|DQ083525.1| --------------------------------------------------
gi|167215855|dbj|AB377552.1| --------------------------------------------------
gi|167215856|dbj|AB377553.1| --------------------------------------------------

gi|332106255|gb|GU941284.1| CAATCAGCACTTGCAGCATCCGAGTAGTGCAGCAGCAATAAGAAAGTTAC 661

gi|332106249|gb|GU941278.1| CAATCAGCACTTGCAGCATCCGAGTAGTGCAGCAGCAATAAGAAAGT--- 650
gi|73476619|gb|DQ083525.1| --------------------------------------------------
gi|167215855|dbj|AB377552.1| --------------------------------------------------
gi|167215856|dbj|AB377553.1| --------------------------------------------------

gi|332106255|gb|GU941284.1| CCTTTCCTATCTGTCTGCCTCTCGACTGTACGTTTAGTGTCTGTCTGTCG 711

gi|332106249|gb|GU941278.1| --------------------------------------------------
gi|73476619|gb|DQ083525.1| --------------------------------------------------
gi|167215855|dbj|AB377552.1| --------------------------------------------------
gi|167215856|dbj|AB377553.1| --------------------------------------------------

gi|332106255|gb|GU941284.1| CTTATCGAATTTGAATTTTGA 732

gi|332106249|gb|GU941278.1| ---------------------
gi|73476619|gb|DQ083525.1| ---------------------
gi|167215855|dbj|AB377552.1| ---------------------
gi|167215856|dbj|AB377553.1| ---------------------

Árbol filogenético

Leyenda.

>gi|73476619|gb|DQ083525.1| Chrysaora sp. MD-2005 18S ribosomal >gi|

332106255|gb|GU941284.1| Uncultured eukaryote clone N201T_245 18S >gi|
332106249|gb|GU941278.1| Uncultured eukaryote clone N201T_232 18S >gi|
167215855|dbj|AB377552.1| Cyanea nozakii genes for 18S rRNA : KUR2 >gi|
167215856|dbj|AB377553.1| Cyanea nozakii genes for 18S rRNA : KUR3
Conclusiones
.

 Luego de alinear las secuencias comunes, en el BioediT se puede observar que se encuentran regiones similares entre
los nucleótidos 211 a 241, además usando el programa ClustalW también se puede observar otra región de
nucleótidos que poseen la misma secuencia de nucleótidos que comparadas con nuestra secuencia problema tendría
la ubicación entre los nucleótidos 135 al 143, de donde se pueden fabricar primers que nos ayudaría para poder
realizar la técnica de PCR en el futuro.

 Con las similitudes observadas entre la secuencia problemas con las secuencias proporcionadas, por el banco de
datos del NCBI, se puede fabricar un árbol filogenético en donde se observa la evolución divergente de la especie
seleccionada con respecto a las escogidas de las proporcionadas por el banco de datos.