Bioquímica

Enzimas
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Enzimas

•  Proteínas con actividad catalítica de los

seres vivos.

•  Sin ellas los procesos biológicos serían tan

lentos que las células no podrían existir.

•  Pueden funcionar dentro de las células,

fuera de éstas y en condiciones in vitro.
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Propiedades generales de las enzimas

Aumentan la velocidad de las reacciones

bioquímicas.

•  La Incrementan entre 103 - 1012

Veces sin afectar el sentido de la
reacción.
•  Regulan la velocidad de las reacciones
químicas espontáneas (aG -).
•  No pueden promover reacciones no-
espontáneas (aG +).
•  No forman parte de la reacción.
• Catalizan la conversión de compuestos (SUSTRATOS) hacia
compuestos diferentes (PRODUCTOS).

• No se consumen ni se alteran.

• Son extremadamente selectivas.

 -

Propiedades generales de las enzimas

Las enzimas requieren condiciones muy
especificas para llevar a cabo su actividad
biológica.

•  Temperatura.

•  pH.

•  Presión.

•  Concentración de sales.
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Propiedades generales de las enzimas

Las enzimas son altamente específicas.

•  Interacción estéreo-específica con el

sustrato. o

•  No hay productos colaterales.

Voet & Voet

 -

Propiedades generales de las enzimas

./ La actividad de las enzimas puede ser regulada.

•  Por concentración de sustrato.

•  Por concentración de enzima.

•  Por presencia de inhibidores.

•  Por regulación alostérica (<<otro sitio>>).

./ Se pueden inactivar por desnaturalización

 Enzima
Sustrato

Sitio activo
(Sitio catalítico)

Sitio alostérico
 Clasificación de las enzimas

• IUB (International Union of

Bioquemists) 1.  Oxidorreductasas
• Nomenclatura: con nombre y 2.  Transferasas
número específico.
3.  Hidrolasas
• 4 números
4.  Liasas
• Primer número: tipos de
enzimas de acuerdo a la reacción 5.  Isomerasas
que catalizan: 6.  Ligasas
Grupos prostéticos, cofactores,
coenzimas.
• Grupos prostéticos: Incorporación estrecha y estable a la estructura
de la enzima (enlaces covalentes o no covalentes)
• Cofactores: Se unen de manera transitoria y dosociable
• Coenzimas: transbordadores

• Muchos de ellos son vitaminas del complejo B

Apoenzima/holoenzima
 Complejo enzima-sustrato
1) Modelo de llave y cerradura (Emil Fischer, 1894)

:MODELO LLAV E-CERRADURA

•  Sustrato y enzima se acoplan
de forma estéreo- específica
de la misma manera que una
llave se ajusta a su cerradura. EnZima

•  Modelo aceptado durante

mucho tiempo; hoy se
considera insuficiente al no
explicar algunos fenómenos .,__ CornPI JO
de la inhibición enzimática. 021MB·sustr te
 Modelo llave-cerradura
En el modelo de llave y cerradura:

•  El sitio activo tiene una forma rígida.

•  Una enzima solamente une sustratos que ajustan exactamente en el sitio
activo.
•  La enzima es análoga a una cerradura.
•  El sustrato es la llave que ajusta esa cerradura.

13
 Complejo enzima-sustrato
2) Modelo de acoplamiento Inducido (Daniel Koshland, 1958)

nMOOELO DE ACOPLAMIENTO INDUCIDO

•  Tanto la enzima como el sustrato
sufren una alteración en su
estructura por el hecho físico de la
unión.
,

•  Está mucho más de acuerdo con

todos los datos experimentales
conocidos hasta el momento.
 Modelo de ajuste inducido
En el modelo de ajuste inducido:
•  La estructura de la enzima es flexible, no rígida.
•  La enzima y el sustrato se ajustan a la forma del sitio activo para unir al
sustrato.
•  El rango de especificidad al sustrato se incrementa.
•  Los cambios de forma mejoran la reacción de catálisis.
Glucosa-hexocinasa

La hexocinasa, al igual que las demás cinasas,

requiere Mg+2 para su actividad (u otro ión
metálico divalente, como puede ser Mn+2). El ión
metálico divalente forma un complejo con el ATP.

En azul, las dos mitades de la hexoquinasa libre, en

rojo, cuando se unen con la glucosa. Hay un cambio
conformacional importante: el sitio activo de la enzima
se ajusta al sustrato. Ejemplo notable del ajuste
inducido.
Elementos de una reacción enzimática

(ES
)

Enz ma (E)
(S
} Productos (P)
 Sin enzima
Con enzima

Energía (ΔG)
•  Las enzimas disminuyen la
energía de activación Ea

necesaria para que un

sustrato se transforme a Ea

producto.
E + S (Reactivos)
Energía total
liberada durante
la reacción

E + P (Productos)
Sentido de la reacción
 Estado de transición
X‡

H ΔH‡
•  Estado inestable de máxima energía. ΔH0
•  No es un intermediario.
- Estado Metaestable Reaction coordinate
•  Los intermediarios son especies que
aparecen en el mecanismo de reacción intermediate

pero no en la ecuación global

balanceada.
H

Reaction coordinate
 Sitio activo de enzimas
1.  El sitio activo es una hendidura tridimensional formada por grupos que
provienen de diferentes partes de la secuencia de aminoácidos.
2.  El centro activo supone una porción relativamente pequeña del volumen total
de la enzima.
3.  Los centros activos son micro-entornos únicos.
4.  Los sustratos se unen a las enzimas por numerosas fuerzas débiles.
5.  La especificidad del enlace depende de la disposición exactamente definida
de los átomos en el centro activo.
Aumento de velocidad con enzimas
 Organismos termófilos
•  Son organismos que viven a altas temperaturas y realizan sus
reacciones enzimáticas a estas altas temperaturas.
•  Ejemplos son los que viven en las aguas termales.
•  Es tema de investigación el aislamiento de las enzimas de estos
organismos para desarrollar procesos industriales en condiciones
más extremas.
 Cinética Enzimática

• Cómo trabaja una reacción catalizada por enzimas

• Nos permiten elucidar los mecanismos catalíticos de las enzimas
Ecuación Michaelis-Menten
En 1902 Adrian Brown: investigación de hidrólisis de la sacarosa
catalizada por la enzima invertasa.
*Velocidad de la reacción es independiente de la concentración
del sustrato*
 Ecuación Michaelis-Menten

Km=k-1+k2 vmax=k2[E]T VO=Vmax[S]

k1 Km+[S]

*KM es la concentración del sustrato a la que la velocidad de la reacción es la mitad de la máxima.
Mientras más bajo sea el KM mayor será la afinidad de la enzima por el sustrato
Ecuación Michaelis-Menten
Vmax y Km por lo general requieren
concentraciones muy altas de
sustrato lo que es poco práctico en
lo experimental.
Forma lineal de la ecuación, que
permiten calcular Vmax y Km a partir
de datos que no requieran
saturación del sistema
Gráfico del doble recíproco o de
Lineweaver-Burk
Coeficiente de
especificidad= Vmax/Km

Mientras más grande sea el

coeficiente de
especificidad, más
específica es la enzima por
el sustrato.
Integral de la ecuación Michaelis-Menten
Es útil cuando sólo se tienen datos de tiempo
y concentraciones

Válida cuando S0 ≠S y S≠ 0

Grafica en el eje de las X t .

ln(So/S)

eje de las y (So-S)

ln (So/S)

Tanver, S. 2012. Biochemical Engineering: Principles and concepts.

Constante catalítica
• Medida para determinar la eficiencia catalítica de una enzima

kcat=Vmax / [E]T

• Número de recambio de una enzima (número de procesos de

reacción, recambio, que cataliza cada sitio activo por unidad de
tiempo).
Coeficiente de especificidad α

α= kcat / Km

• Número de recambio de una enzima (número de procesos de

reacción, recambio, que cataliza cada sitio activo por unidad de
tiempo).
Cooperatividad
• Es un fenómeno biológico que se da en enzimas con diversos sitios
de unión.
• En cuanto el sustrato se une a la enzima, se aumenta la capacidad
de otros sitios activos para unir y procesar sustratos.
Inhibición
• Un inhibidor puede actuar en el sitio activo o en el sitio alostérico .
• Puede ser
• reversible: se une a la enzima de una manera no covalente
• Irreversible: se une a la enzima covalentemente, alterando la
conformación estructural de la enzima

• Regularmente se da el fenómeno de inhibición por

retroalimentación: ejemplo enzimas en alguna ruta metabólica
pueden ser inhibidas por los productos resultantes de esa misma
ruta. Homeostasis
Inhibición
• Competitiva
• Inhibidor compite directamente por el sitio activo
• Se parece al sustrato

• No Competitiva
• Inhibidor se une al complejo enzima-sustrato
• Produce una distorsión estructural del sitio activo inactivando la
enzima
Inhibición
• Competitiva
• Inhibidor compite
directamente por el sitio activo
• Se parece al sustrato
• No Competitiva
• Inhibidor se une al complejo
enzima-sustrato
• Produce una distorsión
estructural del sitio activo
inactivando la enzima
Michaelis-Menten con Inhibición
Competitiva No competitiva
• Vo=Vmax[S]
v0=k2[ES]= k2[E]T[S] . KM+α[S]
Km (1+([I]/Ki))+[S]
α= 1+ [I] % inhibición
α= 1+ [I] % inhibición Ki
Ki

v0= Vmax [S]

αKm + [S]

K’m=αKm
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