BIOTECNOLOGÍA

GUIA PARA REALIZAR EL TRABAJO DE INVESTIGACIÓN DE

BIOTECNOLOGÍA (parcial II)
(puede utilizar la misma proteína que trabajó en los talleres del parcial I.

TEMA: ANÁLISIS MOLECULAR DE LA PROTEÍNA ……….DEL (indicar en que

organismo será su funcionamiento) con interés biotecnológico

OBJETIVO GENERAL:
Plantear el objetivo de tal forma que abarque los 2 resultados a obtener, la
caracterización molecular y la cascada de señalización celular in silico
(representación biológicafuncional) de la proteín en estudio

Objetivo general:
Realizar un análisis molecular del complejo proteico GFP-fotoproteína que
interviene en las reacciones de bioluminiscencia en especies de medusas
mediante el uso de softwares bioinformáticos basados en el secuenciamiento de
datos para estudiar su importancia biotecnológica.

Objetivosespecíficos

Elegir una secuencia de proteína del genbank….. (solo son pautas)

Obtener el alineamiento…………(solo son pautas, usted plantee los objetivos)
Diseñar in silicola estructura proteína………
Diseñar la cascada de señalización celular en donde demuestre el funcionamiento
de la proteína en la célula

Objetivos específicos:
Efectuar alineamientos nucleotídicos del gen GFP entre ocho especies de
medusas mediante el uso de GeneiousPrime® 2021.0.3 para efectuar análisis
moleculares variados.
Diseñar in silico la estructura de la proteína GFP en base a la secuencia consenso
de las especies analizadas.
Diseñar la cascada de señalización celular que permite la bioluminiscencia en
especies de medusas.

FORMATO de la propuesta
Tema, objetivo general y específicos
Problema
Justificación
Introducción
Marco teórico
Materiales y métodos
Resultados
Discusiones
Conclusiones
Bibliografía. Respaldará con al menos 4 papers que estudien la proteína elegida
Anexos
Respalde su trabajo con evidencias del grupo

TRABAJO BIOINFORMATICO

El proyecto trata de estudiar una proteína de interés biotecnológico en un

organismo que a usted le interese.
Para esto deben conocer en su totalidad (caracterización) a la proteína elegida.
Conocer la composición y clasificación de los aminoácidos para que pueda
describir la importancia de la proteína.
Debe tener respaldo científico, sobre la importancia y funcionalidad de esta
proteína, justificar porque es de interés biotecnológico. De aquí parte la cascada
de señalización celular. ¿Cómo la célula responde frente a un estímulo?, Cómo
llega el mensaje al ADN para que se active el gen que codifica a la proteína de
interés?, como responde la célula como se regula el funcionamiento de la proteína
de interés como respuesta al estímulo?.

Para el análisis molecular, seleccione una secuencia de la proteína desde el NCBI

(secuencia de aminoácidos), esta será su secuencia molde. Corra el Blast y
obtenga el % de identidad con otros organismos.
Realice el alineamiento de la secuenciaseleccionada con al menos 5 secuencias
de códigos GenBanck diferentes organismos analice resultados.

Proceda a obtener la caracterización de los aminoácidos, puede utilizar los

programas BioEdit o SnapGene.
Desde la página del NCBI, puede obtener los dominios de su proteína, ubique las
regiones que corresponden a dominios de identidad conservada.

Proceda al modelamiento de la proteína para obtener la estructura (in silico).

Revise el siguiente TUTORIAL Shttps://www.youtube.com/watch?v=P7iaRxuUR_k
Ingrese al SWISS-MODEL para obtener el modelo teórico de la proteína
https://swissmodel.expasy.org/

Seleccione el modelo que mayor probabilidad encuentre en la plantilla del

modelado y descargue el archivo en formato. Pdb

Descargue el programa: DeepView/Swiss-Pdbviewer v4.0.1

Abra el archive en formato .pdb y obtenga el modelamiento calculado. Demuestre

la estructura de la proteína, ubicación de los aminoácidos de interés, la zona
funcional y los principales dominios. Para esto debe seguir los tutoriales adjuntos.

De acuerdo a la lectura de documentos científicos presente una propuesta

biotecnológica de su proteína en estudio mediante cascada de señalización celular
Demuestre su funcionalidad, activación, regulación y respuesta celular. Involucre
las proteínas, enzimas y demás metabolitos que se activan a través de una
cascada de señalización celular. Para esto, utilice la Herramienta para
Ilustraciones Biológicas BioRender, https://app.biorender.com; un tutorial de esta
herramienta lo encuentra aquí,
https://www.youtube.com/watch?v=XQppxrmRsPk

IMPORTANTE ANALIZAR:

1. La secuencia de la proteína con mayor porcentaje de similitud, seleccionar

como modelo de estudio, para lo cual se realiza un análisis de la calidad del
modelo comparado con otra secuencia de proteína similar (modelo teórico),
mediante el programa PSI/The Protein Model Portal (PMP) quien da acceso
a varios modelos calculados por métodos de modelado comparativo
proporcionado por sitios asociados O mediante la plataforma SWISS-
MODEL.
2. A partir del mejor modelo teórico,que será su referente (método de
encaje con moldes tridimensionales), determinar la calidad del
modelamiento in silico de la proteína de interés.

3. La calidad de los resultados y capacidad de demostrar la

caracterización y funcionamientos de la proteína será el mayor peso de la
calificación.

NOTA. Puede utilizar otros programas bioinformáticos que usted maneje o que
mayor didáctica le pueda entregar a su trabajo.