MINISTERIO DE SALUD

INSTITUTO NACIONAL DE SALUD

“Decenio de la Igualdad de Oportunidades para mujeres y hombres”
“Año del Bicentenario del Perú: 200 años de Independencia”

INFORME TECNICO N° 004-2022-UIE-CNSP/INS

Detección de Variante de Preocupación Ómicron – 43 Casos Adicionales incluyendo

los primeros casos identificado en la Región Pasco – 13/01/2022

Antecedentes:

La Variante de Preocupación Ómicron viene expandiéndose a una velocidad altísima a

nivel global. Inicialmente identificada en Sudáfrica el 24/nov/2021, fue designada por la
OMS como Variante de Preocupación (VOC) denominada “Ómicron” el 26/nov/2021. A la
fecha (13/ene/2022), se han reportado 552,191 casos confirmados en más de 150 países
en todos los continentes, siendo el Reino Unido el que más casos ha confirmado
(246,780). También se han reportado fallecimientos debido a esta variante en Reino
Unido, Dinamarca, Alemania, EEUU, Australia, Corea del Sur, e India. El 12 de Enero, se
reportaron a nivel global 3,236,835 casos de SARS-CoV-2, número récord de infecciones
diarias, que en parte se debe a la mayor capacidad de los países de hacer diagnóstico
molecular y en parte a la elevada capacidad de producir casos secundarios que tiene esta
variante. En el Perú, hasta la fecha se han identificado 394 casos (Ver INFORME
TECNICO: ACTUALIZACION DE LA IDENTIFICACION DE VARIANTES CIRCULANTES
DE SARS-Cov-2 EN EL PERU, SEMANA DEL 1 AL 7 DE ENERO DEL 2022), incluyendo
casos infectados en el territorio nacional, sin antecedente de contacto con personas del
extranjero, lo cual es sugerente de transmisión comunitaria de esta variante.

Además de la Vigilancia Genómica General que se realiza todas las semanas en

muestras aleatorias, el INS viene secuenciando muestras que presenten “mutaciones
sospechosas” en pruebas moleculares hechas mediante el kit para PCR Allplex Master
Assay, el cual señala cuando están presentes las mutaciones del gen S: HV69/70del,
Y144del, E484K, N501Y, P681H. Estas son mutaciones típicamente encontradas en las
Variantes Alfa, Beta, Gamma, Mu, pero una de ellas se encuentra en la VOC Ómicron
(HV69/70del), por lo que este kit ayuda a tamizar muestras sospechosas para esta nueva
variante. Entre los días 28/11/2021 y 05/01/2022 se realizaron 133,122 PCRs con el kit
Allplex en la sede central del INS, de 14,184 PCR positivos, 4,823 (34%) presentaron
“mutaciones sospechosas”, proporción que ha ido subiendo a diario en Lima
Metropolitana-Callao. Esta Vigilancia Especial focalizada en la VOC Ómicron, se
complementa secuenciando muestras de viajeros internacionales en el Aeropuerto Jorge
Chávez; así como muestras de personas con antecedente de viajes o contacto con
viajeros o contactos con casos confirmados previos, que proceden tanto de Laboratorios
particulares, como de muestras procesadas en el INS.

Para procesar las muestras identificadas mediante la vigilancia focalizada para Ómicron, y
además muestras procedentes de los estudios de contactos que realice el CDC-Perú, se

Cápac Yupanqui No. 1400, Jesús María, Lima 11

Central: 748-1111, e-mail: postmaster@ins.gob.pe / Página Web: www.ins.gob.pe
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viene usando la plataforma Illumina MiniSeq, la cual permite procesar las muestras en un
menor periodo de tiempo. Además se ha instalado una plataforma Illumina Miniseq
mediante un laboratorio móvil de secuenciación en la ciudad de Piura, debido al
incremento en los casos en dicha región y con la finalidad de monitorizar más
cercanamente la posible introducción de variantes en zonas fronterizas del norte del país.

Análisis:

Como producto de la vigilancia genómica, actualmente reforzada para detectar la variante

Ómicron, el día de hoy se reportan 43 casos adicionales compatibles con la VOC
Ómicron, de los cuales 29 casos proceden de Lima Metropolitana, 4 del Callao, 4 de Ica, 3
en La Libertad, 1 en Cajamarca, y 2 en Pasco, región en la que por primera vez se
reportan casos de Ómicron (Ver Tabla 1). Estos nuevos casos sumados a los 309 casos
previamente reportados, dan un total de 437 casos, todos pertenecientes al sublinaje
BA.1. Aunque la estrategia de vigilancia está enfocada en Ómicron, el crecimiento de
casos por esta variante es muy rápido, tal como se ha observado en otros países.

En esta oportunidad, se reporta dos grupos de muestras, una que terminó de

secuenciarse el 12/01/2022, y la otra el 13/01/2022. En total se procesaron 94 muestras
con la plataforma MiniSeq, de las cuales se pudieron secuenciar 87. Estas muestras
correspondieron a 50 de Vigilancia Aleatoria, y 37 a Vigilancia Especial (14 de
Laboratorios Privados, y 23 de muestras PCR positivas con mutaciones). De las 87, 53
eran de Lima Metropolitana, 1 de Lima provincia, 5 del Callao, 10 son de Amazonas, 6 de
Cajamarca, 6 de La Libertad, 4 de Ica, y 2 de Pasco. A continuación, se detallan algunas
características de ambos grupos de muestras:

1. Sede Central, MiniSeq, 12/01/2022: 47 muestras iniciaron el proceso de

secuenciación, y 44 pudieron ser secuenciadas. Se aprecia que:
✓ De las 44, 8 eran vigilancia aleatoria, y 36 especial (14 de privados, y 22 de
PCRs con mutaciones).
✓ De las 44, 4 son de Ica, 4 de Callao, y 36 de Lima Metropolitana.
✓ De los 8 aleatorios (todos de Lima Metropolitana), todos fueron Delta (100%).
✓ De los 14 privados (12 de Lima y 2 de Callao), todos fueron Omicron (100%).
✓ De los 22 con mutaciones (2 de Callao, 4 de Ica, y 16 de Lima Metropolitana),
todos fueron Omicron (100%).
✓ Por lo tanto, se tiene 36 nuevos casos de Omicron: 28 en Lima, 4 en Callao y
4 en Ica. En este grupo, no hubo casos procedentes de regiones nuevas.

2. Sede Central, MiniSeq, 13/01/2022: 47 muestras iniciaron el proceso de

secuenciación, y 43 pudieron ser secuenciadas. Se aprecia que::

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✓ De las 43, 42 eran vigilancia aleatoria, y 1 vigilancia especial (PCRs con

mutaciones)
✓ De las 43, 10 son de Amazonas, 6 de Cajamarca, 6 de La Libertad, 2 de
Pasco, 1 de Callao, 1 Lima provincia, y 17 de Lima Metropolitana.
✓ De los 42 aleatorios, 36 fueron Delta (85.7%) y 6 Omicron (14.3%)
✓ La única muestra con mutaciones fue identificada como Omicron.
✓ Por lo tanto, se tiene 7 nuevos casos de Omicron: 1 en Cajamarca, 3 en La
Libertad, 2 en Pasco, (V. Aleatoria) y 1 en Lima (V. Especial).
✓ Se está agregando Pasco como una nueva región con Ómicron.

Tabla 1. Resultados de los Casos secuenciados mediante la plataforma Miniseq en la

sede central del INS mediante Vigilancia Aleatoria.

REGION DELTA OMICRON TOTAL

VIGILANCIA Lima
--- 12 12
LABORATORIOS Metropolitana
PRIVADOS
Callao --- 2 2
(12/01/2022)
Lima
VIGILANCIA --- 17 17
Metropolitana
MUTACIONES
Callao --- 2 2
(12-13/01/2022)
Ica --- 4 4
Lima
24 --- 24
Metropolitana
Lima Provincia 1 --- 1
VIGILANCIA
Callao 1 --- 1
ALEATORIA
Amazonas 10 --- 10
(12-13/01/2022)
Cajamarca 5 1 6
La Libertad 3 3 6
Pasco* --- 2 2
44 43 87
TOTAL GENERAL
(50.6%) (49.4%) (100%)
* Nuevas Regiones que presentan casos de VOC Ómicron

Con estos nueve casos adicionales, se llega a un total de 437 casos de VOC Ómicron
en total. Hasta ahora no se ha reportado que algún caso con VOC Ómicron haya sido
hospitalizado, internado en UCI, o fallecido. La mayoría de los casos están concentrados
en Lima-Metropolitana (355). Hay casos en Lima provincia (5), Callao (16), Piura (19), Ica
(10), Arequipa (8), Ancash (5), La Libertad (4), Apurímac (3), Loreto (3), Cajamarca (2),
Cusco (1), Huánuco (1), Junín (1), Moquegua (1), San Martin (1), y ahora se suma Pasco
con 2 casos.

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Conclusiones:

- Se han procesado 94 muestras adicionales para secuenciación genómica, de las

cuales se pudieron secuenciar 87, detectándose 43 nuevos casos de la VOC
Ómicron. Estas muestras fueron secuenciadas como parte de la “Vigilancia
Aleatoria”, y la “Vigilancia “Especial Focalizada” procedente de laboratorios
privados y de Muestras PCR positivas con Mutaciones Sospechosas.
- De los 43 casos nuevos de VOC Ómicron, 29 proceden de Lima Metropolitana, 4
del Callao, 4 de Ica, 3 en La Libertad, 1 en Cajamarca, y 2 en Pasco.
- Con estos resultados, el número de casos con VOC Ómicron en el país se eleva a
437 casos. Todos del sub-linaje BA.1. La mayoría de los casos están
concentrados en Lima-Metropolitana (355). Hay casos en 16 de las 25 regiones:
Lima provincia (5), Callao (16), Piura (19), Ica (10), Arequipa (8), Ancash (5), La
Libertad (4), Apurímac (3), Loreto (3), Cajamarca (2), Cusco (1), Huánuco (1),
Junín (1), Moquegua (1), San Martin (1), y ahora se suma por primera vez Pasco
con 2 casos.
- El que la VOC Ómicron haya sido detectada en muestras escogidas al azar en las
regiones indica que debe existir una circulación importante en las áreas donde fue
detectada.
- Al haberse detectado casos sin nexo epidemiológico con viajeros regresando del
extranjero; podría ya considerarse que existe transmisión comunitaria de la
variante Ómicron en el país.
- Los resultados serán comunicados al CDC-Perú, así como las oficinas encargadas
de la Regiones que presenten casos, para que inicien las medidas necesarias,
tales como investigación de contactos, y cercos epidemiológicos.
- Finalmente se recomienda fortalecer las medidas de control de la Infección por
SARS-CoV-2, especialmente la vacunación, incluyendo la aplicación de refuerzos
cuando corresponda.

Med. Roger V. Araujo Castillo.

Unidad Funcional de Intervenciones Estratégicas / Instituto Nacional de Salud

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