Proteínas globulares

Estructura terciaria de proteínas.

Plegamiento y desnaturalización.

Estructura cuaternaria: interacción

entre subunidades.
 Proteínas Globulares
• Caractrísticas:
– Estructura terciaria muy desarrollada:
Plegamiento tridimensional de la cadena
polipeptídica.
• Funciones muy variadas
– Estructurales (actina, miosina)
– Señalización (hormonas y receptores hormonales,
canales )
– Reconocimiento y Adhesión.
– Enzimas
– Transportadores
 Estructura terciaria
La estructura terciaria consiste
en el plegamiento tridimensional de
la cadena polipeptídica.
El plegamiento hace que estas
proteínas adquieran una estructura
de ovillo más o menos globular.
MIOGLOBINA
Variedad estructural intra-molecular
de las proteínas globulares

Dentro de una proteína globular se

pueden apreciar distintos tipos de
estructuras secundarias y super-
secundarias y dominios.
 Dominios
Hay proteínas que en su plegamiento
tridimensional se puede apreciar la existencia de
regiones globulares compactas de entre 30 y 400
residuos . A estas regiones de la proteína se las
denominan DOMINIOS.
Los dominios pueden considerarse como
elementos estructurales y funcionales discretos
(centros de unión, reconocimiento, catalíticos
etc.)
En ocasiones estos dominios estructurales
se encuentran en distintas proteínas.
Los dominios suelen venir codificados por
un exón. Es posible que en la evolución hayan
surgido proteínas nuevas por reordenamiento de
exones.
DOMINIOS EN LAS INMUNOGLOBULINAS G
 Naturaleza de las fuerzas que
mantienen la estructura terciaria de
proteínas

Fuerzas covalentes
Fuerzas no covalentes
Fuerzas implicadas en el mantenimiento de la estructura terciaria
 Factores que determinan las
estructuras de proteínas
La secuencia de aminoácidos lleva de
forma implícita la capacidad de
interacción entre los distintos
residuos y en definitiva la de adquirir
determinadas estructuras
secundarias y terciarias.
Termodinámica del plegamiento
y desnaturalización proteíca.
Entalpía y entropía asociados al
plegamiento proteico
 ∆G= ∆H- T∆S; ∆G < 0

∆H<0 ∆G = ∆H – T ∆Sglobal

∆S prot < 0 (-) - T (-)

∆S agua + prot < 0
∆S agua > 0 ∆G < o
Contribuciones energéticas al mantenimiento de la estructura terciaria
Desnaturalización por la acción de un detergente

∆G= ∆H- T∆S;

∆H<0 ∆G = ∆H – T ∆Sglobal

∆S prot < 0 I T ∆Sglobal I > I ∆HI

∆S agua + prot << 0
∆S agua ≅ 0
∆G > o
Papel de los puentes disulfuro en la
estabilización de las estructuras
terciarias
En algunas proteínas las estructuras
terciarias están estabilizadas
puentes disulfuro.
Esto suele ocurrir en proteínas
grandes y con frecuencia en
proteínas que salen de la célula.
La naturaleza del puente disulfuro
(covalente) añade mucha estabilidad
.
 Plegamiento de proteínas
Dinámica del plegamiento.
Papel de las Chaperonas
Alteraciones en el plegamiento de las
proteínas
Priones y enfermedad de las vacas
locas.
 CHAPERONAS

PROTEÍNAS QUE AYUDAN AL

PLEGAMIENTO DE LAS PROTEÍNAS.
Implican gasto de ATP
Chaperona GroEL-Gro ES de E. Coli
 Enfermedades
conformacionales: amiloides y
priones.
Amiloidosis
Amiloidosis visceral familiar. Alteración en la lisozima .
Polineuropatía amiloide familiar Alteración en la proteína
fijadora del retinol.
Amiloidosis renal hereditaria. Alteración en el fibrinógeno.
Alzheimer.
Acumulación de proteína β amiloide (βA), que procede de la
proteolisis parcial de una proteína de membrana denominada precursor
del β amiloide (βPP). Se origina por la acción de unas secretasas.
Enfermedades por priones. (encefalopatias espongiformes transmisibles;
EET)
Scarpie
Encefalopatía Espongiforme bovina (EEB).
Enfermedad de Creutzfeldt-Jakob (ECJ)
Enfermedad de Creutzfeldt-Jakob variante (ECJv)
Kuru.
 Cambio conformacional de la proteína PrP a prión

208 residuos con abundancia de aminoácidos hidrfóbicos

Placas de amiloide
 Desnaturalización proteica:
Pérdida de la estructura terciaria
Pérdida de la estructura terciaria
Factores que contribuyen a la
desnaturalización proteica.
Aumento de la temperatura
Cambios de pH
Cambios en la naturaleza del medio
Detergentes
Predicción de las estructuras
proteicas.
A partir de las secuencias de proteínas
se pueden hacer predicciones de sus
posibles estructuras terciarias. Para
llegar a establecer dichas estructuras
finalmente es necesario el uso de otras
técnicas ( cristalización y difracción de
rayos X, dicroismo circular etc.) que lo
corroboren.
También se pueden realizar estudios de
mutagénesis dirigida.
Alineamiento de secuencias

Evolución molecular
Taxonomía
investigación
Homología: consiste en una similitud
significativa en la secuencia de nucleótidos o
aminoácidos
La homología se detecta mediante el
análisis estadístico del alineamiento de
secuencias.
Se pueden comparar secuencias de
nucleótidos o de aminoácidos. Las de
aminoácidos suelen dar más información
estructural y funcional (comparaciones de 20
elementos vs 4).
La semejanza de secuencia sugiere la
existencia de un mismo origen evolutivo y en
muchas ocasiones semejanzas en la estructura
tridimensional de la proteína.
Parálogos: Homólogos presentes en la misma especie, generalmente con
diferencias en su función.
Ortólogos: Homólogos presentes en especies diferentes, generalmente con
funciones muy similares.
Comparación de secuencias: Alineamientos

El análisis de homología se realiza

yuxtaponiendo las secuencias de todas las
maneras posibles. Esto se puede lograr
simplemente por desplazamiento de una
sobre otra.
En ocasiones la inserción de huecos
(que reflejarían inserciones o delecciones
de nucleótidos)en una secuencia permite
aumentar la homología. Esto aumenta la
complejidad del análisis ero la informática
ha ayudado a resolver estos problemas.
 ALINEAMIENTO CON LA INSERCIÓN DE UN HUECO

AHORA HAY 38 RESIDUOS EMPAREJADOS, UN 25,9 % DE LOS 147

PARA EVITAR EL EXCESIVO USO DE HUECOS Y OPTIMIZAR LOS RESULTADOS EXISTEN

SISTEMAS D ECALIFICACIÓN QUE PUNTUAN POSITIVAMENTE LAS COINCIDENCIAS Y
NEGATIVAMENTE LA INTRODUCCIÓN DE HUECOS (+10 Y -25 RESPECTIVAMENTE)

Calificación: 38X10-1X25=355
SIGNIFICADO DE LOS ANÁLISIS DE LOS
ESTUDIOS DE ALINEAMIENTO
Para valorar la probabilidad de que
las coincidencias se den por azar, las
secuencias se reordenan de todas las
formas posibles y se vuelven a
alinear. Cuando se representa la
calificación de cada una de estas
secuencias con el nº de coincidencias
se aprecia el significado del
alineamiento.
(barajado)
Refinamientos en el análisis de
los estudios de alineación
Sustituciones conservadoras
Sustituciones no conservadoras
Consideraciones sobre la estructura
tridimensional y la función de la
proteína.