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MANUAL DE USO Software Analyst 1.6.

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ESPECTROMETRO DE MASAS

1. INTRODUCCIÓN
El software de analyst, esta dividido en funciones discretas llamadas modos, Los modos
permiten al usuario realizar actividades relacionadas a una tarea principal.

2. OBJETIVO
Describir los pasos a seguir para el uso adecuado uso del Espectrómetro de Masas API 5500
AB SCIEX, controlado por el software Analyst 1.6.X para análisis de Moléculas Pequeñas.

3. WORKSPACES
Un workspace es un arreglo particular de la ventana y panales incluyendo los archivos
asociados. Este arreglo puede ser salvado para que los usuarios puedan ver los datos de la
misma forma
4. PROYECTOS
Los proyectos es un archivo o folder que será utilizado para almacenar y organizar todos los
datos relacionados a un experimento antes de iniciar. En cada proyecto hay folders que pueden
contener diferentes tipos de archivo. Existen dos diferentes proyectos que son excenciales para
el buen funcionamiento de la base de datos y son:
4.1 API Instrument Project
Este es un proyecto único y es muy importante para el buen funcionamiento del
instrumento. Contiene la información que requierida para el “Tuning y Calibración” del
instrumento.
4.2 Default Project
El proyecto de Default contiene folders que deben estar presentes en un proyecto nuevo y
que sirven como base para nuevos proyectos.

4.3 Como Crear un Proyecto


4.3.1 En el menú principal seleccionar “Tools”.
4.3.2 Seleccionar “Project”
4.3.3 Elegir “Create Project”

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4.4 Introducir el nombre del proyecto en el espacio Project Name, en Subproject name el
nombre del subproyecto y en el recuadro para elegir las carpetas a incluir, pulsar el botón
Add All para seleccionar todos. Pulsar el botón OK.

5. ELABORAR UN PERFIL DE INSTRUMENTO


5.1 Seleccionar el proyecto en el que se desea trabajar en la lista de opciones de la barra de
herramientas.
5.2 En el menú de la izquierda seleccionar “Hardware Configuration” en el menú Configure. Se
abrirá “Hardware Configuration Editor”

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5.3 Seleccionar “New Profile”.

5.4 Nombrar el perfil que se va a crear.

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5.5 Dar click en “Add Device” y se desplegará la siguiente ventana.

Dar Click en
OK

5.5.1 En la lista de “Device Type” seleccionar “Mass Spectrometer” en el recuadro de


“Devices” aparecerá listado el Espectrómetro de Masas que este acoplado a la
computadora. Seleccionarlo y presionar “OK”
5.5.2 Repetir el proceso anterior ahora seleccionando en “Device Type” el tipo de módulo
del sistema cromatográfico, Ejem: Pump

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Seleccionar el tipo de Bomba y darle clic en
OK

5.5.3 Realizar esta operación para cada uno de los componentes del sistema
5.5.4 Al finalizar dar Click nuevamente en “Ok” y continuar
5.6 Para adicionar la jeringa a la configuración . Pulsar el botón Setup Device y activar el check
box Use Integrated Srynge pump.

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5.7 Una vez que se activa el perfil deseado en la parte inferior de la pantalla se despliegan los
componentes del equipo que se activaron. Los componentes podrán desplegarse en tres
colores diferentes, amarillo que significa que el equipo está en espera, verde significa que
el equipo está listo para trabajar, y en rojo significa que algunos de los componentes tiene
un problema.

Bomba del Bomba de Horno de la


Cromatógrafo la jeringa columna

Detector
Automuestreador
de masas

6. CALIBRACIÓN Y “TUNING” DEL INSTRUMENTO


6.1 El tuning del instrumento es el proceso de optimización de la resolución y los parámetros
del instrumento para lograr la mejor sensibilidad y desempeño del espectrómetro de
masas. La optimización de la resolución significa ajustar el ancho de pico y la forma de
pico. Se puede realizar de forma manual o automática.
6.1.1 El tuning automático “Automatic Tuning” El software realiza la optimización de la
resolución y la calibración de las masas usando el wizard de” Instrument
Optimization”
6.1.2 El tuning manual “Manual tuning” El usuario realiza la optimización del instrumento
de forma manual.

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7. CREANDO UN METODO DE ADQUISICIÓN USANDO LOS DIFERENTES TIPOS DE
ESCANEOS UTILIZANDO TRIPLES CUADRUPOLOS Y OPTIMIZACION DE LOS
PARAMETROS DEPENDIENTES DEL ANALITO
7.1 Verificar que el “hardware profile” contiene al espectrómetro de masas, a la jeringa y esta
se encuentra en estado “activo”
7.2 Seleccionar el proyecto apropiado
7.3 Seleccionar “Manual Tuning”. Se deplegará la pantalla principal para la creación de
Métodos con el Espectrómetro de Masas.

7.4 Pulsar el icono de “Scan Type” para seleccionar el tipo de Escaneo con el cual se quiere
trabajar.

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8. ESCANEO Q1 MS (Q1)
8.1 Este tipo de escaneo se utiliza para hacer un barrido de la muestra, blancos y fases
móviles y conocer el contenido de la misma. Este análisis se realiza utilizando inyección
directa de la muestra a través de la jeringa de inyección de 1000 l , la cual debe de
ajustarse entre 5 y 30 l/min con un diámetro de 4.6 mm.
8.2 Para realizar este tipo de escaneo, se recomienda llenar la jeringa de infusión con una
solución blanco para establecer los parámetros dependientes de flujo. En Scan type
seleccionar el escaneo Q1 MS (Q1), en la tabla establecer el rango de masas que desea
analizar, y que dependerá del rango que sea necesario para su método analítico, por ejem:
se puede iniciar con 50 en Star (amu) y 1700 en Stop (amu), en el tiempo utilice 3 seg,
Seleccione el tipo de polaridad que desea trabajar, marque la casilla de MCA y ajuste la
duración a 5 min. Inicie el escaneo pulsando el icono de Start. Verique que haya iniciado la
jeringa de inyección.

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8.3 Cuando el escaneo inicie, revisar las condiciones de ruido que presenta el sistema y
ajustar los valores dependientes de flujo:

Mientras se monitorea la señal, modificar los valores del “Curtain Gas”, este valor se debe de
establecer como el valor más alto posible hasta perder sensibilidad. Ion Source Gas 1 y Ion
Source Gas 2. Ya configurados estos valores.
8.4 Llenar la jeringa con la solución estándar que contenga al analito de interés.
8.5 Dar clic en la tabla de “Compound” y cambiar al Scan Type de Q1 Scan multiple Ions

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8.6 Buscar la relación masa carga (m/z) del analito que se va analizar. Verificar también la
presencia de aductos (los más comunes son con sodio o con agua).

9. ESCANEO Q1 MULTIPLE IONS (Q1 MS)


9.1 El escaneo Q1 Multiple Ions (Q1 MS) se utiliza para optimizar los Parámetros
Dependientes de Analito o “Compound Parameters”, el equipo de Espectrometría de
Masas se ajusta para que detecte únicamente las m/z de interés para el usuario (Figura 1).
La optimización puede realizarse de manera automática o de manera manual utilizando de
manera inicial una solución que contenga 100 ng/ml del analito.

9.2 En Scan type seleccionar el escaneo Q1 Multiple Ions (Q1 M1), en la tabla llenar en Q1
Mass la m/z que se desea analizar, utilice un tiempo de 200 milisegundos. Seleccione la
polaridad ya sea negativa o positiva de acuerdo al analito. Inicie el escaneo pulsando el
icono de Start. Nota: Verificar que la jeringa de inyección haya iniciado.

9.3 Durante este escaneo se optimizarán los voltajes para Declustering Potencial y Entrance
Potencial, para la cual será necesario realizar un Rampeo automático de dichos valores
para que el equipo optimice los valores más adecuados para los distintos analitos. Para
realizar lo anterior pulse el icono de Edit Ramp y seleccione Declustering Potencial.

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9.4 Realizar los mismos pasos que en el punto 9.3 pero ahora seleccionar Entrance Potencial.

9.5 Anotar los valores obtenidos para cada parámetro en la tabla de Compound.

9.6 Volver a realizar el escaneo con los parámetros optimizados ahora SIN activar el icono de
Edit Ramp y ajustando el tiempo a 5 min.
9.7 Registrar las cuentas por segundo obtenidas durante la detección.

10. ESCANEO PRODUCT ION (MS2)


10.1 El escaneo Product Ion (MS2) se utiliza para obtener el Patrón de Fragmentación del
analito con la finalidad de obtener la “familia” o los iones productos. Para éste escaneo es
necesario aplicar diferentes Energías de Colisión (CE).
10.2 En Scan type seleccionar el escaneo Product Ion (MS2), en la tabla llenar en Star (amu)
con 50 amu y en Stop (amu) con un valor por arriba de la m/z del analito que se va

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fragmentar, utilizar un tiempo de 3 seg. Seleccionar la polaridad ya sea negativa o positiva
de acuerdo al analito y en Product of escriba la m/z del analito a fragmentar. En Edit Ramp
seleccione Collision Energy. Pulse star.

10.3 Observar el patrón de fragmentación obtenido y seleccionar el ion producto que más
convenga para el análisis, en base a intensidad y al parecido con el ion precursor.

11. ESCANEO PRECURSO ION (Prec Ion)


11.1 El escaneo Precurso Ion (Prec) se utiliza para confirmar los iones precursores a partir de
los cuales provienen los iones productos del escaneo anterior.
11.2 En Scan type seleccionar el escaneo Precursor Ion (Prec), en la tabla llenar en Star (amu)
con una relación m/z mayor que la m/z del ion producto del cual se quiere confirmar su
procedencia, y en Stop (amu) escriba la m/z de 1700. Seleccione la polaridad ya sea
negativa o positiva de acuerdo al analito y en Precursor Off escribir la m/z del ion producto.
Seleccione MCA y ajuste la Duration a 5 min. Pulse Star.

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11.3 Confirme que en el escaneo resultante se observe el ion precursor esperado, es posible
que se observen otros iones distintos al esperado, sin embargo lo más importante es que
el ion precursor esperado sea de los más abundantes.

12. ESCANEO DE PERDIDA NEUTRA O “NEUTRAL LOSS” (NL)


12.1 El escaneo Neutral Loss (NL) se utiliza para detectar el fragmento no cargado de los iones
precursores.
12.2 En Scan type seleccionar el escaneo Neutral Loss (NL), en la tabla llenar en Star (amu)
con una relación m/z mayor que la m/z de la pérdida neutra, y en Stop (amu) escriba la m/z
de 1700. Seleccione la polaridad ya sea negativa o positiva de acuerdo al analito y en

“Loss of” escribir la m/z de la porción no cargada del ion precursor. Seleccione MCA y
ajuste la Duración a 5 min. Y Pulse Star.

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12.3 Confirme que en el escaneo resultante se observe el ion precursor esperado, es posible
que se observen otros iones distintos al esperado, sin embargo lo más importante es que
el ion precursor esperado sea de los más abundantes.

13. ESCANEO DE MULTIPLE REACTION MONITORING (MRM)


13.1 El escaneo Multiple Reaction Monitoring (MRM) es el escaneo más utilizado para análisis
cuantitativos. Se genera cuando se detecta un ion precursor en Q1 y un ion producto en
Q3, generando lo que se denomina una transición, la cual es única y específica para una
molécula en particular. Las transicones se denota como 906/172, en donde 906 es la m/z
detectada en Q1 y 172 es la m/z detectada en Q3.
13.2 En Scan type seleccionar el escaneo Multiple Reaction Monitoring (MRM), en la tabla llenar
en Q1 (amu) con la relación m/z del ion precursor y en Q3 (amu) escriba la m/z del ion
producto. Seleccione la polaridad en base al analito “negativa o positiva”.
13.3 Durante este escaneo se optimizará la Energía de Colisión óptima para la transición
elegida, para lo cual será necesario realizar un Rampeo automático de dicho valor. Para
realizar lo anterior pulse el icono de “Edit Ramp” y seleccione “Collision Energy”. El tiempo
se ajustará de manera automática. Dar Clic en Star.

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13.4 Anotar el valor de CE obtenido en la tabla de “Compound”

13.5 Actualizar los Parámetros de “Compound Optimizations” y la Energía de Colisión en la


tabla de “Compound” y volver a realizar el escaneo MRM, sin utilizar la Rampa y ajustando
el tiempo a 2 min. Pulse “Acquire”, esto último almacenará el escaneo permitiendo tener un
respaldo del mismo. Si así lo desea puede adquirir todos los escaneos anteriores conforme
vaya realizando las optimizaciones.

14. OPTIMIZACION DE LOS PARAMETROS DEPENDIENTES DEL FLUJO (Para el Análisis con
el HPLC)

14.1 Es necesario llevar a cabo la optimización de los Parámetros dependientes del Flujo o
“Source/Gas” utilizando el sistema de Espectrometría de Masas acoplado con el sistema
de HPLC (High Performance Liquid Chromatography) (Figura 2). Se realiza un análisis
denominado FIA (Flow Injection Análisis), para lo cual es necesario utilizar un “Hardware
Profile” que incluya ambos sistemas. Y encontrarse en Modo Activo.

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Q2

Figura 2. Optimización de los Parámetros Dependientes del Flujo.

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14.2 Se debe de crear un método en donde se especifique el volumen que se va a hacer pasar
a través del HPLC. Este volumen dependerá del flujo que permita la columna de
cromatografía y deberá contener las Fases Móviles que se van a utilizar para el análisis
cromatográfico. NOTA: este análisis se realiza sin columna conectada al HPLC.
14.3 Cuando ya se tenga el flujo del HPLC pasando hacia el espectrómetro de masas, abrir
Manual Tuning y trabajar con los parámetros de “Source Gas”, mientras se hace un
escaneo Q1 MS.

14.4 Variar y ajustar todos los parámetros de “Source/Gas” en incrementos de 5 en 5 y de


manera combinada hasta lograr que la señal sea lo más estable posible e incrementarla lo
más que se pueda.

15. ELABORAR UN MÉTODO DE ADQUISICIÓN PARA EL SISTEMA HPLC/MS/MS


15.1 Seleccionar el proyecto en el que se desea trabajar
15.2 Abrir el “Hardware Profile” que incluya masas y HPLC
15.3 Pulsar en Build Acquisition Method.

15.4 Establecer las condiciones para la o las bombas del HPLC.

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15.5 Establecer el flujo y el tiempo de corrida (Nota: El tiempo de corrida debe coincidir con
el tiempo de adquisición del espectrómetro de masas).
15.6 Establecer las condiciones para el inyector con las condiciones de lavado respectivas.
15.7 Establecer las condiciones para el horno de la columna.
15.8 Guardar el método, se almacenará con la extensión *.dam.

16. ELABORACION DE UN BATCH O LISTA DE INYECCIONES


16.1 Con el método de adquisición creado en el punto 12, se deben de enviar a equilibrar los
equipos al menos durante 15 min. antes de comenzar a trabajar. Con éste paso tanto él
espectrómetro de masas como el HPLC ajustarán las temperaturas, los gases y los flujos
indicados en el método, quedando los equipos listos para empezar a trabajar.
16.2 Abrir el “Queue Manager” y en la misma barra de herramientas pulsar el icono de
“Equilibrate” y seleccionar el tiempo de equilibrio.

16.3 Crear el “Batch”, mientras el equipo se está equilibrando.


16.4 En el submenú “Acquire” del menú de la izquierda seleccionar “Build Acquisition Batch”.

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16.5 En la pestaña Sample nombrar el Set de muestras en el campo Set, se sugiere nombrar el
Set con la fecha del día; presionar después el botón Add Set lo cual habilitará el botón Add

16.6 Samples, escriba el número de inyecciones a incluir en el listado de muestras en la parte


de “New Sample Number”. Pulsar OK.

16.7 En la tabla del “Batch” etiquetar en la columna de “Sample Name” a cada una de las
muestras que se incluirán en el análisis.
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16.8 Ir a la pestaña “Locations” y seleccionar con el click derecho el tipo de rack con el que se
va a trabajar en cada uno de ellos, esto dependerá del tipo de HPLC que se tenga. Dar

16.9 doble click sobre el Rack a utilizar para desplegar un esquema del Rack que simboliza con
un círculo cada posición. Pulsar sobre la posición donde se colocará el vial de la primera
muestra (la posición se coloreará de rojo) pulsar posteriormente sobre el resto de las
muestras a inyectar. Si se desea hacer múltiples inyecciones de un mismo vial pulsar la
tecla control (Ctrl) y dar los pulsos necesarios dependiendo del número de muestras que
se quieran inyectar sobre la posición del vial (ésta se coloreará de verde).

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16.10 Regresar a la pestaña “Sample” y revisar que en la tabla se hayan llenado
correctamente las columnas “Rack position”, “Plate Code” y “Vial Position”. NOTA: las
posiciones de los viales y los tipos de Racks, dependerán del tipo de HPLC que se este
utilizando.
16.11 Pulsar la pestaña localizada a la izquierda del icono “Method Editor, esto despliega los
métodos de adquisición guardados en el proyecto que se encuentra abierto. Seleccionar el
método de adquisición con el que se analizarán las muestras. Si desea realizar alguna
modificación al método, pulse Method Editor, esto mostrará el contenido del método
completo, haga las modificaciones necesarias.

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16.12 Si se desea usar diferentes métodos de adquisición en el mismo Batch activar la
casilla “Use Multiple Methods” y se desplegará la columna Acquisition Method en el batch.
Elegir en ella, el método para cada una de las muestras.

Al seleccionar la ventana de “Use


Multiple Methods”. Se desplegara
la columna de “Acquisition Method”

16.13 Una vez que se ha seleccionado el método se despliega la columna Inj Volume (μL)
que corresponde al volumen de inyección incluido en el método, sí lo desea puede
modificar manualmente éste valor.

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16.14 Si se van a inyectar muestras para cuantificación en las que se incluyan estándares,
en el recuadro “Quantitation” elegir el método de cuantificación, si no se cuenta con uno ir
al punto 14 para consultar la creación de Métodos Cuantitativos. Ir después a la pestaña
Quantitation e introducir las concentraciones del analito de interés en la columna
correspondiente y en la columna del estándar interno introducir el valor de 1 para todas las
concentraciones; en la columna “Quant Type” elegir el tipo de muestra p.e. blanco (blank),
puntos control (QC), estándar (Standard) o muestra desconocida (Unknown).

16.15 Guardar el “Batch” en el menú file seleccionando “Save Batch”. Al guardar un “Batch”
la extensión es *.dab
16.16 Para iniciar las inyecciones de la secuencia de muestras “Batch” ir a la pestaña
“Submit” y presionar el botón “Submit”. Si hay algún error al momento de crear el Batch el
botón “Submit” estará inhabilitado hasta que dicho error sea corregido.

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16.17 Para monitorear la inyección de las muestras ir a Open Data File y elegir el Set con
OK, puede monitorear una por una las inyecciones conforme se van adquiriendo.

16.18 En el Queue Manager se ven los batches que están inyectando y los que están en
espera. En la primera columna de izquierda a derecha, se encuentra el estatus de la
muestra, el cual puede ser en espera indicado por un reloj, inyectada o terminada con una
palomita verde o que tuvo algún problema indicado por círculo rojo.

17. ELABORACIÓN DE UN METODO DE CUANTIFICACIÓN


17.1 Debe seleccionar el tipo de Algoritmo con el cual desea realizar la cuantificación, puede
escoger Analyst Classic o IntellQuan.

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17.2 Se puede crear un método de cuantificación semi automático o un método de
cuantificación completo.
17.3 Se crea un método semiautomático cuando se inyectará por vez primera un analito al
momento de crear el Batch.
17.4 Seleccionar el Método de Adquisición sobre el cual se montará la cuantificación.
17.5 En la ventana Batch editor, en la pestaña Sample, en el recuadro Quantitation pulsar el
botón Quick Quant. Se desplegará un cuadro de diálogo.

17.6 En la lista de opciones “Number of Smooths” seleccionar el número de “Smooths”


requeridos.
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17.7 Introducir en la tabla superior el nombre del estándar interno (si el método lo incluye) y la(s)
transición(es) del mismo.
17.8 En la tabla inferior escribir el nombre del analito, del estándar interno y la(s) transición del
analito.
17.9 Pulsar el botón OK y guardar el método con el nombre deseado.
17.10 Para elaborar un método de cuantificación completo ir a “Quantitation Wizard” en el
menú “Quantitate”.

17.11 Se abre una ventana donde se elige el Set en el recuadro izquierdo, en el recuadro del
centro aparecen las muestras disponibles del Set seleccionado, seleccionar las muestras
que desea cuantificar y enviarlas al recuadro derecho utilizando la flecha hacia la derecha.
Dar clic en Next.

17.12 En la siguiente pantalla dar clic en “Next” sin cambiar nada.

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17.13 En la siguiente pantalla seleccionar una de las siguientes opciones “Choose Existing
Method” o “Create New Method”. Si se crea un método nuevo elegir el nombre. Pulsar
“Next”.

17.14 Seleccionar el punto de la curva sobre el cual se va a generar el método de proceso.


Es recomendable seleccionar el punto medio de la curva de cuantificación. Dar clic “Next”.

17.15 Elegir las transiciones deseadas para el/los estándares internos (si es que el método
los incluye) y para el/los analitos, si se requiere para mejorar la apariencia del
cromatógrama seleccionar también el número de “Smooths”. Dar clic en “Next”.

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17.16 Aparecerán las integraciones para los diferentes picos, en “Advanced” seleccione los
valores de ruido y unidades de concentración deseadas. Pulsar “Next”.

17.17 Seleccionar el modelo estadístico y la ponderación que mejor se ajuste a sus datos,
así como los parámetros de la Regresión Lineal. Dar clic en “Finish”.

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17.18 Automáticamente se desplegará la tabla de resultados.

17.19 Para revisar los cromatogramas, pulsar el icono de Peak Review Pane. Se desplegará
la ventana con los picos.

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17.20 Para hacer modificaciones en los picos de los cromatogramas, pulsar el click derecho
del mouse sobre los picos y aparecerá la opción de Peak Rewiew Options.

17.21 Para obtener la curva de cuantificación pulsar el icono de Calibration Pane, se


desplegará la curva con la Regresión Lineal.

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17.22 Cuando aparece una curva y se quiere eliminar un punto, se pulsa el click derecho del
mouse sobre el punto y se selecciona la opción excluir o sobre la columna de Use Record
de la tabla se inactiva la casilla correspondiente al punto que se quiere eliminar.

17.23 Para obtener la estadísitica de las curvas de cuantificación generadas, pulsar el icono
de Statitcs.

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17.24 Para realizar modificaciones de estilo a los cromatogramas, como modificar el color
de relleno, vaya a Tools, Settings y Appereance Options. Se despliega la pantalla de
Appereance Options, hacer las modificaciones necesarias.

17.25 Para obtener un Repote automático de los resultados obtenidos seleccionar Tools y
luego Report. Aparecerán los Templados de los reportes que incluye Analyst, elegir el que
mejor se acople a sus necesidades.

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17.26 Almacenar las curvas de resultado, los archivos se almacenan con extensión *.rdb.

18. CREACIÓN O EDICIÓN DE UN REPORTE


18.1 Start  All programs  Applied Biosystems MDS Sciex  Analyst Reporte Software
Version 1.0  Create or Edit template

19. TUTORIAL EXPLORE


19.1 Para observar la relación Señal Ruido (S/N) sobre un cromatograma y obtener el Límite de
Cuantificación (LOQ), seleccionar una porción de ruido, pulsar shift y luego seleccionar la
región del pico.

Elaboró: Ma. Guadalupe Miranda Z. 33


Fecha de Elaboración: Nov 2015
19.2 En el menú principal selección Script S-to-N-using-StdDev introducir 3 Stddev. Pulsar OK.
Aparece un recuadro sobre el cromatograma con la relación S/N para dicha concentración.
Lo más conveniente es realizar éste análisis en el punto más bajo de la curva de
cuantificación.

19.3 Para sobreponer distintos cromatogramas, pulsar el cromatograma, luego al icono de


Overlay y dar click sobre el/los cromatograma que se desean sobreponer.

19.4 Para establecer el tiempo máximo de espera del equipo (max idle time). Seleccionar lo
siguiente: Configure  Queue  Options  Settings  Queue Options  Max Idle time
(mins). Seleccionar los minutos.

Elaboró: Ma. Guadalupe Miranda Z. 34


Fecha de Elaboración: Nov 2015
Elaboró: Ma. Guadalupe Miranda Z. 35
Fecha de Elaboración: Nov 2015

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