UNIVERSIDAD ESTATAL DE MILAGRO

Carrera
Ingeniería de Software

Nivel
Séptimo C1

Asignatura
Agromática y Bioinformática

Autor
De la Torre Salán Dayra Cristina

Tema
Conceptos avanzados del lenguaje de programación para evaluación de
datos biológicos

Docente
Ing. Víctor Cruz

SEPTIEMBRE 2021
Tecnologías computacionales aplicadas a la bioinformática.

Fuente: (Escobar, Murillo, & Soto, 2011); (University of Colorado, s.f.)

Bases de datos biológicas

Las actuales bases de datos biológicas hacen uso de alrededor de tres tipos de
estructuras de base de datos: ficheros planos (a pesar de las obvias desventajas
de su uso), relacionales y orientados a objetos. La razón es la falta de
dimensionamiento de los modelos reales con el volumen de datos requeridos.

Estas bases de datos biológicas se pueden dividir en tres categorías acorde al

contenido de cada una:

Bases de datos primarias: las cuales contienen datos biológicos

originales. Son archivos de secuencia en bruto o datos estructurales (por
ejemplo GenBankm y Protein Data Bank).

Bases de datos secundarias: estas poseen información procesada

computacionalmente (o manualmente curada), con base en datos
primarios. Las bases de datos de secuencias de proteínas traducidas
contienen la anotación funcional perteneciente a esta categoría (ejemplo
Swiss-Prot y PIR).

Bases de datos especializadas: aquellas que se centran en un interés

de investigación en sí (por ejemplo Flybase). La base de datos de
secuencias del VIH, y Ribosomal Database Project son ejemplos de bases
de datos especializadas en un explícito organismo o un tipo específico de
datos.

Demás herramientas para la Bioinformática

Servidores de predicción CBS: Una lista de herramientas de predicción de

secuencia proporcionada por CBS.

Herramientas EBI-EMBL: Una lista de software bioinformático gratuito y popular

generado por EBI-EMBL.
ExPASy: portal de recursos bioinformáticos de SIB que proporciona acceso a
bases de datos científicas y herramientas de software (es decir, recursos) en
diferentes áreas de las ciencias de la vida, incluida la proteómica, genómica,
filogenia, biología de sistemas, genética de poblaciones, transcriptómica, etc.

Galaxy: es una plataforma web de código abierto para la investigación biomédica

intensiva en datos, que incluye el análisis de secuencias NGS, el análisis
ChIPSeq y la identificación SNP / indel. Es una gran "puerta de entrada" para
usar herramientas de línea de comandos.

GenomeSpace: es un marco de interoperabilidad basado en la nube para

respaldar el análisis genómico integrador a través de una interfaz web fácil de
usar. GenomeSpace proporciona acceso a una amplia gama de herramientas
bioinformáticas y cierra las brechas entre las herramientas, lo que facilita el
aprovechamiento de los análisis y visualizaciones disponibles en cada una de
ellas.

NCBI: proporciona una amplia variedad de herramientas de análisis de datos

que permiten a los usuarios manipular, alinear, visualizar y evaluar datos
biológicos.

Bibliografía
Escobar, C. A., Murillo, L. V., & Soto, J. F. (2011). Tecnologías bioinformáticas
para el análisis de secuencias de ADN. Scientia et Technica, 116-121.

University of Colorado. (s.f.). Strauss Health Sciences Library. Obtenido de

https://library.cuanschutz.edu/bioinformatics-tools