MINISTERIO DE SALUD

INSTITUTO NACIONAL DE SALUD

"Año del Bicentenario del Perú: 200 años de Independencia”
"Decenio de la igualdad de oportunidades para mujeres y hombres”

NOTA INFORMATIVA N° 1304-2021-LAB.VIRUS RESP. -DEET-CNSP/INS

PARA : Dr. Oscar Roberto Escalante Maldonado

Director Ejecutivo
Dirección Ejecutiva de Enfermedades Transmisibles
Centro Nacional de Salud Pública

ASUNTO : INFORME TÉCNICO: ACTUALIZACIÓN DE LA IDENTIFICACIÓN DE VARIANTES

CIRCULANTES DE SARS-CoV-2 EN EL PERÚ

FECHA : Chorrillos, 26 de noviembre de 2021

Registro N° 31374-2021

Es grato dirigirme a usted para saludarlo cordialmente y a la vez remitirle adjunto el INFORME TÉCNICO Nº 70:
ACTUALIZACIÓN DE LA IDENTIFICACIÓN DE VARIANTES CIRCULANTES DE SARS-CoV-2 EN EL PERÚ; de
muestras procesadas entre el 22 al 26 de noviembre, procedentes de las regiones: Lima (Metropolitana y Provincia),
Ancash, Apurímac, Arequipa, Ayacucho, Cajamarca, Callao, Cusco, Huánuco, Ica, Junín, La Libertad, Lambayeque,
Loreto, Madre de Dios, Pasco, Piura, Tacna, Tumbes, Ucayali.

El Instituto Nacional de Salud, en coordinación con el MINSA y el CDC, continuará realizando la vigilancia genómica
con el objetivo de identificar a tiempo posibles nuevos casos de infección por la variante Delta, así como de otras
nuevas variantes, y tomar las medidas preventivas para impedir su diseminación en otras regiones.

Es cuanto informo para su conocimiento y trámite correspondiente.

……………………………………………………………
Blgo. Joseph Michael Huayra Niquén
Responsable
Laboratorio de Referencia Nacional de Virus Respiratorio
CNSP-INS

JMHN/eia
 "Año del Bicentenario del Perú: 200 años de Independencia"

INFORME TÉCNICO ELABORADO POR:

Presidenta del Plan de Vigilancia Genómica del Virus SARS-CoV-2:

• Dra. Lely Solari Zerpa

Responsable del Laboratorio de Referencia Nacional de Virus Respiratorio (LRNVR):

• Blgo. Joseph Michael Huayra Niquén

Responsable del Equipo de Secuencia Genómica del LRNVR:

• Blgo. Carlos Patricio Padilla Rojas

Integrantes:
• Blga. Carmen Verónica Hurtado Vela
• Blgo. Orson Mestanza Millones
• Blga. Iris Silva Molina
• Blgo. Luis Bárcena Flores
• Blga. Wendy Lizárraga Olivares
• Blgo. Steve Acedo Lazo
• Blga. Princesa Alicia Medrano Alhuay
• Blga. Luren Nieves Sevilla Castañeda
• Blga. Sara Martha Gordillo Vílchez
• Blgo. Víctor Jiménez Vásquez
• Blga. Priscila Nayu Lope Pari
• Blga. Alicia Elizabeth Núñez Llanos
• Blgo. Edwart Rogger Rivera Serrano
• Blga. Kelly Vanessa Izarra Rojas
• Blgo. Francisco Ascue Orosco

• Blga. Nancy Rojas Serrano

• Blgo. Omar Alberto Cáceres Rey
• Blgo. Henri Bailón Calderón
• Blgo. Marco Galarza Pérez
• Dra. Natalia Vargas Herrera
• Dr. Roger Araujo Castillo

Centro Nacional de Salud Pública - INS

Cápac Yupanqui No. 1400, Jesús María, Lima 11

Central: 748-1111, e-mail: postmaster@ins.gob.pe / Página Web: www.ins.gob.pe
 "Año del Bicentenario del Perú: 200 años de Independencia"

INFORME TÉCNICO N° 070-2021-ESG-LRNVR-DEET-CNSP/INS

INFORME TÉCNICO

ACTUALIZACION DE LA IDENTIFICACION DE VARIANTES CIRCULANTES DE SARS-CoV-2 EN

EL PERÚ, SEMANA DEL 22 AL 26 DE NOVIEMBRE DEL 2021

26 de noviembre del 2021

INTRODUCCIÓN
El Instituto Nacional de Salud a través de la plataforma de vigilancia genómica del Centro Nacional de
Salud Pública, viene realizando la secuenciación genómica de muestras de pacientes con prueba
molecular positiva para SARS-CoV-2. Los objetivos de esta vigilancia son identificar las variantes
presentes en el país, registrar su comportamiento epidemiológico, detectar de manera oportuna las
variantes de interés (VOI) y las variantes de preocupación (VOC) para la salud pública que hayan
ingresado a nuestro territorio y caracterizar su posible participación en casos especiales como
reinfecciones, vacunados, entre otros.

ANÁLISIS
Para las muestras procesadas entre el 22 y 26 de noviembre, se reporta el resultado de la
secuenciación genómica:
● De las 382 muestras procesadas durante la semana por el INS, 358 lograron ser secuenciadas,
todas procedentes de pacientes ambulatorios y hospitalizados con infección por SARS-CoV-2
identificados mediante RT-PCR de muestras obtenidas en los meses de octubre y noviembre
del 2021 (ver Figura 1). Todas estas muestras tenían un Ct <30 (correspondiente a una
presencia alta del virus) y se usó la plataforma COVIDSeq de Illumina para la secuenciación
correspondiente.
● De las 358 muestras secuenciadas, 356 corresponden a la Vigilancia Aleatoria, y 2 a la
Vigilancia Focalizada. En esta semana no hubo muestras procedentes de otros laboratorios
que sean parte de la red nacional de vigilancia genómica. En la Tabla 1 se resume la
procedencia y resultados de muestras secuenciadas esta semana según tipo de Vigilancia.
● Las muestras de esta semana proceden de las siguientes regiones: Lima (Metropolitana y
Provincia), Ancash, Apurímac, Arequipa, Ayacucho, Cajamarca, Callao, Cusco, Huánuco, Ica,
Junín, La Libertad, Lambayeque, Loreto, Madre de Dios, Pasco, Piura, Tacna, Tumbes,
Ucayali. No hubo muestras procedentes de Amazonas, Huancavelica, Moquegua, Puno ni San
Martín.
● Cabe resaltar que la clasificación en linajes descendientes (sub-linajes) de las VOC y VOI es
un proceso dinámico marcado por la aparición y designación de nuevos clados, por lo que
pueden presentarse cambios, no en el número total de casos por variante, pero si en el número
de linajes descendientes y cuantos casos hay en cada uno.

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Figura 1. Número de Muestras según Fecha de Toma de Muestras y Valores Ct

FECHA_TM
20/11/2021

15/11/2021

10/11/2021

5/11/2021

31/10/2021

26/10/2021

21/10/2021
0 50 100 150 200 250 300 350 400

CT
35

30

25

20

15

10

0
0 50 100 150 200 250 300 350 400

Tabla 1. Resumen de variantes identificadas según Tipo de Vigilancia:

Región Delta Gamma Lambda Mu Total

Vigilancia
2 - - - 2
focalizada
Vigilancia 335 9 3 9 356
aleatoria
337 9 3 9 358
TOTAL
(94.1%) (2.5%) (0.8%) (2.5%) (100%)

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RESULTADOS

(i) Vigilancia Aleatoria:

De todas las muestras, 356 correspondieron a la vigilancia genómica aleatoria
correspondiente al mes de Noviembre del 2021 en diversas regiones, como se aprecia en
la Tabla 1.

Tabla 1. Resultados de variantes identificadas por Región:

REGIONES Delta Gamma Lambda Mu TOTAL
AMAZONAS --- ---
ANCASH 12 (100%) 1 2 15
APURIMAC 15 (100%) --- 15
AREQUIPA 7 (77.8%) 2 9
AYACUCHO 10 (100%) 10
CAJAMARCA 17 (68%) 1 7 25
CALLAO 19 (100%) 19
CUSCO 8 (100%) 8
HUANCAVELICA --- --- --- --- ---
HUANUCO 10 (100%) 10
ICA 17 (100%) 17
JUNIN 8 (100%) 8
LA LIBERTAD 15 (100%) 15
LAMBAYEQUE 22 (95.6%) 1 23
LIMA 73 (99%) 4 1 78
METROPOLITANA*
LIMA PROVINCIA 20 (100%) 20
LORETO 1 (100%) --- --- --- 1
MADRE DE DIOS 10 (100%) 10
MOQUEGUA --- ---
PASCO 11 (100%) --- --- --- 11
PIURA 11 (91.7%) 1 12
PUNO --- --- --- --- ---
SAN MARTÍN --- --- --- --- ---
TACNA 20 (100%) 20
TUMBES 23 (95.8%) --- --- 1 24
UCAYALI 6 (100%) 6
TOTAL 335 (94%) 9 (2.5%) 3 (0.8%) 9 (2.5%) 356
* Lima Norte, Lima Centro, Lima Este, Lima Sur.
Cuando no se procesó muestras de una región esta semana se coloca

(ii) Vigilancia Focalizada:

Solo una muestra correspondió a la vigilancia Focalizada, se trata de una puérpera de 27
años de edad con antecedente de vacunación completa con Sinopharm en agosto y
setiembre del 2021 y su hijo recién nacido con evolución clínica desfavorable en ventilación
mecánica.

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Tabla 2. Resultados de variantes identificadas por la vigilancia focalizada:

REGIÓN Delta Gamma Lambda Mu Total
Lima Este 2 2
(puérpera y
neonato del HNHU)
*Hospital Nacional Hipólito Unanue

(iii) Variante Delta

En la presente semana se han identificado un total de 337 nuevos casos (335 procedentes de la
vigilancia aleatoria y 2 de la vigilancia focalizada). Con esto, suman en total 3,412 casos de esta VOC
identificados en nuestro país. Se observa el mismo número de casos con respecto a la semana pasada.
En la Tabla 3 se detalla los números por región y en la Figura 2 se adjunta el mapa del Perú con las
regiones en las que se ha identificado la VOC Delta. Esta semana no se han detectado casos
adicionales de la VOC Delta sublinaje AY.20 con la mutación K417N (Delta +K417N), con lo que siguen
siendo un total de 5 casos detectados en Lima Metropolitana Este: Distritos de Ate (n=3), El Agustino
(n=1) y Santa Anita (n=1).

Tabla 3. Regiones en las que se han identificado casos de Variante Delta

Región N° de casos N° de casos N° total de casos
identificados en hasta la semana identificados
esta semana pasada
Amazonas 20 20
Ancash 12 98 110
Apurímac 15 64 79
Arequipa 7 94 101
Ayacucho 10 89 99
Cajamarca 17 159 176
Callao 19 153 172
Cusco 8 76 84
Huancavelica --- 8 8
Huánuco 10 74 84
Ica 17 164 181
Junín 8 153 161
La Libertad 14 148 162
Lambayeque 23 169 192
Lima 75 910 985
metropolitana*
Lima provincia 20 131 151
Loreto 1 6 7
Madre de Dios 10 39 49

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Moquegua --- 51 51
Pasco 11 51 62
Piura 11 142 153
Puno -- 10 10
San Martín -- 38 38
Tacna 20 119 139
Tumbes 23 70 93
Ucayali 6 39 45
TOTAL 337 3075 3,412
* Lima Norte, Lima Centro, Lima Este, Lima Sur

Figura 2: REGIONES DEL PERÚ EN LAS QUE SE HA IDENTIFICADO LA VOC DELTA

Luego de reclasificaciones en el sistema PANGO, aparte del linaje parental de la VOC Delta
(B.1.617.2), en el Perú se han identificado 48 linajes descendientes distintos: AY.3, AY.3.1, AY.5,
AY.5.3, AY.5.4, AY.9.1, AY.9.2, AY.20, AY.23, AY.25, AY.26, AY.29, AY.34, AY.34.1, AY.35, AY.39,
AY.39.2, AY.41, AY.42, AY.43, AY.43.1, AY.44, AY.46, AY.46.2, AY.47, AY.53, AY.64, AY.69, AY.75,
AY.77, AY.87, AY.95, AY.98.1, AY.99.2, AY.100, AY.101, AY.102, AY.103, AY.105, AY.106, AY.113,
AY.114, AY.116, AY.117, AY.118, AY.119, AY.122, AY.122.1; lo cual denota una gran diversidad

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genética. De estos 48 linajes, esta semana se identificaron por primera vez ocho nuevos linajes
descendientes: AY.122, AY.34.1, AY.77, AY.95. AY.43.1, AY.75, AY.87 y AY.41. Cabe resaltar que
muchos de los cambios en la frecuencia de estos linajes se deben a reclasificaciones del sistema
PANGO; por ejemplo, la mayoría de virus clasificados inicialmente como B.1.617.2 (que inicialmente
era el más predominante) fueron reclasificados en varios sub-linajes, sobretodo en AY.102.

En las muestras procesadas esta semana en Perú, los linajes descendientes más frecuentes son AY
39.2 (79/337), AY.122 (64/337), y AY.102 (50/337). En la Figura 3 se detalla la evolución de los linajes
descendientes de la VOC Delta sobre el tiempo, donde se aprecia una disminución en los porcentajes
de AY.102, y un aumento de AY.39.2. En la Figura 4 se aprecia que linajes descendientes son más
predominantes en cada Región.

Figura 3: Porcentajes de cada Linaje Descendiente de la VOC DELTA respecto al total de VOC
DELTA por Semana Epidemiológica (SE).

100% 400
90% 350

Número de muestras con VOC Delta

80%
300
% del total de VOC Delta

70%
60% 250

50% 200
40% 150
30%
100
20%
10% 50

0% 0
19 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46
AY.102 AY.39.2 AY.122 AY.100 AY.25 AY.43 AY.3

AY.20 AY.26 AY.119 AY.101 AY.39 AY.117 AY.5.4

AY.44 AY.47 AY.103 AY.113 AY.34.1 AY.75 AY.5

AY.34 AY.105 AY.98.1 AY.95 AY.23 AY.42 AY.53

AY.3.1 AY.9.2 AY.99.2 AY.114 AY.35 AY.43.1 AY.106

AY.116 AY.118 AY.122.1 AY.29 AY.41 AY.46 AY.46.2

AY.5.3 AY.64 AY.69 AY.77 AY.87 AY.9.1 B.1.617.2

Total Deltas

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Figura 4: Porcentaje de cada Linaje Descendiente de la VOC DELTA respecto al total de VOC
DELTA en esta corrida (n=337) por Regiones.

100%

90%

80%

70%

60%

50%

40%

30%

20%

10%

0%

AY.102 AY.39.2 AY.122 AY.100 AY.25 AY.43 AY.101 AY.119 AY.39 AY.3

AY.26 AY.113 AY.34 AY.42 AY.117 AY.5.4 AY.20 AY.34.1 AY.43.1 AY.95

AY.103 AY.41 AY.47 AY.5 AY.75 AY.77 AY.87 B.1.617.2

* Sólo incluye regiones con más de 10 muestras positivas para VOC Delta.

(iv) Variante Mu
La variante Mu fue catalogada por la OMS como variante de interés (VOI) el 30 de Agosto.
En la presente semana se han identificado 8 casos nuevos, todos por vigilancia aleatoria,
con lo que suman 248 casos en total en nuestro país. Esta variante está presente en 21 de
25 regiones. Las regiones en las que aún no se ha reportado esta VOI son Loreto, Pasco,
Puno, y Ucayali. En la Tabla 4 se detallan los números por región. Cabe resaltar que la
VOI Mu se identificó en Cajamarca y Tumbes, diferentes a las regiones de la semana
pasada, lo que indicaría que sigue circulando a nivel nacional a pesar de su baja
prevalencia.

De las 8 muestras identificadas esta semana, todas corresponden al linaje original más la
mutación K417N (característica de las VOC Beta, Gamma, y de la Delta llamada plus). Esta
cuenta a la fecha con 93 genomas identificados en las muestras de vigilancia que realiza
el INS, es decir el 37.5% de todas las VOI Mu identificadas en el Perú. Los 93 genomas
Mu con K417N proceden de Lima (51), Cajamarca (29), Callao (4), Lambayeque (2), La
Libertad (2), San Martin (1), Amazonas (1), Tumbes (2), y Arequipa (1).

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Tabla 4. Regiones en las que se han identificado casos de Variante Mu

Región N° de casos N° de casos N° total de casos
identificados en hasta la semana identificados
esta semana pasada
Amazonas 3 3
Ancash 3 3
Apurímac 1 1
Arequipa 6 6
Ayacucho 16 16
Callao 8 8
Cajamarca 7 26 33
Cusco 1 1
Huancavelica 1 1
Huánuco 1 1
La Libertad 8 8
Lambayeque 7 7
Ica 8 8
Junín 8 8
Lima 106 106
Loreto 0 0
Madre de Dios 11 11
Moquegua 11 11
Pasco 0 0
Piura 1 1
Puno 0 0
San Martin 1 1
Tacna 6 6
Tumbes 1 7 8
Ucayali 0 0
TOTAL 8 240 248

(v) Información de tendencias

A continuación, se brinda un reporte consolidado de las variantes circulantes de SARS-
CoV-2 identificadas desde la semana epidemiológica 27 (inicios de julio 2021) hasta la
semana epidemiológica 46 (tercera semana de noviembre del 2021) mostrando sus
tendencias a lo largo de las semanas. En general, el porcentaje de muestras identificadas
como VOC Delta ha alcanzado porcentajes mayores al 90%, (siendo algunos el 100% de
casos secuenciados) y se mantiene estable en esos valores durante las últimas cinco
semanas consecutivas; mientras que la VOC Gamma mantiene un porcentaje pequeño

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pero estable. La VOI Lambda y la VOI Mu continúan siendo una minoría muy pequeña en
las últimas semanas.

En la Figura 5 se observa como es la distribución de las variantes según región para

aquellas en las que se secuenció al menos 20 muestras durante las últimas cuatro (04)
semanas epidemiológicas (43, 44, 45 y 46), observándose que todas presentan más del
80% de muestras positivas para la variante Delta. Finalmente, en las Figuras 6 y 7 se
aprecia la tendencia en los porcentajes de cada variante desde la semana epidemiológica
27 hasta la semana epidemiológica 46, primero a nivel nacional, y luego a nivel de
Lima/Callao.

Figura 5. Porcentaje de las Variantes por Región en las Cuatro Semanas Epidemiológicas más
recientes del año 2021 (solo incluye Regiones con más de 20 muestras durante el mes)

Figura 6. TENDENCIA DEL PORCENTAJE DE LAS VARIANTES POR SEMANA EPIDEMIOLÓGICA

DURANTE EL 2021 A NIVEL NACIONAL

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Figura 7. TENDENCIA DEL PORCENTAJE DE LAS VARIANTES POR SEMANA EPIDEMIOLÓGICA

DURANTE EL AÑO 2021 A NIVEL LIMA/CALLAO

(vi) Información sobre pacientes fallecidos

Según los datos de defunción obtenidos de SINADEF, de los 358 pacientes a los que se
les realizó la secuenciación genómica en la última semana, solo uno (01) falleció a causa
de COVID-19 (igual que la semana pasada). El paciente fue un varón de 32 años de
Chorrillos (Lima-Sur) que no registra ninguna dosis de vacunación, en quien se identificó
la variante Delta linaje descendiente AY.26.

(vii) Información sobre pacientes vacunados

Según los datos obtenidos de los registros del MINSA, y como se aprecia en la Tabla 5, de
los 358 pacientes a los que se les realizó la secuenciación genómica en la última semana
por el INS:
• 197 (55.0%) tenían dos dosis de vacunas contra la COVID-19 y habían trascurrido
al menos 2 semanas luego de la 2da dosis (inmunización completa) cuando
resultaron positivos. De ellos, 188 (95.4%) corresponden a la VOC Delta, 5 (2.5%)
a la VOC Gamma, 2 (1.0%) a la VOI Lambda y 2 (1.0%) a la VOI Mu.
• 46 (12.8%) habían recibido al menos una dosis de vacuna contra la COVID-19 o
tenían menos de 2 semanas luego de la 2da dosis (inmunización parcial) cuando
resultaron positivos. De ellos, 45 (97.8%) corresponden a la VOC Delta, y 1 (2.2%)
a la VOI Mu.
• 115 (32.1%) no tienen registros de haber recibido ninguna dosis de vacunas contra
COVID-19; de los cuáles, 104 (90.4%) corresponden a la VOC Delta, 4 (3.5%) a la
VOC Gamma, 1 (0.9%) a la VOI Lambda y 6 (5.2%) a la VOI Mu.

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Tabla 5. Números y porcentajes de Variantes Secuenciadas según estatus vacunal:

completamente vacunadas (≥2 semanas luego de la segunda dosis), parcialmente vacunadas (al
menos una dosis), y no vacunadas.

Delta Gamma Lambda Mu Total

Vacunación Completa N 188 5 2 2 197
%fila 95.43 2.54 1.02 1.02 100
Parcialmente vacunados N 45 0 0 1 46
%fila 97.83 0 0 2.17 100
No vacunados N 104 4 1 6 115
%fila 90.43 3.48 0.87 5.22 100
Total N 337 9 3 9 358
%fila 94.13 2.51 0.84 2.51 100

En la Tabla 6 se aprecia que porcentajes de cada linaje secuenciado corresponden a estatus de

vacunación completa, parcialmente vacunados, y no vacunados. Se observa que los sublinajes AY.119,
AY.100, AY.39 y AY.39.2 de la VOC Delta tienen los porcentajes más altos de pacientes con vacunación
completa (65.0%, 64.3%, 60.0%, y 59.5% respectivamente). Mientras que las variantes que no son
Delta: Mu, Gamma, y Lambda tienen porcentajes variables (22.2%, 55.6%, y 66.7% respectivamente)
que podrían ser debidos al bajo número de casos.

Tabla 6. Números y porcentajes de personas completamente vacunadas (≥2 semanas luego de

la segunda dosis), parcialmente vacunadas (al menos una dosis), y no vacunadas según
Variantes Secuenciadas, incluyendo Linajes descendientes de la VOC Delta

Parcialmente Vacunación
No vacunados Total
vacunados Completa
N %fila N %fila N %fila N %fila
AY.119 1 5.00 6 30.00 13 65.00 20 100
AY.100 4 28.57 1 7.14 9 64.29 14 100
AY.39 5 33.33 1 6.67 9 60.00 15 100
AY.39.2 22 27.85 10 12.66 47 59.49 79 100
AY.101 6 35.29 1 5.88 10 58.82 17 100
AY.122 20 31.25 7 10.94 37 57.81 64 100
Delta Otros 21 34.43 9 14.75 31 50.82 61 100
AY.102 18 36.00 7 14.00 25 50.00 50 100
AY.43 7 41.18 3 17.65 7 41.18 17 100
LAMBDA 1 33.33 0 0.00 2 66.67 3 100
GAMMA 4 44.44 0 0.00 5 55.56 9 100
MU 6 66.67 1 11.11 2 22.22 9 100
Total 115 32.12 46 12.85 197 55.03 358 100

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CONCLUSIONES

i. Con respecto a los casos de esta semana provenientes de la vigilancia genómica (aleatoria
n=356 y focalizada n=2) en las regiones Lima (Metropolitana y Provincia), Ancash,
Apurímac, Arequipa, Ayacucho, Cajamarca, Callao, Cusco, Huánuco, Ica, Junín, La
Libertad, Lambayeque, Loreto, Madre de Dios, Pasco, Piura, Tacna, Tumbes, Ucayali, la
VOC Delta continúa predominando con un del 94.1% de las muestras procesadas en esta
semana. Esta VOC es mayoritaria por encima de todas las otras variantes y mantiene esa
predominancia durante las últimas semanas. Específicamente, durante la semana
epidemiológica 46 (14 al 19 de noviembre), la VOC Delta corresponde al 92.86% de las
muestras a nivel nacional (94.7% en la semana 45, 95.7% en la semana 44); y al 93.75%
de las muestras de Lima y Callao (97.5% en la semana 45, 97.1% en la semana 44). Es
decir, se mantiene con valores superiores al 90% a nivel nacional y en las regiones
Lima/Callao durante las últimas seis semanas en forma consecutiva.

ii. Cabe señalar que esta semana no se procesaron muestras procedentes de las regiones
Amazonas, Huancavelica, Moquegua, Puno ni San Martín. Se sugiere fortalecer la
vigilancia aleatoria a nivel de regiones, para que sigan enviando muestras recientes
(idealmente con una semana de antigüedad), en cantidad mínima de 10 por semana como
establece la directiva de vigilancia genómica del virus SARS-CoV-2.

iii. Con los 337 casos adicionales de Delta (335 procedentes de la vigilancia aleatoria y 2 de
la vigilancia focalizada), se suman 3,412 casos en total de esta variante de preocupación
a nivel nacional en lo que va del año, ubicándose en todas las regiones del país. En las
muestras procesadas esta semana, se observa una predominancia marcada de la VOC
Delta en varias regiones, siendo 100% en Apurímac, Ayacucho, Callao, Cusco, Huánuco,
Ica, Junín, La Libertad, Lima Provincia y Metropolitana (excepto Lima centro), Madre de
Dios, Pasco, Tacna y Ucayali. Sumando las últimas cuatro semanas, las regiones Huánuco,
Ayacucho, Junín, y Pasco, tienen un 100% de muestras con VOC Delta, como se observa
en la Figura 4.

iv. Se considera que lo más probable es que el número de casos de SARS-CoV-2 por la VOC
Delta continúe su mayoría casi total en las siguientes semanas a nivel nacional y regional
hasta ser casi el 100% de las muestras; desplace completamente a las otras variantes
circulantes, y se mantenga así por las siguientes semanas.

v. Contando esta semana, se ha detectado el linaje original de la VOC Delta (B.1.617.2) y

cuarenta y ocho (48) linajes descendientes distintos según el sistema PANGO, lo cual
denota una gran diversidad genética. En esta semana, se han detectado ocho nuevos
linajes descendientes de Delta (AY.122, AY.34.1, AY.77, AY.95. AY.43.1, AY.75, AY.87 y

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AY.41). Como comparación, a nivel mundial existen más de 200 linajes descendientes de
la VOC Delta. En las muestras procesadas esta semana en Perú, los linajes descendientes
más frecuentes son AY.39.2 (79/337), AY.122 (64/337), y AY.102 (50/337), como se
aprecia en la Figura 3.

vi. Esta semana no se ha identificado nuevos casos del sublinaje AY.20 con mutación K417N,
por lo que a la fecha se mantienen 5 casos en total, todos detectados en Lima Metropolitana
Este: Distritos de Ate (n=3), El Agustino (n=1) y Santa Anita (n=1) en los meses de
setiembre y octubre.

vii. Se han identificado 8 casos adicionales de la variante Mu (B.1.621) esta semana, con esto,
suman 248 casos identificados en total. Esta semana, se identificó la VOI Mu en Cajamarca
y Tumbes, siendo a la fecha 21 de 25 regiones en las que se ha identificado esta variante.
De los 8 casos identificados, todos corresponden al linaje original B.1.621 + la mutación
K417N.

viii. Con respecto a la variante de preocupación Gamma; a solicitud del INS-Perú, el sistema
PANGO designó un nuevo linaje descendiente a nivel internacional, el P.1.12, del cual se
han detectado 3 nuevos casos esta semana en tres regiones del país (1 en Ancash, 1 en
Lambayeque y 1 en Lima metropolitana centro). Cabe destacar que de todos los linajes
Gamma detectados esta semana, la mitad (50%) fueron P.1.12.

ix. El porcentaje de positividad para la variante Gamma en el total de muestras procesadas

presentó un leve descenso respecto a la semana anterior (de 2.8% a 2.5%), mientras que
Lambda se mantuvo en niveles mínimos (de 1.7% a 0.83% esta semana). No se ha vuelto
a detectar la VOC Alfa en los últimos tres meses; y hasta la fecha no se han identificado la
VOC Beta (B.1.351).

x. En esta oportunidad, se identificó que una (01) persona cuya muestra fue secuenciada en
esta última semana, falleció. El paciente fue un varón de 32 años de Lima Metropolitana
Sur (Chorrillos) que no registra ninguna dosis de vacunación, en quien se identificó la
variante Delta linaje descendiente AY.26.

xi. Respecto a vacunación, se observa que, en los que fueron secuenciados esta semana y
recibieron ambas dosis de la vacuna contra la COVID-19, la mayoría tuvo la VOC Delta
(95.4%), seguido de la VOC Gamma (2.5%), VOI Lambda (1.0%) y la VOI Mu (1.0%).
Distribuciones similares se observaron en las personas parcialmente vacunadas y las no
vacunadas. Estos porcentajes parecen reflejar la prevalencia de variantes del SARS-CoV-
2 en la población general. También se observó que algunos grupos como la VOC Delta
AY.119, AY.100, AY.39 y AY.39.2 tuvieron los porcentajes más altos de pacientes con
vacunación completa (65.0%, 64.3%, 60.0%, y 59.5% respectivamente). Mientras que las

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variantes que no son Delta: Mu, Gamma, y Lambda tienen porcentajes variables (22.2%,
55.6%, y 66.7% respectivamente).

xii. La Organización Mundial de la Salud (OMS) el día hoy ha denominado al linaje B.1.1.529
como una nueva Variante de Preocupación (VOC) denominada “Omicron”. Este linaje fue
propuesto el 23/11/21 al sistema PANGO, al día siguiente fue designado y considerado
Variante bajo Monitorización por la OMS; y el 26/111 fue denominado como la quinta VOC.
La decisión de la OMS se basa en:
- Características biológicas: Este linaje tiene 32 mutaciones en la proteína Espiga, 9 de
los cuales han sido presentados por las otras VOC.
- Características Epidemiológicas: En la provincia de Sudáfrica donde fue detectado, ha
habido un aumento considerable y súbito de casos y positividad de pruebas.
- Características Clínicas: Tiene alto porcentaje como reinfección; es decir, se ha dado
en pacientes previamente infectados. También en pacientes vacunados.
- Salud Pública: Además de Sudáfrica y Botswana; esta VOC ha sido identificada en
Hong Kong en un viajero procedente de Sudáfrica; en Bélgica en un viajero procedente
de Egipto; y en Israel, en una persona procedente de Malawi; lo que indicaría
transmisión en múltiples países de África.
A la fecha, esta variante no ha sido identificada en nuestro país; sin embargo, se debe
continuar monitorizando nuevos linajes de forma permanente. La OMS recomienda reforzar
las medidas para disminuir la transmisión el virus como uso de mascarillas, distanciamiento
social, higiene de manos, y vacunación.

xiii. El Instituto Nacional de Salud, en coordinación con MINSA y CDC continuará realizando la
vigilancia genómica a nivel nacional, tanto en lo referente a la vigilancia genómica aleatoria,
como a la vigilancia focalizada, incluyendo el estudio de contactos, conglomerados y brotes
ampliados para caracterizar la dispersión las variantes de circulación nacional. De manera
adicional, NAMRU-6, UNMSM y el Laboratorio Referencial de Puno continuarán reportando
al INS los resultados de la vigilancia genómica que realizan.

xiv. La información de los casos incluyendo fichas epidemiológicas se encuentra en el sistema

netlab2 y está disponible para los usuarios del mismo.

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