TAREA 2.

Alineaciones HoxB5

Introducción
El gen HoxB5 pertenece a la familia de homeobox de Antp (Antennapedia), este codifica una proteína nuclear
que tiene un dominio de unión al AND homeobox y codifica una proteína nuclear con un dominio de unión al
ADN de homeobox en el cromosoma 17. En proteína codificada funge factor de transcripción específico de
secuencia que participa en el desarrollo de los pulmones y el intestino. Se ha demostrado que el gen
homeobox Hoxb- 5 se necesita para el desarrollo de la ramificación normal de la vía aérea así como también
se ha sugerido que las anormalidades en el desarrollo observadas en el secuestro broncopulmonar se
relacionan con una expresión anormal de los genes homebox, por lo que el aumento de la expresión de este
gen se asocia con distintos tipos de leucemia mieloide aguda (LMA) y la aparición de tejido de secuestro
broncopulmonar (BPS) así como en la malformación adenomatoide quística congénita (CCAM). (Acuña Navas,
e.t al,)

Los genes homeobox de la clase Antennapedia (Antp) participan en la determinación de la formación de

patrones a lo largo del eje anteroposterior del embrión animal. En algunos análisis filogenéticos de los
homeodominios (dominio de unión al ADN que consta de unos 60 aminoácidos, presente en las denominadas
homeoproteínas) de la clase Antp del nematodo, Drosophila, anfioxo, ratón y humano indica que los 13 genes
de grupos afines de esta familia de genes se pueden dividir en dos grupos principales, es decir, los grupos I y
II. Los genes del grupo I se pueden dividir en subgrupos A (grupos afines 1-2), B (grupo afines 3) y C (grupos
afines 4-8), y los genes del grupo II se pueden dividir en subgrupos D (grupos afines 9- 10) y E (grupos afines
11-13), aunque esta clasificación es algo ambigua. Las distancias evolutivas entre las diferentes secuencias de
aminoácidos sugieren que la divergencia entre los genes del grupo I y del grupo II ocurrió hace
aproximadamente 1000 millones de años, y los cinco subgrupos diferentes se formaron hace
aproximadamente 600 millones de años, probablemente antes de la divergencia de Pseudocoelomates (p. Ej.,
nematodos) y celomatos (p. ej., insectos y cordados). Nuestros resultados muestran que los genes que están
filogenéticamente cercanos también están ubicados de cerca en el cromosoma, lo que sugiere que la
colinealidad entre la expresión génica y la disposición de los genes se generó por duplicaciones sucesivas de
genes en tándem y que la disposición de los genes se ha mantenido mediante algún tipo de selección.( Zhang
J, Nei M,1996)

Procedimiento
1. Para resolver el ejercicio se partió a buscar el gen HOXB5 humano en un banco de genes (NCBI), este
proceso se repitió con todas las especies buscando el gen HOXB5 para cada una de las especies y se
descargó el formato FASTA para así poder alinearlas posteriormente.
2. Al buscar los genes HOXB5 de todas las especies se concluyo que de la lista los que lo portan además
del humano son Mus musculus, Pan Troglodytes, Xenopus laevis, para las especie Drosophila
Melanogaster se encontró mediante la realización de un Blastn en NCBI un gen (Drosophila
Chromosome 3R) sin embargo el gen tenía un tamaño diferente y la función trataba de ámbito sexual
diferente al HOXB5 en Homo Sapiens, para Tetraodon Nigroviridis y Candida Albicans no hubo
resultados significativos en cuanto a homología
3. Para alinear las secuencias encontradas se ingresaron las secuencias en formato FASTA a CLUSTAL
Multiple Sequence Alignment.
4. También se hizo uso de otros programas de alineamiento como MAFFT Multiple sequence alignment
y MULTALIN Multiple alignment.
5. Una vez teniendo los datos se prosiguió a realizar un cuadro comparativo entre todas las especies.
6. Para los alineamientos de secuencia globales se usó NCBI GLOBAL ALIGNMENT que hace uso del
algoritmo Needleman-Wunsch.
7. Se hizo uso de T Coffe para realizar las alienaciones estructurales múltiples.
Resultados
Alineamiento global de secuencias
Especie Datos encontrados
Homo QUERY: HOMO SAPIENS
Sapiens – TAMAÑO QUERY:2523 BASES
Pan SUBJECT: PAN TROGLODYTES
Troglodytes IDENTITIES: 2515 BASES QUE SI FUERON ALINEADAS DE UN TOTAL DE 2712 (93%) (BASES IDENTICAS)
GAPS: 7 ESPACIOS ENTRE LAS 2712 BASES (0%)
TAMAÑO SUBJECT: 2712PB
Homo QUERY:HOMO SAPIENS
Sapiens -- TAMAÑO QUERY: 2523 BASES
Mus SUBJECT: MUS MUSCULUS
Musculus IDENTITIES: 2204 BASES QUE SI FUERON ALINEADAS DE UN TOTAL DE 2638(84%)(BASES IDENTICAS)
GAPS: 138 ESPACIOS ENTRE LAS 2638 (5%)
TAMAÑO: 2610 BASES
Homo QUERY: Homo Sapiens
Sapiens – Tamaño Query: 2523 BASES
Xenopus SUBJECT: Xenopus Laevis
Laevis IDENTITIES: 1319/2837(46%)
GAPS: 547/2837(19%)
TAMAÑO: 2603 BASES
Tabla 1. Alineamiento de secuencia multiple

Figura 1. Árbol filogenético a partir de secuencia

Alineamiento estructural Multiple

Imagen 1. Alineamiento estructural en T Coffee

 Figura 2. Árbol filogenético a partir de alineamiento estructural

Discusión
Para los alineamientos múltiples de secuencia se hizo uso de un multiple alignment en el programa CLUSTAL
con el fin de obtener el árbol filogenético, además de NCBI Global Sequence Alignment para analizar la
cercanía de especie a especie en cuanto al gen HOX B5.

Al analizar los resultados del alineamiento de secuencia podemos interpretar de este alineamiento que la
secuencia mas larga es la de Pan Trodlodytes y la más corta la de Xenopus Laevis, hay coincidencia alta entre
el gen HOX B5 de Homo Sapiens y el de Pan Troglodytes con un 96%, después proseguiría Mus musculus 84%
de identidad y por ultimo Xenopus Laevis con un 46% de similitud pero, ¿Qué significa si hay coincidencias?
podrían indicar relaciones funcionales o evolutivas entre los genes o proteínas consultados.

En la tabla 1 se puede observar que no solo el porcentaje de similitud cambia, sino que existe una diferencia
en la cantidad de Gaps dentro de cada secuencia, entendiendo por GAPS a las separaciones añadidas
artificialmente a una secuencia para maximizar su alineamiento con las demás, estos gaps nos hablan de
posibles mutaciones sufridas durante la evolución causando una divergencia entre secuencias, también nos
puede hablar de deleciones o inserciones, siendo la especie XENOPUS Laevis con un mayor porcentaje de
estos (19%).

Al observar el figura 1 se puede interpretar la cercanía entre especies según el gen HOX B5 , Clustal nos
permite hacer uso de las secuencias para diseñarlo y así observar e forma más como se justifica la
compatibilidad y cercania entre el gen HOXB5 de cada especie, pues pertenecientes a la misma especie entran
Homo Sapiens y Pan Troglodytes con un porcentaje grande de compatibilidad después en cuanto a cercanía
observamos a Mus Musculus y finalmente observamos a Xenopus Laevis.

Se llevo a cabo un alineamiento estructural, este es un tipo de alineamiento de secuencias basado en la

comparación de la forma proteica, podríamos concluir que la realización de este alineamiento nos diría lo
mismo que el de secuencia, sin embargo, este tipo de alineamientos es valioso para comparar proteínas con
baja similitud en su secuencia, es decir la relación evolutiva en proteínas no es tan fácilmente evidenciada.

En este alineamiento se nos evidencia que la proteína Hox B5 en Homo Sapiens, Mus musculus y Pan
Troglodytes es altamente parecida a diferencia de la de Xenopus Laevis, esto se representa en el árbol
filogenético estructural, pues Pan Troglodytes y Homo Sapiens están en la misma rama después prosiguiendo
esta Mus Musculus y finalmente de forma mas lejana se encuentra Xenopus.
Conclusión
Al analizar dos secuencias de forma comparativa en un alineamiento se obtienen una gran cantidad de datos,
comparando se puede encontrar relaciones funcionales, estructurales y hasta evolutivas pues es posible
conocer la procedencia de un ancestro en común .Las herramientas existentes para este proceso son diversas
y pueden ir desde alineamientos globales a locales, así como múltiples y pareados o estructurales y
secuenciales, hoy en día hay una variedad de herramientas que se ajustaran a las necesidades del usuario.
A partir de este análisis se puede concluir que hay una cercanía evolutiva respecto al gen Hox B5 implicado
en el desarrollo de pulmones y de formación de intestino en las especies que si se encontró el gen que parte
del Pan troglodytes y termina en Xenopus Laevis.

Referencias
1. Árbol filogenético estructural creado en
https://mafft.cbrc.jp/alignment/server/spool/_phyloio.210306220218595.html
2. Acuña Navas, María José, Arce Rodríguez, Enrique, Baquero Barcenas, Ana María, Bonilla Mora,
William, Coto Chinchilla, Karla, Guerrero Gamboa, Laura, Gutiérrez Porras, Massiel, Jiménez Delgado,
Jefry, Leitón Villagra, Carlos, Madrigal Rojas, José Pablo, Monge Carvajal, Carlos, Morales González,
Fernando, Núñez Delgado, Natalia, Penón Portmann, Mónica, Quirós Castro, Ana Gabriel, Rivera
Calderón, Carolina, & Vargas Sanabria, Maikel. (2010). Embriología del desarrollo de los bronquios y
el parénquima pulmonar. Medicina Legal de Costa Rica, 27(1), 61-74. Retrieved March 06, 2021, from
http://www.scielo.sa.cr/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1409-
00152010000100007&lng=en&tlng=es.
3. HOXB5 https://www.genecards.org/cgi-bin/carddisp.pl?gene=HOXB5
4. Zhang J, Nei M. Evolution of Antennapedia-class homeobox genes. Genetics. 1996 Jan;142(1):295-
303. PMID: 8770606; PMCID: PMC1206958.