El régimen de Trujillo amplió considerablemente el Vedado del Yaque, una reserva
natural alrededor del río Yaque del Sur. En 1934 creó el primer parque nacional del país y estableció una agencia de guardia para proteger el sistema de parques. Así mismo, prohibió la tala de árboles de pino sin permiso. No obstante, detrás de esas actitudes "ecologistas" se dejó entrever la intención monopolista de beneficiar sus empresas privadas. En la década de 1950 el régimen de Trujillo encargó un estudio sobre el potencial hidroeléctrico vía la creación de represas. La comisión llegó a la conclusión de que solo las vías navegables de bosques podrían soportar las presas hidroeléctricas. La era de Trujillo significó un fuerte aumento de la deforestación y una pérdida masiva para los bosques nativos, que quedaron en manos de un pequeño grupo de grandes aserradores asociados con el dictador, quienes devastaron millones de hectáreas de bosques diezmando la flora y fauna. Después de su ajusticiamiento en 1961, la tala indiscriminada se reanudó en la República Dominicana. Los invasores quemaron los bosques para la agricultura y las empresas madereras talaron grandes superficies boscosas, hechos que terminaron reduciendo la potencial generación de energía hidroeléctrica en la República Dominicana. En 1967, el entonces presidente Joaquín Balaguer lanzó ataques militares contra la tala ilegal.
Relaciones con la iglesia
Desde su segundo año de gobierno, Trujillo procuró obtener el respaldo de la iglesia católica y decretó varias medidas en favor de esta. Entre estas medidas estuvo el otorgamiento de subsidios por parte del gobierno. La iglesia correspondió estos favores y esto le mereció la Orden Hierosolimitana del Santo Sepulcro otorgada por el Arzobispo de Santo Domingo monseñor Adolfo Nouel en agosto de 1931. Los inconvenientes de Trujillo con la Iglesia católica comenzaron en 1932, con el nombramiento del padre Rafael Castellanos Martínez en sustitución de monseñor Nouel, quien no se sometió a sus dictámenes. Trujillo, consideró la actitud del padre como un acto de rebeldía y retiró el subsidio a la Iglesia, a la vez que pidió a la Santa Sede la remoción de Castellanos y el retorno de Nouel, quien a su retorno fue nombrado de manera vitalicia. El 15 de junio de 1954 Trujillo viajó a la Ciudad del Vaticano para firmar un Concordato con la Iglesia Católica, encabezada en esos momentos por el papa Pío XII, quien le otorgó al dictador la Gran Cruz de la Orden Piana. Este encuentro le garantizó a la Iglesia Católica tener privilegios por encima de otras iglesias. El 31 de enero de 1960 todas las iglesias de República Dominicana se pusieron de acuerdo y mediante una carta pastoral mostraron su desacuerdo con el régimen. Trujillo respondió atacando mediáticamente a la Iglesia Católica y promoviendo protestas contra sus obispos.