SECUENCIACIÓN DEL GENOMA VEGETAL: IMPLICACIONES Y

PERSPECTIVAS

JUAN DAVID DUARTE SILVA 1621004

NEYDER CAMILO DUARTE 1621023

UNIVERSIDAD FRANCISCO DE PAULA SANTANDER

INGENIERIA AGRONOMICA

CUCUTA

2021
 Secuenciación del genoma vegetal: implicaciones y perspectivas

Desde el año 2000; año en que se secuencio el primer genoma de la planta modelo,
Arabidopsis thaliana. este método ha venido evolucionando y haciéndose cada vez más
eficiente permitiendo a los investigadores que a través del uso de tecnologías de
secuenciación de segunda(Roche 454, Illumina y SoLID) y tercera generación(HeliScope,
Ion Torrent, SMRT (Single Molecular Real-Time sequencing) y Oxford Nanopore) indagar
en dar respuesta a interrogantes como ¿Por qué algunos genes se expresan y otros no?,
¿Qué determina que una enzima sea funcional?, ¿Cómo influye el medio ambiente en la
expresión de ciertos caracteres?, ¿Por qué ciertos patógenos son más agresivos en
algunas especies?, ¿Cómo actúan los genes en la defensa a patógenos?, y el cómo aplicar
estos conocimientos en el mejoramiento de cultivos no solamente aumentando su
productividad sino también el bienestar de estos últimos.

Por lo que con el fin de dar respuesta a estas interrogantes se desarrollan herramientas
que permitan utilizar en la práctica los datos obtenidos, a estas herramientas se las
conoce como marcadores moleculares; la utilidad de estos marcadores radica en que
pueden ser usados para selección asistida (MAS), para mapeo genético al realizar
secuenciación de segunda generación (tecnología Roche 454) y para detectar SNPs
(polimorfismos de un solo nucleótido) útil en el mapeo genético, y para estudios de
asociación que identifican genes clave en enfermedades complejas, pero la imperfección
de la tecnología de genotipado de plantas y la falta de un mapa de haplotipos de alta
densidad para cada cultivo han impedido que esta técnica se aplique ampliamente a
estudios de rasgos complejos de cultivos.

Para ahondar un poco más en el tema; cuando estos marcadores son utilizados en
selección asistida su función es la de seleccionar genotipos parentales en programas de
mejoramiento, permitir al criador lograr la selección temprana de un rasgo en un
programa de reproducción, siendo particularmente útil cuando el rasgo está bajo control
genético complejo, o cuando los ensayos fenotípicos no son confiables o costosos.
Además de brindar información valiosa en la investigación sobre la minería de genes, es
decir, que mediante la utilización de MAS insertar un gen con un rasgo favorable a un
cultivo. Como se evidencio en la revisión presentada por Feuillet et al., (2011) en la que
mediante el diseño de marcadores basados en la secuenciación de la región del gen de la
resistencia a añublo del arroz (denominado pi21) usado para identificar recombinantes
entre pi21 y otro gen ubicado a 37 kb de distancia, que confiere baja calidad nutritiva. Con
esta información, fue posible por primera vez en décadas seleccionar variedades de arroz
que combinaran resistencia al añublo y alta calidad nutritiva. Lo que refleja un sinfín de
posibilidades en el mejoramiento de la productividad y de los beneficios económicos a
futuro en los cultivos; aumentando las ganancias de los productores al reducirse las
perdidas por factores ambientales y físicos, así como abaratando los costos para el
consumidor final brindándole la posibilidad de tener un mayor acceso a estos productos.

Aunque gracias a las tecnologías de siguiente generación para secuenciación (WGS)

existentes (Roche 454, Illumina y SoLID) ha aumentado el rendimiento y se ha reducido la
tasa de error aun los genomas de las plantas pueden presentar desafíos únicos para las
plataformas de secuenciación de próxima generación, por su naturaleza repetitiva, que es
un desafío para el ensamblaje confiable del genoma completo. Esto se debe al alto
número de copias y la naturaleza amplificadora de los elementos transponibles dentro de
un gran número de genomas de plantas. Como consecuencia, estas secuencias son
difíciles de ensamblar incluso con el mejor algoritmo de ensamblaje. Otra complicación
importante para los genomas de las plantas es que no todas las especies de plantas son
diploides consanguíneos homocigotos. Si bien es factible secuenciar organismos
heterocigotos como los humanos (Venter et al.,2001) utilizando WGS, un mayor grado de
heterocigosidad, como el que se encuentra en algunas especies de plantas, incluidas las
especies cruzadas y propagadas vegetativamente como la papa, puede impedir el
ensamblaje de WGS.

La mejora de cultivos, tiende a ser un tema polémico desde diversos puntos de vista, ya
que raya tanto en lo ético, como en lo sanitario y lo económico; pero hoy más que nunca
se deben fortalecer y desarrollar de manera exponencial los resultados actuales. Ya que
según previsiones para el 2050 se espera que la población mundial aumente en un 50%
por lo que se hace necesario que de igual manera aumente la producción alimentaria, y
adicional a esto ante la escases de tierra cultivable, el cambio climático y la desertificación
urge el mejoramiento de las técnicas existentes haciendo que mejoren sus condiciones de
productividad así como la resistencia a sequias y plagas.
 REFERENCIAS

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