Durante su gobierno tuvo lugar el paro nacional Colombiano de 2019 y 2021.
El primer paro tuvo lugar después de la renuncia del Ministro de Defensa tras ser revelado que el Estado Colombiano había ocultado el bombardeo de un campamento guerrillero donde fallecieron 18 menores de edad48 . La crisis política desatada por la renuncia del ministro de defensa se vio aunada a las protestas por las reformas pensionales y laborales anunciadas por el gobierno durante el segundo semestre de 2019, lo que desencadenó una crisis institucional durante noviembre y diciembre del 2019, culminando en los primeros toques de queda marciales impuestos sobre Bogotá desde el paro nacional de 1977 y un saldo de 17 civiles muertos y 846 heridos 495051. Tras varios días de paro, el gobierno se vio forzado a retirar la reforma pensional. 525354 Durante la pandemia de COVID-19 el Gobierno Nacional creó el Programa de Televisión " Prevención y Acción" en el cual el presidente se comunica con los ciudadanos mediante cadena nacional con los medios de comunicación públicos y privados colombianos, transmitiendo todos los días a las 6 de la tarde.55 En 2020 el Ministro de Defensa de Ivan Duque Carlos Holmes Trujillo falleció de COVID-19 por lo cual fue remplazado por Diego Molano56. Como resultado de la crisis del COVID el PIB en Colombia se redujo en 6,8% en 2020, la peor caída del producto interno bruto del país en su historia, comparada con el anterior peor registro, que fue una diminución del 4.5% durante la crisis de liquidez e hipotecaria de 1999. 57 Durante el primer semestre de 2021 tuvo lugar el paro nacional de 2021 el cual se vio motivado por la propuesta de una reforma tributaria hecha por el gobierno en marzo de ese año, mediante la cual el gobierno propuso establecer un impuesto al valor agregado del 19% al consumo de servicios públicos (para los estratos 4, 5 y 6), además de establecer igual tarifa de IVA a todas las ventas de gasolina, internet, celulares, además de ciertos productos de la canasta básica58. Así mismo se propuso la creación de un impuesto a la renta para quienes devengarán más de 663 dólares mensuales59, además de impuestos a los servicios funerarios y la creación de peajes urbanos 60. Como reacción a estas propuestas se convocó un paro el 28 de abril que se prolongó durante la primera mitad de mayo. En primer termino Duque ofreció mantener la exención a los productos alimenticios del IVA y retirar los impuestos a servicios funerarios 6162. Pese a estas concesión, posteriormente el 2 de mayo Duque solicitó al congreso retirar la reforma tributaria en mayo de 2021. Así mismo el 2 de mayo se anunció la renuncia del Ministro de Hacienda Alberto Carrasquilla quien fue remplazado por José Manuel Restrepo Abondano. Sin embargo las protestas y desordenes continuaron con posterioridad, desencadenando una ola de violencia policial en las primeras semanas de mayo de 2021 que fueron criticadas por organismos de derecho internacional como Human Rights Watch y Amnistía Internacional pues se han registrado 37 civiles desarmados muertos, e instancias de violencia sexual por parte de los cuerpos policiales contra los manifestantes, así como denuncias de desaparición de 87 personas durante las protestas. 63646566