11. ¿Qué es la estructura terciaria de una proteína?

Es la disposición tridimensional global de todos los átomos de la proteína. A diferencia de la

estructura secundaria, en la que solo había reordenamiento espacial de los aminoácidos adyacentes a
la estructura primaria del polipéptido, la estructura terciaria tiene una capacidad de reordenamiento
en la secuencia de aminoácidos de largo alcance, interactuando con aminoácidos que se encuentran
más alejados de la cadena principal polipeptídica. La estructura terciaria es una disposición precisa
y única en el espacio que surge a medida que se sintetiza la proteína, por lo que esta estructura es
determinada por la secuencia de estructura primaria.
12. ¿Qué es la estructura cuaternaria de una proteína? ¿Todas las proteínas tienen estructura
cuaternaria?
Es la disposición en complejos tridimensionales de las dos o más cadenas polipeptídicas que poseen
algunas proteínas, estas cadenas pueden ser idénticas o diferentes. La estructura cuaternaria no la
poseen todas las proteínas ya que las que constan de una sola cadena polipeptídica, la máxima
información estructural que pueden poseer es la de una estructura terciaria.
13. ¿Qué es un ángulo diedro y cómo se forman en la estructura de una proteína?
Es el ángulo que forman entre sí dos planos que se intersecan y corresponde con el espacio que
limitan ambos planos. En las proteínas es uno de los ángulos de torsión de los enlaces de su
estructura. La estructura secundaria de cualquier región en una proteína está definida por la
conformación de la cadena principal (esqueleto) polipeptídica en esa región. Esta conformación está
definida por la situación espacial del conjunto de los tres átomos (el cuarto que es el hidrógeno está
condicionado por la disposición de los otros tres) que forman la cadena, es decir, el carbono alpha,
el carbono carbonílico y el nitrógeno amídico, el ángulo diedro se da entre los enlaces de los
carbonos alpha de las cadenas de aminoácidos y suelen darle una configuración trans en la mayoría
de las veces. Con el diagrama de Ramachandran se pueden variar estos ángulos para obtener la
conformación más estable de la proteína.
14. ¿Qué es una enzima y cómo se clasifican?
Las enzimas son los catalizadores de las reacciones en los sistemas biológicos y en su gran mayoría
son proteínas, éstas modifican la velocidad de reacción sin afectar el equilibrio de la misma ya que
una enzima hace que una reacción química transcurra a mayor velocidad, siempre y cuando sea
energéticamente posible. El poder catalítico de las enzimas puede superar al de los catalizadores
sintéticos o inorgánicos.
Las enzimas se clasifican según la reacción catalizada, hay un sistema que distribuye las enzimas en
seis clases, cada una con diferentes subclases.

Clase Tipo de reacción catalizada

Oxidorreductasas Transferencia de electrones.
Transferasas Reacciones de transferencia de grupos
Hidrolasas Reacciones de hidrolisis (transferencia de
grupos funcionales al agua)
Liasas Adición de grupos a dobles enlaces o
formación de enlaces por eliminación de
grupos.
Isomerasas Transferencia de grupos dentro de moléculas
 dando formas isomerasas.
Ligasas Formación de enlaces C-C, C-N, C-S, C-O
mediante reacciones de condensación
acopladas a la rotura de ATP

15. ¿Cuál es la coenzima de la riboflavina (B2)? Justifique su respuesta

b. FAD y FMN
Son la flavín adenín dinucleótido (FAD) y la flavín mononucleótido (FMN) ya que en estas
coenzimas es que se encuentra como componente principal la vitamina B2 que hace parte del
cuerpo, y como otras vitaminas tiene un papel importante en el metabolismo energético.
16. ¿Cuál de estas vitaminas está asociada con la coenzima biocitina? Justifique su respuesta
c. biotina
La vitamina asociada es la biotina ya que la biocitina se forma a partir de la biotina y la L-lisina,
además cuando se hace el metabolismo de la biotina, la biocitina aparece como intermediario. Es la
coenzima de las carboxilasas.
17. ¿Cuál es la enzima que cataliza la reacción de oxidación-reducción? Justifique su respuesta
d. oxidorreductasa

La oxidorreductasa, ya que es la enzima encargada de la catálisis de transferencia de electrones, es

decir, acelera la reacción de un compuesto que pierde electrones (se oxida) a otro compuesto que
los gana (se reduce).
18. En el siguiente experimento, con la enzima fosfatasa ácida de semillas de trigo germinadas, se
varió la concentración de enzima en cubeta a dos concentraciones fijas de sustrato, obteniendo los
siguientes resultados. (Volumen de reacción: 100 µL, [E]=25nM):

Utilizando la ecuación de Michaelis-Menten, explique sus respuestas:

a. ¿Cómo varía la velocidad de reacción en función de la cantidad de enzima añadida?
Según la ecuación de Michaelis-Menten:

Se puede ver que la velocidad es directamente proporcional a la concentración de la enzima, por

lo que entre más cantidad de enzima se añada mayor será la velocidad cosa que también se
refleja en los datos experimentales obtenidos y en la gráfica de a continuación donde se ve
claramente la relación lineal entre ambos valores.

b. ¿Qué pasa si se divide la velocidad registrada por la cantidad de enzima añadida al ensayo?
Al dividir la velocidad en la cantidad de enzima añadida voy a obtener el número de recambio,
en unidades de tiempo a la menos uno y este me indica el máximo número de moléculas de un
sustrato que una molécula de enzima puede convertir en producto por unidad de tiempo, pero
como se puede ver en la tabla 2 los calores del número de recambio se mantienen
aproximadamente constante y esto es debido a que la concentración de sustrato siempre es la
misma.

0,1 nM 10 nM
Velocidad/mL de enzima Velocidad/mL de enzima
0,384 1,2614
0,4059 1,3169
0,3970 1,27633333
0,3883 1,2847
 0,3791 1,29128
0,3948 1,26273333

19. La actividad de la Acetil-CoA carboxilasa, medida con tres diferentes concentraciones de

enzima y a diferentes concentraciones de sustrato fue la siguiente (volumen de la reacción =
100µL):

Para este experimento:

a. Calcular para cada experimento el valor de Km y el valor de Vmax.
Sacando el valor inverso de los datos de cocentración de sustrato y de velocidad para aplicar la
ecuación de Lineweaver-Burk, se obtuvo lo siguiente:

0,1 0,2 0,5

1/[S] (nM-1) 1/V (min/nmol) 1/V (min/nmol) 1/V (min/nmol)
20 3,636 1,831 0,728
7,14285714 2,074 0,999 0,399
4,34782609 1,724 0,843 0,345
3,125 1,557 0,722 0,288
2 1,324 0,669 0,273
1,69491525 1,305 0,668 0,262
Con ecuación de Lineweaver-Burk:

Para [Enz] = 0,1mg:

1
b=
V max

1 1
V max = =
b 1,1307
nmol
V max =0,8844
min

km
m=
V max
m∗V max=k m

( 0,1263 )∗( 0,8844 ) =0,1117 mM

Para [Enz] = 0,2mg:
1
b=
V max

1 1
V max = =
b 0,5452
nmol
V max =1,8342
min

km
m=
V max
m∗V max=k m

( 0,0643 )∗( 1,8342 )=0,118 mM

Para [Enz] = 0,5mg:
1
b=
V max

1 1
V max = =
b 0,221
nmol
V max =4,5249
min

km
m=
V max
m∗V max=k m

( 0,0254 )∗( 4,5249 )=0,1150 mM

b. ¿Son los valores de Km y Vmax iguales o diferentes?

A partir la gráfica se puede decir que como los puntos de corte con el eje y no son los mismos,
la velocidad máxima para cada sustrato será distinta y que esta será directamente proporcional a
la concentración de enzima, esto se puede ver a partir de la recta gris que corresponde a la
cantidad de enzima de 0,5 mg, la cual es la que tiene un menor punto de intersección con el eje
y, y por ende una mayor velocidad máxima. Esto se confirma después cuando se realizan los
respectivos cálculos con la ecuación de Lineweaver-Burk.
Por otro lado, a partir de la gráfica también se puede ver que el punto de intersección con el eje
x, que corresponde al valor de -1/km, es aproximadamente el mismo, lo que quiere decir que el
valor de la constante de Michaelis-Menten es igual para los tres sustratos, esto también se
confirmó luego de hacer los cálculos con la ecuación de Lineweaver-Burk y encontrar valores
muy semejantes.
c. Explique si lo que observó es lo que esperaba obtener.
Si, desde un principio los datos reflejaban que se obtenía una velocidad inicial mayor entre más
concentración de enzima y de sustrato se tenía, fuera de eso, al graficar los datos dados para el
ejercicio se encontró que las curvas tienen una forma similar pero entre más concentración la
curva se iba a encontrar más arriba en la gráfica; respecto a la gráfica lineal hay que decir que
esta da una información respecto a cómo serán la V max y km a simple vista, sin realizar los
cálculos lo que es de gran ayuda.
d. Sabiendo que la enzima pesa 220’000 g/mol, haga una gráfica de Vmax vs mmol de
enzima.
 mg∗1 g
∗1 mol
1000 mg
∗1000 mmol
220000 g
0,1 =4,54 x 10−7 mmol
1 mol

mg∗1 g
∗1 mol
1000 mg
∗1000 mmol
220000 g
0,2 =9,09 x 10−7 mmol
1 mol

mg∗1 g
∗1mol
1000 mg
∗1000 mmol
220000 g
0,5 =2,27 x 10−6 mmol
1 mol

e. ¿Qué representa la pendiente de esta gráfica?

Corresponde a la constante catalítica (k cat) (2x106 min-1), este dato me da información de la
velocidad a la que el sustrato es procesado, es decir, cuántas moléculas de sustrato pueden
procesar las moléculas de enzima por unidad de tiempo.
f. ¿En qué se parece el valor anterior a la Actividad específica = Vmax/mg de proteína en
mmol* min-1 * mg de enzima-1
Se parecen en que ambas hablan de la cantidad de sustrato puede procesar la enzima por unidad
de tiempo, en este caso la enzima procesa 2x106 de sustrato por minuto.
 g. ¿Qué pasa con la medida de actividad específica cuando la enzima no está pura?
La medida de actividad va a disminuir debido a que las impurezas van a contribuir
considerablemente en los mg en los que se debe dividir, por lo que teniendo en cuenta esto, se
puede decir que el valor de medida de actividad específica sirve como indicador de pureza.
20. La enzima Aspartato transaminasa, que cataliza la reacción:
Aspartato + Oxoglutarato ----> Glutamato + Oxaloacetato
Se realizaron los siguientes tres experimentos (volumen de la reacción = 100µL):

a. Calcule Km y Vmax para cada sustrato.

Para [Asp] = 1mM:

 1
b=
V max

1 1
V max = =
b 0,2396
nmol
V max =4,1736
min

km
m=
V max
m∗V max=k m

( 0,004 )∗( 4,1736 )=0,017 mM

Para [OxG] 0,02mM:

1
b=
V max

1 1
V max = =
b 0,4926
nmol
V max =2,030
min

km
m=
V max
m∗V max=k m

( 0 , 0136 )∗( 2,030 )=0,0276 mM

Para [OxG] 0,5mM:

1
b=
V max

1 1
V max = =
b 0,2188
nmol
V max =4,5704
min
 km
m=
V max
m∗V max=k m

( 0,0134 )∗( 4,5704 )=0,061 mM

b. ¿Cambian las Vmax? Explique su respuesta.
Si, la velocidad máxima cambia para todos los experimentos y esto es debido a que hay dos
sustratos y la enzima deberá reaccionar con ambos, como era de esperarse la velocidad de la
prueba con concentración de OxG de 0,02mM es menor y no será capaz de saturar la
concentración de Asp que se añada hasta el final del experimento, cosa que si se logra con las
concentraciones de 1mM de Asp y 0,5mM de OxG las cuales son capaces de mantener el
sistema saturado mientras la concentración del otro sustrato cambia y por esta razón para estos
dos procedimientos aunque el valor de Vmax es diferente no distan mucho uno del otro.
c. Explique qué pasó en el segundo experimento, con respecto al tercero.
Se realizó el experimento dos con concentración de 0,02mM de OxG y de este se obtuvo una
velocidad máxima que no coincidía con la del experimento uno por lo que de la Km obtenida en
el experimento dos se partió para elegir la concentración del experimento tres la cual fue veinte
veces la Km del segundo experimento (20*0,0276=0,5mM) con esta nueva concentración se
realizó la determinación de Km y Vmax y como se muestra en la gráfica y en los cálculos, la
velocidad máxima de los experimentos uno y tres ahora si es aproximadamente igual lo que
indica que la concentración usada de OxG en este caso si es saturante.
d. ¿Cuántos y cuáles valores de Km debo considerar para describir la afinidad de la enzima
por sus substratos?
Debo tener en cuenta todos los valores de Km porque son estos los que me dan información
sobre la afinidad que tiene la enzima con los sustratos, en el experimento dos se puede ver que
tanto la velocidad máxima y la afinidad de la enzima con los sustratos es mala por el punto de
corte más alto y la pendiente más grande lo que es equivalente a una velocidad menor y un Km
más grande que indica menor afinidad, cuando se hace el experimento tres con la nueva
concentración de OxG se obtiene un mejor resultado de velocidad pero la afinidad no mejora
significativamente lo que me dice que tengo que seguir mirando que concentración de sustrato
debo variar esta vez para mejorar la afinidad sustratos-enzima del sistema.
e. ¿Qué conclusión se podría sacar de esos datos?
Variar la concentración de un sustrato respecto a otro para obtener una velocidad mejor y una
buena saturación durante los procedimientos no me garantiza una afinidad alta entre los
sustratos y la enzima por lo que se debe tratar de buscar un equilibrio entre las concentraciones
de ambos sustratos y la de enzima que me garantice una velocidad alta y una buena afinidad
sustratos-enzima al mismo tiempo.