Gobiernos Conservadores:

En febrero de 1838, las fuerzas de Rafael Carrera, líder de la revuelta campesina, tomaron la
Ciudad de Guatemala, pero cuando retornaron a Mataquescuintla en marzo se inició situación
de anarquía tal, que los criollos guatemaltecos tanto liberales como conservadores, incluyendo
a Pavón y los recién retornados miembros del Clan Aycinena solicitaron al general Francisco
Morazán que fuera a Guatemala a pacificar el Estado, y ofrecieron conferirle poderes
dictatoriales y proporcionarle dinero para el efecto. De esta forma, Morazán entró a Guatemala
acompañado de José Francisco Barrundia y Cepeda quien era uno de los consejeros de Gálvez
que había huido de Guatemala cuando Carrera tomó la ciudad y obligó a Carrera a refugiarse
en las cerranías de Mita, mientras reprimía fuertemente el oriente guatemalteco para terminar
con la revuelta campesina. Morazán entonces le encomendó a Pavón y Aycinena la jefatura
política de Antigua Guatemala.
Los criollos de ambos partidos celebraron hasta el amanecer el hecho de que tuvieran al fin a
un caudillo como Morazán, capaz de derrotar a la rebelión del campo. Morazán utilizó los
recursos que le proporcionaron los criollos guatemaltecos para apoyar a Los Altos y luego
sustituyó al gobernador Valenzuela por Mariano Rivera Paz, allegado al Clan Aycinena, aunque
no le retornó al clan los bienes confiscados en 1829; en venganza, Juan José de Aycinena y
Piñol votó a favor de la disolución de la Federación Centroamericana en San Salvador un poco
más tarde, obligando con ello a Morazán a regresar a El Salvador para luchar por su moribundo
mandato federal. En el camino, Morazán incrementó la represión en el oriente guatemalteco,
como escarmiento por haber ayudado a Carrera, a quien consideraba vencido.6
Tras recuperar fuerzas, en septiembre de ese año Carrera intentó un asalto a la capital de
Guatemala, pero el general liberal Carlos Salazar Castro lo derrotó en los campos de Villa
Nueva, y Carrera tuvo que replegarse nuevamente al oriente del Estado. Tras varios intentos
infructuosos de tomar la Antigua Guatemala, la Ciudad de Guatemala y Quetzaltenango, Carrera
fue cercado y herido y tuvo que capitular ante el general mexicano Agustín Guzmán,
comandante en jefe del ejército liberal del Estado de Los Altos a quien Manuel Francisco Pavón
fue a pedir ayuda tras el ataque de los campesinos a Antigua Guatemala, y aconsejó sobre
cómo debía tratar con Carrera. Los tres firmaron el «convenio del Rinconcito» por el cual
Morazán no pudo fusilar a Carrera, pues necesitaba del apoyo del campesinado guatemalteco
para poder contrarrestar los ataques de Francisco Ferrera en El Salvador; en lugar de eso, se
vio obligado a nombrarlo como jefe militar de Mita, pero sin armas; cuando estaba en Mita,
Ferrera lo invitó para reunirse, a lo que accedió; sabiendo que Morazán iba a atacar El Salvador,
decidieron que Carrera iba a atacar la Ciudad de Guatemala y para ello Ferrera le dio mil armas
y municiones.