Wells Ph.D., Jonathan. The Myth of Junk DNA . Discovery Institute Press. Edición de Kindle.

9. RESUMEN DEL CASO FUNCIONALIDAD EN EL ADN BASURA

LA MAYORÍA DE NUESTRO ADN NO CODIFICA PROTEÍNAS; EN ESO, TODOS están de acuerdo. La

pregunta aquí es si el ADN que no-codifica-proteínas es una "basura" no funcional, que
proporciona evidencia de la evolución Darwiniana y en contra del diseño inteligente.
La evidencia de la funcionalidad del ADN que no-codifica-proteínas se divide en dos categorías
amplias: la primera consiste en evidencia que sugiere que tal ADN es probablemente funcional.
Esta evidencia proviene de dos fuentes; la primera fuente es la transcripción de la mayor parte del
ADN que no-codifica-proteínas en varios ARNs. Si solo las regiones de ADN que codifican-proteínas
fueran funcionales, entonces los organismos que luchan por sobrevivir probablemente no
desperdiciarían una energía preciosa transcribiendo regiones que no-codifican-proteínas en ARNs
inútiles. Sin embargo, como vimos en el capítulo 3, los organismos transcriben la mayor parte de
su ADN en ARN, lo que sugiere que el ADN que no-codifica-proteínas probablemente sea
funcional.
Una segunda fuente de evidencia en la primera categoría proviene de las comparaciones de
secuencias de ADN en diferentes organismos. Según la teoría de la evolución, diferentes linajes
heredan su ADN de un ancestro común. Si dos linajes heredan ADN no-codificante-de-proteínas
que no es funcional, no se verá afectado por la selección natural y tenderá a acumular mutaciones
de manera aleatoria. Muchas generaciones después, el ADN que no-codifica-proteínas en los dos
linajes descendientes será muy diferente. Por otro lado, si el ADN que no-codifica-proteínas es
funcional, la selección natural tenderá a eliminar las mutaciones. En terminología evolutiva, las
secuencias no-codificantes-de-proteínas de los descendientes se "conservarán".
Dando la vuelta a la lógica, la teoría evolutiva implica que si los organismos evolutivamente
divergentes comparten secuencias de ADN similares que no-codifican-proteínas, esas secuencias
probablemente sean funcionales. Como hemos visto, se conservan muchas secuencias de ADN que
no-codifican-proteínas, lo que sugiere que cumplen funciones biológicas.
Entonces, en la primera categoría, la transcripción generalizada y la conservación de secuencias
sugieren que gran parte del ADN "basura" probablemente sea funcional, aunque no nos dicen
cuáles son las funciones precisas. La segunda categoría amplia consiste en evidencia de funciones
biológicas específicas del ADN que no-codifica-proteínas. La primera categoría se discutió en el
Capítulo 3, y la segunda categoría se discutió en los Capítulos 4-7.

Capítulo 3
Los ARNs TRANSCRITOS a partir de ADN que no-codifica-proteínas juegan un papel importante en
el control de si, dónde y en qué medida se transcriben las regiones codificantes-de-proteínas. Los
ARNs no-codificantes-de-proteínas también participan en la regulación de la traducción de ARNs
en proteínas. El proceso por el cual una secuencia de ADN produce un producto funcional (como
una proteína) se denomina "expresión génica".
En 2006, científicos españoles informaron que los ARN que no-codifican-proteínas "regulan
prácticamente todos los aspectos de la vía de expresión génica, con profundas consecuencias
biológicas". En 2009, biólogos en Japón, notaron que dado que “la investigación en años recientes
ha identificado una inesperadamente rica variedad de mecanismos por los cuales actúan los ARN
no-codificantes”, es probable “que hayamos identificado probablemente solo algunos de los
muchos mecanismos funcionales potenciales” de los ARNs no-codificantes-de-proteínas.2
 Descubrimientos recientes muestran que los ARNs no-codificantes-de-proteínas son
constituyentes esenciales de los “paraspeckles”, dominios dentro del núcleo que desempeñan un
papel en la expresión génica. Al unirse a ciertas proteínas, los ARN que no-codifican-proteínas
ayudan a estabilizar la estructura de los parapeckles para que puedan persistir a través de las
divisiones celulares aunque no estén delimitados por membranas.

Capítulo 4
LOS GENES EN eucariotas (células con núcleo) se dividen en "exones" que codifican proteínas e
"intrones" que no codifican proteínas. Los exones y los intrones se transcriben, pero los últimos se
cortan y los primeros se empalman de formas alternativas. Como resultado, una sola región de
ADN que codifica una proteína puede dar lugar a cientos o miles de proteínas diferentes.
Sin embargo, los intrones no son solo espaciadores pasivos: un equipo de científicos canadienses
y británicos, que estudian códigos de empalme en tejidos de ratón informó en 2010, que los
intrones son ricos en sitios de reconocimiento de factores de empalme. Anteriormente se suponía
que dichos sitios tienden a estar cerca de los exones afectados, pero el equipo concluyó que sus
resultados sugerían "elementos reguladores que están más profundos en los intrones de lo que se
pensaba anteriormente".3 En los seres humanos, los intrones también codifican la mayoría de los
pequeños ARN implicados en la maquinaria molecular que traduce los ARN mensajeros en
proteínas. Además, los ARN no-codificantes-de-proteínas de los intrones influyen en la expresión
génica modificando la cromatina – la combinación compleja de ADN, ARN y proteínas que forman
los cromosomas.

Capítulo 5
Un PSEUDOGENO es una secuencia de ADN que parece ser una copia inactiva de una secuencia
que en otro lugar (o en otro organismo) codifica proteínas. Pero algunos supuestos pseudogenes
han resultado producir proteínas funcionales y, por lo tanto, no son pseudogenes en absoluto.
Algunos otros pseudogenes producen ARNs que suprimen la expresión de sus genes funcionales
correspondientes. El ADN consta de dos hebras complementarias; los biólogos suelen pensar que
sólo una (la "hebra con sentido") se transcribe en ARN, mientras que la segunda ("la hebra
antisentido") funciona sólo como una plantilla de copia durante la replicación del ADN. Sin
embargo, ahora se sabe que los ARNs se producen a partir de ambas cadenas. Por tanto, el ADN
del pseudogén se puede transcribir en un ARN no-codificante de proteínas que es complementario
del ARN codificante de proteínas del gen funcional. El primero puede unirse al segundo y, por lo
tanto, inactivarlo – un proceso conocido como "interferencia de ARN".
Otros pseudogenes producen ARNs que aumentan la expresión de sus genes funcionales
correspondientes. La célula contiene moléculas que controlan el nivel de expresión génica
mediante la degradación de los ARNs que codifican proteínas después de que se han traducido en
proteínas. Aunque el ARN transcrito del pseudogen no codifica la proteína, por lo demás es muy
similar al ARN transcrito del gen que codifica la proteína. Por lo tanto, el primero puede
reemplazar al segundo en presencia de moléculas que degradan el ARN, dejando libre al ARN que
codifica la proteína para que continúe produciendo proteína. En palabras de algunos biólogos
estadounidenses que estudiaron este fenómeno, los ARN de pseudogenes sirven como "señuelos
perfectos". 4

Capítulo 6
CERCA DE LA MITAD del genoma humano consiste en ADN repetitivo que no codifica proteínas. La
mayor parte de este ADN repetitivo consiste en elementos nucleares intercalados largos ("LINEs")
y elementos nucleares intercalados cortos ("SINEs"). Algunos otros elementos de ADN repetitivos
parecen derivados de virus de ARN y, por lo tanto, se denominan "retrovirus endógenos" ("ERVs").
Existe una creciente evidencia de que estas (y otras) categorías de ADN repetitivo que no codifica
proteínas realizan varias funciones.
Por ejemplo, las hembras de mamíferos tienen dos cromosomas X, uno de los cuales debe
inactivarse para que el embrión se desarrolle normalmente. En 2010, los biólogos informaron que
los LINEs funcionan en dos niveles diferentes para producir la inactivación del cromosoma X:
primero, el ADN LINE produce un reordenamiento en la cromatina que inactiva algunos genes; en
segundo lugar, los ARNs transcritos de LINEs cubren y silencian otras porciones del cromosoma X.
Los LINEs también participan en la reparación de roturas del ADN, la movilización de varios otros
ARNs dentro de la célula y la regulación de genes que se expresan de manera diferente en fetos y
adultos.
Los SINE sayudan a regular la transcripción de ADN en ARNs, el empalme alternativo de ARNs y la
traducción de ARNs en proteínas. En 2009, los científicos de Colorado informaron evidencia de que
"los ARNs codificados por SINEs, de hecho tienen funciones biológicas", y concluyeron que la
evidencia "ha refutado la noción histórica de que los SINEs son simplemente" ADN basura".5 Los
SINEs también influyen en la transcripción al afectar la cromatina. En 2007, los biólogos
proporcionaron pruebas de embriones de ratón que sugerían que la transcripción específica de
tejido de los SINEs "puede representar una estrategia de desarrollo para el establecimiento de
dominios funcionalmente distintos dentro del genoma de los mamíferos para controlar la
activación de genes".6
Los ERVs ayudan a regular genes humanos involucrados en producir células sanguíneas, que
transportan bicarbonato y metabolizan las grasas. Los ERVs también regulan la expresión génica
en el tracto gastrointestinal, las glándulas mamarias y los testículos. Sin embargo, probablemente
la función mejor estudiada de los ERVs se encuentre en la placenta. Cuando un embrión de
mamífero temprano se implanta en la pared del útero, las células del embrión migran a la pared
uterina, y luego se fusionan en una sola célula multinucleada para facilitar la rápida transferencia
de nutrientes de la madre al feto. La importantísima fusión de esas células requiere una proteína
derivada de ERVs llamada "sincitina". En 2009, un científico británico escribió que solía ser "una
pregunta abierta" si los ERVs "simplemente representaban ADN basura o egoísta", pero llamó a la
sincitina "evidencia convincente" de que al menos algunos ERVs están haciendo "una contribución
específica a la fisiología normal. 7

Capítulo 7
LOS CAPÍTULOS 3–6 describen funciones del llamado “ADN basura” que depende de ARN con
secuencias que regulan la expresión génica, o desempeñan otras funciones importantes en las
células vivas. Quedan vastos tramos de ADN para los que no se han identificado funciones
dependientes de la secuencia, pero algunos de esos vastos tramos tienen otras funciones.
El genoma es jerárquico y funciona en tres niveles: la propia molécula de ADN; el complejo ADN-
ARN-proteína que forma la cromatina; y la disposición tridimensional de los cromosomas en el
núcleo. En estos tres niveles, el ADN puede funcionar de formas que son independientes de su
secuencia exacta de nucleótidos.
En el primer nivel, algunos biólogos han argumentado que las secuencias de ADN pueden afectar
la expresión génica simplemente por su longitud. El biólogo molecular, Emile Zuckerkandl, escribió
en 2002 que "la distancia genómica per se y, por lo tanto, la masa de nucleótidos intervinientes
puede tener efectos funcionales". Por lo tanto, se debe suponer que "grandes cantidades de 'ADN
basura', contrariamente a la creencia común, contribuyen a la complejidad de los sistemas de
interacción genética y de los organismos"8. Por ejemplo, la mera longitud de los intrones podría
afectar la tasa de transcripción. La longitud también podría afectar el tamaño de los bucles que
permiten que las partes distantes del ADN interactúen, o el tamaño de los ARNs que no codifican
proteínas y que unen moléculas reguladoras a distancias apropiadas entre sí.
En el segundo nivel, la estructura de la cromatina afecta profundamente la expresión génica,
pero en algunos lugares la estructura de la cromatina es independiente de la secuencia de ADN
subyacente. En 2009, los científicos informaron que "las secuencias de nucleótidos divergentes
pueden tener estructuras locales similares", lo que sugiere que "pueden realizar funciones
biológicas similares". Los científicos concluyeron que "parte de la información funcional en la parte
no codificante del genoma es conferida por la estructura del ADN, así como por la secuencia de
nucleótidos".9
Sin embargo, los ejemplos mejor estudiados de la función de la cromatina independiente de la
secuencia son los centrómeros. Un centrómero es una región especial en un cromosoma eucariota
que sirve como punto de unión del cromosoma a otras estructuras de la célula. El centrómero
también proporciona la base para el cinetocoro, un complejo aparato molecular que separa los
cromosomas durante la división celular. Los centrómeros funcionan de manera similar en todos los
organismos, sin embargo, las secuencias de ADN subyacentes a ellos difieren significativamente.
Lo que importa no es tanto la secuencia de nucleótidos como un conjunto de moléculas
específicas del centrómero, que la célula usa para empaquetar la cromatina de una manera
particular.
En el tercer nivel, la posición de un cromosoma dentro del núcleo es importante para la
regulación genética. En la mayoría de las células, las porciones de los cromosomas ricas en genes
tienden a concentrarse cerca del centro del núcleo, y un gen puede inactivarse moviéndolo
artificialmente hacia la periferia. En algunos casos, sin embargo, el patrón se invierte: las células
bastón en las retinas de los mamíferos nocturnos contienen núcleos en los que las partes de los
cromosomas que no codifican proteínas se concentran cerca del centro del núcleo, donde forman
un cristal líquido que sirve para enfocar tenues rayos de luz.

Capítulo 8
AUNQUE LOS CIENTÍFICOS han descubierto muchas funciones para el llamado “ADN basura”,
algunos biólogos (además de los citados en el Capítulo 2), han venido recientemente a defender
esa noción. En 2007, el biólogo canadiense T. Ryan Gregory escribió: “Algunos ADN no codificantes
están demostrando ser funcionales, pero esto sigue siendo una minoría del ADN no codificante, y
siempre existe el problema de la prueba de la cebolla cuando se consideran todos los ADN no
codificantes para ser funcional”.10 La prueba de la cebolla, según Gregory, “es una simple
verificación de la realidad para cualquiera que piense que ha creado una función universal para el
ADN no codificante. Cualquiera que sea su función propuesta, hágase esta pregunta: ¿Puedo
explicar por qué una cebolla necesita aproximadamente cinco veces más ADN no codificante para
esta función que un ser humano?”11
Sin embargo, nadie afirma haber ideado "una función universal para el ADN no codificante". En
cambio, los científicos han descubierto muchas funciones diferentes para el ADN que no codifica
proteínas. Esas funciones incluyen regular el empalme alternativo en las células cerebrales y
desempeñar un papel esencial en el desarrollo de la placenta. ¿Por qué los científicos que
descubrieron esas funciones deberían justificar su trabajo refiriéndose a las cebollas, que no
tienen cerebro ni placentas?
En 2010, algunos investigadores de la Universidad de Toronto informaron que "el genoma no se
transcribe de manera tan generalizada como se informó anteriormente".12 Según el darwinista (y
ateo) PZ Myers, a los "creacionistas" les gustaban los informes anteriores de funciones
generalizadas en el ADN que no codifica proteínas porque “detestan la idea del ADN basura, que
los dioses esparcirían basura desperdiciada por todo nuestro precioso genoma intencionalmente
era impensable, por lo que cualquier indicio de que realmente podría hacer algo útil es
aprovechado con entusiasmo como evidencia de un diseño intencionado”. Myers dio la bienvenida
a las conclusiones de los investigadores de Toronto: “Bueno, coloco uno para los científicos más
cautelosos, y le doy a los creacionistas otro gran cero… Ha aparecido un nuevo artículo que analiza
las transcripciones del genoma humano utilizando una nueva técnica, y, eh- oh, parece que la
mayoría de los primeros informes de transcripción ubicua estaban equivocados". La conclusión,
concluyó Myers, es que “el genoma está mayormente muerto, transcripcionalmente. La basura
sigue siendo basura”.13
Pero los investigadores de Toronto utilizaron métodos que prácticamente garantizaban sus
resultados. Comenzaron usando un programa de software que excluía la mayor parte del ADN
repetitivo (que constituye la mitad del genoma humano), luego eliminaron aproximadamente dos
tercios de los ARNs de la mitad restante. Una refutación publicada posteriormente por biólogos
del genoma criticó a los investigadores de Toronto por descartar “la gran mayoría del ARN antes
del análisis”, un método que seguramente “dejará grandes vacíos en [nuestra] comprensión del
transcriptoma”14.
Dada la abundante y creciente evidencia de funcionalidad en el ADN que no codifica proteínas,
parece que los defensores recientes del mito del ADN basura, como los autores citados en el
Capítulo 2, están motivados por algo más que la evidencia científica.

REFERENCIAS
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