Ancient mitochondrial DNA provides high-resolution time scale of the

peopling of the Americas

RESUMEN
El momento exacto, la ruta y el proceso del poblamiento inicial de las Américas sigue siendo
incierto a pesar de muchas investigaciones. La evidencia arqueológica indica la presencia de
humanos hasta el sur de Chile hace 14,6 mil años (ka), poco después de que las capas de
hielo del Pleistoceno que bloqueaban el acceso desde el este de Beringia comenzaran a
retirarse. Las estimaciones genéticas del momento y la ruta de entrada se han visto limitadas
por la falta de puntos de calibración adecuados y la baja diversidad genética de los nativos
americanos. Secuenciamos 92 genomas mitocondriales completos de esqueletos
sudamericanos precolombinos que datan de 8,6 a 0,5 ka, lo que permite una reconstrucción
detallada y calibrada temporalmente del poblamiento de las Américas en un análisis
coalescente bayesiano. Los datos sugieren que una pequeña población ingresó a las
Américas a través de una ruta costera alrededor de 16.0 ka, luego de un aislamiento previo
en el este de Beringia durante ~ 2.4 a 9 mil años después de la separación de las
poblaciones del este de Siberia. Después de un rápido movimiento a través de las Américas,
el flujo de genes limitado en América del Sur resultó en una marcada estructura
filogeográfica de las poblaciones, que persistió a través del tiempo. Todos los linajes
mitocondriales antiguos detectados en este estudio estaban ausentes de los conjuntos de
datos modernos, lo que sugiere una alta tasa de extinción. Para investigar esto más a fondo,
aplicamos una nueva prueba de regresión logística múltiple de componentes principales a
simulaciones coalescentes en serie bayesianas. El análisis apoyó un escenario en el que la
colonización europea provocó una pérdida sustancial de linajes precolombinos.

INTRODUCCIÓN
El aislamiento geográfico de las Américas retrasó el asentamiento humano hasta el final
del Pleistoceno [hace 20 a 10 mil años (ka)]; sin embargo, a pesar de esta fecha
relativamente reciente, la hora, el lugar y la ruta de entrada específicos siguen siendo
inciertos. Es probable que los primeros pueblos se trasladaran desde Asia a través del
Puente Terrestre de Bering (1, 2), la masa de tierra entre Eurasia y América expuesta por
la disminución del nivel del mar durante el Último Máximo Glacial (LGM). Sin embargo, en
este momento, gran parte del norte de América del Norte estaba cubierta por las capas de
hielo Cordilleran y Laurentide, que bloquearon el acceso desde el este de Beringia
(Puente Terrestre de Bering y Alaska / Yukon) hacia el sur hasta el resto de las Américas
(Fig. 1A). Poco después de que la capa de hielo de la Cordillera comenzara a retirarse ~
17 ka (3), una posible ruta costera del Pacífico estuvo disponible ~ 15 ka (Fig. 1B) (3, 4),
mientras que una ruta alternativa a través de un corredor interior libre de hielo a lo largo
del lado este de las Montañas Rocosas se abrió alrededor de ~ 11,5 a 11 ka (4-6). El
momento y la ruta utilizados en el evento de migración son importantes para comprender
el tamaño, el número y la velocidad de las primeras olas migratorias. El tiempo y la ruta
también son fundamentales para resolver problemas polémicos como la naturaleza de los
pueblos antes de Clovis, la primera cultura reconocida arqueológicamente de gran
difusión en América del Norte (13,2 a 12,8 ka) (1).
Figura 1

Beringia oriental durante la LGM y retirada de las capas de hielo.

(A) Tierra expuesta cuando los niveles del mar eran más bajos (verde claro), la masa
terrestre actual (verde oscuro) y las capas de hielo (blanco). En el apogeo del LGM,
las capas de hielo Laurentide y Cordilleran bloquearon el acceso a las Américas
desde el este de Beringia (es decir, el Puente Terrestre de Bering y Alaska / Yukon)
(30). Las poblaciones al oeste del puente terrestre de Bering pudieron migrar hacia
el sur durante el LGM, pero las del puente terrestre de Bering no pudieron retirarse
más allá del cinturón de hielo de las Aleutianas (flechas). Se muestra el último
punto de flujo de genes detectable entre las poblaciones ancestrales siberianas y
nativas americanas (24,9 ka) y el aislamiento geográfico marcado por la formación
de linajes fundadores nativos americanos (18,4 ka) (ver Fig. 2B para más detalles).
El sitio Yana Rhinoceros Horn (32 ka) y el sitio Swan Point (14 ka) ilustran las
brechas temporales y geográficas en el registro arqueológico de Beringia. (B) Las
capas de hielo que comenzaron a retirarse ~ 17 ka, abriendo una posible ruta
costera del Pacífico en ~ 15 ka (flecha). La rápida expansión de la población (16.0
ka) probablemente marca el movimiento hacia el sur del hielo (ver Fig. 3C para
más detalles).
 (B)
Los estudios genéticos de las poblaciones de nativos americanos se complican por el
colapso demográfico y la presunta pérdida importante de diversidad genética tras la
colonización europea a finales del siglo XV (7). Sin embargo, las señales geográficamente
extendidas de baja diversidad y ascendencia compartida (8-13) —especialmente
llamativas en los datos de secuencia del cromosoma Y mitocondrial heredado por la
madre y heredada por el padre— sugieren que pequeños grupos fundadores
posiblemente ingresaron inicialmente a las Américas en un solo evento de migración que
dio lugar a a la mayoría de la ascendencia de los nativos americanos en la actualidad (9,
12, 14). En contraste, la distribución de algunos de los raros haplogrupos mitocondriales
fundadores (D4h3a a lo largo de la costa del Pacífico de América del Norte y del Sur, y
X2a en el noroeste de América del Norte) sugiere que distintas migraciones a lo largo de
la ruta costera y el corredor libre de hielo ocurrieron en menos de 2000 años (15).
Estudios recientes han identificado una firma genómica de Australasia débil en varios
grupos de nativos americanos del Amazonas, compatible con dos migraciones
fundacionales (16), aunque el flujo de genes de Australasia puede haber ocurrido después
del poblamiento inicial (17). Independientemente del número de olas de migración, la
población fundadora parece haber crecido y expandido rápidamente hacia el sur (8, 14,
18), con bajos niveles de flujo de genes entre áreas después de la dispersión inicial (12,
14). aunque el flujo de genes de Australasia puede haber ocurrido después del
poblamiento inicial (17). Independientemente del número de olas de migración, la
población fundadora parece haber crecido y expandido rápidamente hacia el sur (8, 14,
18), con bajos niveles de flujo de genes entre áreas después de la dispersión inicial (12,
14). aunque el flujo de genes de Australasia puede haber ocurrido después del
poblamiento inicial (17). Independientemente del número de oleadas de migración, la
población fundadora parece haber crecido y expandido rápidamente hacia el sur (8, 14,
18), con bajos niveles de flujo de genes entre áreas después de la dispersión inicial (12,
14).
Desafortunadamente, la precisión de los estudios de reloj molecular en las Américas
hasta la fecha se ha visto limitada por la baja diversidad genética y la falta de puntos de
calibración apropiados para estimar con precisión las tasas de evolución molecular. Como
resultado, las estimaciones actuales del reloj molecular mitocondrial de la entrada inicial
en las Américas, que asumen que el evento corresponde a la diversificación inicial de los
linajes genéticos nativos americanos, oscilan entre 26,3 y 9,7 ka (Fig. 2A). Esta amplia
gama abarca la mayor parte del período de tiempo durante el cual fue factible la ruta del
Puente Terrestre de Bering. Dado el estrecho lapso temporal de la actual diversificación y
migración hacia las Américas, se necesita mucha mayor precisión para distinguir entre las
diferentes rutas e hipótesis de migración.
Figura 2 Comparación de estimaciones bayesianas de la TMRCA de los haplogrupos fundadores nativos
americanos y de la divergencia de los linajes siberianos.

(A) Edad media (símbolos) y 95% de densidad posterior más alta (HPD) (barras de error) para el TMRCA de
cada uno de los haplogrupos de nativos americanos. El sombreado indica el período entre el límite inferior
más antiguo de cualquier HPD del 95% y el límite superior más reciente de cualquier HPD del 95% para
cada conjunto de datos. Las líneas punteadas de color púrpura muestran los límites de TMRCA basados en
la calibración de la punta; las líneas de puntos azules muestran los límites extremos de TMRCA de
publicaciones anteriores (26,3 a 9,7 ka) (20, 25). (B) El aislamiento de las poblaciones de nativos
americanos que se estima que ocurrió después de la última divergencia observable entre los linajes
siberianos y nativos americanos (24,9 ka basado en el límite superior más bajo del 95% de HPD) y antes de
la fecha más antigua en la que se formaron todos los haplogrupos fundadores de los nativos americanos.
(18,4 ka basado en el límite superior de HPD del 95% más bajo). Consulte la sección S5 para conocer los
métodos detallados.

Los relojes moleculares dependen en gran medida de la calidad de los puntos de

calibración para estimar con precisión las tasas de evolución molecular (19). En las
Américas, la escasa evidencia de ocupación humana temprana y la ausencia de sitios en
el este de Beringia durante la mayor parte del Pleistoceno tardío dificultan una calibración
confiable. Un desafío importante adicional es la dependencia temporal de las
estimaciones de la tasa molecular, por lo que la evolución molecular parece más rápida
cuando se mide en intervalos de tiempo cortos (19). En los humanos, este problema es
más evidente cuando se analizan escalas de tiempo recientes (por ejemplo, el
asentamiento humano de las Américas) utilizando calibraciones fósiles profundas, como la
división entre humanos y chimpancés hace ~ 6 a 7 millones de años (20). Las
estimaciones precisas de la tasa molecular requieren una distribución de puntos de
calibración cercana a la edad de los eventos en estudio (21, 22); a este respecto,
Para generar una vista detallada de la diversidad genética matrilineal humana en las
Américas a través del tiempo, con múltiples puntos de calibración, secuenciamos el
genoma mitocondrial completo (mitogenoma) de 92 individuos precolombinos, con edades
entre ~ 8,6 y 0,5 ka (tabla S2). . Luego usamos enfoques bayesianos para estimar los
tiempos de coalescencia, reconstruir un historial demográfico y simular y probar
escenarios de población.
RESULTADOS Y DISCUSIÓN
Diversidad genética novedosa en la época precolombina
Los 92 mitogenomas precolombinos se secuenciaron a una profundidad de cobertura
promedio de 112 × (5,6 × a 854,2 ×; tabla S2). Las secuencias se asignaron a 84
haplotipos distintos, que se encontraban dentro de la diversidad mitocondrial general
esperada de los nativos sudamericanos (13), es decir, los haplogrupos A2, B2, C1b, C1c,
C1d y D1 (figs. S2 a S5). El haplogrupo nativo de América del Sur D4h3a no se observó
en nuestro antiguo conjunto de datos, aunque muestreamos el cono sur de América del
Sur (Arroyo Seco 2, Argentina) donde este linaje es común en la actualidad (15). Ninguno
de los 84 haplotipos identificados a partir de muestras antiguas está representado en la
genealogía existente de la diversidad mitocondrial humana global [es decir, PhyloTree mt;
(24)] (figs. S2 a S5) o en la literatura (fig. S6). Aunque la diversidad genética moderna de
los nativos americanos no está bien caracterizada,
Sincronicidad marcada de los tiempos del haplogrupo nativo de América del Sur
con el ancestro común más reciente
Los tiempos estimados hasta el ancestro común más reciente (TMRCA) para los
haplogrupos A2, B2, C1, D1 y D4h3a fueron altamente sincrónicos (Fig.3 y Fig. S8), lo
que confirma interpretaciones previas de que los cinco haplogrupos eran parte de una
población inicial ( 25). El TMRCA cayó dentro del rango de estimaciones de fechas
moleculares previas, aunque los intervalos creíbles del 95% más estrechos aumentaron
considerablemente la precisión (Fig. 2A). Las fechas más antiguas para la diversificación
inicial dentro de cada haplogrupo se han calculado previamente usando la calibración
humano-chimpancé (25, 26), mientras que las fechas mucho más jóvenes resultaron de
calibraciones usando linajes mitocondriales no nativos americanos asociados con eventos
biogeográficos (20). Esto ilustra claramente el impacto de las estimaciones de tasas
dependientes del tiempo y la influencia crítica del marco de calibración (27).
Árbol mitogenómico bayesiano fechado y reconstrucción del tamaño de la población
femenina efectiva pasada.
El árbol mitogenómico y la gráfica demográfica se basan en el conjunto de datos
replicados 1, que es representativo de los tres conjuntos de datos replicados (fig. S7). (A)
Árbol completo que muestra las relaciones entre los principales haplogrupos nativos
americanos A, B, C y D, así como sus TMRCA (círculos de colores). Los círculos negros
muestran las divergencias entre los linajes siberianos y nativos americanos. Los clados
siberianos se muestran en negro y los clados nativos americanos se muestran en gris. (B)
Fig. 3

Árbol detallado con clados siberianos (negro), nativos americanos modernos (azul) y antiguos nativos
americanos (rojo). Círculos de colores y negros como en (A). Los sombreados grises y los círculos negros
vacíos resaltan la ascendencia compartida de personas de la misma ubicación geográfica o del mismo
origen cultural. El triángulo negro relleno (haplogrupo A2) es el ancestro común más reciente entre un
haplotipo antiguo y un haplotipo moderno en ~ 9 ka. (C) Gráfico de horizonte bayesiano extendido del
tamaño efectivo de la población femenina, basado en un tiempo de generación de 25 años.
Separación de las poblaciones siberianas durante la LGM
La divergencia genética más reciente observada entre los antepasados de los siberianos
y los nativos americanos (24,9 ka; sección S5 y Fig. 2B) es el último punto en el que
podemos detectar un flujo genético aparente (es decir, un linaje compartido) entre la
población siberiana y la población ancestral nativa americana. Podemos suponer que la
divergencia de la población real ocurrió después de este punto. Además, si aceptamos
que el TMRCA estimado de cada uno de los cinco haplogrupos nativos americanos
proporciona una estimación independiente del momento del aislamiento de la misma
población pequeña, podemos usar los intervalos creíbles del 95% para restringir el límite
inferior (sección S5). La estimación resultante de que las dos poblaciones quedaron
completamente aisladas entre 24,9 y 18. 4 ka está de acuerdo con los cálculos de
genomas completos modernos que indican que los siberianos y los nativos americanos se
separaron a más tardar ~ 23 ka (17). El flujo de genes hacia y desde el este de Siberia
ciertamente parece haber cesado a la altura del LGM (18,4 ka; Fig. 2B).
Beringia oriental como refugio sostenible para los nativos americanos ancestrales
Nuestros datos no pueden determinar si la separación entre las poblaciones ancestrales
siberianas y nativas americanas ocurrió en Siberia o Beringia. Sin embargo, el inicio del
aislamiento (24,9 a 18,4 ka) coincide estrechamente con el LGM. Presumimos que las
condiciones frías y áridas llevaron a las poblaciones en los márgenes occidentales (es
decir, siberianos) del Puente Terrestre de Bering a migrar a los refugios del sur (Figura
1A), como sugiere la ausencia de sitios de muerte de megafauna más jóvenes que el
extremo norte de Yana Rhinoceros Sitio del cuerno 32 ka (1). En contraste, cualquier
población al este de las penínsulas de Kamchatka y Chukotka no habría podido retirarse
más al sur que el cinturón de hielo de las Aleutianas y, por lo tanto, permanecería aislada
en el este de Beringia (Fig. 1A). No podemos estimar con precisión el tamaño de esta
población fundadora, pero la población femenina efectiva que ingresó posteriormente a
las Américas parece ser ~ 2000, lo que concuerda bien con estudios previos (9, 10, 25).
Aunque este número no puede traducirse directamente en el tamaño de la población del
censo, sugiere que la población humana aislada en el este de Beringia era relativamente
pequeña, probablemente no excedía de unas pocas decenas de miles de personas
(sección S6). La presencia de un gran número de megafauna en el este de Beringia
durante el Pleistoceno tardío, incluido el LGM, indica una región libre de hielo dominada
por tundra arbustiva (29), que habría sido más que capaz de sostener tal tamaño de
población (sección S6). . Por lo tanto, Nuestras observaciones son consistentes con la
idea de que la población nativa americana fundadora utilizó el Puente Terrestre de Bering
expuesto y las regiones adyacentes en Alaska / Yukon como refugio durante el apogeo de
la LGM, antes de que el cambio climático y el retroceso de las capas de hielo permitieran
el acceso al resto de las Américas. Desafortunadamente, las grandes brechas temporales
y geográficas en el registro arqueológico entre el sitio Yana Rhinoceros Horn (~ 32 ka,
oeste de Beringia) y el sitio Swan Point (~ 14 ka, este de Beringia) proporcionan poca
información adicional sobre este proceso (Fig. 1A). ) (1) o cómo los nativos americanos
ancestrales fueron aislados de sus homólogos asiáticos.
El estancamiento de Beringio (~ 2.4 a 9 mil años)
El escenario de un refugio de Beringia del Este es consistente con la hipótesis de
estancamiento de Beringia, que sugiere que los nativos americanos ancestrales
estuvieron aislados en el área hasta por 15 mil años (ky) (9, 10, 29). Nuestro gran
conjunto de datos de mitogenomas fechados proporciona estimaciones precisas sobre la
duración de la parada y el posterior movimiento fuera del área. El árbol mitogenómico
muestra un repentino estallido de diversificación de linajes comenzando ~ 16.0 a 13.0 ka
(Fig. 3B). A esto le sigue un fuerte aumento en el tamaño medio efectivo de la población
femenina (> 10%) entre intervalos de tiempo adyacentes que comienzan con 16,0 ka (Fig.
3C). En general, la población experimentó un aumento de 60 veces entre 16.0 y 13.0 ka,
lo que sugiere que 16.0 ka representa la entrada inicial a las Américas, donde el tamaño
de la población aumentó significativamente en un entorno más favorable.
Una ruta de entrada costera
La población estalló a 16.0 ka es contemporánea con el rápido retroceso de los glaciares
costeros a lo largo de la costa noroeste del Pacífico asociado con una fase de
calentamiento oceánico escalonado (2 ° a 3 ° C) en la región (3). Esta fecha es
considerablemente anterior a la apertura del corredor interior libre de hielo ~ 11.5 a 11.0
ka (4-6) e indica que la entrada inicial a las Américas tuvo lugar a través de una expansión
hacia el sur a lo largo de las tierras costeras del noroeste del Pacífico recientemente
emergidas (Figura 1B) (3, 17, 28, 30, 31). Dados los primeros sitios arqueológicos en
Monte Verde en el sur de Chile a 14,6 ka (32), los datos del mitogenoma indican que el
tránsito de toda la extensión de las Américas tomó alrededor de 1,4 ky.
Estructura geográfica temprana después de la entrada a las Américas
Los árboles filogenéticos presentan múltiples ramas largas que provienen del período de
expansión inicial (Fig. 3B), independientemente de si los linajes conducen a individuos
precolombinos (antiguos) o modernos. Esta topología parece reflejar la rápida migración y
expansión de una población, que contenía cada uno de los principales haplogrupos,
dentro y en todo el continente americano (8, 14, 18). La diversificación de linaje posterior
dentro de cada haplogrupo parece estar restringida a regiones geográficas específicas o
antecedentes culturales compartidos (Fig. 3B, sombreados grises), lo cual es consistente
con las sugerencias de que la estructura geográfica se estableció rápidamente después
de la colonización y fue seguida posteriormente por un flujo genético limitado entre
poblaciones de diversas regiones (14, 33).
Extinción de linajes antiguos después de la colonización europea
Se ha sugerido que la colonización europea resultó en un cuello de botella en la
diversidad genética de los nativos americanos (34, 35). En el presente conjunto de datos,
es notable que ningún haplotipo antiguo (Figura 3B, linajes rojos) compartió un ancestro
común con un haplotipo moderno (Figura 3B, linajes azules) más recientemente que ~ 9.0
ka (Figura 3B, triángulo negro en el haplogrupo A2), a pesar del número de muestras
examinadas de ambas poblaciones. Nuestras muestras antiguas se obtuvieron
principalmente de grandes centros de población a lo largo de la costa occidental de
América del Sur, que experimentaron altas tasas de extinción después de la colonización
europea. Los relatos históricos han informado que la disminución de la población fue más
rápida e intensa en el Golfo de México y la costa del Pacífico de Perú que en otras áreas
como la meseta mesoamericana o el altiplano andino (7). La pronunciada estructura
filogeográfica observada en los mitogenomas de los nativos americanos sugiere que tales
eventos demográficos podrían haber eliminado partes importantes de la diversidad
genética en ciertas áreas. Como resultado, es posible que la falta de superposición entre
los haplotipos antiguos y modernos esté influenciada por el submuestreo de la diversidad
actual en las regiones de origen del material arqueológico.
Para examinar más a fondo el tema de la extinción local, utilizamos BayeSSC (36) para
simular 15.000 árboles de coalescencia para cada uno de los siete escenarios de
población potencial (sección S7; Fig. 4 y Fig. S10). El criterio de información de Akaike
para la selección del modelo, que se incluye en el paquete BayeSSC, informa sobre el
ajuste relativo de los modelos pero no informa sobre su calidad absoluta. Como
alternativa, aplicamos un modelo de regresión logística múltiple de componentes
principales (PCMLR) (37) a las estadísticas de resumen de BayeSSC para predecir cuál
de los escenarios de población se ajusta mejor a los datos observados. Introducimos este
enfoque novedoso en el cálculo bayesiano aproximado como una forma poderosa de
estimar tanto la [representación gráfica del análisis de componentes principales (PCA)]
relativa (Fig. 4 y Fig. S10) como la absoluta (verificación del modelo bayesiano;
Figura 4
Efectos de la estructura poblacional y la colonización europea sobre la diversidad mitocondrial
sudamericana.

Se representan siete escenarios poblacionales simulados con BayeSSC (modelos A a G). Las puntas de
flecha en los modelos demográficos C a G representan el tiempo de separación (9 ka) entre la población
portadora de haplotipos modernos (Población 0) y la población portadora de haplotipos antiguos (Población
1) (es decir, metademas con un patrón de pequeños haplotipos localizados). -separación de escalas en todo
el continente). El panel inferior derecho es un gráfico PCA de estadísticas resumidas para las 15.000
simulaciones para cada uno de los siete modelos (se informa el 25% de los datos simulados; consulte la
figura S10 para ver el conjunto de datos completo ). Los datos observados de las tres réplicas se muestran
como círculos negros y son los más cercanos a los resultados del modelo C (puntos verdes).
Encontramos que los modelos demográficos con una población panmíctica (modelo A en
la figura 4 y la figura S10) o con una simple separación geográfica de poblaciones que
albergan los linajes antiguos y modernos (es decir, una separación localizada a pequeña
escala en todo el continente; modelo D) fueron deficientes ajustes para los datos (tabla
S6). La adición de un cuello de botella poseuropeo con la supervivencia de linajes
antiguos y modernos (modelos B y E) no mejoró la bondad del ajuste. Los modelos más
complejos combinaron la separación geográfica y la pérdida temprana y continua de
linajes antiguos, acelerada (modelo F) o no (modelo G) por la llegada a tierra europea,
para dar cuenta de procesos demográficos como los efectos del fundador en serie y la
deriva, o la rotación y eliminación de la población durante la expansión de los imperios
centroandinos. Estos modelos también se ajustaban mal a los datos (tabla S6). Solo un
modelo que combinó la separación geográfica de poblaciones que albergan haplotipos
antiguos y modernos y la subsiguiente rápida extinción de los linajes antiguos tras la
colonización europea se ajusta a nuestras observaciones empíricas (modelo C,
probabilidad mínima de 0,995; tabla S6). Como prueba adicional, cuando el modelo
demográfico C se eliminó del análisis, los componentes principales se mantuvieron
prácticamente sin cambios (fig. S11). Esta observación apoya la solidez del modelo
PCMLR para discriminar correctamente entre las diferentes alternativas demográficas
(38). Sin embargo, ninguno de los modelos demográficos restantes (modelo A, B, D, E, F
o G) se ajusta fuertemente a todas las observaciones empíricas (tabla S8), lo que muestra
que el modelo C es el único ajuste fuerte para los datos empíricos.
Como resultado, nuestros datos mitocondriales antiguos sugieren que la colonización
europea fue seguida por una mortalidad masiva local y la extinción de linajes asociados
con los principales centros de población del pasado precolombino. Nuestros resultados
contrastan con las observaciones anteriores de que la diversidad genética de los nativos
americanos ha sido temporal y geográficamente estable durante al menos los últimos
2000 años (33). Sin embargo, la aparente contradicción entre nuestro estudio y el trabajo
anterior es probablemente atribuible a una mejora significativa de la resolución de la
secuencia. También advertimos que los modelos demográficos probados en este estudio
probablemente sean demasiado simples para abarcar los detalles de la colonización de
las Américas, a pesar de explorar escenarios con una emergencia temprana de la
estructura geográfica, así como la pérdida continua de haplotipos como resultado de los
efectos fundadores seriales y la deriva. , o el desplazamiento y eliminación de la población
durante la expansión de los principales estados imperiales de los Andes centrales.
Finalmente, se necesitarán datos de secuencia mitocondrial más completos de
poblaciones tempranas y modernas para refinar aún más los modelos demográficos. En
particular, será fundamental garantizar una fuerte superposición espacial entre los sitios
arqueológicos y las ubicaciones de la población actual (por ejemplo, Perú).
Ir:
CONCLUSIÓN
El poder de resolución adicional obtenido de calibraciones temporales generalizadas hace
que los datos del ADN mitocondrial antiguo de América del Sur sea un enfoque muy
rentable para examinar el momento preciso, la ruta y la secuencia de eventos que llevaron
al poblamiento de las Américas. Además, este conjunto de datos proporciona una visión
genética del posible papel desempeñado por la colonización europea en la reducción de
la diversidad genética de los nativos americanos en general a los niveles bajos
observados en la actualidad. En ausencia de evidencia arqueológica en el sur y este de
Beringia que sea relevante para el poblamiento de las Américas, será posible una mayor
resolución de la entrada y las rutas de dispersión de los primeros pobladores con datos
genómicos antiguos de América del Sur.
MATERIALES Y MÉTODOS
Muestras arqueológicas
La mayoría de las muestras arqueológicas se recolectaron en los Andes centrales de
sitios en Perú (n = 70), el oeste de Bolivia (n = 9) y el norte de Chile (n = 6), mientras que
las muestras restantes provienen del norte de México (n = 5 ) y la Pampa Argentina (n =
2) (fig. S1 y tabla S2). Se obtuvieron permisos de las respectivas organizaciones de
Patrimonio Nacional para todo el material arqueológico analizado en el estudio (sección
S1) y están disponibles a pedido. Las fechas de radiocarbono se publicaron previamente
(39, 40) o se obtuvieron de la Unidad de Radiocarbono de Oxford para confirmar la
asignación arqueológica basada en la estratificación y el examen de los artefactos (tabla
S1).
Análisis de ADN antiguo
Todo el trabajo de ADN antiguo se llevó a cabo en las instalaciones de sala limpia del
Centro Australiano de ADN Antiguo (ACAD) en la Universidad de Adelaide, el laboratorio
de Paleogenómica Humana de la Universidad de California en Santa Cruz (UCSC) y el
laboratorio Reich en Harvard Medical. Escuela (HMS). Las medidas de control de la
contaminación por ADN se detallan en la sección S1. El ADN se extrajo usando sílice en
solución (22, 41) y se convirtió en bibliotecas de doble hebra con adaptadores Illumina
truncados (42). Se utilizaron cebos de ARN o ADN para la captura de hibridación, seguido
de secuenciación de alto rendimiento de Illumina (secciones S1 a S4). Las llamadas de
variantes automatizadas se confirmaron visualmente directamente de los pileups de
lectura para evitar errores atribuibles al daño del ADN (secciones S2 y S4).
Análisis BEAST
Utilizamos un enfoque bayesiano para estimar los tiempos de coalescencia del
mitogenoma a partir de los datos completos utilizando BEAST 1.8.0 (43) y reconstruimos
un historial demográfico mediante el método del horizonte bayesiano extendido (44), que
infiere el tamaño efectivo de la población. Se utilizaron tres subconjuntos aleatorios de 87
mitogenomas modernos de América del Sur y México con los datos antiguos en análisis
replicados. Para estimar la fecha de separación de las poblaciones del Viejo Mundo,
también agregamos 20 de los mitogenomas del este de Siberia más estrechamente
relacionados. El genoma Anzick-1 de 12.6-ky publicado anteriormente de Montana,
Estados Unidos (45), se incluyó para proporcionar diversidad genética para el haplogrupo
D4h3a y para aumentar la profundidad de los puntos de calibración. Combinamos
mitogenomas antiguos modernos y antiguos y analizamos tres conjuntos de datos
replicados de 200 secuencias. Las 93 muestras antiguas (incluidas 12 secuencias
mayores de 3,5 ky) aseguraron una cobertura temporal (12,6 a 0,5 ka) y filogenética (Fig.
3B), lo que permitió la calibración interna de la tasa de sustitución para cada haplogrupo
sudamericano (Fig. S9). Los detalles se proporcionan en la sección S5.
BayeSSC y pruebas de modelos
Usamos BayeSSC (36) para simular datos para siete escenarios poblacionales (Fig.4):
una población panmíctica sin (modelo A) o con un cuello de botella post-europeo (modelo
B), o separación geográfica (9 ka) de poblaciones paralelas que presentan haplotipos
modernos o antiguos (modelo D); La separación geográfica puede ir seguida de un cuello
de botella poseuropeo para ambas poblaciones (modelo E), una extinción completa de los
linajes antiguos después del contacto con los europeos (modelo C), una pérdida temprana
y progresiva de los linajes que conducen a la extinción de los linajes antiguos (modelo G),
o una pérdida temprana y progresiva de linajes antiguos seguida de una rápida extinción
post-europea (modelo F). Calculamos intrademe (D de Tajima, diversidad de haplotipos,
número de haplotipos, etc.) y entre deme [índice de fijación (FST), distancias promedio
por pares] estadísticas para los datos observados y simulados. Luego, realizamos un PCA
para eliminar la colinealidad entre las estadísticas de resumen, porque es probable que
estén correlacionadas (37, 46), utilizando la función princomp en R (47). Finalmente,
ajustamos un modelo de regresión logística múltiple (37) en el que la variable de
respuesta fue el modelo bajo el cual se simularon los datos y las variables explicativas
fueron los primeros cinco componentes principales. Este enfoque predijo qué escenario
era más probable que hubiera producido datos como los que observamos. Los detalles se
proporcionan en la sección S7. ajustamos un modelo de regresión logística múltiple (37)
en el que la variable de respuesta fue el modelo bajo el cual se simularon los datos y las
variables explicativas fueron los primeros cinco componentes principales. Este enfoque
predijo qué escenario era más probable que hubiera producido datos como los que
observamos. Los detalles se proporcionan en la sección S7. ajustamos un modelo de
regresión logística múltiple (37) en el que la variable de respuesta fue el modelo bajo el
cual se simularon los datos y las variables explicativas fueron los primeros cinco
componentes principales. Este enfoque predijo qué escenario era más probable que
hubiera producido datos como los que observamos. Los detalles se proporcionan en la
sección S7.
Ir:
Material suplementario
http://advances.sciencemag.org/cgi/content/full/2/4/e1501385/DC1
:
Haga clic aquí para ver.
Agradecemos a los revisores anónimos por proporcionar comentarios útiles.
Agradecemos a K. Mitchell, J. Tuke, N. Bean y MSY Lee por sus útiles discusiones y
comentarios críticos sobre el manuscrito. Agradecemos a B. O'Fallon por proporcionar el
programa Java para la trama demográfica y a los miembros de ACAD por su asistencia
general. Agradecemos a J. Quilter y S. Leblanc por proporcionar la muestra de Huaca
Prieta. También agradecemos a las siguientes organizaciones de Patrimonio Nacional que
entregaron permisos para recolectar, exportar y analizar especímenes antiguos: el
Ministerio de Cultura (ex Instituto Nacional de Patrimonio Cultural – INC) en Perú; el
Instituto Nacional de Arqueología, organismo especializado del Viceministro de Cultura de
Bolivia; la Universidad de Chile y el Museo Arqueológico, Universidad de Tarapacá, San
Miguel de Azapa, Arica, en Chile; los comités Consejo Arqueológico y Consejo Jurídico
del Instituto Nacional de Antropología e Historia (INAH) de México; y la Oficina de
Patrimonio Cultural del Ministerio de Educación de Argentina. Financiamiento: BL, LF-S.,
CS, DR, AC y WH reconocen la financiación del Australian Research Council
(DP1095782, DP130102158), el University of Adelaide Environment Institute, la Wenner-
Gren Foundation (SC-14-62), la Fundación Nacional de Ciencias de EE. UU. (HOMINID
BCS-1032255), los Institutos Nacionales de Salud de EE. UU. (GM100233) y el Instituto
Médico Howard Hughes para la generación de datos genéticos. Contribuciones de los
autores: BL, LF-S., AC y WH diseñaron los experimentos y análisis. BL y SMR diseñaron
el método de captura mitocondrial en ACAD. BL, LF-S., GV, NR, SN, CV y WH generaron
los datos genéticos. BL, L. F.-S., JS, SM, AR, SYWH y WH analizaron los datos. MIBR,
IFE, ETC, LWJ, KM, ISLR, JML, JABT, MAR, RLB, MCC, JR, RSW, GP, CMS y VGS
proporcionaron muestras arqueológicas. BL, LF-S., AC y WH escribieron el manuscrito,
con contribuciones de todos los coautores durante extensas revisiones. Conflictos de
intereses: los autores declaran que no tienen conflictos de intereses. Disponibilidad de
datos y materiales: Todos los datos genéticos antiguos utilizados para obtener las
conclusiones del documento están disponibles en el Centro Nacional de Información
Biotecnológica (números de acceso KU523264 a KU523350 y KP300790 a KP300794).
Se pueden solicitar a los autores datos adicionales relacionados con este artículo. T.,
MAR, RLB, MCC, JR, RSW, GP, CMS y VGS proporcionaron muestras arqueológicas. BL,
LF-S., AC y WH escribieron el manuscrito, con contribuciones de todos los coautores
durante extensas revisiones. Conflictos de intereses: los autores declaran que no tienen
conflictos de intereses. Disponibilidad de datos y materiales: Todos los datos genéticos
antiguos utilizados para obtener las conclusiones del documento están disponibles en el
Centro Nacional de Información Biotecnológica (números de acceso KU523264 a
KU523350 y KP300790 a KP300794). Se pueden solicitar a los autores datos adicionales
relacionados con este artículo. T., MAR, RLB, MCC, JR, RSW, GP, CMS y VGS
proporcionaron muestras arqueológicas. BL, LF-S., AC y WH escribieron el manuscrito,
con contribuciones de todos los coautores durante extensas revisiones. Conflictos de
intereses: los autores declaran que no tienen conflictos de intereses. Disponibilidad de
datos y materiales: Todos los datos genéticos antiguos utilizados para obtener las
conclusiones del documento están disponibles en el Centro Nacional de Información
Biotecnológica (números de acceso KU523264 a KU523350 y KP300790 a KP300794).
Se pueden solicitar a los autores datos adicionales relacionados con este artículo. Los
autores declaran que no tienen intereses en competencia. Disponibilidad de datos y
materiales: Todos los datos genéticos antiguos utilizados para obtener las conclusiones
del documento están disponibles en el Centro Nacional de Información Biotecnológica
(números de acceso KU523264 a KU523350 y KP300790 a KP300794). Se pueden
solicitar a los autores datos adicionales relacionados con este artículo. Los autores
declaran que no tienen intereses en competencia. Disponibilidad de datos y materiales:
Todos los datos genéticos antiguos utilizados para obtener las conclusiones del
documento están disponibles en el Centro Nacional de Información Biotecnológica
(números de acceso KU523264 a KU523350 y KP300790 a KP300794). Se pueden
solicitar a los autores datos adicionales relacionados con este artículo.