2/3/2021 Bioinformática NRC5174/2978 Prueba de Fin de Unidad II Práctica

Bioinformática NRC5174/2978 Prueba de

Fin de Unidad II Práctica
Puntos totales 20/20

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Cuál es el mejor modelo de evolución para el alineamiento múltiple? 2/2

HKY+G

GTR+G+I

K2+G

JC+I

Existe señal temporal en los datos? 3/3

No

Sí R cuadrado=0.94

Sí R cuadrado=0.83

Sí R cuadrado=0.38

https://docs.google.com/forms/d/e/1FAIpQLScFCgNVoDGeCbbKOjRDhZ5l9q58Y1OnyFB25sBoa1-B4RRsWw/viewscore?viewscore=AE0zAgD48d-c… 1/4
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Aunque los datos no tengan señal temporal, correr un análisis bayesiano 3/3
calibrando el árbol con la opción "use tip dates" de la pestaña "Tips".
Utilizando reloj molecular estricto, el mejor modelo de evolución para el
alineamiento y el tree prior "Bayesian skyline", Cuál es el ritmo de
evolución calculado? Utilizar unas sola corrida de 1 millon de MCMC.
Escoja la respuesta que más se aproxima al resultado que obtuvo

0.001 cambios por sitio por año

0.0005 cambios por sitio por año

1 cambio por sitio por año

0.004 cambios por sitio por año

Aunque no llegue a un número adecuado de ESS, elaborar un árbol, con 2/2

10% de burn-in, con los datos generados en la corrida de BEAST de 1
millón de MCMC. Con qué aislado se agrupa la secuencia KX518833?

KX518832

KX518837

KX518824

Ninguno de los anteriores

https://docs.google.com/forms/d/e/1FAIpQLScFCgNVoDGeCbbKOjRDhZ5l9q58Y1OnyFB25sBoa1-B4RRsWw/viewscore?viewscore=AE0zAgD48d-c… 2/4
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Cuál es el tamaño de las secuencias? 2/2

80-100

150

70-150

300

Existen adaptores? 2/2

Si, adaptores Nextera

No

Si, adaptores SOLID

Si, adaptores TruSeq

Después de deduplicar las lecturas y ensamblarlas, de qué tamaño es el 3/3

contig más grande? Elija la respuesta que más se acerque a su resultado

20 000 pb

1 200 000 pb

500 pb

300 000 pb

https://docs.google.com/forms/d/e/1FAIpQLScFCgNVoDGeCbbKOjRDhZ5l9q58Y1OnyFB25sBoa1-B4RRsWw/viewscore?viewscore=AE0zAgD48d-c… 3/4
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El segundo contig más grande (NODE_2) contiene el siguiente gen 3/3

Proteína de reparación Rad50

ARN ribosomal 16S

DNA methyltransferasa

Espaciador interno transcrito

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