Clases BioQ Supercap 1 Diapositivas 87-210

BIOMOLÉCULAS : Proteínas y estructura
RESUMEN CLASE ANTERIOR

-Estructura primaria es la secuencia de aminoácidos del polipéptido esta
condiciona cómo será la estructura 3D de la proteína.
-Estructura secundaria: Alfa hélice , Beta-Lamina, Aleatoria.
-Estructura terciaria: Globular o Fibrosa.
-Estructura cuaternaria: varias proteínas unidas. ¿Y el agua estructural?

-Desnaturalización…
-Grupos prostéticos
-Función
CÉSAR GODOY- UNIVALLE - QUÍMICA 87

Objetivos de la clase
- Explicar la razón del por qué las proteínas son entidades dinámicas.
- Comprender la importancia del agua en el plegado, la flexibilidad y en la estructura

de las proteínas.
- Enunciar la clasificación de una proteína según su/s grupo/s protético/s y entender

la respectivas definiciones.
- Entender el papel de la proteínas como catalizadores sui generis.
- Conocer y razonar sobre los aspectos fisicoquímicos que están implícitos en la

catálisis enzimática.

El agua es fundamental en el funcionamiento de las proteínas

- El agua solvata diferentes grupos de la enzima (estructural).
- El agua confiere flexibilidad a la estructura (lubricante).
- El agua permite el colapso hidrofóbico para el plegado espontáneo de proteínas**
Desnaturalizada
(desplegada)
Colapso
hidrofóbico
Nativa (plegada)
cadena lateral hidrofóbica Puente de hidrógeno Molécula de agua

http://www.exobiologie.fr/index.php/vulgarisation/chimie-vulgarisation/the-role-of-water-in-the-structure-and-function-of-biological-macromolecules/
El agua es fundamental en el funcionamiento de las proteínas

- El agua solvata diferentes grupos de la enzima (estructural).
- El agua confiere flexibilidad a la estructura (lubricante).
- El agua permite el colapso hidrofóbico para el plegado espontáneo de proteínas
El agua en la proteína cristalizada, se muestra en puntos rojos

(esta proteína tiene 516 moléculas de agua).
Desnaturalización y plegado

https://www.google.com.co/url?sa=t&rct=j&q=&esrc=s&source=web&cd=1&cad=rja&uact=8&ved=0ahUKEwi9kZ2cq8DWAhUBTiYKHYdPBwwQFggkMAA&url=http%3A%2F%2Fcmcd.hms.harvard.edu%2Factivities%2F_media%2Fbcmp201%2Flecture7.pdf%3Fid%3Dbcmp201%3Aclass&usg=AFQjCNFtQyk2vOuXY1dZoodX04jMMxV1Ow
BIOMOLÉCULAS : Enzimas
Las proteínas son entidades dinámicas
http://www.youtube.com/watch?v=iaHHgEoa2c8&feature=related
ATP- Sintetasa (Vista por fluorescencia...Nobel 2014)

Desnaturalización y plegado
Desnat.
Renat.

(re)naturalización y plegado

BIOMOLÉCULAS : Proteínas
Desnaturalización
-Por efecto de choque térmico

-Agentes químicos: Guanidina, Urea.
-Ruptura de puente –S-S- : DTT.
-Ácidos y Bases: Pérdida puentes salinos

Desnaturalización

Clasificaciones por grupo proStético

Cadena peptídica de una glicoproteína
R O R1 O R2 O
-Lipo- H2N NH NH
NH NH NH
-Glico- O CH3 O
CH2
O
HN O
-Fosfo- OH
O
-Hemo- OH
HO
OH OH
-Flavo- O
O O
-Metalo- HO O OH
OH OH

Clasificaciones por grupo proStético

Cadena peptídica de una glicoproteína Asparraginil
R O R1 O R2 O
-Lipo- H2N NH NH
NH NH NH
-Glico- O CH3 O O
HN O
-Fosfo- OH
O
-Hemo- OH
HO
OH OH
Enlace
N-glicosídico
-Flavo- O
O O
-Metalo- HO O OH
OH OH Un carbohidrato

Clasificaciones por grupo prostético

Asn • En azul el esquema de la
-Lipo- cadena peptídica unida a un
oligosacárido (un carbohidrato)
-Glico- a través de una asparragina
unida mediante un enlace N-
-Fosfo- Carbohidrato
glicosídico.
-Hemo- • La unión también podría dar a

través de una serina, en cuyo
-Flavo- caso la unión sería un enlace
O- glicosídico.
-Metalo-

Clasificaciones por grupo prostético

La parte “glico”, de glicoproteínas de las superficie del los
glóbulos rojos define el grupo sanguíneo
-Lipo-
-Glico-
-Fosfo-
-Hemo-
-Flavo-
-Metalo-

Funciones de las proteínas (alguna o varias de estas)

-Estructural.
-Catálisis.
-Transporte.
-Defensa.
-Movimiento.
-Hormonas.
-Macronutriente.

BIOMOLÉCULAS : Enzimología
Catalizadores biológicos (Enzimas): algunas definiciones

- Sustrato
- Sitio/Centro Activo: generalmente una cavidad en la superficie enzimática donde

sucede la catálisis.
- Capacidad catalítica (Turnover number)…después lo veremos.
- Nomenclatura: sufijo “asa” pero hay nombres comunes.

E --- S E+P
- E+ S

Clasificación
1. Oxidoreductasas.
2. Transferasas
3. Hidrolasas
4. Isomerasas
5. Liasas
6. Ligasas

Nomenclatura
E.C. 3. 1. 3. X
Hidrolasa Ester Tipo de Ester Origen enzima…
Especificidad de las enzimas
-Absoluta (ej. Ureasa) ( NH2)2C=O + H2O → CO2 + 2NH3
-De grupo (ej. Hexoquinasa)
-De isómero (ej. Solo L-alfa-aa)

Enzimas y sus propiedades catalíticas envidiables
 Alta actividad en condiciones suaves de reacción

 Especificidad
 Selectividad
 ∆H ~ pequeños
A B A’ A’’ A’’’
Enzimas
C D pH 7,0 / 1 atm B C D
medio acuoso

Enzimas y algunas oportunidades de mejora
Catalizadores inestables
Inhibición por substratos y productos
Substratos naturales
Condiciones fisiológicas
Catalizadores minoritarios
Catalizadores solubles

Catalizadores biológicos (Enzimas):

“I think that enzymes are molecules that are
complementary in structure to the activated
complexes of the reactions that they catalyze, that is,
to the molecular configuration that is intermediate
between the reacting substances and the products of
reaction for these catalyzed processes. The attraction
of the enzyme molecule for the activated complex
would thus lead to a decrease in its energy and hence
to a decrease in the energy of activation of the
reaction and to an increase in the rate of reaction.”
Linus Pauling
Nature 161(1948):707
https://en.wikipedia.org/wiki/Linus_Pauling#/media/File:LinusPaulingGraduation1922.jpg
Interacciones enzima – sustrato: formando complejo ES
Acercamiento
“Bolsillo” donde se quemi-adsorbe

el sustrato
Interacciones enzima – sustrato: las fuerzas intermoleculares
de la adsorción.
En la gráfica se muestran los enlacesd de hidrógeno entre la enzima y sus sustrato

de la adsorción.
En la gráfica se muestran ahora las interacciones hidrofóbicas

de la adsorción.
Todas las interacciones (sin mostrar la cadenas laterales de la proteína)

Mecanismo catalíticos y estereoselectividad

https://goo.gl/images/Kietci
Mecanismo catalíticos
Catálisis por proximidad

La catálisis
ocurre
en el Por tensión
centro/sitio
Mecanismos catalíticos
generales activo Ácido- Base
Catálisis covalente

Por tensión
Ácido- Base

"Enzyme structure" by Thomas Shafee - Own work. Licensed under CC BY-SA 4.0 via Wikimedia Commons - http://commons.wikimedia.org/wiki/File:Enzyme_structure.png#/media/File:Enzyme_structure.png

˪ Tunneling de protón
Por tensión
generales Ácido- Base

Catálisis enzimática por tensión

Catálisis enzimática en parte por tensión
Pu J , Karplus M PNAS 2008;105:1192-1197

Catálisis enzimática ácido-base

Mecanismos: catálisis enzimática covalente
• En la siguiente diapositiva se observa el ciclo catalítico de una serina

hidrolasa** (específicamente una esterasa) esta enzima presenta un
mecanismo covalente (el sustrato se une covalentemente a la enzima
durante el ciclo) pero también tienen el mecanismo de ácido base.
• En la enzima hay una triada catalítica, cadenas laterales de Asp+ His+

Ser; nótese que otras cadenas laterales contribuyen a estabilizar el
sustrato e intermediarios mediante puentes de hidrógeno.
** Más detalles sobre ste tipo de enzimas en : http://www.nature.com/scitable/topicpage/enzyme-catalysis-the-serine-proteases-14398894

Triada Catalítica
PROTEÍNAS
BIOMOLÉCULAS
Una enzima : un
(esterasa) catalizando Enzimas
hidrólisis de un
o -
ester +
Catálisis covalente Formación-
estabilización del
intermediario
Interesantes detalles del mecanismo (léanlo): tetraédrico 1.
http://guweb2.gonzaga.edu/faculty/cronk/CHEM440pub/catalytic-triad.html
Ácido carboxílico
Grupo saliente
o-
Nucleófilo
Formación-
estabilización del
intermediario CÉSAR GODOY- UNIVALLE - QUÍMICA 121
tetraédrico 2.
Triada Catalítica
PROTEÍNAS
BIOMOLÉCULAS
Una enzima : un
(esterasa) catalizando Enzimas
hidrólisis de un
o -
ester +
Catálisis covalente Formación-
estabilización del
intermediario
tetraédrico 1.
Ácido carboxílico
Grupo saliente
o-
Nucleófilo
Formación-
estabilización del
intermediario CÉSAR GODOY- UNIVALLE - QUÍMICA 122
tetraédrico 2.
Resumen clase anterior
• La proteínas son polipétidos (>30 aa) que tienen una estructura 3D

definida: núcleo y superficie. Esta estructura 3D depende de la secuencia
de aa.
- Las proteínas son moléculas estructuradas pero altamente dinámicas.
- Las enzimas (E)son los catalizadores biológicos por excelencia.
 Se clasifican en 6 grupos principales de acuerdo al tipo general de reacción

que catalizan.
 Las enzimas tienen alto potencial como catalizador “verde” pues funcionan en
condiciones de reacción suaves.
 Pueden tener selectividades diferentes puede ser absoluta, o de grupo y/o

específicas a ciertos isómeros.
Biocatálisis: consideraciones energéticas
Reacción sin catalizar
76kJ
nombre cada magnitud de ΔE
S‡
Energía Ej. Catalasa=76sin- 30cat kJ/mol
ES‡
E+S
ignorado
ES EP por M&M
E+P
Coordenada de reacción (x,y,z)

E+S E --- S E+P
Factores que afectan la velocidad de reacción enzimática
- Temperatura
- pH y relación con curvas de distribución de especies
¿ Por qué?

E+S E --- S E+P
- Temperatura
- pH
- [E]
- [S]
¿ Por qué?

k1 kcat
E+S k2 E --- S E+P

- [E]
- [S]
km= k2+ kcat

k1

Modelo de Michaelis-Menten
E+S E --- S E+P
¿Qué pasa a…
mayor km?
menor km?

k1 kcat
E+S E --- S E+P
k2
km
km= (kcat+k2)/k1
Cuando [S]o =km
La mitad de
moléculas
de E están
¿Qué pasa a… unidas a S
mayor km?
menor km ?
k1 kcat
E+S E --- S E+P
k2
Linealización
Lineweaver-Burk

k1 kcat
E+S E --- S E+P
k2
Linealización
Linewaeaver-Burk
Taller: Averiguar linealización

CÉSAR GODOY- UNIVALLE - QUÍMICA Eadie-Hofstee 131
k1 kcat
E+S E --- S E+P
k2
Taller: demuestre que Km se halla

a ½ de Vmax.
km
Linealización
Enzima Sustrato km [M]

Hexoquinasa Glucosa 1,5 x10 -4
(=) Fructosa 1,5 x 10-3
¿Cuál es más “afín” para la enzima?
Aplicaciones en química analítica para biosensores más sensibles

Biocatálisis: del “no ser” al “ser”.
…EJERCICIO

http://sandwalk.blogspot.com.co/2014/07/finding-perfect-enzyme.html
Biocatálisis: del “no ser” al “ser”.

http://sandwalk.blogspot.com.co/2014/07/finding-perfect-enzyme.html
Terminología enzimática I (continuación)
Eficiencia catalítica: indica el cambio de la velocidad de la reacción respecto a
concentraciones de sustrato bajas y es igual a kcat/km ; ¿Qué pasa si KD tiende a
cero?

Terminología enzimática I
Constante catalítica según definición, kcat = Vmax / [E]0 ¿Unidades?
Número de recambio (turnover number) = kcat /número de sitios activos por enzima
(Si el número de sitios activos por enzima = 1; kcat = Numero de recambio.)

Regulación de proteínas o enzimas ¿Por qué es necesaria?
Irreversibles
Caso especial: Competitivos
inhibidores
Reversibles No competitivos
Competitivo mixto
Acompetitivo

Inhibición por producto: existe
Si son reacciones en equilibrio E + S E+ P
El/Los productos pueden inhibir la reacción

pero esto no lo contempla M&M:
Vn
V0 Vn+1
[P]
Para M&M se debe medir la actividad en tiempos
iniciales para obtener valores de V constantes (V0); o
sea donde [S]0 >>> [S]eq y [P]≈ 0.
t
Competitivos mixtos: caso general
KI K’I
KI ≠ K’I

Regulación de reacciones enzimáticas: Inhibidores reversibles
Competitivos mixtos
V
Decrece Vmax y cambia km
[S]
Km Kmi

Competitivos
COO-
COO-
COO- I
I
I HCH
Desuccinasa CH
HCH I
II Fumarato
I HCH
CH
COO- I FAD FADH2 I
Malonato COO-
COO-
V
Km Kmi Kmi
Vmax
aumenta concentración de inhibidor

½ Vmax
Aumenta km
Vmax no cambia
CÉSAR GODOY- UNIVALLE - QUÍMICA [S] 142
Competitivos

Acompetitivo
V
Kmi
Decrecen Vmax y km
[S]
Km
El inhibidor de este tipo sólo se une al complejo enzima sustrato

Acompetitivos
El inhibidor sólo se une a E-S

No competitivo
V
Km= Kmi
Sólo decrece Vmax
[S] KI = K’I
El inhibidor de este tipo se une con igual afinidad a la enzima bien sea
que esté o no el sustrato presente

Resumen de inhibición enzimática
Tipo de inhibición km Vmax
Competitiva Aumenta Igual

Competitiva mixta Aumenta Disminuye
No competitiva Igual Disminuye
Acompetitiva Disminuye Disminuye
Irreversible ¿? ¿?

Irreversible
Tripsina
V
t1
t2
t3
[S]
Fundamento de la acción de Penicilina: Ej. Acetilcolinaesterasa (ACHE)

https://www.youtube.com/watch?v=JZPo_iXiGuA

Regulación alostérica de proteínas
¿Cual es el mecanismo que explica cómo “encaja” el sustrato en la enzima…?
1) MODELO DEL AJUSTE INDUCIDO
Modelo de Koshland, Nemethy y Filmer.

https://www.mun.ca/biology/scarr/Induced-Fit_Model.html
Ajuste inducido para la hexoquinasa

"Hexokinase induced fit" by Thomas Shafee - Own work. Licensed under CC BY-SA 4.0 via Wikimedia Commons - http://commons.wikimedia.org/wiki/File:Hexokinase_induced_fit.png#/media/File:Hexokinase_induced_fit.png
2) MODELO DE LA SELECCIÓN CONFORMACIONAL (Monod, Wyman y Changeux).
Ejemplo:
Regulación de
la
glucaminasa
http://www.youtube.com/watch?v=uRbdpYEagbs
Regulación alostérica de proteínas (o enzimas)
El Modelo se la selección
conformacional parece más
extendido en la naturaleza: (R) (Restabilizado)
Nótese que en este ejemplo tanto el

regulador alostérico (+) o activador
como el regulador alostérico Estabilización de
confórmeros T y R,
negativo (-) o inhibidor, se unen a por inhibidor
y activador.
una superficie diferente de la del
sitio activo (o sitio ortostérico).
Video de refuerzo:
https://www.youtube.com/watch?v=nID_kPXh (T) (Testabilizado)
AUE.
Temas expo:
1.Modelo de la Morpheein (drug discovery)
2. Alostería y descubrimiento de drogas.
Regulación alostérica de proteínas: cinética
Efecto cooperativo del sustrato
V2
V1
¡Esta curva no se
ajusta al modelo
de M & M!
Zona de latencia

Resumen
- Las enzimas presentan inhibición por productos y por inhibidores Competitivos, Competitivos
mixtos, No competitivos, Acompetitivos e Irreversibles. Las gráficas de Michaelis- Menten
permiten determinar el tipo de inhibición.
- La importancia de la flexibilidad de las proteínas se ve reflejada en los diferentes

confórmeros que pueden presentar; c/u presenta diferentes afinidades por sus ligandos
(reguladores) según el modelo de la selección conformacional. Este mecanismo explica la
manera en que se regula la actividad biológica de una proteína, esto es, cuándo, cómo, donde
y qué tanto de esta se tendrá de acuerdo a las condiciones particulares del ser vivo.
- Las proteínas/enzimas pueden presentar dominios autorregulatorios, o dominios donde

actúan reguladores alostéricos (positivos ó negativos) que estabilizan cierta conformación (T
ó R) modulando la función biológica de la proteína. Estos lugares suelen encontrarse en
dominios diferentes al catalítico.
- Los reguladores alostéricos podrían ser inclusive sustratos o productos de la enzima

(homotrópicos), aunque por lo general se suele tratar de sustancias que no participan en la
reacción catalizada por la enzima (heterotrópicos).

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RESUMEN CLASE ANTERIOR

-Estructura secundaria: Alfa hélice , Beta-Lamina, Aleatoria.

-Estructura terciaria: Globular o Fibrosa.

-Estructura cuaternaria: varias proteínas unidas. ¿Y el agua estructural?

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- Comprender la importancia del agua en el plegado, la flexibilidad y en la estructura

- Enunciar la clasificación de una proteína según su/s grupo/s protético/s y entender

- Entender el papel de la proteínas como catalizadores sui generis.

- Conocer y razonar sobre los aspectos fisicoquímicos que están implícitos en la

CÉSAR GODOY- UNIVALLE - QUÍMICA 88

El agua es fundamental en el funcionamiento de las proteínas

CÉSAR GODOY- UNIVALLE - QUÍMICA 89

El agua es fundamental en el funcionamiento de las proteínas

El agua en la proteína cristalizada, se muestra en puntos rojos

CÉSAR GODOY- UNIVALLE - QUÍMICA 91

CÉSAR GODOY- UNIVALLE - QUÍMICA 93

CÉSAR GODOY- UNIVALLE - QUÍMICA 94

CÉSAR GODOY- UNIVALLE - QUÍMICA 95

-Por efecto de choque térmico

CÉSAR GODOY- UNIVALLE - QUÍMICA 96

CÉSAR GODOY- UNIVALLE - QUÍMICA 97

Clasificaciones por grupo proStético

CÉSAR GODOY- UNIVALLE - QUÍMICA 98

Clasificaciones por grupo proStético

CÉSAR GODOY- UNIVALLE - QUÍMICA 99

Clasificaciones por grupo prostético

-Hemo- • La unión también podría dar a

CÉSAR GODOY- UNIVALLE - QUÍMICA 100

Clasificaciones por grupo prostético

CÉSAR GODOY- UNIVALLE - QUÍMICA 101

Funciones de las proteínas (alguna o varias de estas)

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Catalizadores biológicos (Enzimas): algunas definiciones

- Sitio/Centro Activo: generalmente una cavidad en la superficie enzimática donde

- Capacidad catalítica (Turnover number)…después lo veremos.

- Nomenclatura: sufijo “asa” pero hay nombres comunes.

CÉSAR GODOY- UNIVALLE - QUÍMICA 103

CÉSAR GODOY- UNIVALLE - QUÍMICA 104

Especificidad de las enzimas

-Absoluta (ej. Ureasa) ( NH2)2C=O + H2O → CO2 + 2NH3

-De grupo (ej. Hexoquinasa)

-De isómero (ej. Solo L-alfa-aa)

Enzimas y sus propiedades catalíticas envidiables

 Alta actividad en condiciones suaves de reacción

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Enzimas y algunas oportunidades de mejora

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Catalizadores biológicos (Enzimas):

“Bolsillo” donde se quemi-adsorbe

En la gráfica se muestran los enlacesd de hidrógeno entre la enzima y sus sustrato

En la gráfica se muestran ahora las interacciones hidrofóbicas

Todas las interacciones (sin mostrar la cadenas laterales de la proteína)

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Catálisis por proximidad

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Catálisis por proximidad

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Catálisis por proximidad

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Catálisis enzimática por tensión

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