Cuando ingresamos al museo de santo domingo podemos observar el artesonado que constituye de 3000 piezas de madera de cedro traídas de centro América, y construida con la técnica del machimbrado (el machimbrado era una técnica árabe que consistía en unir piezas hembra y macho a presión). También podemos encontrar azulejos sevillanos (los azulejos trataban del año 1604 y de 1606 y son azulejos sevillanos mas antiguos que hay en la ciudad de lima que esos fueron construidos en los talleres de juan garrido y Hernando Ballanares. Ahí podíamos encontrar una variedad de elementos, como elementos grecorromanos, geométricos y religiosos. También sobre los azulejos se encuentran lienzos, en total eran 36 que narra la vida de santo domingo de guzmán fueron hechas también en el año de 1609. También podemos encontrar en cada esquina unos retablos posicionales y en cada retablo narra la vida de Jesús. También la casa religiosa cuenta con una gran colección de libros y es la más grande, que tiene un aproximado de 25mil libros de diferentes materias, que la mayoría era religioso, algunos fueron dobladas al quechua, con el fin de hacer conocer la religión a la gente indígena, también podemos encontrar la capilla de santa rosa, en los cuales se trabajó bastante en la restauración. Encontramos también el segundo claustro, en el cual los religiosos se reunían para meditar, para reflexionar y para orar, es un claustro del siglo 18, en el segundo nivel podemos observar una influencia de los árabes por que se mostraban arcos trilobulados. El coro esta constituido por 81 asientos y 49 imágenes las que reflejan a los diferentes santos y mártires de toda la horra, en el medio podemos observar a san Francisco de asís y santo domingo de guzmán dándose un abrazo fraterno, también podíamos apreciar en la mitad el libro de canticos gregorianos.