Uso de la genómica en producción animal

El genoma es el conjunto de toda la información genética de cada organismo (DNA), a

pesar que el genoma de los individuos de una especie es casi idéntico, no todos los
individuos son iguales. Por ejemplo en los humanos hay solo 0.1% de diferencia entre 2
individuos del mismo sexo y eso es suficiente para ver distinciones en color de piel, ojos,
tipo de pelo, talla; así como susceptibilidades o resistencias a enfermedades. Hay
variaciones que determinan diferencias físicas, fisiológicas, metabólicas y también de
respuestas a factores del medio ambiente como temperatura, hipoxia, nutrición, fármacos.
tóxicos y patógenos. El genoma de los mamíferos (incluyendo humanos y especies
ganaderas) consta de alrededor de 3 mil millones de bases nucleotídicas y entre 20 a 25
mil genes y se calcula que existen al menos 1 millón de marcadores genéticos
potenciales, repartidos en todas las regiones del genoma. Un marcador de DNA es una
variante (o mutación) que se encuentran en los cromosomas de algunos individuos, de tal
manera que sirven como post-its moleculares que permiten seguir una región
cromosómica a través de diferentes generaciones y para buscar asociación con
caracteres en estudio.
La cosegregación o asociación de un carácter con un marcador es indicativo que la
mutación responsable del carácter está físicamente en un segmento muy cercano en el
mismo cromosoma, descartando prácticamente la búsqueda del 99% del genoma y
reduciéndola a pocos millones de bases. A esta región cromosómica, todavía
indeterminada, que contiene un gen por descubrir se le llama locus (pl. loci). Los genes,
loci y marcadores tienen la misma posición en los cromosomas de todos los individuos de
la especie, de tal manera que se construye un mapa cromosómico para ir ordenándolos y
facilitar el estudio sistemático así como ubicar a los nuevos genes y marcadores que se
vayan identificando. Existen diferentes tipos de marcadores y los mas usados son los
microsatélites (generalmente variación en repeticiones de unidades de di-, tri-, tetra- o
pentanucleótidos en tándem), SNPs (polimorfismos por mutaciones de una sola base) que
puede acomodarse para analizar miles de muestras a la vez en microchips. El estudio de
microsatélites y SNPs se ha popularizado debido a la accesibilidad de la técnica del PCR
(reacción en cadena de la polimerasa) en la mayor parte de laboratorios de genética y
biología molecular.
Los avances de la genética molecular, biotecnología y genómica ya están mostrando
logros impresionantes en las ganaderías ovinas, caprinas, bovinas, porcinas, etc.,
generando nuevos parámetros racionales (genes, marcadores y mapas genéticos) para
su mejora genética por medio de la identificación de genes y loci que como QTLs, tienen
efectos importantes en los fenotipos productivos. Ya se han establecido librerías
genómicas y programas genoma con presupuestos de millones de dólares para poder
secuenciar al menos los genes y loci más importantes para identificar las variantes que
puedan servir para el mejoramiento genético. En una librería genómica se simplifica el
análisis del estudio porque se segmenta los cromosomas (de varios cientos de millones
de bases) en segmentos de 150,000 a 300,000 bases, que son más manejables para el
análisis de laboratorio, sobre todo si ya se ubicó al gen o locus interesante.
La Genómica se define como la rama de la genética que se ocupa del estudio integral del
funcionamiento, contenido, evolución y origen de los genomas. La obtención de
información en profundidad de la secuencia genómica de la mayoría de mamíferos y su
análisis nos permitirían entender las variaciones genómicas relacionadas con
determinados fenotipos, entre los que se incluyen susceptibilidad genética a las
enfermedades, caracteres económicos e incluso la respuesta genética a determinados
fármacos
El chip de SNPs ovino de 50K Paralelamente a la elaboración del chip de SNPs de 1.5K,
surgen las técnicas de secuenciación de segunda generación. La aparición de estas
técnicas hizo que, como se ha dicho en el apartado anterior, se incrementasen los
rendimientos y que los tiempos y costes de secuenciación disminuyesen, lo que permitió
pasar de un genoma virtual de la oveja a un genoma real. El objetivo era obtener un
genoma real de baja cobertura (3x) que permitiese generar un chip de SNPs de 50K. Para
su elaboración se secuenció a una cobertura 0,5x el genoma de seis animales
pertenecientes a las razas Awassi, Merino Australiano, Poll Dorset, Romney, Scottish
Black Face y Texel, utilizando la técnica de secuenciación de segunda generación Roche
454 FLX, basada en pirosecuenciación. Las secuencias obtenidas fueron alineadas frente
al genoma bovino y se reorganizaron utilizando el genoma virtual de la oveja. La
utilización de estos chips de SNPs en las distintas especies domésticas permite a los
científicos realizar estudios de asociación en todo el genoma a un relativo bajo coste,
hecho que habría sido impensable con la utilización de los marcadores tradicionales. El
éxito de la utilización de estos arrays reside en el hecho de que presentan una fuerte
capacidad de procesamiento en paralelo, miniaturización y una notable capacidad de
automatización (Eggen, 2012). En el caso del ganado ovino, el chip de SNPs de 50K se
utilizó por primera vez en el proyecto internacional Sheep Hapmap, coordinado por el
ISGC. En él se genotiparon un total de 2.819 animales de 74 razas ovinas (Kijas et al.,
2012). En los últimos años, varios estudios han sido publicados demostrando la
efectividad del uso del chip de 50K en el ganado ovino: -
para el mapeo de mutaciones causales en enfermedades genéticas mediante la utilización
de un número reducido de casos y controles (Becker et al., 2010; Momke et al., 2011), -
para el mapeo de loci relacionados con caracteres cuantitativos (QTL) (García Gamez et
al., 2011; García-Gamez et al., 2012a)
para la caracterización de la estructura de la población, así como para documentar mejor
y entender la evolución de las distintas especies domésticas
Las evaluaciones genéticas tradicionalespara ganado vacuno han provisto de una gran
cantidad de información productiva, reproductiva y de algunas enfermedades a los
programas de mejoramiento genético para producción, tipo y características de
conformaciónen los animales. Estas evaluaciones se han basado en los registros
productivos y en el pedigrí (registros genealógicos), seleccionando animales
sobresalientes o con merito genético capaces de producir eficientemente y transmitir
su potencial genético a su descendencia. Sin embargo debido al tiempo que requiere
llevar estos registros, estos son costosos y llevan mucho tiempo, pues es
necesariopara una evaluación genética por prueba de progenie el medir las
características productivas de las hijas y colectar datos suficientes para una mayor
precisión al momento de hacer la evaluación para la estimación del valor de cría. Con el
advenimiento de la tecnología y los micro arreglos de alta densidad(chips
genómicos), actualmente se encuentran disponibles diferentes plataformas para
lagenotipificación de miles de marcadores moleculares SNP’s simultáneamente que
unidos a las evaluaciones genéticas tradicionales permitirán elevar la precisión de los
valores genéticos de animales superiores con una confiabilidad del 75% para
animales muy jóvenes, disminuyendo costos de producción de toros para venta de
semen probado y de las evaluaciones genéticas sobre todo en machos y hembras
jóvenes Las evaluaciones genómicas poseen ventajas frente a las evaluaciones
genéticas tradicionales, entre las cuales están: el incremento en la intensidad de la
selección por el aumento en el número de animales en prueba con los
mismos recursos económicos y el permitir el mejoramiento genético y la selección de
características de baja heredabilidad con mejores precisiones y resultados. Todo esto
hace posible hacer mejoramiento de caracteres funcionales que bajo un sistema de
selección tradicional mostrarían progresos genéticos bajos.
Las ventajas que presentan las evaluaciones basadas en datos de chips de alta
densidad frente a las evaluaciones tradicionales se
basan en la disminución del tiempo de las pruebas, el aumento en la intensidad de
selección, la mayor exactitud de evaluación a temprana edad y un
menor intervalo generacional seleccionando toros en menos tiempo que lo que se
demora una prueba de progenie, aunque posterior a la utilización de dichos toros
genómicos son igualmente evaluados y corroborados sus valores genéticos por la
utilización de los datos de su progenie.

https://revistas.unisucre.edu.co/index.php/recia/article/view/460/506

TESIS%20AROA%20SUÁREZ%20VEGA%20I.pdf
publication/328809789_Aplicacion_de_la_Genetica_molecular_en_la_Produccion_Animal

http://www.fao.org/3/a1250s/a1250s18.pdf