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Instrucciones de uso
Tabla de contenido
1. Descripción
El kit múltiple 1copy ™ COVID-19 qPCR proporciona reactivos para RT-PCR en tiempo real para la detección de
SARS-CoV-2, específicamente dirigido al gen E (sobre) y al gen RdRp (ARN polimerasa dependiente de ARN) para
SARS-CoV- 2 en hisopo nasofaríngeo, hisopo nasal anterior, hisopo nasal medio turbinado y hisopo orofaríngeo, así
como muestras de lavado / aspirado nasofaríngeo y aspirado nasal.
2. Uso previsto
1copy ™ COVID-19 qPCR Multi Kit es una prueba de RT-PCR en tiempo real destinada a la detección cualitativa de ácido nucleico del
SARS-CoV-2 en muestras nasofaríngeas, orofaríngeas, nasales anteriores, torunda nasal media, así como lavado nasofaríngeo / aspirado y
muestras de aspirado nasal recogidas de individuos sospechosos de COVID-19 por su proveedor de atención médica. Las pruebas se limitan
a los laboratorios certificados bajo las Enmiendas de Mejoramiento del Laboratorio Clínico de 1988 (CLIA), 42 USC §263a, para realizar
pruebas de alta complejidad. Los resultados son para la identificación del ARN del SARS-CoV-2. El ARN del SARS-CoV-2 es generalmente
detectable en muestras de las vías respiratorias superiores durante la fase aguda de la infección. Los resultados positivos son indicativos de la
presencia de ARN del SARS-CoV-2; La correlación clínica con el historial del paciente y otra información de diagnóstico es necesaria para
determinar el estado de infección del paciente. Los resultados positivos no descartan infección bacteriana o coinfección con otros virus. El
agente detectado puede no ser la causa definitiva de la enfermedad. Los laboratorios dentro de los Estados Unidos y sus territorios deben
informar todos los resultados positivos a las autoridades de salud pública correspondientes. Los resultados negativos no excluyen la infección
por SARS-CoV-2 y no deben usarse como la única base para las decisiones de manejo del paciente. Los resultados negativos deben
combinarse con observaciones clínicas, antecedentes del paciente e información epidemiológica. Los laboratorios dentro de los Estados
Unidos y sus territorios deben informar todos los resultados positivos a las autoridades de salud pública correspondientes. Los resultados
negativos no excluyen la infección por SARS-CoV-2 y no deben usarse como la única base para las decisiones de manejo del paciente. Los
resultados negativos deben combinarse con observaciones clínicas, antecedentes del paciente e información epidemiológica. Los laboratorios
dentro de los Estados Unidos y sus territorios deben informar todos los resultados positivos a las autoridades de salud pública correspondientes. Los resultados neg
El kit múltiple 1copy ™ COVID-19 qPCR está diseñado para ser utilizado por personal calificado de laboratorio clínico
específicamente instruido y capacitado en las técnicas de PCR en tiempo real y in vitro
Procedimientos de diagnóstico. 1copy ™ COVID-19 qPCR Multi Kit es solo para uso bajo la Autorización de Uso de Emergencia de la
El 1copy ™ COVID-19 qPCR Multi Kit es una prueba de reacción en cadena de la polimerasa de transcripción inversa en tiempo real
(rRT-PCR). El conjunto de cebadores y sondas SARS-CoV-2 está diseñado de acuerdo con la "Guía provisional de la OMS para pruebas de
laboratorio para el nuevo coronavirus 2019 (2019-nCoV) en humanos". Este kit está basado en la tecnología de PCR fluorescente en tiempo
real de la sonda TaqMan. Las muestras de las vías respiratorias superiores (hisopos nasofaríngeos, orofaríngeos, nasales anteriores y
midturbinate, lavado / aspirados nasofaríngeos y muestras de aspirados nasales) se extraen utilizando el mini kit QIAamp Viral RNA Mini Kit
RNA mini (QIAgen). Después de la extracción, el ácido nucleico purificado primero se transcribe inversamente en ADNc mediante
transcriptasa inversa, y luego se amplifica posteriormente mediante ADN polimerasa Taq en el instrumento rRT-PCR. En la amplificación por
PCR, el 5 ' La actividad de la nucleasa de la ADN polimerasa Taq provoca la degradación de la sonda TaqMan, lo que hace que el colorante
indicador se separe del colorante apagador, generando una señal fluorescente. La intensidad de fluorescencia se controla en cada ciclo de
PCR mediante el instrumento rRT-PCR: detección cualitativa del canal FAM del gen E del SARS-CoV-2 en la mezcla de ensayo del gen E
(primer pocillo) y el gen RdRp del SARS-CoV-2 en la mezcla del ensayo del gen RdRp ( segundo pozo) y detección del canal rojo de Texas de
control positivo interno (gen GAPDH humano) en la mezcla de ensayo del gen E (primer pozo). El kit utiliza enzimas dUTP y UNG para evitar
la contaminación de los productos de amplificación. Detección cualitativa del canal FAM del gen E del SARS-CoV-2 en la mezcla de ensayo
del gen E (primer pocillo) y gen RdRp del SARS-CoV-2 en la mezcla del ensayo del gen RdRp (segundo pocillo), y detección del canal rojo
Texas del control positivo interno (humano Gen GAPDH) en la mezcla de ensayo del gen E (primer pocillo). El kit utiliza enzimas dUTP y UNG
para evitar la contaminación de los productos de amplificación. Detección cualitativa del canal FAM del gen E del SARS-CoV-2 en la mezcla de ensayo del gen E (p
Mezcla de ensayo del gen E (primer pocillo) Mezcla de ensayo del gen RdRp (segundo pocillo)
Objetivo Canal Objetivo Canal
Gen E FAM
Gen RdRp FAM
GAPDH Texas Red
· Consejos de filtro
· 0,5 ㎖ o 0.2 ㎖ Tubos de PCR o placas de PCR de 96 pocillos compatibles con las instrucciones del fabricante del instrumento de
PCR
· 1,5 ㎖ microtubos
· Película de sellado
· Mini centrífuga (0.2 ㎖ / 0,5 ㎖ tubos, 10.000 rpm) o centrífuga de mesa (microcentrífuga de 1,5 ml y centrífuga de
placa de 96 pocillos) con rotor para 0,2 ㎖ / 0,5 ㎖ tubos de reacción (capaces de alcanzar 10,000 rpm), vórtice
· Recolección de muestras y tampón de conservación de muestras (Puritan UniTranz-RT 3 ㎖ Vial lleno con hisopos
367))
· Light Cycler 480 (Roche, número de producto 05015278001, versión de software 1.5)
· Rotor-Gene Q 5plex HRM (Qiagen, número de producto 9001580, versión de software 2.3.4)
· Applied Biosystems Quantstudio5 (Thermo Fisher Scientific, número de producto A28134, versión de software 1.4.3)
· Sistema de instrumentos de PCR en tiempo real Applied Biosystems 7500 (Thermo Fisher Scientific, producto No. 4345241,
versión de software 2.0.6)
· Sistema de detección de PCR en tiempo real CFX96 ™ (BIO-RAD, número de producto 1854095-IVD, software Bio-Rad
CFX Maestro versión 1.1)
7. Advertencias y precauciones
· La ley federal restringe la venta de este dispositivo a un profesional con licencia o por orden de este.
· 1copy ™ COVID-19 qPCR Multi Kit es para in vitro uso diagnóstico solamente.
· Siga las precauciones estándar. Todas las muestras de pacientes deben considerarse potencialmente infecciosas y manipularse en
consecuencia.
· No coma, beba, fume, aplique cosméticos ni manipule lentes de contacto en áreas donde se manipulan reactivos y
muestras humanas.
· Maneje todas las muestras como si fueran infecciosas utilizando procedimientos de laboratorio seguros. Consulte las Directrices
provisionales de bioseguridad de laboratorio para el manejo y procesamiento de muestras asociadas con 2019-nCoV
https://www.cdc.gov/coronavirus/2019-nCoV/lab-biosafety-guidelines.html.
Deseche los materiales peligrosos o biológicamente contaminados de acuerdo con las prácticas de su institución.
· Lea atentamente el prospecto antes de la operación 1copy ™ COVID-19 qPCR Multi Kit es solo para uso de emergencia con
receta médica, como in vitro prueba de diagnóstico. Cada paso de la operación, desde la recolección de muestras, el
almacenamiento y el transporte, y las pruebas de laboratorio, deben realizarse estrictamente de acuerdo con las regulaciones
de bioseguridad y la gestión de laboratorio molecular.
· Los resultados falsos positivos y falsos negativos pueden ser causados por la mala calidad de la muestra, la recolección
inadecuada de la muestra, el transporte inadecuado, el procesamiento incorrecto del laboratorio o una limitación de la tecnología de
prueba. El operador debe comprender los principios de los procedimientos, incluidas sus limitaciones de rendimiento, antes de la
operación para evitar posibles errores.
· Se requieren áreas de laboratorio separadas, dedicadas a realizar procedimientos predefinidos del ensayo. a) 1.a área:
área de preparación: prepare el reactivo de prueba: b) 2.a área: procesamiento de muestras: procese la muestra y los
controles: c) 3.a: área de amplificación: PCR realizada.
· Todos los materiales usados en un área deben permanecer en esa área y no deben moverse ni usarse en otras áreas. Después de los
procedimientos de ensayo, el banco de trabajo y los suministros de laboratorio deben limpiarse y desinfectarse de inmediato.
· Todo el contenido de este paquete está preparado y validado para el propósito de prueba previsto. El reemplazo de
cualquiera de los contenidos del paquete afectará el rendimiento de la prueba del kit. Los componentes contenidos en un kit
están diseñados para usarse juntos. No mezcle componentes de diferentes lotes de kits.
· Este producto está destinado solo para uso profesional y debe ser utilizado por personal de laboratorio clínico específicamente
capacitado en las técnicas de PCR en tiempo real y in vitro procedimientos de diagnóstico para uso en muestras clínicas.
· Descongele los componentes necesarios justo antes de usarlos y vuelva a colocarlos rápidamente en el congelador después de usarlos.
· Deseche los reactivos no utilizados, los desechos y el control de acuerdo con las normas y pautas de seguridad del laboratorio.
· Asegúrese de depositar muestras con la pipeta directamente en la mezcla de reacción en tubos de PCR. No deposite muestras
con la pipeta en la placa interior de la pared del pozo. Las placas deben sellarse inmediatamente después de la adición de la
muestra. Siguiendo el protocolo de amplificación, las placas de PCR deben colocarse en una bolsa de plástico sellable para
autoclavar y descontaminar.
· Asegúrese de no introducir espuma o burbujas en los tubos al dividir en alícuotas la mezcla de reacción de ácido
nucleico. Todas las placas de PCR deben sellarse antes de la centrifugación y posterior carga en el termociclador para
evitar posibles fugas y contaminación.
· Todos los suministros y bancos de trabajo de laboratorio deben limpiarse y desinfectarse regularmente con etanol al 75% o luz ultravioleta.
· Todas las puntas de pipeta y tubos de centrífuga en el ensayo deben estar libres de DNasa / RNasa. Los tubos de centrífuga y las puntas
de pipeta usados deben desecharse en un contenedor de basura con lejía y desecharse después de la descontaminación.
· Incluso si los resultados de la prueba de este producto son 'positivos', debe ser interpretado por un especialista experimentado y
revisar varios resultados, como los síntomas del paciente.
· Incluso si los resultados de la prueba de este producto son 'negativos', debe ser interpretado por un especialista
experimentado y revisar varios resultados, como los síntomas del paciente, sin excluir la infección.
· Descongele los componentes necesarios justo antes de usarlos y vuelva a colocarlos rápidamente en el congelador después de usarlos.
9. Procedimiento
La recolección inadecuada de la muestra, el manejo y / o el transporte incorrectos de la muestra pueden dar un resultado falso. La
capacitación en la recolección de muestras es muy recomendable debido a la importancia de la calidad de la muestra. CLSI MM13
(Instituto de Estándares Clínicos y de Laboratorio) puede ser referenciado como un recurso apropiado.
Consulte las Pautas provisionales de los CDC para la recolección, manejo y análisis de muestras clínicas de personas bajo
investigación (PUI) para la enfermedad por coronavirus 2019 (COVID-19)
https://www.cdc.gov/coronavirus/2019-nCoV/lab/guidelines-clinical-specimens.html . Consulte las Directrices provisionales de
recolección de muestras para conocer los métodos adecuados. Las muestras de hisopos se deben recolectar utilizando solo hisopos
con punta sintética, como nylon o Dacron y un eje de aluminio o plástico. Los hisopos de alginato de calcio son inaceptables y no se
recomiendan los hisopos de algodón con ejes de madera. Coloque los hisopos inmediatamente en tubos estériles que contengan 2-3 ml
de medio de transporte viral o medio de transporte universal. Las muestras de hisopos a analizar se pueden almacenar hasta 72 horas
Las muestras deben empaquetarse, enviarse y transportarse de acuerdo con la edición actual del Reglamento de mercancías
peligrosas de la Asociación Internacional de Transporte Aéreo (IATA). Siga las regulaciones de envío para la Sustancia Biológica
ONU 3373, Categoría B, cuando envíe posibles muestras de 2019-nCoV al laboratorio de pruebas.
La extracción de ARN debe realizarse utilizando el Mini Kit de ARN Viral QIAamp (QIAgen) de acuerdo con las instrucciones del
fabricante y utilizando los siguientes volúmenes de muestra, tampón de lisis y elución. Use muestras de ARN inmediatamente o
almacene a -70 ° C.
① Preparación de la mezcla
* *La preparación de la mezcla debe realizarse en el área de preparación de la mezcla para evitar la contaminación. Se analizan dos
partes alícuotas del extracto de ácido nucleico para cada muestra de paciente, una para el análisis del gen E y otra para el análisis del
i) Prepare el gen E y las mezclas de ensayo de RdRp mezclas de ensayo en tubos de PCR separados de acuerdo con las siguientes tablas.
10 x (N + 2)
Mezcla maestra 10 ㎕
DEPC DW 4 x (N + 2)
44㎕
10 x (N + 2)
Mezcla maestra 10 ㎕
DEPC DW 4 x (N + 2)
44㎕
ii) Pipeta 15 ㎕ de cada mezcla de ensayo en los pocillos aplicables de acuerdo con el diseño de la placa a continuación. Cubra y transfiera la
② Preparación de la muestra
i) Agregar 5 ㎕ del ARN extraído, control 1, control 2 y NC (DEPC DW) a los pocillos prellenados con las mezclas de ensayo de
iii) Selle la placa con película de sellado y gire hacia abajo la placa en una centrífuga de placa de mesa.
* * El kit múltiple 1copy ™ COVID-19 qPCR ha sido validado con los siguientes instrumentos y software de PCR en
tiempo real:
· Light Cycler 480 (Roche, número de producto 05015278001, versión de software 1.5)
· Rotor-Gene Q 5plex HRM (Qiagen, número de producto 9001580, versión de software 2.3.4)
· Applied Biosystems Quantstudio5 (Thermo Fisher Scientific, número de producto A28134, versión de software 1.4.3)
· Sistema de instrumentos de PCR en tiempo real Applied Biosystems 7500 (Thermo Fisher Scientific, producto No. 4345241,
versión de software 2.0.6)
· Sistema de detección de PCR en tiempo real CFX96 ™ (BIO-RAD, número de producto 1854095-IVD, software Bio-Rad
CFX Maestro versión 1.1)
Para cada instrumento y software de PCR, ingrese las siguientes configuraciones de ensayo para el kit múltiple 1copy ™ COVID-19
qPCR.
① Ingrese el volumen de reacción 20 µL y modifique las condiciones de reacción de PCR presentadas en la siguiente tabla.
RT 55 ℃ 25 min 1
Incubación 95 ℃ 5 minutos 1
95 ℃ 10 segundos
Amplificación 45
60 ℃ * 30 segundos
② Seleccione el tipo de fluorescencia de medición como FAM y Texas Red (o Red 610).
※ Consulte el Apéndice 1 para obtener instrucciones detalladas sobre cómo usar cada instrumento.
* * El control 1, el control 2 y dos controles negativos (NC) (para el ensayo del gen E y el ensayo RdRp) deben ejecutarse con
cada lote.
· El DEPC DW provisto en el kit se usa como control negativo (NC). Es necesario evaluar si hay contaminación de la mezcla
de reacción y se evalúa en dos pocillos de cada prueba, uno para el ensayo del gen E y otro para el ensayo RdRp. Este
control negativo se ejecuta en todo el proceso de prueba, incluida la extracción. Si el volumen del reactivo NC suministrado
con el kit no es suficiente, sería aceptable que los laboratorios de prueba incluyan un control negativo separado (agua libre de
nucleasas). NC debe ser negativo y no exhibir curvas de crecimiento de fluorescencia que crucen la línea de umbral. Si se
produce un falso positivo con las reacciones NC, puede haberse producido una contaminación de la muestra. Invalidar la
corrida y repetir el ensayo.
· El control 1 (plásmido del gen E) y el control 2 (plásmido del gen RdRp) se usan como controles positivos y con un control que tiene
una concentración objetivo de ~ 1.000 copias / ml. Los controles positivos son necesarios para evaluar los procesos de amplificación y
detección, así como la integridad del cebador y la sonda, y para evaluar la validez de la ejecución.
Cada control positivo debe producir un resultado positivo para el objetivo aplicable (valor de Ct ≤40 Ct). Si no se logra la
reactividad positiva esperada, la ejecución debe invalidarse y repetirse con una nueva parte alícuota de control.
· IPC (control positivo interno, humano endógeno ARNm de GAPDH) debe estar presente en cada muestra clínica, y se
purifica conjuntamente con el virus SARS-CoV-2 objetivo. Por lo tanto, el IPC puede usarse como control de extracción y
control interno. El IPC debe detectarse bien en la reacción del gen E. El IPC es necesario para evaluar si el
procedimiento de extracción y amplificación es válido o no. El IPC debe detectarse (Ct ≤40) para que una muestra
clínica se informe como negativa para el ARN de SAR-CoV-2.
La falla en la detección de IPC en una muestra clínica puede indicar una extracción inadecuada de ácido nucleico que resulta
en pérdida de ácido nucleico, transferencia de inhibidores de PCR de muestras clínicas o ausencia de suficiente material celular
humano en la muestra. Si no se logra la reactividad positiva esperada del IPC en una muestra que es negativa para
SAR-CoV-2, se debe realizar un nuevo muestreo y una nueva prueba para la muestra.
Los requisitos de control de calidad deben realizarse de conformidad con las reglamentaciones locales, estatales y / o federales o los
requisitos de acreditación y los procedimientos de control de calidad estándar de su laboratorio.
Tanto para Control 1, Control 2, IPC como para muestras clínicas, el valor de corte para cada objetivo aplicable que se
considerará detectado (+) es un valor de Ct de ≤40. Un objetivo de ensayo se considera positivo (detectado) si hay una curva
de amplificación sigmoidal con no más de Ct de 40 en el valor umbral.
Valor de Ct Resultado
≤ 40 Detectado (+)
Los valores de Ct superiores a 40 para las señales FAM y Texas Red (o Red 610) pueden ser el resultado de una amplificación inespecífica.
Todos los controles de prueba deben examinarse antes de la interpretación de los resultados del paciente. Si los controles no son válidos, los
resultados del paciente no pueden ser interpretados. Después de que el control positivo, los controles negativos y el IPC han sido examinados
y se ha determinado que son válidos y aceptables, se debe realizar una evaluación de los resultados de las pruebas de muestras clínicas. Sin
embargo, si una muestra de paciente detecta un objetivo de SARS-CoV-2, el resultado es válido independientemente de si se detecta el IPC.
11.3 Prueba de idoneidad del sistema: interpretación de los resultados del control
Control 2 (gen
Control 1 (gen E) Control negativo Interpretación
RdRp)
+ + - Pasar
* * En el caso de una falla de control, no se deben informar los resultados de la muestra. Repita la prueba con nuevos controles.
muestra.
* ** * Presunto positivo para SARS-CoV-2: Un resultado objetivo específico negativo de SARS-CoV-2- (gen RdRp) y un
resultado objetivo positivo inespecífico de SARS-Cov-2 (objetivo del gen E) pueden sugerir
3) infección con algún otro Sarbecovirus (p. Ej., SARS-CoV o algún otro Sarbecovirus previamente desconocido para
infectar humanos), o
Para muestras con un resultado positivo presuntamente repetido, se pueden realizar pruebas confirmatorias
adicionales, si es necesario diferenciar entre SARS-CoV-2 y SARS-CoV-1 u otro Sarbecovirus actualmente
desconocido para infectar humanos, con fines epidemiológicos o manejo clínico.
Las muestras deben recolectarse, transportarse y almacenarse utilizando los procedimientos y condiciones apropiados. La recolección, el
transporte o el almacenamiento incorrectos de muestras pueden dificultar la capacidad del ensayo para detectar las secuencias diana.
La extracción y amplificación de ácido nucleico de muestras clínicas debe realizarse de acuerdo con los métodos especificados
que se enumeran en este procedimiento. Otros enfoques de extracción y sistemas de procesamiento no han sido evaluados.
Los resultados negativos no excluyen las infecciones por SARS-CoV-2 y no deben usarse como la única base para el tratamiento
u otras decisiones de manejo.
- Mezcla de muestras
Los resultados negativos no impiden la infección con el virus SARS-CoV-2 y no deben ser la única base de una decisión de
manejo del paciente.
Un resultado positivo indica la detección de ácido nucleico del SARS-CoV-2. Los resultados no reflejan la carga viral
en las muestras clínicas.
El ácido nucleico puede persistir incluso después de que el virus ya no sea viable.
Los laboratorios deben informar todos los resultados positivos a las autoridades de salud pública correspondientes.
Los lavados nasofaríngeos / aspirados nasales o aspirados nasales y los hisopos nasales nasales y medios de turbinas nasales
recogidos por el proveedor de atención médica son muestras adicionales aceptables de las vías respiratorias superiores que se
pueden analizar con el kit múltiple 1copy ™ COVID-19 qPCR; sin embargo, el rendimiento con estos tipos de muestras no se ha
determinado.
Esta prueba está destinada a ser utilizada para la detección de ARN del SARS-CoV-2 en muestras de torunda nasofaríngea,
nasal anterior y de turbinado medio, así como muestras de lavado / aspiración nasofaríngea y aspiración nasal recolectadas en
un medio de transporte universal (UTM) o universal Sistema de transporte viral (VTM). Las pruebas de otros tipos de muestra
con el kit múltiple 1copy ™ COVID-19 qPCR pueden dar resultados inexactos.
Al igual que con cualquier prueba molecular, las mutaciones dentro de las regiones objetivo del kit múltiple 1copy ™ COVID-19 qPCR podrían
afectar la unión del cebador y / o la sonda, lo que provocaría una falla en la detección de la presencia de virus. Basado en el en silico análisis,
el coronavirus del SARS puede reaccionar de forma cruzada con el kit múltiple 1copy ™ COVID- 19 qPCR. No se sabe que el coronavirus del
SARS esté circulando actualmente en la población humana, por lo tanto, es muy poco probable que esté presente en muestras de pacientes.
La Carta de autorización, el Manual del usuario del ensayo Multi Kit 1PC ™ COVID-19 qPCR, junto con la Hoja de datos autorizada
para proveedores de atención médica, la Hoja de datos autorizada para pacientes y el etiquetado autorizado están disponibles en el
embargo, para ayudar a los laboratorios clínicos a utilizar el kit múltiple 1copy ™ COVID-19 qPCR ("su producto" en las condiciones que
a) Laboratorios autorizados 1 el uso de su producto incluirá con los informes de resultados de su producto, todas las hojas de datos
autorizadas. Bajo circunstancias exigentes, se pueden utilizar otros métodos apropiados para difundir estas Hojas de datos, que
pueden incluir medios de comunicación.
b) Los laboratorios autorizados que usan su producto usarán su producto como se describe en las Instrucciones de uso
únicamente. No se permite la desviación de los procedimientos autorizados, como los instrumentos autorizados, los métodos de
extracción autorizados, los tipos de muestras clínicas autorizadas, los materiales de control autorizados, otros reactivos auxiliares
autorizados y los materiales autorizados necesarios para usar su producto.
c) Los laboratorios autorizados que reciben su producto notificarán a las autoridades de salud pública relevantes su intención
de ejecutar su producto antes de iniciar la prueba.
d) Los laboratorios autorizados que usan su producto tendrán un proceso para informar los resultados de las pruebas a los proveedores de
e) Los laboratorios autorizados recopilarán información sobre el rendimiento de su producto e informarán a DMD /
OHT7-OIR / OPEQ / CDRH (por correo electrónico: CDRH-EUA-Reporting@fda.hhs.gov ) y 1drop Inc. ( sales@1drop.co.kr
, +82 31 747 0109) cualquier sospecha de resultados falsos positivos o falsos negativos y desviaciones significativas de
las características de rendimiento establecidas de su producto de las cuales se da cuenta.
f) Todo el personal de laboratorio que use su producto debe estar debidamente capacitado en técnicas de PCR y usar el
equipo de laboratorio y de protección personal adecuado al manipular este kit y usar su producto de acuerdo con el
etiquetado autorizado.
g) 1drop Inc., su (s) distribuidor (es) autorizado (s) y laboratorios autorizados que usan el kit múltiple 1copy ™ COVID-19 qPCR
se asegurarán de que todos los registros asociados con esta EUA se mantengan hasta que la FDA notifique lo contrario. Dichos
registros se pondrán a disposición de la FDA para su inspección previa solicitud.
1 La carta de autorización se refiere a "Laboratorios certificados bajo las Enmiendas de Mejoramiento de Laboratorio Clínico de 1988 (CLIA), 42
USC §263a, para realizar pruebas de alta complejidad" como "laboratorios autorizados".
Se realizaron estudios para determinar el límite analítico de detección (LoD) del kit 1copy ™ COVID-19 Multi
qPCR. La LoD del kit 1copy ™ COVID-19 Multi qPCR se estableció utilizando un lote de reactivos.
El material de referencia de ARN para el experimento fue el kit de material de referencia AccuPlex ™ SARS-CoV-2
(Seracare, Cat. No. 0505-0126, concentración de stock 4226 copias / mL según lo determinado por PCR digital). El
material de referencia se diluyó en serie en una matriz de torunda nasofaríngea / orofaríngea agrupada.
El LoD preliminar se estimó utilizando el instrumento Bio-Rad CFX96 e incluyó 5 réplicas de muestra de cada una de las 5
concentraciones de dilución (500, 400, 300, 200, 100 copias / ml). La confirmación de la LoD final para cada instrumento
se realizó con réplicas de muestra adicionales probadas a las mismas cinco concentraciones pero con 20 réplicas de
muestra probadas a las tres concentraciones más bajas, incluida la concentración de LoD final.
La LoD se define como la concentración más baja a la que las réplicas 19/20 son positivas para cada objetivo de ensayo. La LoD
reclamada para el ensayo es de 200 copias / ml. Las pruebas preliminares y los resultados del estudio confirmatorio se presentan en
las siguientes tablas.
85% 80%
100 39,23 1.11 27,09 5,49 39,16 0,95
(17/20) (16/20)
90% 80%
100 38,58 2,41 26,14 6.25 38,83 1,98
(18/20) (16/20)
La LoD final para el kit múltiple 1copy ™ COVID-19 qPCR se muestra en la siguiente tabla para cada objetivo de ensayo e
instrumento de PCR reclamado.
Gen
200 copias / ㎖ 200 copias / ㎖ 200 copias / ㎖ 200 copias / ㎖ 200 copias / ㎖
RdRp
Gen E 200 copias / ㎖ 200 copias / ㎖ 200 copias / ㎖ 200 copias / ㎖ 200 copias / ㎖
El rendimiento de la prueba 1PC ™ COVID-19 qPCR Multi Kit se evaluó utilizando muestras de hisopos nasofaríngeos (NP) /
orofaríngeos (OP) artificiales. Las sobras de muestras clínicas de hisopos NP / OP individuales se determinaron como negativas
para SARS-CoV-2 antes de su inclusión en el estudio. Las muestras artificiales positivas se prepararon añadiendo cada muestra
de hisopo NP / OP clínica individual con material de referencia de ARN, kit de material de referencia AccuPlex ™ SARS-CoV-2
(Seracare, Cat. No. 0505-0126, concentración de stock 4226 copias / ml según lo determinado por PCR digital), a una
concentración de aproximadamente 2x LoD (20 muestras), 3x LoD (5 muestras) o 5x LoD (5 muestras), respectivamente para
cada tipo de muestra. Las muestras de torunda NP / OP negativas también se analizaron en el estudio con 30 muestras no
reactivas, respectivamente para cada tipo de muestra. Todas las identidades de las muestras fueron cegadas y probadas. Las
muestras recibieron un número de serie por el investigador que realizó la adición de ARN, y la muestra después de la adición fue
reconocida por el otro experimentador solo por número (s) de serie. Los criterios de aceptación del estudio para el rendimiento
se definieron como un acuerdo del 95% para muestras a 2x LoD, y un acuerdo del 100% para muestras en todas las demás
concentraciones y para muestras negativas.
Los resultados mostraron un 100% de acuerdo con los resultados esperados en las muestras enriquecidas con ARN y un 100% de
acuerdo con los resultados esperados en las muestras negativas como se muestra en las dos tablas siguientes
Número Ensayo del gen E Ensayo del gen RdRp Positivo IPC
Concentración concordante /
Ct Ct
objetivo Número % CV media %CV Velocidad %CV
media Connecticut media
probado
2X LoD (400
20/20 37,81 1,49 37,4 1.43 100% 26,82 4.44
copias / ㎖)
3X LoD (600
5/5 36,94 1.01 36,51 0,98 100% 27,08 5.02
copias / ㎖)
5X LoD
5/5 36,21 1,87 36,03 1.70 100% 26,75 1,92
(1000 copias / ㎖)
14.3 Inclusividad
La inclusión del kit 1copy ™ COVID-19 Multi qPCR se evaluó utilizando en silico análisis de los cebadores y sondas de ensayo
en relación con 880 secuencias de SARS-CoV-2 disponibles en la base de datos de genes GISAID el 10 de abril de 2020 para
dos objetivos, E y RdRp.
Para el objetivo E, el kit 1PC ™ COVID-19 Multi qPCR tenía una coincidencia del 100% con todas las secuencias, con la excepción de 2
secuencias que tenían una sola falta de coincidencia. Para el objetivo de RdRp, el kit 1copy ™ COVID- 19 Multi qPCR tenía una coincidencia
del 100% con todas las secuencias, con la excepción de 3 secuencias que tenían una sola falta de coincidencia. Se predice que ninguno de
estos desajustes encontrados para ambos objetivos tendrá un impacto negativo en el rendimiento del ensayo, dada la ubicación de los
desajustes en las regiones de cebador y sonda respectivamente para las cinco variantes. No se pronostica que estos desajustes afecten
Otros patógenos de alta prioridad de la Otros organismos que pueden estar presentes en
misma familia genética que el SARS-CoV-2 muestras respiratorias.
Rinovirus
Chlamydia pneumoniae
pneumophila Mycobacterium
tuberculosis Streptococcus
pneumoniae Streptococcus
Mycoplasma pneumoniae
aeruginosa Staphylococcus
epidermis Streptococcus
salivarius
Un en silico El análisis de posibles reacciones cruzadas con todos los organismos enumerados en la Tabla anterior se realizó
mediante el mapeo de cebadores y sondas para los cebadores y sondas del gen E y RdRp en el kit múltiple 1copy ™ COVID-19
qPCR de forma individual a las secuencias descargadas de la base de datos NCBI . Posible reacción cruzada es posible si
hay> 80% de homología entre
secuencia de base de datos y los primers / sondas objetivo del ensayo. Los resultados del análisis mostraron que los cebadores y la
sonda RdRp son específicos para SARS-CoV-2 y los cebadores y la sonda E son específicos para SARS-CoV-2 y el coronavirus
SARS.
No se espera reactividad cruzada con otros organismos enumerados en la Tabla anterior en función de la en silico análisis.
Para evaluar aún más el potencial de reactividad cruzada de las secuencias objetivo 1PC ™ COVID-19 ™ qPCR Multi Kit, se
realizaron pruebas en húmedo para microorganismos y virus seleccionados que pueden estar presentes en muestras respiratorias.
Para la prueba de reactividad cruzada, el ARN sintético del gen E específico de SARS-CoV-2 y el gen RdRp se evaluaron por
separado para determinar la reactividad cruzada potencial. Todas las muestras preparadas con estas secuencias de ARN sintético
fueron positivas solo para la mezcla esperada de cebador / sonda correspondiente. Las pruebas también incluyeron patógenos virales
respiratorios (virus de la influenza A (H3N2), virus de la influenza A (H1N1)), virus de la parainfluenza 1, virus de la parainfluenza 2,
rinovirus 14, enterovirus 71), así como Escherichia coli y ARN total humano.
Las muestras se prepararon a altas concentraciones de microorganismos como se muestra en la siguiente tabla. Se probó un total de
cinco réplicas para cada reactivo cruzado potencial. No se observó reactividad cruzada inesperada para los organismos y virus
enumerados. Los resultados se pueden ver en la tabla a continuación.
Prueba de reactividad cruzada en húmedo del kit 1copy ™ COVID-19 qPCR Mulit
Resultados RdRp
Resultados E Gene (#
Organismo Concentración Gene
detectado / probado)
(# detectado / probado)
ARN sintético del gen RdRp
5 x 10 2 copias / ml No detectado (0/5) Detectado (5/5)
específico de COVID-19
ARN sintético de beta-
5 x 10 2 copias / ml Detectado (5/5) No detectado (0/5)
gen E específico de coronavirus
Virus de la influenza A (H3N2)
5 x 10 7 7 copias / ml No detectado (0/5) No detectado (0/5)
(Ref. KBPV_VR_32)
Virus de la influenza A (H1N1)
5 x 10 7 7 copias / ml No detectado (0/5) No detectado (0/5)
(Ref. KBPV_VR_33)
15. Referencias
2. Centros para el Control y Prevención de Enfermedades. Bioseguridad en laboratorios microbiológicos y biomédicos (consulte
la última edición). http://www.cdc.gov/biosafety/publications/
3. Instituto de normas clínicas y de laboratorio. Protección de los trabajadores de laboratorio contra las infecciones
adquiridas en el trabajo; Directriz aprobada. Documento M29 (consulte la última edición).
4. Instituto de normas clínicas y de laboratorio. Recolección, transporte, preparación y almacenamiento de muestras para
métodos moleculares; Directriz aprobada. Documento CLSI MM13-A. Wayne, PA: Instituto de estándares clínicos y de
laboratorio; 2005
5. Organización Mundial de la Salud. Manual de laboratorio de bioseguridad. 3ra ed. Ginebra, Suiza: Organización Mundial de la
Salud; 2004
6. Organización Mundial de la Salud. Guía técnica sobre la enfermedad por coronavirus (COVID-19): Pruebas de laboratorio para
2019-nCoV en humanos. 3. Ensayos moleculares para diagnosticar 2019-nCoV.
https://www.who.int/docs/default-source/coronaviruse/protocol-v2-1.pdf?sfvrsn=a9ef618c_2
7. Guía provisional de la OMS para pruebas de laboratorio para el nuevo coronavirus 2019 (2019-nCoV) en humanos; 19 de
marzo de 2020. https://www.who.int/publications-detail/laboratory-testing-for-2019-
novel-coronavirus-in-suspired-human-cases-20200117
ii) Ingrese el volumen de reacción 20 ㎕ y modificar las condiciones de reacción de PCR como a continuación.
RT 55 ℃ 25 min 1
Incubación 95 ℃ 5 minutos 1
95 ℃ 10 segundos
Amplificación 45
60 ℃ * 30 segundos
iv) Haga clic en "Subset Editor" y defina el diseño de la placa de PCR de 96 pocillos en el programa.
v) Haga clic en "Ejecutar protocolo" en la barra de menú anterior y luego en "Iniciar ejecución"
iii) Ingrese el volumen de reacción 20 ㎕ y modificar las condiciones de reacción de PCR como a continuación.
RT 55 ℃ 25 min 1
Incubación 95 ℃ 5 minutos 1
95 ℃ 10 segundos
Amplificación 45
60 ℃ * 30 segundos
iv) Haga clic en "Placa" en la barra de menú anterior y seleccione "FAM" para Target1 y "TEX Red" para Target2 en "Configuración
avanzada"
v) Haga clic en "Configuración rápida" junto a "Configuración avanzada" y defina la disposición de la placa de PCR de 96 pocillos en el
vi) Haga clic en "Ejecutar" en la barra de menú anterior y luego en "Iniciar ejecución"
iv) Haga clic en "Editar perfil" y modifique las condiciones de reacción de PCR como se muestra a continuación.
RT 55 ℃ 25 min 1
Incubación 95 ℃ 5 minutos 1
95 ℃ 10 segundos
Amplificación 45
60 ℃ * 30 segundos
v) Para medir la fluorescencia a 60 ℃, haga clic en “Adquiriendo al ciclo A” y marque “Adquisición de canales”,
verde y naranja.
④ Sistema de instrumentos de PCR en tiempo real Applied Biosystems 7500 (Thermo Fisher Scientific, producto No.
4345241
ii) Haga clic en “Configuración de placa” y seleccione “FAM” para Target1 y “TEX Red” para Target2 en “Definir objetivos y muestras”
iii) Haga clic en “Asignar objetivos y muestras” y defina el diseño de la placa de PCR de 96 pocillos en el programa. Además, marque la
iv) Haga clic en "Método de ejecución" e ingrese el volumen de reacción 20 ㎕ y modificar las condiciones de reacción de PCR como a
continuación.
RT 55 ℃ 25 min 1
Incubación 95 ℃ 5 minutos 1
95 ℃ 10 segundos
Amplificación 45
60 ℃ * 30 segundos
⑤ Sistema de detección de PCR en tiempo real CFX96 ™ (BIO-RAD, Producto No. 1854095-IVD)
ii) Haga clic en "Crear nuevo" e ingrese el volumen de reacción 20 ㎕ y modificar las condiciones de reacción de PCR como a continuación.
RT 55 ℃ 25 min 1
Incubación 95 ℃ 5 minutos 1
95 ℃ 10 segundos
Amplificación 45
60 ℃ * 30 segundos
ii) Haga clic en “Placa” y marque “Carga rápida: QuickPlate_96 wells_All Channels.pltd” y haga clic en “Editar seleccionado”.
iii) Haga clic en "Seleccionar fluoróforos" y marque FAM y Texas Red. Además, defina el diseño de la placa de PCR de 96 pocillos en el
programa.