GENÉTICA DE POBLACIONES

Curso: Mejoramiento Genético

Prof. Jorge Rodríguez Bailón

Diversidad genética

La diversidad genética se define como la cantidad de variación genética

medible que esta contenida dentro de una población o especie. La diversidad
genética es una de las características más importantes en cualquier población,
siendo esencial para su adaptación a cambios en el medio ambiente, sobrevivencia
a largo plazo y evolución.

Niveles bajos de diversidad genética aumentan la probabilidad incrementa

los niveles de consanguinidad provocando efectos sobre la viabilidad de los
individuos y de las poblaciones. La estimación de la diversidad genética de una
población constituye un punto central en genética poblacional y tiene una
implicancia extremadamente importante en biología de la conservación.

La rama de la genética que estudia la generación y el mantenimiento de la

diversidad genética y/o polimorfismo genético, así como los mecanismos de la
evolución a nivel poblacional se denomina “Genética Poblacional”

Polimorfismo genético

Polimorfismo genético es un parámetro de la variabilidad genética

poblacional que se define como la existencia de dos o mas alelos asociados a un
locus en una población con una frecuencia relativa sustancial (usualmente mayor
del 1%). La generación de polimorfismo genético en un locus se debe
principalmente a mutaciones puntuales, inserciones, deleciones, conversión génica
y recombinación intralélica los cuales se han estabilizado en una población y región
geográfica determinada.
Cuantificación de la diversidad genética

Existen estimadores de la diversidad genética basados principalmente en

frecuencias alélicas o frecuencias genotípicas. Los principales estimadores de la
diversidad genética son: la diversidad alélica (A), proporción de loci polimórficos
(P), heterocigosidad esperada (HE) y heterocigosidad observada (HO)

Diversidad alélica

La frecuencia relativa de un alelo en particular en una población es

denominada frecuencia alélica. La frecuencia alélica es considerado un indicador
fundamental en estudios evolutivos, porque un cambio genético en una población
es usualmente descrito por un cambio en la frecuencias de sus alelos La frecuencia
alélica en especies diploides consiste en número de alelos de un tipo dado dividido
entre dos veces el tamaño poblacional para un locus autosomal y la diversidad
alélica (A) constituye simplemente el numero promedio de alelos por locus

Heterocigosidad

La heterocigosidad (H) constituye la proporción de individuos heterocigotos

en la población. Un valor de heterocigosidad elevado significa que existe una
elevada diversidad alélica presente en la muestra analizada La heterocigosidad
puede ser dividida en dos indicadores: la heterocigosidad esperada (HE) y la
heterocigosidad observada (HO).

La heterocigosidad esperada (HE) también llamada diversidad génica (h;

Nei, 1973), es definida como la probabilidad que dos alelos escogidos al azar en
una población sean diferentes

n
HE = 1 - ∑ pi 2
i=1

Donde: pi es la frecuencia del alelo I y n es el número de alelos en un locus (Nei,

1973).
2
 La HE es usada comúnmente como una medida de diversidad genética que
refleja el nivel de heterocigosidad que podría esperarse en una población que se
encuentre en equilibrio de Hardy-Weinberg

La heterocigosidad observada (HO) es definida como la proporción de

individuos heterocigotos observados para un locus en particular

HO = Número de individuos heterocigotos

Número total de individuos

Equilibrio de HARDY-WEINBERG

En organismos con reproducción sexual, donde el cruzamiento ocurre al

azar, los genotipos son producidos aproximadamente por la unión al azar de los
gametos masculino y femenino.

Por lo tanto, bajo ciertas condiciones las frecuencias genotípicas dentro de

una población pueden seguir un patrón predecible basado en las frecuencias
alélicas. Condiciones como cruzamientos al azar dentro de la población o panmixia,
ausencia de selección, ausencia de migración, tasas de mutación despreciables,
segregación alélica mendeliana y tamaño efectivo poblacional infinito permitiendo
predecir las frecuencias de los genotipos presentes dentro de una población en base
a las frecuencias alélicas

Esta propiedad fue reportada independientemente por Godfrey Hardy,

matemático ingles y Wilhelm Weinberg, físico alemán en 1908, por lo cual fue
denominada Principio de Hardy –Weinberg Una población que presenta las
condiciones antes mencionadas se denomina una población en equilibrio de Hardy-
Weinberg (HWE).

Las desviaciones HWE pueden deberse a selección, migración, subdivisión

población no detectada (Efecto Wahlund) o simplemente error en el muestreo

3
 Efecto de Wahlund se denomina al exceso en la frecuencia de homocigotos
en comparación con la proporción de Hardy-Weinberg debido a subdivisión
intrapoblacional Si los datos genéticos de dos o mas poblaciones con diferentes
frecuencias alélicas son combinadas, es posible apreciar un efecto Wahlund, lo cual
se traduce en un incremento en la proporción de homocigotos en la muestra
agregada en comparación con una muestra disgregada

Un muestreo inapropiado, tamaños de muestra pequeños (menores de 20

individuos) así como baja variabilidad de los loci caracterizados son factores
comunes que originan una desviación del HWE

Las desviaciones de las proporciones de Hardy-Weinberg pueden ser

medidas por un simple parámetro denominado Índice de fijación o F

REFERENCIA

Freeland, J.R. (2005) Molecular Ecology. John Wiley y Sons Inc. USA:110-111.

4
2.5.6. Coeficiente de consanguinidad (F o FIS)

Consanguinidad se define al resultado del cruzamiento entre individuos

estrechamente relacionados. La forma mas intensa de consanguinidad es originada
por autofecundación y es dada en individuos hermafroditas. La consanguinidad
puede ser medida mediante dos importantes coeficientes: el coeficiente de
parentesco o coancestria (FJK) y el coeficiente de consanguinidad (FI, F o FIS)
(Maynard, 1999).

El coeficiente de parentesco o coeficiente de coancestria (FJK) constituye la

probabilidad que dos genes homólogos de dos individuos J y K seleccionados al
azar sean idénticos por descendencia (Maynard, 1999). El concepto de identidad
por descendencia puede definirse como la propiedad que dos alelos dados sean
copias de un solo alelo que existió en un ancestro reciente (Freeland, 2005).

El coeficiente de consanguinidad (FI, F o FIS) constituye la probabilidad que

dos alelos en un locus en un individuo sean idénticos por descendencia (Maynard,
1999; Freeland, 2005). El coeficiente de consanguinidad describe la proporción por
la cual la heterocigosidad disminuye en relación con una población que presenta
cruzamientos al azar asumiendo que ambas presentan la misma frecuencia génica
inicial (Maynard, 1999).

2.6. Estructura y diferenciación genética poblacional

La estructura poblacional constituye la cantidad de variabilidad genética y

su distribución dentro y entre subpoblaciones locales e individuos dentro de una
misma especie (Templeton, 2006). Existen diferentes métodos para estimar la
estructura y diferenciación genética en poblaciones, los más utilizados son la
medición de la estadística F, la distancia genética y el análisis de estructura.

2.6.1. Estadística F

5
 La estadística F o estadística de Wright mide la correlación entre genes a
diferentes niveles jerárquicos en una población subdividida (Excoffier y Heckel,
2006). La estadística F usa el coeficiente de consanguinidad para dividir la
variación genética dentro y entre poblaciones (Freeland, 2005).

La estadística F cuenta con tres indicadores: FIS, FIT y FST (Altukhov,

2006), los cuales son definidos en términos de heterocigosidad (Nei y Kumar,
2000).

El FIS también denominado coeficiente de consanguinidad constituye la

probabilidad que dos alelos en un locus sean idénticos por descendencia (Maynard,
1999). El FIS refleja la cantidad de consanguinidad presente dentro de una
subpoblación (Freeland, 2005). El indicador FIS puede ser determinado mediante la
siguiente formula:

FIS = (HS – HO) / HS

Donde: HO es la heterocigosidad observada dentro de una población y HS es la

heterocigosidad esperada dentro de una población.
El FIT refleja la cantidad total de consanguinidad en una población, es
considerado un coeficiente global de consanguinidad que compara la
heterocigosidad de un individuo con el total de la población bajo consideración
(Freeland, 2005). El indicador FIT puede ser determinado mediante la siguiente
formula:

FIT = (HT – HO) / HT

Donde: HO es la heterocigosidad observada dentro de una población y HT es la

heterocigosidad esperada total.

6
 El valor del FIT se encuentra influenciado por el FIS y el FST (Freeland, 2005).
Los indicadores FIS y FIT pueden ser negativos cuando la HO es inusualmente
elevada (Nei y Kumar, 2000).

El FST es considerado como la probabilidad que dos gametos al azar, dentro

de una misma subpoblación sean idénticos por descendencia, relativos a los
gametos tomados de la población entera (Freeland, 2005). El FST refleja la cantidad
de consanguinidad en una población debido a diferencias entre subpoblaciones
(Freeland, 2005). El indicador FST puede ser determinado mediante la siguiente
formula:

FST = (HT – HS) / HT

Donde: HO es la heterocigosidad observada dentro de una población, HS es la

heterocigosidad esperada dentro de una población y H T es la heterocigosidad
esperada total.

El FST es la medida mas usada para describir la diferenciación genética en

poblaciones; mide cuan diferentes genéticamente son dos poblaciones y refleja la
proporción de la variabilidad genética total que se debe a las diferencias netas entre
las poblaciones (Excoffier y Heckel, 2006).
Los valores de FST pueden variar entre 0 y 1. Si dos poblaciones presentan
frecuencias alélicas iguales, el valor de FST es igual a 0. En contraste, si dos
poblaciones presentan frecuencias alélicas totalmente diferentes, el valor de F ST es
igual a 1.

Valores de FST comprendido entre 0 – 0.049 se relacionan con un nivel bajo

de diferenciación genética, entre 0.050 - 0.250 con un nivel moderado de
diferenciación genética y valores mayores de 0.25 con un nivel elevado de
diferenciación genética (Freeland, 2005).

7
 Existen análogos estadísticos a los indicadores propuestos por Wright. Los
principales análogos estadísticos utilizados en genética poblacional son: el G ST
(Nei, 1973), el valor Θ (Weir y Cockerham, 1984) y el RST (Slatkin, 1995).

El GST es un indicador equivalente al FST que se utiliza para analizar

marcadores multialélicos, el valor Θ incluye una corrección para el efecto de
disparidad en el tamaño de muestra poblacional y el R ST es un indicador específico
para cuantificar la diferenciación genética utilizando microsatélites debido a que
asume un modelo de mutación “stepwise”. A pesar de las diferencias conceptuales
entre los diferentes indicadores análogos del FST, los valores obtenidos son muy
similares, salvo en el caso de una diferencia excesiva en el tamaño muestral entre
las subpoblaciones (Nei y Kumar, 2000).

2.6.2. Distancia genética

El termino distancia genética constituye la medida de las diferencias

genéticas (diferencias genómicas) entre dos poblaciones, usualmente medidas en
función a las frecuencias alélicas (Nei y Kumar, 2000). Existen diferentes formas
de determinar la distancia genética entre poblaciones, los métodos mas comunes
son la determinación de la “distancia genética estándar de Nei” (Nei, 1972) y la
distancia genética de Nei (Nei y col., 1983).

La distancia genética estándar de Nei (DS) mide la distancia genética entre

poblaciones en términos del número de sustituciones génicas por locus (Nei, 1972).
La DS se basa en la medida de la identidad genética, la cual refleja la similitud entre
poblaciones a partir de frecuencias alélicas estimadas de un tamaño muestral amplio
(Nei, 1972; Nei y Kumar, 2000).

DS = -ln I

m m m
I = Σ ( pix piy ) / [ ( Σ pix2 ) ( Σ piy 2) ] 0.5
i =1 i =1 i =1

Donde: pix es la frecuencia del alelo i en la población X, piy es la frecuencia

del alelo i en la población Y, m es el número de alelos por locus

8
 Los valores de DS van de 0 al infinito, por ejemplo si dos poblaciones tienen
similares frecuencias alélicas, la similitud genética (I) podría ser 1 por lo tanto, la
distancia genética (DS) seria 0 (Freeland, 2005).
La distancia genética de Nei (DA), por otro lado, permite obtener un
estimador no sesgado de la distancia genética y su error estándar a partir de
frecuencias alélicas obtenidas de muestras pequeñas (Nei y col., 1983).

L qk
DA = Σ [1- Σ ( xik yik )0.5 ] / L
k =1 i =1

Donde: qk es el número de alelos en el locus k, L es el número de loci analizados

xik es la frecuencia del alelo i en el locus k para la población X, yik es la
frecuencia del alelo i en el locus k para la población Y.

La DA toma valores entre 0 y 1, donde un valor de 1 significa que dos

poblaciones no comparten ningún alelo (Nei y Kumar, 2000).

Ambas medidas de distancia genética (DS y DA) son proporcionales al

tiempo evolutivo, siguen un modelo de mutación de alelos infinitos y toman en
cuenta los efectos de la mutación y la deriva génica (Nei y Kumar, 2000).

La mayoría de programas en genética poblacional, asume que solo la deriva

génica y/o la migración son responsables de las diferencias observadas entre
poblaciones, lo cual es correcto cuando se analizan poblaciones relacionadas que
han divergido recientemente (Excoffier y Heckel, 2006). La distancia genética
puede ser usada para estimar el tiempo de divergencia entre poblaciones y para la
construcción de árboles filogenéticos (Nei y Kumar, 2000).

9
 El análisis de la significancia estadística de una medida de distancia genética
se basa en el método de bootstrapping (o bootstrap). El bootstrapping es un método
que consiste en la generación de grupos de datos nuevos mediante un remuestreo.
Se utiliza frecuentemente para aproximar el sesgo o la varianza de un estadístico,
construir intervalos de confianza, realizar contrastes de hipótesis y determinar el
error estándar para las medidas de distancia genética (Nei y Kumar, 2000).

2.6.3. Análisis de estructura

El análisis de estructura permite demostrar e inferir la estructura

poblacional, identificar poblaciones genéticamente distintas, asignar individuos a
poblaciones, identificar migrantes e individuos híbridos e identificar zonas de
hibridación de forma probabilística (Pritchard y col., 2000).

Los métodos de análisis estructural se basan en utilizan modelos de

agrupamiento bayesianas o de máxima probabilidad que utilizan métodos de
Cadenas de Markov – Monte Carlo (MCMC) (Excoffier y Heckel, 2006).

Estos métodos utilizan información genotípica de múltiples loci (mínimo de

7), asumiendo la presencia de equilibrio de ligamiento y HWE entre los diferentes
loci y poblaciones (Pritchard y col., 2000). Este modelo no asume un tipo particular
de mutación y puede ser aplicado a diferentes tipos de marcadores genéticos como
microsatélites, polimorfismos de nucleótidos únicos (SNPs), polimorfismos de
longitud de fragmentos de restricción (RFLPs).

El análisis de estructura asume que cada población es caracterizada por un

set específico de frecuencias alélicas para un grupo de loci analizados. Los
individuos posteriormente son asignados probabilísticamente a una o varias
poblaciones dependiendo de los datos obtenidos a partir de su genotipo (Pritchard
y col., 2000).

2.7. Factores que influencian la diversidad y estructura genética

10
 La diversidad y estructura genética están influenciadas por múltiples
factores (Figura 3), siendo los principales la deriva génica, el flujo genético
(migración), la reducción poblacional, la selección natural - artificial y los métodos
de reproducción (Templeton, 2006; Freeland, 2005; Altukhov, 2006).

2.7.1. Deriva génica

La deriva génica es un proceso que causa un cambio en las frecuencias

alélicas en una población como resultado del azar (Freeland, 2005; Templeton,
2006). La deriva génica no posee una dirección determinada, los cambios generados
en la frecuencia alélica no permiten un retorno a las frecuencias alélicas ancestrales
debido a que dichos cambios son acumulativos en el tiempo (Templeton, 2006).

La deriva génica es producto de las diferencias en el éxito reproductivo

(mayor número de crías) de algunos individuos en comparación con otros
(Freeland, 2005). La deriva génica se comporta como una fuerza evolutiva solo
cuando hay variabilidad genética.

Los efectos de la deriva génica en las frecuencias alélicas son más marcadas
en poblaciones con un pequeño número de individuos (Freeland, 2005). En ausencia
de selección, la deriva génica puede provocar un cambio en la frecuencia alélica,
permitiendo la fijación o la extinción de un alelo en la población en un corto periodo
de tiempo (Freeland, 2005), provocando la perdida de variación genética dentro de
una población finita causando un incremento en las diferencias genéticas entre
poblaciones (Templeton, 2006).

2.7.2. Flujo genético y migración

El flujo genético consiste en la transferencia de material genético de una

población a otra por medio de la dispersión y la subsecuente reproducción de
individuos (Freeland, 2005). La cantidad de flujo genético entre poblaciones es un

11
importante determinante de diferenciación genética y tiende a homogenizar las
poblaciones aunque exista divergencia o una fuerte selección (Freeland, 2005).

Existe una relación entre el flujo genético y los principales indicadores de

variabilidad genética como la deriva génica, la diversidad genética, diferenciación
poblacional y el NE. Poblaciones con flujo genético constante tienden a ser
poblaciones uniformes con niveles bajos de diferenciación poblacional debido a un
efecto reducido de la deriva génica, mientras que poblaciones con un bajo flujo
genético tienden a ser poblaciones aisladas con niveles elevados de diferenciación
poblacional, una baja diversidad genética debido al efecto del incremento de la
deriva génica (Tabla 1).

La dispersión y el flujo genético pueden ser cuantificados usando métodos

directos, como el marcado de individuos e indirectos, como el estimado del numero
efectivo de migrantes (NEm) y las pruebas de asignación (Freeland, 2005).
La migración es uno de los mas importantes factores en dinámica
poblacional, consiste en el intercambio de genes entre grupos de individuos
diferentes permitiendo un cambio en la frecuencia génica en cada generación
subsiguiente (Altukhov, 2006).

El concepto de cruzamiento al azar en una población es una abstracción, en

poblaciones reales, los individuos se reproducen principalmente con individuos de
poblaciones vecinas. Existen tres modelos que tratan de explicar este fenómeno
reproductivo: el modelo de isla de Wright, el modelo “stepping-stone” y el modelo
continuo (Maynard, 1999).

El modelo de isla de Wright, propone que si una población esta dividida en

subpoblaciones, una pequeña fracción de individuos tiene la capacidad de migrar
indistintamente a cualquier subpoblación sin importar su ubicación.

El modelo “stepping-stone, es idéntico al modelo de isla con la excepción

que los migrantes pueden moverse solo en dirección de la subpoblación colindante.

12
 El modelo continuo, asume migración continua de individuos dentro de la
población, propone la ausencia de subpoblaciones, pero asume que las distancias
de dispersión son cortas.

2.7.3. Mutación y selección

Las mutaciones son cambios al azar en el material genético, heredables y no

direccionales que ocurren espontáneamente bajo la influencia de factores físicos,
químicos o biológicos y constituyen el último recurso disponible para generar
variación genética (Altukhov, 2006).

Existen dos modelos para la generación de mutaciones: modelo de alelos

infinitos y modelo de mutación “stepwise” o arreglado en pasos. El modelo de
alelos infinitos asume que cada nueva mutación genera un alelo nuevo que
previamente no ha existido (Excoffier y Heckel, 2006), mientras que en el modelo
“stepwise” asume que los alelos son representados por un numero de repeticiones
nucleotídicas (tamaño del alelo) y una mutación permite incrementar o disminuir el
tamaño de los alelos en una unidad (Nei y Kumar, 2000).

El proceso de selección ya sea natural o artificial es un factor evolutivo

extremadamente importante que causa cambios adaptativos en la estructura
genética en las poblaciones. Los cambios generados por selección pueden resultar
en una diferencia en la contribución relativa de ciertos genotipos en una población
(Altukhov, 2006).

13
14