UNIVERSIDAD NACIONAL

PEDRO RUIZ GALLO

FACULTAD DE CIENCIAS BIOLOGICAS
TITULO:
INFORME DE PRACTICA: BIOESTADISTICA
NOMBRE
AVALOS MENDO MIGUEL
2020

1. Averiguar la proteína a través de la secuencia de aminoácidos proporcionada

para la practica
>[----]
HMSGYKDGDTLGTAGSVANYGQRSWPAVPYGPGDFHPTCDISNYQDRQQ
VRNCQLSSLADLNQTVPHVRDMIVGYMDHLTDLGVAGFRIDAAKHMWPE
DLEVIYGRLKDLNTDFGFPANTKPYIYQEVIDLGGEEIKKSEYNHLGAVTEF
KFSTDIGLVFRNKIPLKSLKNWGP

Para poder identificar la proteína tendremos que usar la aplicación web llamada BLAST
(https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi), se seleccionara la opción protein BLAST

se ingresará la secuencia de aminoácidos en el cuadro de Enter Query Sequence y se

procederá a hacer click en BLAST
El programa identifico a las secuencias de aminoácidos como perteneciente a alfa-
amilasa con un porcentaje de identidad del 100% para Musca domestica

2. deben buscar 10 secuencias completas de la familia de esta proteína y proponer

cual son los aminoácidos que conforman el sitio activo.
Para poder buscar mas secuencias de la familia de la alfa-amilasa se usó el buscador de
NCBI (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/) con el filtro de Protein seleccionado
En la barra de búsqueda se escribió alpha amylase y aparecerán todos los artículos
acerca de la alfa amilasa y la especia en la que se realizó el estudio
Se podrá seleccionar cambiar el modo en el que se puede previsualizar los artículos,
estando por defecto en Summary a FASTA TEXT donde se mostrara solamente la
secuencia de aminoácidos que componen a la enzima de cada especie

Las 10 especies que escogí para poder realizar un alineamiento múltiple de secuencia
fue de :
-Sus scrofa
-Homo sapiens
-Talaromyces islandicus
-Malus domestica
-Musa acuminata
-Solanum tuberosum
-Geobacillus stearothermophilus
-Aspergillus niger
-Penicillium griseofulvum
-Thermococcus barophilus

Las secuencias fueron guardadas en un archivo de texto para luego poder ser utilizadas
Para poder realizar el alineamiento multiple de secuencia se pueden usar diversos
programas, en este caso use el Jalview donde se cargo el archivo de secuencias de
aminoácidos. Para poder realizar el alineamiento tenemos que seleccionar la opción de
Servicio Web>Alignment>Clustal>por defecto
Luego se podrá colorear para identificar las zonas que se conservan entre las distintas
secuencias, lo que indica que esas zonas son fundamentales para que la enzima realice
su función catalítica

Los aminoácidos que se siguen conservando entre secuencias son :

Glicina
Prolina
Tirosina
acido aspártico
valina
isoleucina
asparagina
histidina
acido aspártico
arginina
lisina