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Guia Rapida COMPARACION SECUENCIAS PDF
Guia Rapida COMPARACION SECUENCIAS PDF
GUÍA RÁPIDA
DEL PROCESO DE IDENTIFICACIÓN Y ANÁLISIS
FILOGENÉTICO DE RECURSOS GENÉTICOS,
BASADO EN LA COMPARACIÓN DE SECUENCIAS
DE ADN.
Para hacer efectivo el corte, dentro del menú “Edit” se pulsa “Delete Cutoff Sequences”, con
lo que desaparece la secuencia pero no el cromatograma.
A continuación se graba la secuencia con el mismo nombre que tenía, pero añadiendo algún
sufijo para identificar que corresponde a la secuencia corregida.
IMPORTANTE: Esta tarea debe realizarse con las secuencias “F” y “R” de cada gen
amplificado en cada UBC.
Alternativa: otra manera de llegar a la pantalla anterior es, desde la pantalla de inicio, pulsar en el
menú principal “Sequence” y luego “Add”
Se seleccionan los dos archivos “F” y “R” de una misma accesión, se añaden con “Add” y luego se
pulsa “Done”
1º
2º
Pulsando la opción “Find conflict” del menú desplegable “Edit” el programa resalta en rojo los
conflictos detectados en la zona de solape del “contig”. Luego se corrigen a mano cada uno de ellos,
tomando la decisión que parezca la más adecuada.
Para abrir la secuencia, hay que hacerlo en otro subprograma del programa “DNA Star” que es
Edit Seq.
Para seguir trabajando con una nueva secuencia, primero se cierra con doble click del botón
izquierdo del ratón ese “contig”, para empezar a trabajar en uno nuevo. Luego se siguen los pasos
indicados en recuadro de la página 11.
cerrado
abierto
1º
2º
El resultado informa sobre la identidad de la bacteria depositada en la base de datos, que mayor
similitud presenta con la bacteria problema, indicando el porcentaje de dicha similitud y el % de la
secuencia que ha sido comparada.
La página de resultados conserva la información de todas las identificaciones realizadas
Sucesivamente aparecen dos avisos a los que hay que responder, según se indica en las
siguientes figuras, y a continuación se abre una nueva pantalla, en la que se añaden las
secuencias que vayan a ser sometidas a un alineamiento múltiple.
Se pueden añadir todas las secuencias a la vez o de una en una. Es posible que el programa
no traslade correctamente el nombre de la UBC, por lo que habrá que corregirla a mano. Esto
es especialmente importante, si se añaden todas las secuencias a la vez.
1.2. A continuación se añadirán las secuencias correspondientes a las UBC procedentes de las
bases de datos. Una opción es importarlas de la base de datos BLAST.
Presionando en la tecla que se señala en la figura, el programa redirecciona a dicha base de
datos, abriéndose una nueva ventana.
En esa nueva ventana se incluye el número de Locus en el Genebank de la secuencia que
queramos recuperar y señalamos que se trata de una base de datos de nucleótidos (ver
figura). Para ejecutar la búsqueda se pulsa la tecla BLAST que aparece al final de la pantalla.
Nota: Si se está trabajando con ez-taxon, otra manera de incorporar las secuencias de las
bacterias procedentes de dicha base de datos, es guardar la información de la accesión y la
secuencia en formato FASTA (existe una opción que así lo permite en el ez-taxon). Una vez
que se dispone de las secuencias en formato FASTA, la introducción en el MEGA se realizará
por el mismo procedimiento indicado en la pág. 22.
Una vez que se dispone de todas las secuencias que se quieren alinear en el “Alignment
Explorer” (ver Figura), el siguiente paso es seleccionarlas, lo que se ejecuta entrando en el
menú desplegable “Edit” y seleccionado la opción “Select All” si se quieren utilizar todas
ellas en el alineamiento.
El alineamiento se realiza con Clustal W, pero esto puede hacerse directamente desde el
programa MEGA, para lo que se entra en el menú desplegable “Aligment” y se selecciona la
opción “Align by ClustalW”.
Se abre una nueva ventana en la que el programa pide que introduzcamos el archivo a
analizar, que es el de alineamiento múltiple obtenido según se ha explicado en el apartado
anterior
Una vez recuperado dicho archivo, se abra una nueva ventana, en la que hay que pulsar el botón
“Compute” para realizar el análisis.
El resultado se presenta en una nueva ventana, en la que existen varias opciones para
trabajar con este árbol