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Ruta de Entner-Doudoroff
Se descubrió una determinada ruta que era seguida por ciertos microorganismos, que se
diferenciaba de la glicólisis en unos determinados pasos y que implicaba una distinta
estequiometría desde el punto de vista de la conservación de energía. A primera vista,
parece que incluso esta ruta es desfavorable energéticamente hablando, pero existen
razones (sobre todo de economía celular) que hacen que la ruta de Entner-Doudoroff
sea una opción viable para las células.
Partimos de la fosforilación de la glucosa a expensas de una molécula de ATP para
obtener G6P para iniciar el proceso. Entra en acción una molécula de NADP+ y toma dos
electrones de la G6P, cuya destinación será la biosíntesis de componentes celulares (a
diferencia de los electrones tomados por el NADH, que se dirigen a la cadena de
transporte electrónico). Se consigue la oxidación del carbono 1 de esta molécula y se
forma un grupo éster interno, denominado lactona. Este éster se produce por la oxidación
del grupo aldehído en ácido, que se une al grupo hidroxilo próximo. Se obtiene 6-fosfo-
gluco-lactona.
El paso siguiente consiste en una hidrólisis catalizada por la lactonasa, obteniendo 6-
fosfogluconato. Esta molécula sufre a continuación una deshidratación, formando el
compuesto característico de esta ruta: 2-ceto-3-desoxi-6-fosfogluconato (KDPG). A
partir de esta molécula, se produce una escisión aldólica, porque tenemos una molécula
que presenta un grupo ceto en posición α y un grupo hidroxilo en posición β, como ocurría
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¿EMP o ED?
En teoría, si la ruta EMP es la elegida para producir ATP,
la ED no debería ser muy común entre los organismos
(debería ser residual o incluso desaparecer a lo largo de la
evolución). La distribución filogenética de las dos rutas
metabólicas se puede apreciar en la imagen adjunta.
Se buscaron en los genomas secuenciales de bacterias y
arqueas cómo de distribuidas estaban estas dos versiones de
la glicólisis.
Las conclusiones a las que llegaron fueron que en un 30%
de los microorganismos estudiados todavía no está muy
claro cuál de las dos rutas siguen. En cambio, el 43% de
estos genomas contienen los enzimas para la EMP, un 13%
los de ED y un 14 % poseen la capacidad de optar por ambas
rutas.
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Por lo tanto, el mensaje que nos está mandando la naturaleza se presenta bastante claro:
primero, no es cierto que el único criterio de selección del metabolismo sea la producción
de ATP, porque eso iría en contra de la existencia de una glicólisis que produzca menos
ATP; segundo, hay una cierta abundancia significativa de microrganismos que solo
presentan la ED como única ruta glucolítica. Probablemente, estos seres presenten otras
propiedades que no estamos contemplando que harán de la ED una ruta beneficiosa.
Finalmente, encontramos organismos que obtienen ambas rutas, lo que se puede traducir
en que, dependiendo del ambiente que les rodee, les será más o menos favorecedor el
emplear una u otra ruta.
Para aclarar con una mayor profundidad el por qué unos organismos presentan una ruta u
otra, tenemos que adentrarnos en cuestiones termodinámicas. Una ruta metabólica (por
ejemplo, cuando se va de glucosa a piruvato), tiene una determinada ΔG, que
normalmente es negativa. Si sintetizamos ATP acopladamente a este valor de ΔG, una
fracción de la ΔG total del proceso la tenemos que invertir en la formación de ATP. Por
ello, la ΔG real que existe en la formación de glucosa a piruvato ya no es la misma. La
consecuencia de esto es que disminuimos la pendiente energética y, con ello, la
posibilidad de que el flujo de materia que se incremente o no. El flujo de materia (cantidad
de materia transformada por unidad de tiempo) depende de la diferencia energética entre
el producto inicial y final. Cuanto más abrupta sea esta diferencia, más rápidamente puede
transformarse la materia, mas lejos del equilibrio termodinámico nos encontramos
(ΔG<<<<0). Por lo tanto, si disminuimos esta diferencia energética porque la estamos
dirigiendo hacia la síntesis de ATP, el flujo de materia podría anularse, (sistema en
equilibrio, ΔG=0) por lo que debe haber un balance entre la cantidad energía invertida y
el coste de disminución del flujo de materia (trade-off).
Para aclarar lo anteriormente explicado, pongamos un ejemplo: la reacción de
transformación de glucosa a piruvato tiene un valor de ΔG<0, es un proceso muy
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Sulfoglicólisis
Aunque parezca que en organismos muy estudiados, como es Escherichia coli,
conozcamos todo el funcionamiento de su metabolismo, continuamos descubriendo
nuevas rutas metabólicas. El metabolismo todavía tiene aspectos concretos por descubrir.
Precisamente en E. coli se ha descubierto una nueva ruta denominada sulfoglicólisis, que
es la ruta por la cual se metaboliza una molécula denominada sulfoquinovosa (SQ), un
derivado glucosado del ácido sulfónico. Esta molécula se encuentra en las membranas
lipídicas de plantas superiores y otros organismos fotosintéticos en forma de sulfolípidos.
Se estima que su producción anual es de unas 10.000 millones de toneladas, lo cual
significa que debe ser degradado por algún organismo, puesto que si no fuera así se
encontraría en grandes concentraciones en la biosfera.
Este compuesto se degrada principalmente por bacterias mediante la ruta de la
sulfoglicólisis, obteniéndose dos moléculas a partir de esta: dihidroxiacetona fosfato
(DHAP, intermediario de la glicólisis, puede ser empleado para la producción de
biomasa) y un producto sulfurado, 2,3-dihidroxipropano-1-sulfonato (DHPS), no
degradable por E. coli. Por lo tanto, la mitad de la SQ se puede emplear como sustrato
aprovechable y la otra mitad debe excretarse. Puede que E. coli no pueda aprovechar el
DHPS como nutriente, pero otras bacterias sí pueden asimilarlo, como es el caso de
Cupriavidus pinatubonensis. La combinación de estas dos bacterias sería suficiente para
la degradación completa de la SQ.
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De esta ruta metabólica se pudo identificar cuatro enzimas nuevos que se asemejaban
bastante en su funcionalidad con algunos enzimas que participan en la glicólisis
tradicional o EMP (isomerasas, quinasas, aldolasas, etc.).
Los genes que codificaban estos enzimas se identificaron como “sin función” (la Y
delante del gen identifica a los genes de E.coli cuya codificación se desconoce), puesto
que no se habían caracterizado sus enzimas. Los autores de este trabajo consiguieron
determinar las características estructurales y cinéticas de estos nuevos enzimas.
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- Modo 3: Se requiere mucho más NADPH que R-5-P. Por ejemplo, el tejido
adiposo requiere de un elevado nivel de NADPH para la síntesis de ácidos grasos.
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El piruvato generado puede oxidarse para producir más ATP o ser utilizado como
precursor de biosíntesis.
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es sustituir algunas reacciones por otras que hacen que el proceso sea reversible para la
célula. Estas reacciones, que son prácticamente irreversibles en la glicólisis, se sustituyen
por:
- El fosfoenolpiruvato (PEP) se forma a partir de piruvato (PYR) vía oxalacetato
por la acción de la piruvato carboxilasa y la fosfoenolpiruvato carboxiquinasa.
El primer paso en la gluconeogénesis es la carboxilación del PYR para formar
oxalacetato a expensas de una molécula de ATP.
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Coordinación glucólisis-gluconeogénesis.
La glicólisis y la gluconeogénesis se coordinan de una manera específica en cada tejido
para asegurar que se cubren las necesidades de todas las células. Consideremos el caso
fisiológico de un atleta que realiza un sprint. Durante el ejercicio vigoroso, los músculos
esqueléticos de las piernas están en contracción, y la velocidad de la glicólisis supera la
velocidad a la que la vía del ácido cítrico oxida el piruvato. Por lo tanto, la glucosa se
metabolizará de forma anaerobia (glicólisis anaeróbica) a CO2 y H2O o, más
probablemente, de forma anaeróbica a lactato por acción de la lactato deshidrogenasa,
eliminando el exceso de piruvato. El lactato entonces difunde a la sangre en busca de ser
metabolizado por otro tipo celular. Este proceso permite la producción de ATP en
ausencia de oxígeno.
En el músculo cardíaco, el lactato puede
volverse a convertir en piruvato y utilizarse
como combustible, junto con la glucosa,
para potenciar los latidos cardíacos y
mantener el flujo sanguíneo del atleta
durante el sprint. Estas células están muy
bien oxigenadas, por lo que el piruvato se
metaboliza por el ciclo de Krebs y la
fosforilación oxidativa para generar ATP.
El exceso de lactato puede ir a las células
hepáticas y convertirse en glucosa por la vía
gluconeogénica, proceso que recibe el
nombre de ciclo de Cori. La
gluconeogénesis, una función primaria del
hígado, tendrá lugar rápidamente para
asegurar la presencia en sangre de suficiente
glucosa para los músculos esqueléticos y
cardíaco, al igual que para otros tejidos. El
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¿Qué ventajas tiene emplear ortofosfato en lugar de H2O? Con ello, nos ahorramos el
hecho de tener que fosforilar posteriormente la glucosa, puesto que si se realizara una
hidrólisis, obtendríamos glucosa libre y necesitaríamos gastar ATP para fosforilarla.
Además, esta podría difundir por la membrana y escaparse de la célula. El hecho de
fosforilarla nos permite además paliar esta desventaja al añadirle la carga negativa del
fosfato, evitando su difusión, minimizando las pérdidas.
La glucógeno fosforilasa, por sí sola, puede degradar el glucógeno hasta un cierto límite.
El enzima pronto encuentra un obstáculo: los enlaces glicosídicos α-1,6 de los puntos de
ramificación, que no son susceptibles de escisión por la fosforilasa. De hecho, la
fosforilasa cesa de escindir enlaces α-1,4 cuando llega un residuo terminal situado a
cuatro residuos del punto de ramificación.
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Rutas autotróficas
Una ruta autotrófica es cualquier ruta que sea capaz de convertir CO2 en biomasa.
Necesitamos una serie de actividades enzimáticas que conecten el CO2, la forma más
oxidada del carbono, con componentes de la biomasa o precursores de la biomasa.
Normalmente siempre habrá una ruta metabólica que conectará el CO2 con un
intermediario metabólico ya conocido (de la glicólisis o del ciclo de Krebs). Para pasar
CO2 a biomasa necesitaremos dos elementos esenciales: primero, electrones de suficiente
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energía para realizar este tipo de procesos, que provendrán o bien de NADPH, o de la
ferredoxina reducida (proteína de bajo peso molecular con un núcleo ferrosulfurado,
que transporta electrones de uno en uno y que tiene un potencial de reducción similar al
H2, por lo que es el reductor más fuerte del que pueden disponer las células) provenientes
de alguna fuente metabólica; y segundo, energía en forma de ATP.
Las rutas autotróficas más conocidas son las siguientes:
Ciclo de Calvin-Benson
El ciclo de Calvin se basa en actividades enzimáticas que ya conocemos, relacionados
con la glicólisis, la gluconeogénesis y la ruta de las pentosas fosfato, junto con otras dos
que vamos a explicar a continuación.
El enzima principal de esta ruta es la RuBisCO (ribulosa-1,5-bisfosfato
carboxilasa/oxigenasa). La RuBisCO de los cloroplastos consta de ocho grandes
subunidades y ocho pequeñas, aunque existen otras RuBisCO en otros organismos de
tamaños variados. La RuBisCO es probablemente la proteína más abundante de la
biosfera.
El sustrato inicial del primer paso del ciclo de Calvin es la ribulosa-1,5-bisfosfato, que
proviene de la ribulosa-5-fosfato producida en la ruta de las pentosas fosfato. Debemos
preparar el sustrato inicial para realizar la fijación del CO2 con la ribulosa-1,5-
bisfosfato, de tal manera que fosforilamos en posición 1 a la ribulosa-5-fosfato (reacción
catalizada por la fosforibuloquinasa, PRK), a expensas de ATP.
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Esta ruta representa la manera más simple de ruta autotrófica que podemos encontrar en
la naturaleza y la realizan principalmente bacterias anaeróbicas estrictas (acetogénicas,
metanógenas y bacterias reductoras de sulfato).
Se basa en la combinación de dos reacciones:
- Primero, se toma un CO2 y se reduce a un grupo metilo, que se mantiene unido a
un cofactor llamado tetrahidrofolato.
- Otro CO2 se reduce en forma de grupo carbonilo, que está unido al centro metálico
de la CO-DH.
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Como curiosidad, las otras rutas autotróficas mencionadas anteriormente son las
siguientes:
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