La filogeografía es un campo relativamente joven que investiga la historia y

procesos contemporáneos que afectan la distribución geográfica de los linajes

genealógicos, particularmente aquellos a nivel intraespecífico. La filogeografía
ocupa un lugar entre los campos microevolutivo (demografía, genética de
poblaciones y etología) y macroevolutivo (sistemática, biogeografía histórica y
paleoecología). Irónicamente, desde que se acuñó el término, las líneas que
demarcan la filogeografía de los estudios genéticos filogenéticos y poblacionales se
han difuminado sustancialmente, y puede ser más razonable considerar que esta
subdisciplina es una investigación que incorpora procesos tanto macro como
microevolutivos en lugar de ocupar un espacio discreto. Espacio entre estas dos
escalas.
El principal beneficio de los estudios filogeográficos es que revelan patrones que
son demasiado difíciles de descubrir utilizando otros enfoques menos integradores.
Por ejemplo, los estudios filogeográficos pueden detectar la diversidad genética
críptica en el rango geográfico de un taxón, que puede ser un paso temprano en el
reconocimiento de nuevas especies. En este sentido, la filogeografía puede
proporcionar la información inicial sobre el rango geográfico de un linaje recién
definido; esto a su vez puede proporcionar información crítica utilizada para priorizar
los esfuerzos de conservación dirigidos a mantener poblaciones viables de linajes
recién descubiertos.
Debido a que evaluar los límites de las especies y reconocer la verdadera
biodiversidad de una región es un objetivo primordial para los conservacionistas, la
investigación filogeográfica está íntimamente ligada a la biología de la conservación.
Los métodos filogeográficos también permiten la examinación de hipótesis
concerniente a los efectos de la dispersión en la estructura de la población y el
temporal y orígenes geográficos de la diversidad de linajes.
La filogeografía comparativa también ha surgido como un método para inferir el
papel de los eventos históricos y los procesos demográficos en la conformación
diversidad genética en comunidades ecológicas. Este enfoque pregunta, ¿son
especies dentro de un área particular afectada por eventos históricos similares? y
si es así, ¿cómo? Comparado con los estudios de una sola especie, este enfoque
multiespecífico permite hacer inferencias más amplias sobre la importancia de áreas
geográficas particulares, la diversidad que estas áreas albergan, y los procesos
históricos en común que han generado biodiversidad.

En comparación con otros vertebrados, particularmente mamíferos y aves,

pocas especies de serpientes han sido objeto de pruebas sustanciales y bien
muestreadas
Investigaciones filogeográficas. Por ejemplo, solo 3 de las 148 especies incluidas
en un estudio filogeográfico comparativo de los taxones que se producen en el
sureste de los Estados Unidos eran serpientes, a pesar del hecho de que existen
más de 30 especies de serpientes entre el río Mississippi y el territorio de Florida.
Un pequeño porcentaje de serpientes encontradas en los Estados Unidos en
realidad han sido examinadas filogeográficamente y las especies que han sido
objeto de estudios filogeográficos en todo el mundo son sorprendentemente bajas,
particularmente en las áreas con mayor diversidad biológica, las regiones tropicales
del Nuevo y Viejo Mundo. De las aproximadamente 3000 especies de serpientes
descritas, estimamos que menos del 3% de ellas han sido examinadas
filogeográficamente. En consecuencia, los estudios sobre serpientes.
han contribuido poco al desarrollo metodológico del campo de la
filogeografía. Esto es desafortunado porque la investigación filogeográfica sobre
Las serpientes tienen el potencial de proporcionar información valiosa sobre la
biodiversidad de las serpientes,
La taxonomía y la evolución, y pueden contribuir aún más como modelo.
Sistema para elucidar y validar patrones filogeográficos más amplios que
pueden haber formado muchos componentes de la biota de una región.
Los datos necesarios para los estudios filogeográficos de animales a menudo se
derivan de secuencias de ADN. Otros marcadores genéticos, como aloenzimas,
marcadores microsatélite repetidos al azar (secuencias compuestas de un solo
motivo corto y repetido), ADN polimórfico amplificado aleatoriamente, polimorfismos
de longitud de fragmentos amplificados y elementos intercalados cortos y largos
también se pueden usar en la filogeografía estudios. Dado que la mayoría de los
estudios actualmente infieren estimaciones filogeográficas de secuencias de ADN,
particularmente ADN mitocondrial (ADNmt), nuestro enfoque en este capítulo
incluye métodos de análisis, diseño experimental y otras consideraciones
predominantemente para datos filogeográficos basados en ADNmt.

Esquemas

Recopilación de datos
Adquisición de tejidos
Adquisición de tejidos para la investigación filogeográfica de la mayoría de las
especies, en particular
Aquellos con amplios rangos, es una tarea que requiere mucho tiempo y puede
requerir varios años. Idealmente, un estudio filogeográfico incluye numerosos
individuos de tantas poblaciones como sea posible para que el investigador logre la
meta de caracterizar adecuadamente los principales patrones filogeográficos y
dilucidar la estructura genética detallada y la demografía histórica de las especies
estudiadas. Al igual que con cualquier estudio cuantitativo, la cantidad de muestras
requeridas depende de la potencia necesaria para abordar hipótesis específicas de
interés. La dura realidad es que el alcance de muestreo para cualquier proyecto de
filogeografía se basa en la disponibilidad de tejidos ya recolectados y en la
posibilidad de recolectar legalmente más tejidos en el campo. Los tejidos se pueden
adquirir directamente de animales capturados en el campo o indirectamente
A través de colegas o colecciones de museos. El primer método puede ser mucho
tiempo.
consume y es costoso, implica completar solicitudes de permiso, viajar y realizar
trabajo de campo. La adquisición directa de tejidos, sin embargo, es más
gratificante porque permite a los investigadores familiarizarse con el
historia natural de las especies estudiadas (por ejemplo, preferencias de hábitat y
comportamiento
patrones). Este conocimiento es intrínsecamente valioso y proporciona una
comprensión más holística de la ecología de los organismos objetivo, que en última
instancia puede desempeñar un papel vital en la interpretación de los aspectos
fundamentales que han jugado un papel clave en la determinación de patrones
filogeográficos. Los coleccionistas de campo también deben mantenerse detallados.
notas de campo y registros de localidad georeferenciados de sus muestras; estos
datos
Contiene la documentación crítica que da validez a los especímenes científicos.
Cuando los tejidos se adquieren de manera indirecta, los investigadores deben
hacer un esfuerzo para verificar la identidad y la información de la localidad de los
especímenes del cupón antes de publicar sus resultados.
Los tejidos también se pueden obtener de colegas o colecciones de investigación
del museo,
y muchas instituciones tienen bases de datos de tejidos de búsqueda en sus sitios
web.
Debido a que la adquisición de tejidos es una tarea costosa y lenta, no es apropiado
para los investigadores pedirles a sus colegas o museos sus muestras como la
única fuente para un estudio filogeográfico. Los trabajadores deben solicitar a
instituciones e individuos solo una pequeña cantidad de muestras para
complementar su propio material recolectado en el campo (u obtenido de animales
en cautiverio con datos confiables de la localidad). Las contribuciones de los
recolectores de campo a un estudio genético no deben ser subvaluadas. Teniendo
en cuenta los costos, el tiempo y el esfuerzo asociados con la obtención,
preparación y mantenimiento de colecciones de tejidos, se debe invitar a los
investigadores que proporcionen una fracción significativa de los tejidos incluidos
en un estudio filogeográfico (o sistemático) para que sea coautor del artículo que
informa los hallazgos de La investigación, en función de la contribución relativa de
sus muestras. Casi todos los países y la mayoría de los estados de los Estados
Unidos requieren que los investigadores obtengan un permiso o licencia emitida por
el gobierno antes de intentar recolectar tejidos de animales vivos o muertos.
La recolección de especímenes sin la autorización oficial apropiada puede llevar a
una multa sustancial, una condena por delito grave y severas restricciones en
futuras investigaciones.
Investigadores que deseen recolectar especímenes o tejidos en los Estados Unidos.
Los estados deben consultar una guía de campo para los reptiles y la ley.
Las instituciones que emiten el permiso a menudo solicitan una cantidad
considerable de documentación auxiliar, incluida una propuesta de investigación,
una descripción de la cantidad de especímenes que se recolectarán y las áreas
donde y las fechas en que se llevará a cabo la recolección. Para taxones de gran
alcance, el proceso de permiso puede requerir una inversión considerable de tiempo
y dinero. Por lo tanto, los investigadores deben presentar solicitudes de permiso
varios meses antes de sus expediciones de campo programadas para evitar
retrasos burocráticos que podrían forzar un cambio o cancelación de los planes de
recolección. Se recomienda consultar la lista de especies definidas como en peligro
de extinción, amenazadas o de especial preocupación antes de solicitar permisos o
visitar áreas específicas. Una especie con pocas restricciones de recolección en
una región puede ser clasificada como amenazada en otra (lo que complica
drásticamente el proceso de permisos). Los investigadores siempre deben tener a
mano copias de todos los permisos de recolección emitidos para ellos o sus
colaboradores cuando se encuentren en el campo, y algunas revistas requieren
estos números de permiso en la sección de agradecimientos del artículo resultante.
Una agencia gubernamental también puede examinar la lista de especímenes
incluidos en un estudio y pedirle al (a los) autor (es) que produzcan copias de todos
los permisos bajo los cuales se recolectaron los especímenes y los tejidos.
Fuentes de ADN
Muchos tipos de tejidos, dadas las diversas estrategias de preservación de tejidos,
producen
Fuentes suficientes de ADN. Aunque es posible obtener suficiente ADN de casi
cualquier tejido, cuanto mayor sea la calidad de la fuente (y el ADN resultante), más
rápido y más fácil será producir los resultados. El ADN de plantilla de baja calidad
puede aumentar fácilmente el esfuerzo requerido para obtener datos. Los tejidos
más utilizados son el hígado y el músculo esquelético; Estos también tienden a
producir la mayor cantidad y calidad de ADN. Si se desea (o se requiere) una
colección no letal de tejidos, los clips de escala ventral que incluyen una capa
delgada de tejido conectivo en la base de las escamas o las puntas de la cola de
especímenes vivos o muertos en el camino a menudo producen ADN utilizable. Los
especímenes muertos en el camino en un estado de descomposición relativamente
avanzado pueden producir suficiente material para estudios genéticos, siempre que
el tejido no se extraiga de los órganos internos en descomposición. La obtención de
sangre a partir de muestras más grandes y las pieles desprendidas también son
medios no letales viables para obtener ADN de calidad. Los mayores rendimientos
de ADN de las pieles desprendidas a menudo se obtienen de la base opaca, más
dura y con forma de hilo, de las escamas ventrales. La radiación ultravioleta daña
el ADN, y las pieles de cobertizo (u otros tejidos) muy secas y quebradizas,
sustancialmente expuestas a la luz solar, son fuentes pobres de ADN. Todos los
tejidos deben colocarse en frascos de plástico estériles (generalmente de 1.5 a 2
ml) y deben almacenarse inmediatamente en etanol al 95%, en tampón de lisis (ver
más adelante en el capítulo), en hielo seco (dióxido de carbono sólido), en nitrógeno
líquido o en congelador ultrafrío (–70 a –150 ° C). Las muestras almacenadas en
alcohol (o tampón) se deben picar o cortar en tiras (y no se llenan en exceso) para
permitir que el conservante penetre en todo el tejido; de lo contrario, partes de la
muestra pueden descomponerse con el tiempo, produciendo ADN inutilizable. Las
muestras conservadas en alcohol siempre deben mantenerse en lugares oscuros,
secos y fríos, preferiblemente en un congelador a –10 ° C (o más frío). El
almacenamiento de tejidos en etanol es conveniente y económico, pero tiene sus
limitaciones; este tipo de almacenamiento a largo plazo impide que las muestras se
utilicen para obtener datos moleculares no de ADN (de moléculas de proteína o
ARN). Las pieles del cobertizo deben colocarse en bolsas de plástico y almacenarse
en un congelador ultrafrío. La congelación inmediata de tejidos en nitrógeno líquido
y su almacenamiento en nitrógeno líquido o en un congelador a –80 ° C es la mejor
manera de preservar todas las moléculas (proteínas, ADN y ARN) para su uso
posterior. Qiagen y otras compañías venden amortiguadores conservantes para la
conservación y el almacenamiento a largo plazo del ARN. Ver Dessauer et al. (1996)
para una discusión exhaustiva de temas relacionados con la recolección y
almacenamiento de muestras de tejidos para estudios genéticos.
Una alternativa al alcohol para conservar el ADN de los tejidos en el campo es un
tampón de lisis a base de detergente, que es bastante económico, es fácil de
fabricar y produce ADN de mayor calidad que el almacenamiento de alcohol incluso
después de un almacenamiento a largo plazo (> 5 años) . A diferencia del alcohol,
este tipo de tampón digiere el tejido en varios días a temperatura ambiente y libera
ADN en el tampón. Este método también parece funcionar igualmente bien con
tejido fresco, cobertizos, clips de escamas y sangre. Existen numerosas recetas, y
proporcionamos una que hemos utilizado ampliamente (con excelentes resultados).
Las concentraciones de reactivos para este tampón de lisis son tris (hidroximetil)
aminometano (Tris) 0,5 M, ácido etilendiaminotetraacético al 0,25% (EDTA) y
dodecilsulfato de sodio (SDS) al 2,5%, todo en agua destilada purificada. La receta
para 1 l es la siguiente. Combine 60 g de Tris, 2.5 g de EDTA, 25 g de SDS y agua
hasta un volumen de 1 l. Autoclave el tampón y alícuote en viales estériles antes de
usar. Las muestras en el tampón de lisis se pueden mantener a temperatura
ambiente o por debajo de ellas durante meses (al menos) y también pueden
congelarse para su almacenamiento a largo plazo. Este método de conservación
también es conveniente porque un pequeño volumen de muestra congelada (en su
mayoría tampón) se puede raspar fácilmente y usar para extraer ADN sin la
necesidad de separación o descongelación de la muestra.