FABPs en VMD

Comandos básicos de uso del VMD

En esta guía solo se darán los lineamientos generales para usar VMD. Para saber más, lean
“VMD Molecular Graphics” http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/current/ug.pdf

Asumimos que no han tenido problemas para instalar VMD, ya saben abrir el programa, y
obtener un archivo PDB. Si los tienen, por favor avisen y los ayudamos a resolverlos.
Trabajaran con una proteína transportadora de lípidos que ya hemos mencionado en la Guía 4:
2WUT.pdb

Vamos a recorrer rápidamente algunas funciones de VMD

Esta guía tiene 6 secciones:

1. - Cargar y ver una molecular

2. - Opciones gráficas
3. - Guardar imágenes, guardar el trabajo.
4. - Medir distancias, ángulos, etc.
5. - Breve introducción a las FABPs.
6. - Recorriendo la estructura 2WUT

Las secciones 1 a 4 es conveniente que las resuelvan “solos”, es decir, una persona por
máquina, aunque también es conveniente estar interconectados con otros compañeros (vía
Messenger, por ejemplo) para agilizar la discusión y no quedar bloqueados por algún
problema.
La sección 5 es lectura solamente.
La sección 6, si están solos, continúen avanzando con la guía, pero sería conveniente que la
resuelvan en grupos de dos o tres personas (no más de 3) por máquina, y aquí también,
interconectados con otros grupos. Es muy importante que puedan intercambiar información y
opiniones.
Luego haremos el cierre de la guía.

Para nosotros serán muy útiles todas las críticas y comentarios que permitan mejorar la guía.
Por favor escríbanlas, y luego las charlamos.
 1. - Cargar y ver una molecular

Comenzamos cargando una molécula, la 2WUT.pdb que bajan de la PDB y guardan en la carpeta en la que van a
trabajar.

En la ventana principal (VMD Main) busquen: File, y “click” en “New Molecule…”. Se abrirá una nueva
ventana llamada “Molecule File Browser” (1).

2
3

Desde la nueva ventana (1), vayan a buscar el archivo que bajaron (2WUT.pdb), usando el botón “Browse…”(2)
y una vez localizado el archivo, cárguenlo con el botón “Load” (3) (no olviden apretar el botón “load”, sino no
carga las coordenadas).

La nueva situación es:

También podrían escribir en “FileName” el código PDB de las coordenadas que buscan (en este caso “2WUT”) y
luego hacer “click” en el botón “Load”. Si están conectados a Internet, el programa busca y carga las
coordenadas. Cargadas las coordenadas, pueden cerrar la ventana “Molecule File Browser”.

Si esto falla, si no logran abrir el archivo, o el programa da mensajes de error o se cierra, es posible que estén usando una cuenta en Windows
cuyo nombre de usuario (el nombre de la cuenta en la máquina que usan) contenga acentos (por ejemplo, nombre de usuario “Andrés”) o
espacios en blanco (por ejemplo, nombre de usuario “Juan Pablo”). De ser así, van a encontrar problemas para usar archivos .pdb que estén
en el escritorio o en carpetas que dependan del escritorio, ya que VMD no va a reconocer el camino (el “path”) de acceso al archivo.
Tiene solución, consulten con nosotros.
Coloquen el cursor del ratón sobre la ventana gráfica (VMD OpenGL Dispaly). Usen el botón izquierdo del ratón
para rotar sobre el eje “x” e “y” del monitor, y el botón derecho para rotar en “z”. La ruedita del ratón suele
funcionar de “zoom”.
Aquí no funciona “shift” o “ctrl”, como en Rasmol.
Para desplazar la molécula o hacer “zoom” sobre ella, en la ventana “VMD Main”, vayan a Mouse, y
seleccionen “Translate Mode” o “Scale Mode”. Vuelvan a la pantalla gráfica, y ahora el ratón servirá para
trasladar o hacer zoom sobre la molécula.

Una forma más simple de conseguir lo mismo, mientras están en la pantalla grafica, es oprimir las teclas “r”, “t”
o “s” y así seleccionar la función que cumple el ratón. “Translate mode” y el botón derecho del ratón “aleja” la
molécula del observador y resta efecto de profundidad.
Utilicen “c” (center) y “click” sobre un átomo dado; luego “r” y ese átomo se convertirá en el centro de rotación.

Seguramente después de probar estas opciones desearan volver a la situación original, y pueden hacerlo yendo a
la ventana “VMD Main”, “Display”, “Reset View”.
 2. - Opciones gráficas
VMD permite múltiples formas de representar una molécula. Hay cuatro parámetros principales a determinar:
a) la selección de átomos incluida en la representación, por ejemplo: toda la molécula, una selección de
aminoácidos, un ligando, el solvente, o una combinación de lo anterior.
b) el estilo de dibujo: líneas, esferas y barras (CPK), VDW, “cartoon”, etc.
c) el color: por residuo, por tipo de átomo, por estructura secundaria, etc.
d) el “material” con que se hace la representación: metálico, opaco, transparente…

Asumimos que tienen la molécula 2WUT.pdb cargada, van a “VMD Main”, “Graphics”, “Representations”, y se
abre una nueva ventana llamada “Graphical Representations”.

Lista de representaciones que están

siendo vistas en la ventana grafica. En
este caso, sólo una.

Estos son los átomos seleccionados para

generar una representación, y la pestaña
desde donde se seleccionan.

Estamos viendo la pestaña “Draw style”

desde la que se controla el método de
dibujo, el color y el material.

Cada “método de dibujo” tiene su propio set

de parámetros, en este caso el método es
“lines” y se puede controlar el espesor de
las líneas

No olviden aplicar los cambios, o bien seleccionar

que se apliquen automáticamente.

Exploren las opciones de “métodos de dibujo”, recuerden que cuanto mayor detalle de la figura, más lenta será la
representación. El botón “Default” devuelve los valores originales para un set de parámetros dado.

Les resultara familiar “cartoon” o “new cartoon” (Drawing Method  NewCartoon), coloreado según la
estructura secundaria (Coloring Method-> Secondary Structure).

VMD usa el programa STRIDE (Frishman et al., Proteins, 23:566, 1995) para asignar estructura secundaria.

Colorear según “ResType” hará blancos los residuos no-polares, rojos los ácidos, azul los básicos y verde los
polares.
 Para hacer un grafico complejo, VMD trabaja superponiendo más de una representación. Cada representación
puede tener sus propias características en cuanto a los átomos seleccionados, estilo de dibujo y color. Vamos a
ver un ejemplo con la molécula que estamos utilizando. Dijimos que era un transportador de lípidos, y en este
caso particular transporta Acido Palmítico. Si buscan en el archivo pdb (en el texto), verán que los autores han
utilizado el nombre de residuo “PLM” para designar al ácido.

Supongamos que queremos ver el Palmítico y la interacción de la cabeza polar con residuos de la proteína (por
ej. ARG 106, ARG 126 y TYR 128). En este caso, seria conveniente hacer tres representaciones: a) la proteína
total solo como estructura secundaria, b) los residuos 106, 126 y 128 átomo por átomo, c) el Palmítico también
con sus átomos.

Vamos rápido, vean el resultado gráfico solo al final. Siempre en la ventana “Graphical Representations”:
Generen dos nuevas representaciones (que queden tres en total) oprimiendo dos
veces el botón “Create Rep”. Las nuevas representaciones aparecerán abajo (1,2 y
3).
Seleccionen la primera representación (1), haciendo “click” con el ratón solo una
1 vez (tengan cuidado, doble click la desactiva y aparece en rojo).
2
3 Con esta representaremos la estructura secundaria.
En “Selected Atoms” escriben solamente “protein” y dan “enter” para que tome el
dato; en “Draw Style” eligen: Coloring Method Secundary structure; Material 
opaque, Drawing Method  NewCartoon. Y recuerden hacer “click” en Apply.

Seleccionen la segunda representación (2), haciendo “click”. Representaremos los

aminoácidos que nos interesan: el 106, 126 y 128.
En “Selected Atoms” escriben “protein and (resid 106 126 128)” y hacen click en
Apply (o dan “enter”) para que tome el dato.
El conectivo “and” es un conectivo lógico. Lo que se seleccionará es todo lo que cumpla la
característica de ser a la vez parte de la proteína y residuo 106 126 128 (por lo tanto sólo mostrará esos
residuos de la proteína). Del mismo modo funcionan “or” y “not”.
En “Draw Style” eligen: Coloring Method  Element; Material  opaque,
Drawing Method  CPK. Y recuerden hacer “click” en Apply.

Seleccionen la representación (3), para trabajar con el Palmítico.

En “Selected Atoms” escriben “resname PLM” y dan “enter”.
En “Draw Style” eligen: Coloring Method Element; Material  BrushedMetal,
Drawing Method  Licorice. Y recuerden hacer “click” en Apply.

Ahora sí, vean como quedó la figura. Prueben desactivar y activar las representaciones haciendo doble “click” en
cada una de ellas (1, 2 o 3). También usaremos la expresión “prender” o “apagar” la representación.

Además, en “VMD Main”  Display, pasen de “Perspective” a “Orthographic” si ven que les molesta tanta
profundidad en la imagen, o pueden encender las luces “Light 2” y 3.
También en Display, vean el efecto de “Background”  “Gradient”, o pueden sacar los ejes con “Axes” 
“Off”.
 3. - Guardar imágenes, guardar el trabajo.
Guardar el trabajo:
Como las guías insumen cierto tiempo, posiblemente necesiten interrumpir el trabajo antes de finalizar. Pueden
guardar el estado en que se encuentran en un momento dado y retomar luego. Utilicen “Save State” desde la
ventana principal del VMD. Es importante que incluyan el nombre y la extensión “.vmd” (el programa no lo
hace solo)

Prueben hacerlo ahora: guarden (Save State), cierren VMD (Quit) y recuperen el estado guardado (Load State).
Si ustedes salen sin guardar el trabajo, o se les cierra VMD, tendrán que recomenzar todo.

Guardar imagen:
Para generar una imagen a partir del modelo (para renderizar), VMD cuenta con recursos de distinta
complejidad, que permite llegar a calidad de publicación. Pero usaremos el mas simple: sacar “una foto”
(snapshot) de la ventana gráfica.

En VMD Main  File  Render.

Se abre la ventana “File Render Controls”

En esta ventana:

1. Tipo de renderizacion: snapshot

2. Donde se guardara el archivo, y con que nombre (no

olviden ponerle la extensión “.bmp”

3. Generar y guardar la imagen

Guardar vistas de la ventana gráfica:

Esta opción es muy práctica, pero en mi máquina anda erráticamente, y si bien es cómoda, no me resulta fiable. Puede ser un problema solo
en mi máquina… pueden probar en la de ustedes. Solo la incluimos aquí porque cuando anda, es útil.
Es posible que mientras recorran la estructura encuentren maneras de verla a las que les interese regresar para
volver a analizarla más tarde, o sacar una imagen. Hay una opción que les permite ir guardando distintas vistas,
y luego volver a ellas con facilidad, como un archivo con varios “Save State” consecutivos.
En VMD Main  Extensions  Visualization  ViewMaster. Esto abre una ventana que les permite grabar con
un simple botón.
 4. Medir distancias, ángulos, etc.

La manera de medir distancias y ángulos, como es lógico, esta asociada al ratón y se controla desde “VMD
Main” Mouse, luego se paran sobre Label y se despliegan las otras opciones.
Al seleccionar “Bonds”, el ratón queda listo para medir
distancias. Haciendo “click” en los 2 átomos de interés, el
resultado aparece sobre la ventana gráfica y también en la
ventana de comandos.

Una manera cómoda de pasar de una función a otra es

apretando el número “2” para distancias, 3 para medir
ángulos, 4 para medir diedros.
 5. Las FABPs.
Como mencionamos en la introducción, vamos a recorrer someramente la estructura de una proteína
transportadora de ácidos grasos (una Fatty Acid Binding Protein). Hemos elegido la 2WUT, cualquier otra FABP
serviría al mismo propósito. En el resto de la sección 5 damos una breve introducción para poner en contexto la
molécula que vamos a analizar, no es necesario que estudien o memoricen esta información.

La familia de las FABP pertenece a una “superfamilia” estructural de proteínas que presentan una similitud
bastante obvia (un “barril beta”), aunque a nivel de secuencia de aminoácidos la relación no es tan evidente.
En esta superfamilia, un conjunto de láminas
beta se pliegan dando una estructura tipo barril
o copa con una gran cavidad en el medio.
El barril tiene un extremo abierto y el otro
cerrado, y ciertos residuos o cadenas pueden
estar actuando como “tapa” del barril en su
extremo abierto. El interior del barril aloja
ligandos, que varían según las familias
estructurales y funcionales que estemos
analizando. Así por ejemplo, las Lipocalinas
(el barril formado por 8 laminas beta), aloja
moléculas pequeñas e hidrofobicas, como por Tomado de: Flower, D.R., North, A.C.T. & Sansom, C.E. The lipocalin protein family: structural and sequence overview. Biochimica et

ejemplo Retinol. Biophysica Acta (BBA) - Protein Structure and Molecular Enzymology 1482, 9-24 (2000).

Las FABPs tiene una gran diversidad de secuencia, y diferentes miembros de esta familia pueden llegar a tener
solo un 15% a de identidad de secuencia de aminoácidos. Se ha resuelto la estructura de varias FABPs, tanto por
difracción de rayos-X como por RMN. Entre ambas técnicas suman más de 70 estructuras depositadas en la
PDB. Y a pesar de su diversidad de secuencia, todas las FABPs comparten una estructura tridimensional casi
idéntica. Es un barril beta de 10 láminas antiparalelas, y una tapa “alfa hélice-giro-alfa hélice” que cierra el
extremo abierto del barril, por donde va a acceder el ligando al interior de la proteína.

En la figura a continuación (Figure 1) puede ver un resumen de las funciones que se le atribuyen a las FABPs, y
en la tabla (Table 1) hay un sumario de distintos tipos de FABPs presentes en mamíferos, clasificadas según el
órgano donde se expresan. Hay sub-tipos presentes en otros organismos (por ejemplo peces), que no están
incluidas en la tabla.

Todas las FABPs ligan ácidos grasos de cadena larga, pero también pueden ligar otras moléculas hidrofobicas o
anfifilicas. Pequeñas diferencias estructurales entre los distintos sub-grupos de FABPs dan por resultado
diferencias de especificidad, de afinidad y de mecanismo de unión de los ligandos.
Como pueden ver en la siguiente figura (Box1), los distintos tipos de FABPs pueden tener distinta manera de
alojar un mismo ligando y, por supuesto, distintos ligandos

“Table 1”, “Figure 1” y “Box 1” fueron tomados de: Furuhashi, Masato, and Gökhan S. Hotamisligil. 2008. Fatty acid-binding proteins: role in metabolic diseases and potential as drug
targets. Nature Reviews Drug Discovery 7: 489-503. doi:10.1038/nrd2589.

Por último, la estructura que verán (2WUT) corresponde a una proteína humana presente en el Sistema Nervioso
Periférico (SNP), llamada “Myelin Protein P2”. Bioquímicamente, las vainas de mielina que envuelven los
axones están formadas por entre un 70–85% de lípidos (con un alto contenido de colesterol), y entre un 15–30%
de proteínas. Del total de esas proteínas, aproximadamente el 15% es “Myelin Protein P2”.

Verán que la estructura cristalográfica revela la presencia de Acido Palmítico en el interior de la 2WUT. Como la
proteína se ha obtenido de manera recombinante expresándola en E. coli , esto simplemente puede ser debido a
que el acido palmítico es el acido graso más abundante en esa bacteria, y no significa necesariamente que sea el
ligando natural de la “Myelin Protein P2” en el SNP.

Volvamos ahora a VMD.

 6. Recorriendo la estructura 2WUT

Vuelvan a la figura en la que se veía la estructura secundaria de la proteína, el palmítico y los residuos 106, 126
y 128. Si no la grabaron, tendrán que rehacerla. Identifiquen los distintos elementos de la estructura secundaria, y
cuenten el número de láminas beta de la 2WUT.
La estructura presenta un barril beta formado por … láminas.

Observen también la manera en que se aloja el ligando dentro de la cavidad, y compárenlo con las estructuras
que se muestran en el “Box 1” de la página anterior.

Vamos a agregar una nueva representación en la figura, de manera que ahora tendrán 4 representaciones en total.
a) “Create Rep”
b) “Selected Atoms” -> “protein” (y dan enter)
c) en “Draw Style”: eligen:
1
2 Coloring Method ColorID 8 white
3
4
Material  opaque
Drawing Method  Surf (y den enter)
(Paciencia, toma su tiempo en aparecer…)

El programa ha generado esta superficie haciendo rodar sobre la

molécula una esfera de radio “probe radius”, es decir, es la
superficie accesible a una esfera de un radio dado.

Mas grande el “probe radius”, menor será la zona accesible y

menos “rugosa”, menos detalle, tendrá la superficie.

Si el radio es el del agua, decimos que es la superficie accesible

al solvente.

Comiencen a rotar la molécula, y vean si encuentran una vía de acceso por la cual pudo haber entrado el ligando.
Peguen aquí una figura.

¿Les parece que el Acido Palmítico podrá haber entrado por ese espacio? Seguramente coincidiremos que es un
acceso demasiado pequeño para dejar pasar el acido, y por lo tanto que la entrada (o la salida) del ligando es
posible solo si hay un cambio conformacional de la proteína.
Vamos a ver qué rol juega el dominio “alfa hélice-loop-alfa hélice”. Para esto, vamos a eliminar la superficie que
lo recubre, y observaremos como queda la estructura. Entonces, vuelvan a la ventana de control de las
representaciones, y sobre la representación de la superficie (4), en “Selected Atoms” escriben (o copian de aquí)
“protein and not resid 15 to 36”, es decir, queremos la superficie de toda la proteína menos del fragmento 15 a 36
que corresponde a la hélice-loop-hélice.

Ahora deberían estar viendo la cavidad donde se aloja el ligando. Modifiquen la representación del Acido
Palmítico (3), y seleccionen en “Drawing Method”  “VDW”, es decir, que cada átomo sea representado por
una esfera de radio igual a su radio de van der Waals (lo que en RasMol era “esferas llenas”).
El ligando: ¿Ocupa todo el espacio disponible de la cavidad? Si la respuesta es “no” ¿Qué les parece que habrá
también en la cavidad donde se aloja el palmítico?

Ahora haremos explicitas las aguas cristalográficas.

Generen una nueva representación y en “selected atoms” escriben “resname HOH”, que es el nombre de residuo
que los autores de esta estructura le pusieron a las moléculas de agua. Asegúrense que la nueva representación
esté como “Drawing Method”  “CPK”, o “VDW”.
Achiquen un poco la imagen con el zoom y rótenla, y estarán viendo todas las aguas que pudieron encontrarse en
la estructura cristalográfica, lo que no quiere decir que sean todas las aguas posibles, sino aquellas que por estar
ocupando sitios definidos podemos decir que formaron parte del cristal. En general corresponde a aguas
estructurales, y a las que pertenecen a la primer esfera de hidratación de la proteína. También, según el caso,
pueden aparecer algunas de la segunda esfera. Y dependiendo del empaquetamiento de la proteína en el cristal,
pueden estar faltando algunas aguas que hubieran estado en la zona de contacto entre proteínas.

Observen que las zonas más pobladas por moléculas de agua corresponden a “canales” o “huecos” en la
superficie de la proteína, donde el agua puede establecer más interacciones con los residuos de superficie,
definiendo sitios específicos de hidratación con un tiempo de residencia de las moléculas de agua mayor al
tiempo medio. Tengan presente además que cada movimiento en la proteína, por ejemplo de apertura y cierre de
la tapa, y/o de salida o entrada del ligando, por mencionar solo algunos, estará acompañado por un
reordenamiento de las moléculas de agua. Si las moléculas de agua estuvieran fuertemente ligadas, moverlas
seria costoso energéticamente, de donde podemos pensar que estará en juego todo el tiempo un equilibrio entre
afinidad y plasticidad.

Más adelante volveremos con las aguas, ahora vuelvan a la cavidad y concéntrense en las que están próximas al
Acido Palmítico. Acérquense con el “zoom”, para poder mirar en detalle. Si esto los ayuda, pueden pasar la
representación de la superficie de la proteína, en “Material”, de Opaca a Transparente.
Como ven, una buena parte de la cavidad está ocupada por moléculas de agua, muy ordenadas. Muy
posiblemente, el resto de la cavidad también esta ocupada por agua, pero agua menos ordenada, que al ser más
móvil no será visible en cristalografía.
La presencia de estas moléculas de agua permite especular que esta FABP podría también transportar ligandos
más grandes que el Palmítico, e incluso con regiones más hidrofílicas. El agua, en este caso, estaría permitiendo
cierta plasticidad en cuanto a ligandos, ya que completa y complementa el espacio de la cavidad.

Vamos a analizar el carácter hidrofóbico-hidrofílico de la cavidad (luego hablaremos de la tapa). “Apaguen” la

representación de las aguas, y modifique la representación de la superficie de la proteína, coloreándola ahora
como “Coloring Method” “ResType”. Así, les quedara de blanco los residuos apolares, verde los polares, azul
los residuos con carga positiva, y rojo con carga negativa. Vean el exterior de la proteína, y la cavidad. Si es
necesario, “apaguen” también el palmítico.

Como pueden ver, los residuos de la cavidad que estén en contacto con la cabeza polar serán también polares, y
forman la base de la cavidad. Los que forman las paredes laterales de la cavidad y están en contacto directo con
la cola, son hidrofóbicos. Y la cara que ajusta peor con la silueta de la cola del sustrato, así como el “hueco” que
queda al costado de la cabeza del acido graso es mayoritariamente de residuos polares. Es una zona que será
completada con moléculas de agua.
Respecto a la tapa hélice-loop-helice (pueden, si quieren, generarle una superficie) tendrá zonas internas apolares
que estarán en contacto con la cola del ácido graso, y la región que da al exterior será polar o con residuos
cargados y estará expuesta al solvente o, en este caso especifico, se cree que a la cara externa de la membrana
celular.

“Apaguen” todas las representaciones menos las tres primeras (estructura secundaria, los tres residuos y el
palmítico). Vamos a generar una nueva representación, y con ella veremos el agua que rodea al acido graso.
Entonces, creen una nueva representación y seleccionen las moléculas de agua próximas al palmítico. Para eso
en “Selected Atoms” escriben (o copian de aquí sin incluir las comillas) “resname HOH and (within 6 of
resname PLM)”, lo que será interpretado por el programa como “las moléculas de agua que estén a una distancia
menor o igual a 6Å del ácido palmítico”. Las representan como superficie, del color y el material que quieran.
Esta sentencia es poco específica y selecciona las aguas por distancia, las que nos interesan y las que no, así que
concéntrense en las aguas más próximas a la cabeza del palmítico.
Incluyan aquí una figura de lo que ven.

Hasta ahora han visto las moléculas de agua que, si bien están en la cavidad de la proteína, siguen estando “en el
exterior” de la proteína. ¿Piensan que encontrarán aguas en el interior mismo de la proteína, es decir, agua no
accesible desde el exterior?
Busquen en el interior de la proteína al menos una, e identifíquenla por su número. Recuerden seleccionar la
función del ratón de manera que el “click” identifique al átomo en cuestión (Mouselabelatoms, o apretar el
número 1). Verán textos del tipo “HOH2221:O” que querrá decir “oxígeno de una molécula de agua a la que se
le asignó el número de residuo 2221”.
Incluyan aquí una figura con una de estas aguas.
Estas son aguas estructurales, aguas prácticamente aisladas del resto del solvente, rodeadas por aminoácidos, que
han quedado allí en el momento del plegamiento y no se intercambian (o lo hacen a una tasa muy muy baja) con
el resto del solvente. Estas moléculas de agua son imprescindibles para el plegado nativo de la proteína, o en
algunos casos están involucradas en el mecanismo de acción, o de reconocimiento del sustrato.
Prestaremos atención en una de ellas, el agua 2208. Hagan una nueva representación, y seleccionen el agua 2208,
representándola como CPK. Esta molécula de agua es característica de las FABPs y está presente en las más de
70 estructuras resueltas hasta el momento.
Recuerden que las laminas beta se estabilizaban formando puente hidrogeno entre laminas. Observen que esta
molécula de agua se encuentra estabilizando un loop entre dos laminas beta que están relativamente separadas
una de otra, y por tanto no hacen puente de hidrógeno entre sí. Se piensa que ésta molécula de agua, además de
estabilizar el loop, mantiene próximas las dos laminas beta contribuyendo a la estabilidad de las paredes del
barril.
¿Con qué residuos está haciendo puente hidrogeno la molécula de agua 2208?
Incluyan aquí una figura con una de estas aguas.

Pregunta para orientarnos en la confección de la guía: ¿Han llegado a encontrar los residuos con que hace puente
hidrogeno sin necesidad de instrucciones detalladas?
Si-No
Si la respuesta es no, entonces hagan una nueva representación, y en la selección de átomos, busquen los
próximos al agua 2208. Pueden hacerlo escribiendo “protein and (within 3.3 of resid 2208)”, en CPK. Verán que
aparecen tres átomos, los identifican, y luego cambian la representación anterior por una que diga “resid 65 68
84”, en CPK. Ahora será evidente como estabiliza el loop por medio de puentes hidrógeno con el backbone de
los residuos.

Hagan lo mismo para el agua 2221. Digan que residuos la rodean, los átomos con que hace puente hidrógeno, e
incluyan una figura.

Para terminar, vamos a medir la distancia entre los oxígenos del Palmítico, y los oxígenos y nitrógenos de los
residuos con los que interactúa y lo fijan al interior de la cavidad, y allí hablaremos del agua 2272.

Al tratar de identificar átomos, ahora verán textos del tipo “ARG126:NE” sobre los átomo seleccionados.
“PLM1134:O1” será el Oxígeno 1 (es arbitrario cual es el 1 y cual el 2) del Acido Palmítico, que en esta
estructura tiene asignado el número de residuo 1134 (también es arbitrario el nombre y el número de residuo
asignado a un ligando o al agua).

Cada vez que seleccionen un par de átomos (tienen que tener paciencia en eso…), aparecerá en la ventana
gráfica un enlace y una distancia. Si el átomo esta como VDW, no podrán seleccionarlo, tienen que pasarlos,
como mínimo a CPK o Licorice. Anoten tres distancias oxígeno-oxígeno u oxígeno-nitrógeno que involucren a
los oxígenos del palmítico y a los oxígenos o nitrógenos de los residuos 106, 126 y 128.
Deberán aparecer las distancias para los siguientes pares de átomos:
PLM1134 O1 - ARG126:NE, distancia :
PLM1134 O1 - TYR128:OH, distancia :
PLM1134 O2 - ARG106:NH2, distancia:

Ahora, hagan explicita el agua 2272, y busquen con quien hace puente hidrogeno, midan la distancia e inserten
una figura. Por su proximidad, se estima que esta molécula de agua está jugando un rol estabilizador del sitio de
unión de la cabeza del ligando.
Inserten aquí una figura
Hasta ahora hemos visto aguas en la cavidad, aguas posiblemente involucradas en la estabilización del sitio de
reconocimiento del ligando, aguas enterradas, una de las cuales es característica de las FABP y estabiliza un loop
entre dos laminas beta.
Dijimos que esas dos laminas beta estaban ligeramente separadas, de manera que no se estabilizan por puente
hidrogeno. Trataremos de ser más explícitos.

Necesitamos hacer un par más de representaciones, y seguramente tendrán la ventana gráfica llena de “labels”
que ya no cumplen ningún rol. Primero vamos a limpiar un poco la ventana grafica. Borren (o apaguen) todas las
representaciones anteriores, incluso el ácido graso, dejen solo la estructura secundaria de la proteína.
Luego van a VMD Main  Graphics  Labels. Esto abre la ventana “Labels”, desde donde se controla (y se
borran) los labels que identifican átomos, enlaces, etc. Seleccionen todos los lebels, y bórrenlos.
Ahora la ventana gráfica vuelve a estar limpia.

Quedaron con la representación de la proteína en estructura secundaria. Pásenla de “NewCartoon” a

“NewRibbons”. Hagan una nueva representación, seleccionen “backbone resid 48 to 85” y dibújenlo en CPK.
Estarán viendo el backbone de 4 láminas beta (llamémoslas A,B,C,D, aunque en las FABP tienen otro orden).
Las primeras dos (A,B) se estabilizan entre sí por medio de puentes hidrogeno (esto ya lo vieron con RasMol) y
las últimas dos (C,D) también. Pero entre B y C, las distancias son demasiado grandes para establecer puente
hidrogeno, y el barril beta quedaría “suelto” de ese lado.

Midan algunas distancias entre O y N del backbone de las cadenas A-B; también del par C,D, y finalmente B,C.
Incluyan una figura donde sea claro que no hay puente hidrogeno entre la lamina B y la C.

¿Quién creen que contribuye a estabilizar el barril beta actuando de puente entre las cadenas B y C? Y sí,
moléculas de agua. Vamos a verlas. Comiencen por volver a poner el agua 2208, que ya estudiamos. Esta
molécula de agua estabiliza el loop B-C. Para hacer explicitas las otras aguas, hagan una nueva representación
seleccionando “resname HOH and (within 4 of (backbone resid 59 to 74))”.
Observen ahora como las láminas B-C quedan estabilizadas por moléculas de agua.
Modifiquen las representaciones como consideren necesario para visualizar mejor esto.

Veremos lo mismo, pero siendo más restrictivos. Apaguen las representaciones anteriores (menos la estructura
secundaria) y agreguen las siguientes, en CPK:
backbone resid 59 to 63
resname HOH and (within 3.1 of (backbone resid 59 to 63))
backbone resid 71 to 74
resname HOH and (within 3.1 of (backbone resid 71 to 74))

Midan las distancias entre las moléculas de agua que les quedaron y el backbone, y entre las moléculas de agua
entre sí. Verán como estas aguas forman una especie de “costura” entre las láminas B-C.
Recuerden que son aguas cristalográficas, es decir, que los sitios que ocupan están bien definidos, y el tiempo de
residencia en cada sitio es alto.

¿Cuántas moléculas de agua actúan de intermediarias (vía puente hidrógeno) entre THR73:O y GLU61:N?
Cuantas y cuales son (que número de residuo).

¿Cuántas moléculas de agua actúan de intermediarias (vía puente hidrógeno) entre THR73:N y GLU61:O?
Cuantas y cuales son (que número de residuo).

¿Cuántas moléculas de agua actúan de intermediarias (vía puente hidrógeno) entre GLU71:O y SER63:N?
Cuantas y cuales son (que número de residuo).

Incluyan una imagen.

¿Les interesaría ver un ejemplo de coordinación tetraédrica del agua? “Prendan” las aguas, y busquen un caso
donde esto sea evidente. Incluyan una imagen.

Si ya están cansados pero igual quieren ver un ejemplo, apaguen todas las representaciones menos la de
estructura secundaria, y hagan dos nuevas, una que sea “within 3.0 of (resid 2196)”, y la otra “resid 74”, en CPK.
Para lo que se le puede exigir a una determinación experimental con agua “líquida”, la coordinación tetraédrica
es muy buena.

Hasta aquí hemos llegado en este recorrido, nos han quedado muchísimas cosas por ver, pero al menos tendrán
una idea más rica sobre el rol del agua en la estructura de una proteína.
Para nosotros son muy importantes sus comentarios. Evalúen el grado de dificultad de esta guía y el tiempo que
les ha tomado resolverla, así como cualquier inconveniente que hayan tenido con el programa o la maquina en la
que trabajan.
Cualquier sugerencia o errores que hayan encontrado, por favor no duden en señalarlo.
¡Gracias!

Octubre – 2010