DESDE LA QUÍMICA PREBIÓTICA

A LOS SERES VIVOS

DR. MARCELO I. GUZMÁN

ESCUELA DE INGENIERÍA Y CIENCIAS APLICADAS,

HARVARD UNIVERSITY

Bogotá, 25, 26 y 27 de Febrero de 2010

 Resumen de la clase
1. Introducción. Cómo y adónde. Moléculas de la vida
2. Los requerimientos para la vida
3. Definición de vida de la NASA. Contradicciones.
4. Repaso del experimento de Miller. Limitaciones
5. Modelos experimentales:
a) El mundo del RNA
b) La compartimentalización
c) Metabolismo prebiótico:
• El metabolismo universal
• Catalisis en arcillas
• El mundo del hierro y del azufre
• Metabolismo en minerales semiconductores

Marcelo I. Guzmán, Universidad de Harvard

 Puntos a considerar
1. ¿Cómo y adónde?
2. Dificultad para definir a
los seres vivos.
Resultado de la
evolución
• Vida conocida a partir
de al menos una célula
original
• ¿Célula prebiótica?
• Modelos experimentales

Marcelo I. Guzmán, Universidad de Harvard http://www.sciencemag.org/content/vol309/issue5731/index.dtl

 1
4 3 2 Unidades
La célula y Complejos Macromoléculas monoméricas
sus organelas supramoleculares
nucleótidos

cromosomas amino ácidos

proteínas

membrana plasmática
celulosa

Pared
Azúcares
celular
Marcelo I. Guzmán, Universidad de Harvard
 Componentes moleculares de la célula de E. coli
Porcentaje en Número aproximado de
peso total de la diferentes especies
célula moleculares
agua 70 1
proteínas 15 3000
ácidos nucleicos
DNA 1 1
RNA 6 >3000
polisacáridos 3 5
lípidos 2 20
subunidades 2 500
monoméricas e
intermediarios
iones 1 20
inorgánicos

Marcelo I. Guzmán, Universidad de Harvard

 Los cuatro requerimientos para la vida

Hábitat

Membrana celular
(protocélula)

citoplasma
(estructura interna)

Procesos genéticos
y metabólicos

Marcelo I. Guzmán, Universidad de Harvard

 La Vida

Podemos decir que la vida consiste de células

hechas de átomos de carbono orgánico, se
encuentra en disoluciones acuosas, y se compone de
maromoléculas, es capaz de generar energía, posee
la capacidad de crecer y reproducirse, y puede
responder y adaptarse a través de sucesivas
generaciones a las condiciones del medioambiente

Marcelo I. Guzmán, Universidad de Harvard

 1. ¿Qué es la vida para la NASA?
La vida es un sistema químico autosostenido
capaz de sufrir evolución Darwiniana

Presenta algunas incongruencias

Marcelo I. Guzmán, Universidad de Harvard

 2. Definición Intuitiva
• Un sistema compuesto
por una barrera física S;
S decae en productos P,
pero debido a la actividad
interna del sistema, el
nutriente A es convertido
en S de nuevo

Luisi, P. L., en “The Emergence of

Life: From Chemical Origins to
Synthetic Biology”, Cambridge
University Press, Camdridge, 2006.

Marcelo I. Guzmán, Universidad de Harvard

 Coevolución Geoquímica y Biológica
¿Cómo se forman las biomoléculas? El experimento de Miller

Electrodo Electrodo
+ -
Descarga eléctrica
Polimerización
(rayos) Línea
Geoquímica
de aminoácidos Atmósfera de vacío
a proteínas
Puerto de
salida muestreo
Condensador
entrada
Bioquímica Puerto de
muestreo Océano
Agua enfriada Fuente de calor
Trampa de agua

Marcelo I. Guzmán, Universidad de Harvard

 Algunos de los productos de los experimentos de Miller y similares

Ácidos carboxílicos Bases de los ácidos nucleicos Aminoácidos Azúcares

Ácido fórmico Adenina Glicina Pentosas y
hexosas
Ácido acético Guanina Alanina lineales y
Ácido α- ramificadas
Ácido propiónico Xantina
aminobutírico
Ácidos grasos lineales Hipoxantina Valina
y ramificados (C4-C10)
Ácido glicólico Leucina
Ácido láctico Isoleucina
Ácido succínico Prolina
Ácido
aspártico
Ácido
glutámico
Serina
Treonina
De S. L. Miller (1987) Cold Spring Harb. Symp. Quant. Biol., 52, 17-27
Limitación: ¿Cómo se producen polímeros a partir de monómeros?
Marcelo I. Guzmán, Universidad de Harvard
 Modelos del origen de la vida:

1. El Mundo del RNA

2. La Compartimentalización
3. El Metabolismo en Ausencia de Enzimas
4. Otros modelos que no vamos a discutir…

Marcelo I. Guzmán, Universidad de Harvard

 El Mundo del ARN
Creación del caldo prebiótico que contiene nucleótidos,
a partir de los componentes presentes en la atmósfera primitiva

Producción de cadenas de RNA de poca longitud con secuencias distribuidas al azar

Replicación selectiva de fragmentos de RNA

que se copian a si mismos de modo catalítico

Síntesis de ciertos péptidos catalizada por el RNA

Los péptidos comienzan a tener mayor participación en la replicación

del ARN, produciéndose así la co-evolución del RNA y las proteínas

Se desarrolla un sistema primitivo de traducción, compuesto

por un genoma de ARN y catalizado por proteínas de RNA

El genoma de RNA empieza a ser copiado en el DNA

Surge el genoma de DNA, traducido en los ribosomas

(complejo de RNA y proteínas) con catalizadores proteicos
 El Modelo de la Compartimentalización
1. Creación de una vesícula
2. Otros compartimientos están englobados (interacciones)
3. Funciones garantizadas por el flujo de materiales e información
4. Vesícula primitiva semipermeable

5. Observación experimental: formación espontánea de vesículas

Marcelo I. Guzmán, Universidad de Harvard

¿Cuán simple puede ser una célula?
Protocelula o vesícula: Un compartimiento diferenciado del medio por un limite
físico (membrana de ácidos grasos) que se puede auto-replicar
cadena de
Estructura típica de nucleotidos plásmido
una célula procariota: de DNA
ribosoma
citosol flagelo
Lípidos

cápsula
pared celular
membrana plasmática
fimbria
Polisacáridos Proteínas RNA DNA
 Compartimentalización
¿Por qué la vida necesita de un compartimiento tipo membrana?

Grupo • Para preconcentrar los

carboxílico nutrientes

• Protección y adaptación
Cadena
hidrocarbonada
• Para almacenar energía

ácido esteárico ácido oleico

(18 carbonos) Insaturado • Para que la replicación del
(18 carbonos)
ARN ocurra de manera
selectiva

Marcelo I. Guzmán, Universidad de Harvard

 Crecimiento y división de las Vesículas

Concentración de las micelas de ácido oleico

agregación
Se produce la adición de
micelas de ácido oleico a
nuevas vesículas
vesículas preformadas
Uso de energía mecánica en la división forzada
por filtración a través de una membrana porosa

Algunos contenidos de pierden

Adaptado del laboratio Szostak 2007 pero no hay dilución o es mínima
 Compartimentalización
Micela invertida Diámetro típico ≈ 0.1 - 5 µm
106 moléculas de surfactante, cabezas
polares hacia el interior, cola de
hidrocarbonos hacia el exterior con un
espesor de ≈ 25 Å
H2O
sales centro que contiene 109 moléculas de
agua junto a minerales y moléculas
orgánicas pequeñas

una segunda capa de moléculas

Vesícula anfifílicas, orientadas cola con cola
con la capa de la micela invertida
La bicapa ofrece
mayor flexibilidad y
funcionalidad que la
monocapa de la centro acuoso concentrado
micela invertida

El mundo del RNA y el de las vesículas

Marcelo I. Guzmán, Universidad de Harvard
 Videos

Video_1.flv Video_2.flv

Videos creados por Janet Iwasa, bajo licencia (creative commons)

http://exploringorigins.org
 Metabolismo (¿en ausencia de enzimas?)
Metabolismo La totalidad de reacciones químicas y cambios físicos que ocurren en
los seres vivos, incluyendo anabolismo y catabolismo

Nutrientes Productos finales

ricos en energéticamente
energía: pobres:
azúcares Catabolismo CO2
grasas H2O
proteínas NH3

Energía
química

Macromoléculas Moléculas
celulares: precursoras:
proteínas Anabolismo aminoácidos
polisacáridos azúcares
lípidos ácidos grasos
ácidos nucleicos bases nitrogenadas
 Ideas del Metabolismo Universal Pre-Enzimático
• Metabolismo central (autótrofos): ciclo de los ácidos tricarboxílicos (CATC)

• Quimiolitoautótrofos: sintetizan todo de CO2 usando el ciclo inverso (CIATC)

• Sistema modelo (compuestos de C, H y O) que se forma a partir de CO2 y pares

de óxido reducción (fuente de energía)

• Posibles sistemas de reacción que pueden surgir dados los compuestos en la

base de datos Beilstein (> 3.5 millones) y les aplicaron un conjunto de
condicionamientos físicos y químicos

• Surgieron 153 moléculas, incluyendo los 11 compuestos del (CIATC)

• La universalidad en los ciclos metabólicos es relevante al origen de la vida, única y

sólo necesita de moléculas orgánicas para empezar

Marcelo I. Guzmán, Universidad de Harvard Morowitz et al. (2000) Proc. Nac. Acad. of Sci. U.S.A., 97, 7704
 ¿Abiótico?
El Ciclo Inverso de los Ácidos Tricarboxílicos
O-
O O- H 2O H 2O
O O-
O 2 H+, 2 e-
O O O O- O
HO
O
-
O O- -
O O- -
O OH O O
LIPIDOS O (5)
O
O cis-aconitato (C6) isocitrato (C6)
O O
citrato (C6) O O O

-
oxalosuccinato (C6)
O O-
malonate H+
NH2
(4) CO2
O AMINOACIDOS -
O OH
O
-
O- O O O O-

acetato (C2) glutamato O O

α-cetoglutarato (C5)
2 H+, 2 e-, CO2
H 2O H 2O
(3)
O 2 H+, 2 e-, CO2
O O- PIRROLES O
-
O
piruvato (C3) + O-
H O O
O (2) O
O-
(1) O-
-
O
CO2 -
O
-
O O -
succinato (C4)
O O 2 H+, 2 e- OH O O 2 H , 2 e-
+

oxaloacetato (C4) malato (C4) H2O fumarato (C4)

AZUCARES O
O
-
OH
O
H2N OH NH2 O
AMINOACIDOS
alanina aspartato PIRIMIDINAS
Marcelo I. Guzmán, Universidad de Harvard Guzman y Martin, Int. J. Astrobiol., 2008, 7, 271-278
 Las Investigaciones de Cairns-Smith
• Problema: elevadas Ea - selectividad
• Superficie de minerales de arcilla en agua:
adsorbente y molde de polimerización
• Estructura de los cristales: catalisis y replicación
• Mutación y evolución primitiva
• Incorporación de péptidos y transición a la
genética

Marcelo I. Guzmán, Universidad de Harvard

 El Mundo del Hierro y del Azufre

• Síntesis y catálisis ocurre

sobre la pirita (FeS2)
• Ambientes volcánicos,
fumarolas de gran
profundidad
• Evolución a partir de CO2
vía reducciones Clúster/biblioteca
(autocatálisis) de minerales

• Fuente de Energía: Biblioteca

de péptidos
Formación de la pirita:
FeS + H2S → FeS2 + H2
Adaptado de Wachtershauser, (2000) Science, 289, 1307
∆Gº = -38.4 kJ/mol

Marcelo I. Guzmán, Universidad de Harvard

 Resultados y dificultades del Mundo de la Pirita

• Experimentos de Cody et. al (Science, 2000)

Formato HCOOH, n-nonanotiol CH3-(CH2)8-SH
y sulfuro de hierro,
T = 250 ºC y P = 100 atm
0.07% piruvato y 0.05% acetato

• Experimentos de Wachtershauser (Science, 2000, V314)

CO, KCN, , CH3-SNa, Na2S, Fe2+ y Ni2+, a 100 ºC y 10 atm
α-hidroxiácidos: 0.1-1 µM lactato,

• Nuestro planteo para abordar el problema

Marcelo I. Guzmán, Universidad de Harvard

 1 Giga-año (Ga) = 109
Procesos relevantes en la evolución de la Tierra
Impacto > 3.7 Ga Isua, 2.6 a 1.8 Ga
que originó ¿isótopos de C BIF, oxígeno Presente
la Luna que indican vida? en la atmósfera

4.6 Ga 2.7 Ga 1.5 Ga 600 Ga

Origen de Esteroles = Eucariotas Explosión del
la Tierra 3.45 Ga Eucariotas 750 Ga Cámbrico
Fósiles: Eucariotas
Estromatolitas multicelulares

¿Mecanismo para fijar carbono?

Atmósfera anóxica

Luminosidad reducida

Periodo de impacto de bólidos

Marcelo I. Guzmán, Universidad de Harvard Guzman and Martin, Int. J. Astrobiol., 2008, 7, 271-278
 ¿Cuál fue el mecanismo que utilizaron los
primeros microorganismos para fijar carbono?

http://www.fieldmuseum.org/evolvingplanet/precambrian_10.asp

10 um

1. Ciclo de Calvin
2. Ciclo Inverso de los Ácidos Tricarboxílicos
3. Reacciones de Reducción de Acetil-CoA
4. Ciclo del 3-Hidroxypropionato/Malil-CoA
5. Ciclo del 3-Hidroxipropionato/4-Hidroxibutirato
6. Ciclo del Dicarboxilato/4-Hidroxibutirato

Marcelo I. Guzmán, Universidad de Harvard

 Proveyendo organización a través de reacciones
fotoelectroquímicas no-enzimáticas y autosostenidas

Bahía de Kraternaya, Islas

Bahía de Kraternaya.
Kuriles (Foto A. Matochkin)
Alfombra bacteriana sobre
una fumarola de sulfuro
Composición del fluido
de una fumarola de baja de hidrógeno, ubicada a
profundidad (µM kg-1): una profundidad de 20 m
H2S: 0.1–2400 (Foto A. Matochkin)
H2: 0.001–0.220
Reactor fotoquímico.
CH4: 0.007–0.200
Suspensión de esfalerita:
Zn: 0.4–12.5
ZnS, blanco
Fe: 0.03–875
(Foto M. I. Guzmán)
Mn: 0.2–675
Tarasov, Adv. Mar. Biol., 2006, 50, 267
Marcelo I. Guzmán, Universidad de Harvard
 Metabolismo abiótico posibilitado
por la fotoelectroquímica
¿Como lograr que el ciclo de los ácidos tricarboxílicos
funcione en la dirección inversa?

CO2 “atmósfera inorgánica”

BC e-
-1.04 V
0.00 ENH HCOO- “sopa prebiótica”
hν
BV H2S
+2.56
h+ • esfalerita o wurtzita:
SO42-
∆EºZnS = 3.6 eV ≡ 344 nm
Mineral + Fotón → e-CB
CO2 + 2e- + H+ → HCOO- 0
ECO - = −0.29 eV
2 /HCOO

Marcelo I. Guzmán, Universidad de Harvard Zhang et al, J. Photochem Photobiol. A. Chem, 2007
 Caracterización de las Partículas (ZnS)

Intensidad (u.a.)
111
220
311 ZnS fresco

10 20 30 40 50 60 70 80
2θ (grados)
TEM XRD

Marcelo I. Guzmán, Universidad de Harvard Zhang et al, J. Photochem Photobiol. A. Chem, 2007
 Reacciones Fotorédox del Ciclo Reductivo de los Ácidos Tricaboxílicos

Atmósfera Fuente de energía libre: UV

0m
Intercambio de gases Dispersión de la solución volcánica
ZnS
CO2
Fotoelectroquímica en suspensión formato -

lactato- piruvato- isocitrato2-

10 Enriquecimiento en metales, iones y gases reductores
Fluidos de las fumarolas: 10-96 ºC α-cetoglutarato2-
Agua succinato2- glutarato2-
20 de mar:
Fotoelectroquímica en los sedimentos decantados
3-30 ºC

Sedimentos sobre el fondo del mar : 4-90 ºC

200

1000 Jets de Gas y soluciones termales: 170-325 ºC

Fuente de energía
geotérmica
Guzman y Martin, Astrobiology, 2009, 9 , 833 Marcelo I. Guzmán, Universidad de Harvard
Experimentos y Controles a 15 ºC y pH 7
variables
hν ZnS HS- Ri
lactato piruvato CO2
experimento + + + + − +
control A + + − + − +
control B + + − + − +
control C + + + + − +
control D + + + + − −
control E + − + + − +
control F + + + + + +
control G + + + + − −
control H + − − + − −
control I − + + + − +
control J + + + − − +
control K + + + − + +
control L + + − − + +

Guzman y Martin, Astrobiology, 2009, 9, 833

 Experimento Típico
Técnicas Cromatográficas:
Lámpara de mercurio de mediana LC ESI MS, IC
presión I0 = 7.4 × 10-6 Einstein/s
Conexión para
septum para recolectar muestras
termómetro y
para los análisis por cromatografía
burbujeo
iónica

salida Dedo de inmersión hecho de cuarzo

Partícula de ZnS (10 a 350 nm)
Técnicas Espectroscópicas:
Fluorescencia
suspensión de ZnS (2.3 g/L) Infrarrojo
con oxaloacetate 1 a 10 mM
HCO3-, H2S, anóxico, pH = 7
UV-visible
NMR
entrada de agua de la camisa
refrigerada: 5 a 50 °C
reactor

barra magnética (agitación)

Marcelo I. Guzmán, Universidad de Harvard Guzman y Martin, Int. J. Astrobiol., 2008, 7, 271-278
 Cromatografía Iónica
O O
14
+ 2 H+ + 2e- 0 min
30 min
HO O- O O- 12 60 min
lactato piruvato 90 min

µ S)
10 120 min

Conductivity (µ
8

0 5 10 15 20 25

Time (min)

● 3-hidroxipropionato ● lactato ● acetato ● glicolato ● propionato

● formato ● piruvato ● 3-hidroxibutirato ● glioxilato ● glutarato
● succinato ● malato ● malonato ● tartrato ● maleato ● α-cetoglutarato
● oxalato ● fumarato ● oxaloacetato ● citrato ● isocitrato ● cis-aconitato

Guzman y Martin, Astrobiology, 2009, 9, 833

 Reacciones de Metabolismo Prebiótico Observadas
Eggins et al., 1998 CO2 NH2
-
2 e , CO2 amino acids HO O-

lipids O-
O O
O glutamate
- O
O O
Reacciones O O O
11% -O O-
O
Anapleróticas O O- -
-
2e
-O O- O OH-O H+, CO2 O
oxalate malonate O
isocitrate
H 2O
3 H+, 2 e- α-ketoglutarate
H 2O
O O O O O-
2H+, 2 e-
O CO2
HO O
O- 2 H+, 2 e- - HO pyrroles
O
O-
glycolate glyoxylate O- -
O O- O-
+
CO2 + 8 H + 8 e - acetate O + -
4 H , 4 e , CO2
O
15% 2 H+ , 2 e - , succinate
70% O
2 H 2O H 2O CO2 50%
O 2 H+, 2 e-
citrate 2 H+, 2 e- 90%
O
Selectividad pyruvate + H2O O
HO O- 2 H+ , 2 e - O O- O-
O-
lactate 30% pyruvate CO2
O
+
O O fumarate
H -
-
O O-
O 80% -O H2 O
1er Estudio Cinético
O O OH O
oxaloacetate 2 H+, 2 e-
malate
sugars O
O
OH
-
O
amino acids
H2N OH NH2 O
alanine aspartate pyrimidines

Guzman y Martin, Chemical Communications, 2010, DOI: 10.1039/b924179e

Marcelo I. Guzmán, Universidad de Harvard
 Gracias

Marcelo I. Guzmán, Universidad de Harvard