Microbiología de frontera: Microbioma

Dr Fabien MAGNE
Prof. asistante
ICBM
Facultad de Medicina
Universidad de Chile
Definición:

La microbiota/microbioma (antes llamada flora o microflora intestinal):

Corresponde a la población de microorganismos (bacterias, bacteriófagos,
hongos, protozoos y virus) que viven en un entorno específico (hospedero o
medio ambiente).

En todas las partes de la

naturaleza…

Se estima en 2 mil millones de especies bacterianas sobre la Tierra…

¡ También algunas bacterias son muy útiles !
Bacterias = peligrosas

La mortalidad por enfermedades infecciosas, 1-19 años,

1900 a 1996, Estados Unidos

D’après Guyer, B. et al. Pediatrics 2000;106:1307-1317

El ser humano holobionte : super-organismo híbrido
mamífero - procariota

 Simbiosis

 Co-evolución ???

3,5 mil millones

de años

800 millones de años aparecieron

los organismos multicelulares. Homo Sapiens 40 000 años
El primer microbiólogo

Antoni Van Leeuwenhoek (1632-1723)

 Descubrimiento del microscopio

animálculos.
El tracto digestivo: una superficie importante disponible para la
microbiota

 Mas de 1000 especias bacterianas.

La superficie desplegada de la mucosa digestiva

humana corresponde a la de una cancha de tenis
 Elie Metchnikoff
Premio Nobel de Fisiología y Medicina en 1908
“Teoría fagocitosis de la inmunidad"

Hipótesis: “el envejecimiento en general era el resultado

de una intoxicación crónica debida a la presencia de
microbios en el intestino”

1845 – 1916  Preconizó la sustitución de la flora bacteriana

perjudicial por otra en la que predominaran los
lactobacilos.

 Introdujo el empleo de los fermentos lácteos como

terapia para modificar la fermentación pútrida en el
intestino.

Études sur le Nature Humaine. Essai de philosophie optimiste (1903)

Étude sur la vieillesse. La longéevit´ dans la série animale.. (1907)
 ¿ Una vida sin microorganismos ?

Louis Pasteur
“A menudo, en nuestras charlas del laboratorio,
desde hace muchos años, hablé a los jóvenes
sabios que me rodeaban, del interés que habría al
alimentar un animal joven (conejo, conejillo de
Indias, perro, pollo), desde su nacimiento, con
materias nutritivas puras. Por esta última
expresión, pienso designar productos alimentarios
privados artificialmente y completamente de
(1822-1895) microbios comunes. Sin querer afirmar nada,
reconozco que emprendería este estudio, si tuviera
el tiempo para eso, con un pensamiento
preconcebido que la vida, en estas condiciones, se
volvería imposible. "

Les Comptes-rendus hebdomadaires des séances de l’Académie des sciences (1885)

Producción de animales estériles

 Hizo descubrimientos innovadores significativos

en la inmunología, la vida bajo condiciones
asépticas.

 Experimetó con conejillos de Indias nacidos

por cesáreas en condiciones estériles.

George Nuttal  Animales con una digestión normal y una vida

1862 –1937 prolongada.

Estos resultados invalidan la hipótesis de

Louis Pasteur…(en el principio)

Hans Thierfelder
1858​-1930
Animales sin microbiota : los animales axénicos.
 Los animales axénicos:
 Sin microbiota
 Deben nacer por cesárea y ser
inmediatamente aislados en condiciones
estériles.
 Respecto a animales normales, poseen un
tejido linfoide poco desarrollado, pared
intestinal delgada, un ciego agrandado,
microanatomía intestinal diferente.
 Los animales gnotobióticos:
 Animales con una microbiota conocida,
 Se han obtenido a partir de animales
axénicos, los que fueron inoculados con
una microbiota conocida.
 Viven el doble que los animales
colonizados y se enferman menos, pero en
un ambiente controlado.
Características de la vida en condiciones estériles

Barrera microbiana
(microorganismos)

Barrera química
(moco)

Barrera física
(el epitelio)

Barrera inmunológica
(células inmunes)

Hooper LV, 2009, Nature Reviews Microbiology 7, 367-374

Características de la vida en condiciones estériles

Animales sin microbiota Animales con microbiota

Grosor de moco
reducido

El vello es más largo

y más delgado

Las criptas son menos

profundas y contienen
menos células madres

Los niveles tanto de

inmunoglobulina (IgA) Menos complejos
como de péptidos vasculares
antimicrobianos (AMPs)
son inferiores Pocos folículos linfáticos y
las placas de Peyer son
inmaduras

Nature Reviews Microbiology 11, 227-238 (April 2013)

¿ Cuáles son los funciones de la microbiota?

Función estructural
Fortalecimiento de barrera,
desarrollo del sistema
inmune…
¿ Cuáles son los funciones de la microbiota?

Función de protección
El primer órgano inmunitario
60 al 70 % de nuestras células
inmunitarias
Función estructural
Fortalecimiento de barrera,
desarrollo del sistema
inmune…

Función de protección
100 000 mil millones de
bacterias
Función de protección

Protección
100000 mil millones de
bacterias
=
Proteger contra la
Formación en capa M.N.
colonización de potenciales (comp. receptores, nutrientes)
patógenos: Interferencia
bacteriana. Lumen Productos de la M.N.
(bacteriocinas y colicinas)

Estimulación S. Inmune

Células de la Mucosa
¿ Cuáles son los funciones de la microbiota?

Función nutricional
Digestión y asimilación de
los alimentos
Función de protección
El primer órgano inmunitario
60 al 70 % de nuestras células Función estructural
inmunitarias Fortalecimiento de barrera,
desarrollo del sistema
inmune…

Función de protección
100 000 mil millones de
bacterias
¿ Cuáles son los funciones de la microbiota?

Función nutricional
Digestión y asimilación de
los alimentos
Función de protección
El primer órgano inmunitario
60 al 70 % de nuestras células Función estructural
inmunitarias Fortalecimiento de barrera,
desarrollo del sistema
inmune…

El segundo cerebro Función de protección

100 000 mil millones de
bacterias
Métodos de cultivo

24 horas después

Solo 20% a 30% de la microbiota

intestinal puede ser cultivada
Métodos de biología molecular
Identificación de las
bacterias por su ADN

Comparación de las secuencias de una molécula

especial central para la función celular, llamado
ARN ribosomal
Seulement 20 à
30% du microbiote
intestinal est
cultivable

Método estándar utilizado para

identificar y clasificar todos los
organismos
Composicíon de la microbiota intestinal

Bacteroidetes
Actinobacteria

Firmicutes

The superorganism Más de 1000 especies bacterianas

Science. 2005 Jun 10; 308(5728): 1635–1638.

La microbiota humana

 Phyla encontrados:
Actinobacteria
Firmicutes
Proteobacteria
Bacteroidetes
Cyanobacteria
Fusobacteria

 la abundancia de los
phyla dependen de la
función del sitio
Que representa la microbiota ?

 Diez veces más bacterias que células humanas

Microbiota

Somos 100% humano ?

¡ No existe una microbiota universal !
Métodos de biología molecular

Secuenciacíon de
todos el ADN

Identificación de los
genes bacterianos de la
Seulement
microbiota 20 à
30% du microbiote
intestinal est
cultivable
Resultados de la metagenómica

Existencia de un “core” de
genes que serían común a los
individuos
Microbiota y microbioma

La microbiota (antes llamada flora o microflora intestinal):

Coresponde a la población de microorganismos que viven en el interior y en
el cuerpo humano (bacterias, bacteriófagos, hongos, protozoos y virus).

El microbioma: son los genomas colectivos de los microorganismos que viven

en el interior y en el cuerpo humano (bacterias, bacteriófagos, hongos,
protozoos y virus).
Microbiota y obesidad Obesidad inducida
por la dieta

Ratones genéticamente obesos

 Aumento de los Firmicutes

 Disminucíon de los Bacteroidetes.

La obesidad está asociada a una

alteración de la microbiota
intestinal
Turnbaugh PJ, 2008, Cell Host Microbe. 17;3(4):213-23
Microbiota y obesidad
Donante

Transferencia
de microbiota

Ratones
sin
microbiota

Transferencia del fenotipo obeso

por la microbiota intestinal
Fenotipo
adoptado

 La microbiota intestinal contribuye al desarrollo de la obesidad

Turnbaugh PJ, 2008, Cell Host Microbe. 17;3(4):213-23
¿ La microbiota humana y la obesidad?

Aumento de los Firmicutes y diminución

de los Bacteroidetes en obesos.

Los Bacteroidetes aumentan con la baja

de peso de los dos tipos de dieta (CARB-R y
FAT-R)
Microbiota y enfermedades inflamatorias
 Enfermedad de Crohn y Colitis Ulcerosa

 Disminución de la diversidad (disbiosis)

Disminución de bacterias con
propiedad anti inflamatoria
(Faecalibacterium prauznitzii…)

Aumento de bacterias
pathobionte
(Enterobacteria)
Microbiota y comportamiento social
Sociabilidad

Con Sin
microbiota microbiota

Los ratones sin microbiota fallaron en

mostrar la preferencia normal para la
cámara social.
Molecular Psychiatry (2014) 19, 146-148;
Microbiota y comportamiento social
Exploración

con Sin
microbiota microbiota

Los ratones sin microbiota fallaron en

mostrar la preferencia para la novedad
social
¿Existencia de una interacción entre la microbiota intestinal y el cerebro ?
Cambios de la microbiota intestinal asociados con patologías
Esclerosis múltiple
Diabetes tipo 1 Obesidad
Diabetes tipo 2
Artritis
Pacientes críticos

Alergias Autismo

Diarrea
Microbiota
intestinal

Úlceras
Constipación

Cáncer colorectal
Enfermedades Inflamatorias
Crónicas del Intestino
Síndrome del Intestino
Irritable
Alteraciones de la
motilidad intestinal
¿ Cómo se define una disbiosis ?
 Disminución de la diversidad

 Hipótesis de un desequilibrio entre bacterias beneficiosas y bacterias

con propriadades patogénicas
¿ La microbiota como un blanco preventivo y
terapéutico ?
Los probióticos

Bacterias vivas que, consumidas en cantidades adecuadas

como suplemento alimenticio, tienen un efecto benéfico
mejorando el equilibrio de la microbiota intestinal
LACTOBACILOS
L. acidophilus L. lactis
L. casei L. fermentun
L. ruteri L. rhamnosus

BIFIDOBACTERIAS
B. bifidum B. longum
B. infantis B. casei

LEVADURAS
Saccharomyces boulardii
Los prebióticos

 Los prebióticos son componentes alimenticios no digeribles que las bacterias

intestinales utilizan selectivamente para la fermentación, ejerciendo un efecto
favorable sobre nuestro organismo.

 Las fibras: Todas sustancias vegetales

que nuestro aparato digestivo no puede
digerir y por lo tanto absorber.

Los simbióticos
 Contienen una mezcla de productos alimenticios prebióticos y probióticos.

 Por regla general, deberían contener un componente prebiótico que favorezca el

efecto del alimento probiótico asociado (oligofructosa asociada con las
bífidobacterias).
Probióticos, prebióticos y simbióticos forman parte de los
alimentos funcionales.

Los alimentos funcionales son aquellos alimentos que son

elaborados no sólo por sus características nutricionales sino
también para cumplir una función específica, como mejorar
la salud y reducir el riesgo de contraer enfermedades.
 Enfermedad de Crohn

 Clostridium difficile

 -Otros??? (diabetes tipo 2,

tipo 1, esclerosis múltiple…?
Muchas gracias !