ESTRUCTURA DEL ADN

Curso de Biología Molecular y Celular

Postgrado en Ciencias Básicas Biomédicas
PRIMERA
PARTE
Todo empieza en..

Comencemos en el “Origen de las

especies” de Darwin

“Teoría de la evolución hace de la

reproducción el mecanismo encargado de
perpetuar las estructuras y hacerlas variar”

F. Jacob. 1999. La lógica de lo viviente, pp. 183

Gregor Mendel
Mendel formula sus leyes de la
herencia sin sospechar siquiera cual
era la naturaleza de esa sustancia

Acaba con la teoría de los líquidos

seminales

Nunca propuso ningún nombre a los

factores hereditarios

Establece un soporte matemático

para la herencia

Agusti J. Fósiles, genes y teorías. 2003. pp. 105

La herencia
Sugiere un modelo según el
cual la combinación de
caracteres hereditarios
(factores mendelianos),
individuales se mantenían
sin modificación durante la
vida del individuo y se
transmitían incontaminados
a través de su vida

1847
Boltzmann L
Interpretación estadística de la entropía

S = κ log W
Las primeras alusiones al ADN
 Friedrich Miescher (1844-1895)

Analiza el contenido de los núcleos de

células purulentas:

Composición:
3% fósforo, 14% nitrógeno y 2%
sulfuro

Resistente a la digestión con pepsina

Carácter ácido,

Denomina nucleína (1870)

Hugo de Vries (1848-1935)

Redescubre a Mendel (1900s).

Define unas unidades llamadas.

Pangen nombre influido por la teoría de la

pangénesis de Darwin.

Para los darwinistas el término “pangen”

indica los propágulos de todas la células del
organismo que se transmitóan a la
descendencia durante la reproducción.

Agusti J. Fósiles, genes y teorías. 2003. pp. 105

EL GEN
Wilhelm Johannsen (izquierda) en
1909 en “Elementos de la teoría
científica de la herencia” propone el
término GEN para referirse a los
factores hereditarios de Mendel

William Bateson (derecha) acuña el

nombre a la ciencia del estudio de
los caracteres hereditarios la
GENÉTICA
 EL GEN
Se entiende que el gen es correlativo a ”carácter”, así
cada carácter del individuo es controlado por un gen.

A cada una de las variantes de un mismo gen se le

dió el nombre de alelomorfo o alelo (término creado
por Bateson).

El conjunto de genes es el genotipo mientras que el

conjunto de caracteres del organismo es el fenotipo.

Agusti J. Fósiles, genes y teorías. 2003. pp105

 ¿En dónde están los genes?
En 1882 Walter Fleming describe los cromosomas de los núcleos de
salamandra.
August Weismann propone que los cromosomas llevan las instrucciones
hereditarias.

En 1902 Theodor Boveri (1862-1915) y Walter Sutton (1877-1916) proponen

que los cromosomas llevan los factores hereditarios de acuerdo a las
leyes de Mendel

Dos figuras de los cromosomas de un artículo de Sutton

Thomas H Morgan (1910-1928)
Reta la hipótesis mendeliana según la
cual los caracteres se segregan en forma
independiente

Los conceptos Darwinianos de la

evolución de las especies alcanzaron su
coherencia en el siglo XIX
La biología gracias a Thomas Hunt
Morgan (Universidad de Columbia)
transforma la biología en una ciencia
experimental.

Herencia, Evolución y Desarrollo

http://www.columbia.edu/cu/alumni/Magazine/Morgan/morgan.html
El mecanismo de la herencia
mendeliana”
Morgan afirma formalmente que los genes
son unidades físicas dispuestas
linealmente a lo largo de los cromosomas

PROGRAMA

¿Cuál es su naturaleza química?

¿Cómo los genes se duplican?
¿Qué hace que los genes muten?
¿Cómo los genes son la base genética de la
enfermedad?
¿Cómo los genes determinan las
propiedades de las células, el desarrollo de
los organismos y la evolución?

http://www.columbia.edu/cu/alumni/Magazine/Morgan/morgan.html
La cristalografía de rayos X
En 1913 William Henry Bragg
y William Lawrence Bragg
(padre e hijo) calculan el
espacio entre los átomos
midiendo la intensidad de los
rayos X reflejados de los
cristales en diferentes
ángulos.

En 1915 reciben el premio

noble en física por su trabajo
 La ley de Bragg

nλ = 2d sen (θ)

http://www.xtal.iqfr.csic.es/Cristalografia/parte_05_5.html
 Phoebus Levene y los
nucleótidos
Descubre la ribosa de los
nucleótidos.

Propone el orden: fosfato –

azucar – base.

Propone la hipótesis
tetranucleótido para
explicar la relación AGCT
Frederick Griffith (1928)

Griffith 1928. J Hygiene 27: 13-59

Griffith, 1928

H/J Fig. 1.2

 Esta es la primera
demostración de que
DNA funcional
transforma una
célula.
(Transfection)

Pero Griffith no
supo que lo que se
movia entre las
células era DNA.

Conclusión:
El material genético ha pasado desde
el tipo-S (muerto) hasta el tipo R (vivo). H/J Fig. 1.2
Los trabajos de Griffith
letal

Griffith 1928. J Hygiene 27: 13-59

Los primeros indicios del “factor
transformante” (¿Mendeliano?)
 Diagrama del sistema transformante

McCarty 1994 J. Exp. Med. 179: 385-394

 Naturaleza del principio
transformante de Pneumococcus

Avery et al 1943 J. Exp. Med. 79: 137-158

Inactivación del principio
transformante

Avery et al 1943 J. Exp. Med. 79: 137-158

El efecto de la temperatura

Avery et al 1943 J. Exp. Med. 79: 137-158

Titulación del principio
transformante

Avery et al 1943 J. Exp. Med. 79: 137-158

Conclusión

Avery et al 1943 J. Exp. Med. 79: 137-158

 Pauling y la
estructura del
ácido nucleico
del timo

Las bases nitrogenadas

Primera hoja
 Pauling y la
estructura del
ácido nucleico
del timo

El azucar (ribosa)
Segunda hoja
 Pauling y la
estructura del
ácido nucleico
del timo

El fosfato
Tercera hoja
La estructura
 Linus Pauling

Propone teóricamente la estructura

de la alfa hélice de las proteínas
(mioglobina) la cual fue confirmada
por cristalografía de rayos X

Trabajo que le vale el Premio Nobel

en 1954

Pauling con su modelo de la hélice alfa de las proteínas

¿Qué es la vida? (1944)

Erwin Schrödinger
 El sólido aperiódico de
Schrödinger
“EL SÓLIDO APERIODICO
Una pequeña molécula puede ser ‘el germen de un sólido'. A partir de este
pequeño germen sólido,… Uno es el arreglo monótono de la misma
estructura en tres direcciones “un cristal”… La otra forma es la
construccion de un agregado mas y mas extendido sin una repetición
monótona. Este es el caso de moléculas orgánicas muy complicadas en las
cuales cada átomo o grupo de átomos, juegan un papel individual, y no
equivalente con sus vecinos (como en el caso de una estructura
aperiódica).”

“Podemos muy bien llamar un cristal aperiódico o sólido y expresar nuestra

hipótesis diciendo: Creemos que un gen o quizás una fibra cromosómica
completa es un sólido aperiódico.”

Shrödinger E. What is life?. 1944 pp 62

 El código de Schrödinger
“LA VARIEDAD DEL CONTENIDO SE COMPRIME EN UN CÓDIGO MINIATURA
Como el material del núcleo del huevo fertilizado un elaborado código-
escrito del desarrollo futuro del organismo. En una asociación de átomos
hay suficiente “resistencia” a mantener el orden permanentemente,… la
estrucutra concebible de este material ofrece una variedad posible de
arreglos ('isoméricos') suficientemente grande para contener un complicado
sistema de 'determinaciones' en los límites de un pequeño espacio… Por
ejemplo el código Morse…”

“…Lo que deseo ilustrar es simplemente que con la imagen molecular del
gen no es inconcebible que un código minuatura se corresponda con un
plan altamente complicado y específico de desarrollo y pueda de alguna
forma ponerlo en operación.”

Shrödinger E. What is life? 1944

 Que es la vida

ORDEN, DESORDEN Y ENTROPÍA

LA MATERIA VIVA EVADE CAER EN EL

EQUILIBRIO

ORDEN BASADO EN EL ORDEN

Estructura del DNA según
Linus Paulin
Estructura del DNA según
Linus Paulin
La estructur¡a
del DNA de
Linus Paulin
SEGUNDA
PARTE
Watson and Crick 1952. Molecular
structure of nucleic acids, A structure of
deoxyribose nucleic acids. Nature 171
(4356): 737-738
La reciente ciencia de la Biología
Molecular
LOS MODELOS PROPUESTOS
El esqueleto de la doble helice
Reglas de Chargaff
Apareamiento de bases según el
modelo de Watson y Crick
ESQUELETO DEL ADN
H/J Fig. 6.5a
 Helice hacia la derecha

10 bp por vuelta

34 angstroms por vuelta

Hendidura
menor 20 angstroms de diametro

Hendidura
mayor
1 angstrom = 10-10 meter
= 0.1 nm

H/J Fig. 6.5b

Representación de los puentes
de H en el DNA
Nucleósidos Energía
Funciones Inhibidores
Nucleótidos Metabólica

COMPONENTES
• AZUCAR
• BASES
NITROGENADAS
• FOSFATO
EL AZUCAR
BASES PURICAS
BASES PIRIMIDINAS
PROPIEDADES FÍSICAS DE LOS
NUCLEÓTIDOS
IONIZACIÓN

TAUTOMERÍA

PUENTES DE HIDRÓGENO

PROPIEDADES ESPECTROSCÓPICAS

DISTRIBUCIÓN EN EL ESPACIO
 PUENTES DE HIDRÓGENO
SEGÚN W & C H

N N H O Me

N
A T
N
N H
N
C1 N

H O C1´

N
N O H

N
G C
N
N H
N
C1 N

N H O C1
PARES DE BASES
PARES DE BASES
Caracter dipolar de los
nucleotidos
TAUTOMERIA
FORMA CETO - ENOL DEPENDIENTE DEL pH
PARES DE BASES SEGÚN
HOOGSTEEN

N H O Me

T
N
H
N

A N
N
N O C1´

C1´
 PARES DE BASES TIPO
WOBBLE PARA G-U Y U-I
O

U N H O N

O N

C1´ O H N I N

U N H O N N C1´

C1´ O H N G N

N C1´

H N

H
 ARREGLOS
ALTERNOS EN
PARES DE
BASES
HOMOPURINAS
HETERO
PURINAS
UNIDAD NUCLEOTIDICA EN EL
DNA

Los ángulos de torsión para las conformaciones del esqueleto del

nucleótidos i th en la cadena polinucleotídica
ANGULOS DE TORSIÓN EN LA
ESTRUCTURA DEL ADN
 La forma del anillo furanósico

Ángulos de torsión del anillo furanósico de los β-D-nucleósidos y nucleótidos

EJEMPLO DE CONFORMACION
EN EL ANILLO

En el DNA-B es C2'-endo. En el
RNA es C3'-endo
CONFORMACIÓN DEL AZUCAR
 Cambio conformacional del anillo de
ribosa

DNA-B TIENE LA FORMA C2’-ENDO

DNA-A ES C3’-ENDO
DNA-Z
PURINAS SON TODAS C3’-ENDO
PIRIMIDINAS SON TODAS C2’-ENDO
CONCLUSION: LA CONFORMACIÓN DEL ANILLO DE
RIBOSA GOBIERNA LA ORIENTACIÓN RELATIVA DE
LOS GRUPOS FOSFATO DE CADA RESIDUO DE
AZUCAR
 EL ENLACE
GLICOSÍLICO
Enlace glucosílico en el DNA-Z
 ESTRUCTURAS
SECUNDARIAS
DE RNA

Fuente: Chastain, M. and Tinoco Jr., I., (1991)

Prog. Nucleic Acid Res. Mol. Biol. 41, 131-177
 PSEUDOKNOTS

Los pseudoknots en el RNA son elementos estructurales terciarios que resultan

cuando un loop en una estructura secundaria, pares con secuencia
complementaria fuera de este loop.

a El loop superior se cruza la endidura mayor y el loop inferior cruza la endidura

menor
b El loop cruza la endidura mayor y el otro loop hace un puente sobre toda la
hélice
c Un loop cruza la endidura menor y el otro loop hace un puente sobre toda la
hélice
Curva típica de fusión y el efecto
hipercrómico

Freifelder, 1978
Un trinucleótido con las bases
apiladas

Freifelder, 1978
 ESTRUCTURAS REALES DEL
ADN
Fuerzas de stacking
Apareamiento de bases
Otras interacciones
Interacciones electrostáticas
Van der Wals

Desnaturalización del DNA

NIVELES DE ESTRUCTURA DEL ADN
POLIMORFISMOS
DEL DNA

a.  DNA-A
b.  DNA-B
c.  DNA-Z
d.  RNA-A
 PARAMETROS HELICOIDALES
En la descripción de la hélices o segmentos
helicoidales se deben emplear los siguientes
símbolos:
n = número de residuos por vuelta
h = altura (traslación por cada residuo a lo largo
del eje de la hélice)
t = 360°/n = es la rotación de un residuo y el
siguiente (ángulo de rotación por residuo
alrededor del eje de la hélice)
P = relaciona el número de residuos por vuelta
y h (paso de rosca) = n.h.
 PARAMETROS DEL ADN DE DOBLE
HÉLICE A-, B-, Y Z-
Propiedades Forma A Forma B Forma Z
Sentido Helicoidal Hacia la derecha Hacia la derecha Hacia la izquierda

Diámetro (nm) 2,55 2,37 1,84

Rotación/par de base
(grados) t altura por 33.6 (0,29) 35.9 +/- 4.2 (0,34) -30 (0,37)
base (nm)
Promedio par de
10.7 (11) 10.0 +/- 1.2 (10) 12
bases/vuelta n
Ancho, profundo
Topol. Hen mayor Estrecho, profundo Plano
Estrecho, plano
Topol. Hen menor Amplio, plano Estrecho, profundo

altura/base a lo largo
2.3 3.32 +/- 0.19 3.8
del eje (Å) h
Conformación del
anti anti anti en C, syn en G
ángulo Glicosil
C2'-endo C2'-endo en C, C2'-exo
Plegamiento de azúcar C3'-endo
a C1'-exo en G
 Las hendiduras mayor y menor

Debido a que los enlaces glucosídicos no están diametralmente opuestos el

uno al otro, cada par de bases tiene un lado mas largo que otro esto define la
hendidura mayor y uno mas corto que es la hendidura menor. Las hendiduras
se alinean por los donadores potenciales (en azul) y aceptores (en rojo).
La geometría del DNA depende
de la secuencia de nucleótidos

DNA circular de 200 pb Deformación inducida por la

interacción con las proteínas
TERCERA
PARTE
 Parámetros de
Sobre-enrollamiento
La ecuación que mejor describe el fenómeno del sobre-enrrollamiento
es:

Lk = TW ± Wr
Donde
Lk Representa las veces que una de la cadenas de DNA se envuelve
sobre la otra.
TW Representa el número de vueltas completas (360°) de la espiral o
hélice del ADN.
Wr Representa la cantidad de vueltas de sobrenrollamiento en la
molécula de ADN circular. En forma opuesta a Lk , toma valores
positivo o negativo como Wr.

En un ADN lineal o en un ADN circular relajado no existe

superenrollamiento y por lo tanto Wr = O y Lk = TW. Sin embargo,
pueden existir situaciones diferentes.
 ADN CIRCULAR Y MATEMÁTICA TOPOLÓGICA

A En un ADN B tipo Watson y Crick de 160 pares de bases de longitud. Resulta que Lk es igual a 16 y es
igual a TW.

B Si se fija el extremo izquierdo de la cadena y le damos al extremo derecho siete vueltas en el sentido de
las agujas del reloj, se producirá una disminución simultánea de Lk y de TW que adquirirán el valor 9

C Si se unen los dos extremos del ADN y se transforma en circular; como la molécula de ADN es ahora
circular, la cantidad de veces que una de las cadenas se envuelve sobre la otra no puede modificarse y
en consecuencia Lk se mantiene constante. Por el contrario, el número de vueltas de la doble hélice
vuelve a su situación original y por consiguiente TW aumenta.

En tales condiciones es necesario un Wr negativo con el fin de mantener iguales los dos componentes de
la ecuación Lk = TW ± Wr . El resultado final será un ADN circular superenrollado con un número de
vueltas a la derecha correspondiente a Wr = -7
 a b

Gel de electroforesis en agarosa oc

de DNA circular cerrado del
plásmido pBR322 DNA. (a) DNA
migra en dos bandas en el gel. sc: rel
superenrrollado (circular cerrado)
pBR322 DNA, oc: circular abierto
(nicked) pBR322 DNA. (b) el mismo
material como en (a), despues del
tratamiento con topoisomerasas,
consiste en una distribución de
topoisomeros. rel: pBR322 DNA
relajado.

sc

Bates and Maxwell , 2005

CUARTA
PARTE
 LA CROMATINA
La cromatina es una estructura altamente
dinámica que juega un papel esencial en la
regulación de todos los procesos nucleares
que utilizan DNA como templado incluyendo la
reparación, replicación, transcripción y
recombinación del DNA.

Dos grupos de proteínas: (a) chaperonas

histonas y (b) máquinas dependientes de ATP-
para la remodelación, las cuales co-operan
para ensamblar el DNA y las proteínas histonas
en la cromatina.
Modelo de condensación de la
cromatina. Se muestran los
pasos en el plegamiento del
DNA en cromatina. El DNA
(arriba) es enrollado en el
nucleosomas, los cuales
empacan en un solenoide de
30 nm, que es condensado en
a forma metafásica del
cromosoma (abajo)
(Reproducido con permiso
2003) Nature Publishing
Group).
 VISTA MICROSCÓPICA DE LOS
TIPOS DE CROMATINA

La heterocromatina
Es la forma condensada de la organización de la cromatina. Se observa como
puntos densos. La heterocromatina se considera transcripcionalmente inactiva.
(Alberts et al, Molecular Biology of the Cell, Garland Publishing, 1994, pages 352
and 353)
Eucromatin
Es la forma no condensada de la cromatina. Es la mas abundante en las células
trasncripcionalmente activas. (Alberts et al, Molecular Biology of the Cell, Garland
Publishing, 1994, pp 351-352).
LOCALIZACIÓN DE LA
CROMATINA
 Las
modificaciones
en las histonas
tienen un
significado
funcional
MODIFICACIONES DE LAS
HISTONAS
 LAS HISTONAS
Histona número Masa %Arg %Lys UEP*
de residuos (kD) (x10-6 años)
H1 215 23.0 1 29 8
H2A 129 14.0 9 11 60
H2B 125 13.8 6 16 60
H3 135 15.3 13 10 330
H4 102 11.3 14 11 600

Las histonas, se unen iónicamente a los grupos fosfato del ADN cargados
negativamente. In vitro, esta interacción, se puede romper con 0.5 M de
NaCl.
SITIOS DE MODIFICACIÓN EN
LAS HISTONAS
EL NUCLEOSOMA
La cromatina es la estructura que hace
visibles los cromosomas durante la
división celular. Su unidad básica es el
nucleosoma, compuesto de 146 bp de
DNA y ocho proteinas histonas. La
estructura de la cromatina cambia
dinámicamente, al menos en parte
dependiendo de la necesidad de
transcripción. Durante la metafase de la
división celular, la cromatina se condensa
en el cromosoma visible. En otras
ocasiones la cromatina esta relajada, con
algunas regiones en una conformación
"Beads-On-a-String".
ESTRUCTURA DEL
NUCLEOSOMA

H3

H4
H2A

H2B
 EL OCTAMERO

http://www.clunet.edu/BioDev/omm/nucleosome/nucleosome.htm
EL OCTAMERO (continucación)

http://www.clunet.edu/BioDev/omm/nucleosome/nucleosome.htm
 ESTRUCTURA DEL
NUCLEOSOMA

Las cuatro histonas comparten un

motivo estructural similar, la histona
se plega comprendiendo tres alfa
hélices conectadas por dos loops
(aquí para H2A): alpha1-loop1-
alpha2-loop2- alpha3.

http://www.clunet.edu/BioDev/omm/nucleosome/nucleosome.htm
Un DNA de doble hélice rodea el
octámero

http://www.clunet.edu/BioDev/omm/nucleosome/nucleosome.htm
ESTRUCTURA DEL
NUCLEOSOMA

H3

H4
H2A

H2B
 CROMATINA
100 Å En la cromatina, el DNA (en rojo), se
enrrolla alrededor de un octámero de
histonas (rosado) conformando un
filamento de 100 Å que al microscopio
electrónico se evidencia como un collar
en que cada cuenta se denomina
NUCLEOSOMA. Las histonas que
participan en la conformación de un
nucleosoma son H2A – H2B -H3 y H4. Al
final de la etapa G2 se activa el FPM y se
fosforila la histona H1 lo que trae como
consecuencia un nuevo plegamiento del
filamento de 100 Å en otro de 300Å que
incluye 6 nucleosomas por vuelta, según
se muestra en la figura.
EL CROMOSOMA
EMPAQUETAMIENTO DE LOS
CROMOSOMAS
LAS HISTONAS
Estructura de la cromatina
Lampbrush chromosomes
 Cromosomas
politénicos

Las bandas son regiones de mayor

condensación de cromatina
Las bandas individuales de los cromosomas
politénicos pueden desplegarse y replegarse
como una unidad
Modelo para la estructura de un
cromosoma en interfase
 Efecto de posición
en la expresión de
genes de dos
organismos
diferentes

(A) gen ADE2 de levadura

(B) gen de ojos blancos en Drosophila.
El efecto de posición causa
variabilidad en Drosophila.
 Heterocromatina

(A) La heterocromatina es generalmete poco acetilateda, y las colas poco

acetiladas de la histona histone H4 interactuan con un complejo de proteinas
Sir, estabilizando la asociación de éstas con los nucleosomas
(B) Proteinas especializadas en unirse al ADN (traingulos azules) reconocen
secuencias de DNA cercaa los exptremos de los cromosomas y fijan las
proteínas Sir proteins, una de las cuales (Sir2) is una histone NAD+-
dependiente deacetylasa.
 Modelo de empacamiento del
ADN en la heterocromatina y su
replicación en el cromosoma
 Paginas de interés
•  http://www.mun.ca/biochem/courses/3107/
chime/Z-DNA.html
•  http://info.bio.cmu.edu/Courses/03438/99Case1/
HhaI.htm
•  http://www.mun.ca/biochem/courses/3107/
Lectures/Topics/DNA_and_RNA_structures.html
•  http://www.imb-jena.de/ImgLibDoc/nana/
IMAGE_NANA.html