Guía Acoplamiento Molecular No. 2.

Usando Autodock 4

Las estructuras se encuentran en la página de archivos del curso, dentro del directorio Guía
Docking 2.
Proteína: hsg1.pdb
Ligando:ind.pdb
1.- Leer la proteína y borrar aguas.
a. Abra el programa AutoDockTools, a continuación en la parte superior del Browser en
File----Read Molecule, seleccione hsg1.pdb.
b. Ahora vamos a seleccionar las aguas que rodean a la proteína, para posteriormente
borrarlas. Diríjase a:
Select------Select from string--------En Residue colocar HOH*----------Add (los O de las aguas se
colocaran en amarillo)---------Dismiss
Ahora procederemos a borrar las aguas seleccionadas.
Edit-----delete------delete selected atom-----continue.
Ahora agregaremos los hidrógenos a la proteína.
Edit----hydrogens-----add(tener marcados las casillas all hydrogens,noBondOrder, yes Renumber)--
---OK.
Ahora guardaremos el nuevo pdb de la macromolécula, sin las aguas.
File-------Save------Write PDB (elija sort nodes)---OK. Puede seleccionar el nombre hsg1-a.pdb
( puede ahora ocultar la proteína, deseleccionando la proteina en el menu visualización,
simplemente haciendo click en el circulo de la columna L)

2.- Preparar el ligando

Ligand-----input-----open…..ind.pdb….OK (aceptar cargas Gasteiger)
Ligand----torsion tree------detect root
Ligand-----torsion tree------Choose torsion---Done
Ligand---torsion tree----Set number of torsion (coloque 6 y enter)----Dismiss.
Ligand----Output---save as PDBQT (ind.pdbqt)---save
(Oculte el ligando así como se hizo con la proteína, y haga lo contrario para la proteína)
3.- Preparando la macromolécula para el dockingPrimero hay que traer la proteína en el
formato necesario para correr autodock.
Ir a Grid-----Macromolecule------Choose
seleccionar hsg1.pdb --- select Molecule.
save hsg1.pdbqt
Grid----Grid Box (ajuste el número de puntos en 60 60 60 e introduzca las dimensiones de la caja
2.5 6.5 y -7.5 para x, y, z respectivamente)--------File----Close saving current.
Grid-----Output-----Save GPF (escriba hsg1.gpf).
Grid----Edit GPF --- OK
Grid----Set Map Types-----Choose Ligand o Open Ligand si ha borrado el ligando (ind.pdbqt)----
Accept.

4.- Preparar los residuos flexibles.

Flexible residues---input-----open macromolecule (hsg1-nuevo.pdb)----select molecule (merge

non-polar hydrogens—yes) y OK.
Select----select from string (clear form)-----coloque ARG8 en la casilla Residue---- Add-----Dismiss
Observe que aparecen 2 residuos marcados en Amarillo.
Ahora observaremos sus enlaces rotables…..Flexible residues---choose torsions in currently
selected residues------close.
*el máximo de enlaces rotables entre macromolécula y ligando no debe superar el valor de 32.
Ahora grabaremos dos nuevos PDBs, Uno que indique los residuos flexibles y el otro que
mantenga los residuos rígidos.
Flexible residues-----output-----save flexible PDBQT (hsg1_flex.pdbqt)----Save.
Flexible residues---output----save rigid PDBQT (hsg1_rigid.pdbqt)—Save
Ahora borre hsg1-nuevo.pdb-------Edit----Delete—delete Molecule (hsg1-nuevo)----Dismiss.

4.- Preparar los residuos flexibles.

Primero hay que traer la proteína en el formato necesario para correr autodock.
Ir a Grid-----Macromolecule------open o choose si es el caso (elija hsg1_rigid.pdbqt)--------ok

Ir a Docking------Macromolecule----Set Rigid Filename (seleccione hsg1_rigid.pdbqt)--Open

Docking----Macromolecule----Set Flexible Residues Filename (seleccione hsg1_flex.pdbqt)----Open
Docking---Ligand-----Choose (elija ind)----Select Ligand.
Docking----search Parameters----Genetic Algorithm------Accept.
Docking-----Docking Parameters-----Close
Docking---Output-----Lamarckian GA-----Save
Run-----Run AutoDock (coloque la ruta del ejecutable autodock4)----Launch (espere).
5.- Corra Autogrid.
Run------Run AutoGrig (coloque la ruta del ejecutable autogrid4)------Launch.(espere)
6.- Corra AutoDock
Run------Run AutoDock (coloque la ruta del ejecutable autodock4, seleccione como arrchivo de
parametros ind.dpf y log file el archivo ind.dlg)------Launch.(espere)
7.- Ver los resultados
Analyze-----Docking---Open
abra el archivo ind.dlg
Analyze------Conformations-----Play, ranked by energy
Analyze------Conformations-----Load
Analyze------Macromolecule---Open
abra el archivo hsg1.pdbqt
Analize--grids---Open
hsg1.OA.map---Open (-0.5 Enter Sampling 1 Enter, si pregunta eso)
select From string ---- residues --- escriba ARG8----Add----Dimiss
Display----stick and Balls ------- Ok
Analyze----Dockings----Show as Spheres
Analyze-----Dockings----Show Interactions
File---Exit