Tutorial Autodock 4

Las estructuras se encuentran en la carpeta tutorial4 Protena: hsg1.pdb Ligando:ind.pdb 1.Leer la protena y borrar aguas. a. Abra el programa AutoDockTools, a continuacin en la parte superior del Browser en File----Read Molecule, elija hsg1.pdb. b. Ahora vamos a seleccionar las aguas que rodean a la protena, para posteriormente borrarlas. Dirjase a: Select------Select from string--------En Residue colocar HOH*----------Add (los O de las aguas se colocaran en amarillo)---------Dismiss Ahora procederemos a borrar las aguas seleccionadas. Edit-----delete------delete atomset-----continue. Ahora agregaremos los hidrgenos a la protena. Edit----hydrogens-----add(tener marcados los casilleros all hydrogens,noBondOrder, yes Renumber)-----OK. Ahora guardaremos el nuevo pdb de la macromolcula, sin las aguas. File-------Save------Write PDB (elija sort nodes)---OK. (Puede borrar el Nuevo PDB: Edit----Deletedelete Molecule).elija el nombre hsg1-nuevo.pdb 2.Preparar el ligando Ligand-----input-----open..ind.pdb.OK (aceptar cargas Gasteiger) Ligand----torsion tree------detect root Ligand-----torsion tree------Choose torsion---Done Ligand---torsion tree----Set number of torsion (coloque 6 y enter)----Dismiss. Ligand----Output---save as PDBQT (ind.pdbqt)---save (puede borrar el ligando: Edit----Deletedelete Molecule) 3.Preparar los residues flexible. Flexible residues---input-----choose macromolecule (hsg1-nuevo.pdb)----select molecule (merge non-polar hydrogensyes) y OK. Select----select from string (clear form)-----coloque ARG8 en la casilla Residue---- Add-----Dismiss Observe que aparecen 2 residuos marcados en Amarillo. Ahora observaremos sus enlaces rotables..Flexible residues---choose torsions in currently selected residues------close. *el mximo de enlaces rotables entre macromolcula y ligando no debe superar el valor de 32. Ahora grabaremos dos nuevos PDBs, Uno que indique los residuos flexibles y el otro que mantenga los residuos rgidos. Flexible residues-----output-----save flexible PDBQT (hsg1_flex.pdbqt)----Save. Flexible residues---output----save rigid PDBQT (hsg1_rigid.pdbqt)Save Ahora borre hsg1-nuevo.pdb-------Edit----Deletedelete Molecule (hsg1nuevo)----Dismiss. 4.Preparando la macromolcula para el docking Primero hay que traer la protena en el formato necesario para correr autodock. Ir a Grid-----Macromolecule------open o choose si es el caso (elija hsg1_rigid.pdbqt)--------ok Grid----Set Map Types-----Choose Ligand o Open Ligand si ha borrado el ligando (ind.pdbqt)----Accept.

Grid----Grid Box (ajuste el nmero de puntos en 60 60 60 e introduzca las dimensiones de la caja 2.5 6.5 y -7.5 para x, y, z respectivamente)--------File---Close saving current. Grid-----Output-----Save GPF (escriba hsg1.gpf). 5.Corra Autogrid. Run------Run AutoGrig (coloque la ruta del ejecutable autogrid4)------Launch. (espere) Ahora debe preparar los archivos para el docking finalmente. 6.Corra AutoDock Docking------Macromolecule----Set Rigid Filename (seleccione hsg1_rigid.pdbqt)--Open Docking----Macromolecule----Set Flexible Residues Filename (seleccione hsg1_flex.pdbqt)----Open Docking---Ligand-----Choose (elija ind)----Select Ligand. Docking----search Parameters----Genetic Algorithm------Accept. Docking-----Docking Parameters-----Close Docking---Output-----Lamarckian GA-----Save Run-----Run AutoDock (coloque la ruta del ejecutable autodock4)----Launch (espere). 7.Ver los resultados Analyze-----Docking---Open all Conformations-----Play, ranked by energy