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Xeno
Xeno
1
AISLAMIENTO DE MICROORGANISMOS DEGRADADORES DE
TRABAJO DE GRADO
PRESENTADO COMO REQUISITO PARCIAL
PARA OPTAR AL TÍTULO DE MICROBIÓLOGO INDUSTRIAL
2
NOTA DE ADVERTENCIA
“La Universidad no se hace responsable por los conceptos emitidos por sus
alumnos en sus trabajos de tesis. Solo velará por que no se publique nada
contrario al dogma y a la moral católica y por que las tesis no contengan
ataques personales contra persona alguna, antes bien se vea en ellas el
anhelo de buscar la verdad y la justicia”.
3
AISLAMIENTO DE MICROORGANISMOS DEGRADADORES DE
APROBADO
__________________________ __________________________
Fabio Roldán, Ph.D. Ziv Arbeli, Ph.D.
Microbiólogo Microbiólogo
Director Codirector
__________________________ __________________________
Aura Marina Pedroza, Ph.D. Gloria Acosta, M.Sc
Bacterióloga Microbióloga
Jurado Jurado
4
AISLAMIENTO DE MICROORGANISMOS DEGRADADORES DE
_________________________ _________________________
5
AGRADECIMIENTOS
A Fabio Roldán, Erika García, Ziv Arbeli y Joaquín Benavidez por permitirme
participar en un proyecto de aspiraciones grandes, imponentes e importantes. A
Fabio por ser el ejemplo de una carrera exitosa y a Erika por enseñarme a dar
pasos grandes. A Carlos por ser un compañero incondicional dentro y fuera del
laboratorio, porque gracias a su humor, serenidad y responsabilidad, este proceso
estuvo cobijado por una gran amistad. A todas las manos amigas que en momentos
de desesperación nos brindaron su ayuda, Johan, Juan Pablo, Angela y Angélica,
espero que sigan haciendo parte de este proyecto y que sus logros se queden en
casa.
A Fabio Roldán y Erika García por la dirección de este proyecto, los aportes
académicos, la confianza, la comprensión y el apoyo en momentos difíciles.
A mi familia por la confianza y la motivación para hacer las cosas cada día mejor y a
mis amigos por ser cómplices y víctimas de este proceso.
vi
TABLA DE CONTENIDO
AGRADECIMIENTOS …………………………………………………………………… VI
RESUMEN ………………………………………………………………………………... XI
1. INTRODUCCIÓN ………………………………………………………………….…… 1
4. OBJETIVOS ……………………………………………………………………….…... 17
vii
5.1 ANÁLISIS FÍSICO-QUÍMICO ……………………………………………………… 18
7. CONCLUSIONES …………………………………………………………………….. 43
8. RECOMENDACIONES ……………………………………………………………..... 44
9. REFERENCIAS ……………………………………………………………………….. 45
viii
ÍNDICE DE FIGURAS
ix
ÍNDICE DE TABLAS
x
RESUMEN
0
ABSTRACT
1
1. INTRODUCCIÓN
1
Experiencias en biorremediación basadas en la degradación de compuestos
persistentes como explosivos, fenoles e hidrocarburos, reportan que los
microorganismos nativos presentes en estos ambientes contaminados son
los degradadores más efectivos, pues están adaptados a las condiciones del
ambiente y la presencia del contaminante. Esto lleva a pensar que los sitios
con presencia histórica de contaminación por TNT son unas de las mejores
fuentes para buscar degradadores nativos con capacidad para utilizar este
compuesto en su crecimiento como fuente de carbono y/o nitrógeno
2. MARCO TEÓRICO
2
como el pentaeritritol, con el objetivo de aumentar el potencial detonante de
los productos (Ballesteros 2006).
Propiedad Magnitud
Punto de solidificación 80,6ºC
Punto de Degradación 300ºC
Temperatura de Explosión 400ºC
Solubilidad Agua 20oC 120mg/L
Coeficiente Henry 0,0018
Presión de Vapor 20oC 150Pa
Densidad 1,65g/cm3
Velocidad de Detonación 6900m/s
Peso Molecular 227,1 gmol
3
(Unión Española de Explosivos, 1994). Es importante tener en cuenta que
para mantener estables sus características a temperatura ambiente y
trabajarla sin peligro de explosión, la muestra debe estar disuelta en
compuestos como etanol y acetona (Ballesteros, 2006).
4
química artificial, limita el proceso de degradación por microorganismos
nativos presentes en los suelos contaminados (Zoe & Neil, 2006). Estas
características y su persistencia en el ambiente afecta la integridad del
ecosistema provocando efectos mutagénicos en los humanos, peces, algas y
microorganismos (Park et al., 2003).
5
Numerosos estudios han reportado el aislamiento de microorganismos con
potencial degradador de TNT (Tabla 2), capaces incluso de mineralizar este
compuesto, a partir de ambientes contaminados con explosivos.
6
2.2 Rutas Metabólicas de Degradación de TNT:
Así mismo, se han descrito otras dos vías alternativas, que ocurren en
presencia de oxígeno, aún cuando una de ellas no lo utiliza como aceptor
final de electrones. Precisamente, la segunda vía (Vía II), es aquella en la
que el TNT actúa como un aceptor de electrones, debido a la gran facilidad
que existe para reducir los nitro-grupos formados por los enlaces nitrógeno-
oxígeno altamente electrofílicos (Yin et al., 2004), con este metabolismo se
han reportado bacterias como Enterobacter cloacae, Escherichia coli y
Pseudomonas putida (Zoe & Neil, 2006).
La tercera vía (Vía III) es una de las rutas metabólicas más complejas, que
se caracteriza por la formación de un complejo llamado Meisenheimer, que
se genera cuando el microorganismo es capaz de atacar directamente los
enlaces que conforman el anillo aromático. Esta es una de las vías más difícil
y menos común dentro de los microorganismos reportados (Zoe & Neil,
2006).
7
2.2.1 Vía I
8
(DAHAT) (Preuss et al., 1992). Los resultados obtenidos en este experimento
sugirieron que bajo estas condiciones, el monóxido de carbono juega un
papel bifuncional dentro de la reacción, donde además de ser el donador de
electrones puede ser inhibidor de la reducción de DAHAT a TAT (Preuss et
al., 1992).
2.2.2 Vía II
9
TNT
Nitroso‐Dinitrotolueno
Hidroxilamino‐Dinitrotolueno
Amino‐Dinitrotolueno
10
2.2.3 Vía III
11
Figura 3: Formación del Complejo Meisenheimer
(Tomada de: Vorbeck et al., 1994)
Complejo Híbrido‐Meisenheimer
Complejo Dihiíbrido‐Meisenheimer
12
Aunque los últimos productos de esta ruta metabólica no se han podido
identificar, se ha confirmado que la transformación del complejo dihíbrido-
Meisenheimer ocurre mediante varias reacciones de reducción que genera la
producción de diversos metabolitos y NO2 (Zoe & Neil, 2006).
2.3.1 Aislamiento
13
2.3.1.2 Medios de Cultivo
14
Como se muestra en la tabla anterior (Tabla No 3), la concentración de TNT
óptima para estimular la degradación del compuesto por parte de los
microorganismos, varía en las investigaciones en un rango muy amplio, pues
abarca concentraciones que van desde 50ppm, hasta 200g/L (200.000ppm).
Sin embargo algunos estudios reportan que concentraciones por encima de
los 100ppm ejercen un efecto inhibidor sobre el crecimiento de los
microorganismos con potencial degradador (Gonnison et al., 1993).
Por otra parte, existen técnicas más específicas, en cuanto a que son útiles
para detectar uno de los posibles productos de la degradación. La detección
de nitratos, mediante la técnica colorimétrica de Nessler, es una alternativa
viable cuando se evalúa la degradación de TNT por parte de un
15
microorganismo que lleva a cabo el metabolismo aeróbico en el que se
produce el complejo de Meisenheimer (Vorbeck et al., 1994).
16
4. OBJETIVOS
17
5. MATERIALES Y MÉTODOS
No Área Muestreada
1 Exterior
2 Canal Exterior
3 Trampa Taller Multiplicador
4 Canal de la Trampa
5 Caneca
6 Tanque de Transporte
7 Ex Caja de Captación
8 Concentración Tensoactivos
9 Campo de Prueba
Lodos de Planta Tratamiento
10
de Aguas Residuales (PTAR)
11 Fitorremediación
12 Caño PTAR
18
preparación del medio de cultivo. A la muestra número 6, correspondiente a
los trozos de producto comercial tomados del tanque transportador de la
planta no se le midieron estas variables, debido a que por su composición se
recomendó evitar al máximo su manipulación.
5.2 Aislamiento
Características
Tratamiento
Fuente Carbono Fuente Nitrógeno
T1 - -
T2 + -
T3 - +
19
Como fuente de carbono se utilizó una mezcla de glucosa, glicerol, citrato y
acetato a una concentración final de 25 ppm, y como fuente de nitrógeno 10
ppm de nitrato de amonio (NH4NO3). El explosivo se adicionó a los tres
tratamientos en solución con acetona a una concentración final de 50 ppm,
concentración que fue seleccionada por ser la más reportada en diversas
investigaciones, como una concentración óptima para evaluar la
biodegradación de este compuesto.
20
5.2.2 Etapa II: Aislamiento en Medio de Cultivo Sólido
Todos los cultivos fueron incubados a temperatura ambiente (21,0 ± 0,9 oC)
en condiciones aeróbicas, durante aproximadamente dos semanas.
La etapa III inició con la selección de todas las colonias que crecieron en los
tratamientos y presentaron diferencias macroscópicas, esperando tomar el
mayor número de posibles degradadores. El segundo cultivo se realizó en
medio sólido de cada uno de los tratamientos con concentración doble de
TNT (100ppm) para generar mayor presión selectiva sobre los
microorganismos. Para llevar a cabo el aislamiento de estas colonias se
utilizaron cajas de petri marcadas con una cuadrícula de 22 espacios (uno
para cada colonia).
21
análisis mediante HPLC, debido a que es reportado como el medio más
favorable para la degradación del compuesto evaluado.
22
Para poder cuantificar la concentración de TNT presente en los cultivos, se
elaboró una curva patrón, utilizando soluciones estándar preparadas con
concentraciones conocidas de TNT (12,5 ppm, 25 ppm, 50 ppm, 100 ppm).
6. RESULTADOS Y DISCUSIÓN
Conductividad
Muestra No pH Dilución
(deciSiemens/metro)
1 7,11 0,34 1:1
2 7,34 0,22 1:1
3 6,58 0,17 -
4 7,14 1,15 -
5 2,11 1,47 -
7 7,54 0,44 -
8 7,20 14,96 -
9 7,88 0,63 -
10 8,73 1,57 1:1
11 7,42 0,47 1:1
12 8,95 0,44 1:1
23
consideran ambientes normales de baja salinidad. Sin embargo, la muestra
No. 8, procedente del tanque de concentración de tensoactivos, obtuvo una
conductividad superior de 14,96 dS/m indicando características de fuerte
salinidad (Tabla No. 6). Este fenómeno, puede deberse a la presencia de
compuestos como carbonatos, cloruros y sulfatos, que junto con los
tensoactivos, pueden ser compuestos residuos de la producción de los
explosivos comerciales.
24
eficientes. Sin embargo, en la evaluación microscópica que se hizo de los
pre-enriquecimientos, fue más común la presencia de bacterias GP que GN
(Tabla 7), lo que puede deberse a la ventaja que representa para estas
bacterias (GP) la esporulación.
25
Aunque inicialmente las condiciones de los microcosmos fueron aeróbicas,
es probable que al finalizar el periodo de incubación, la disponibilidad de
oxígeno haya disminuido y las condiciones finales fueran favorables para el
crecimiento de microorganismos anaerobios. La degradación de TNT se
puede llevar a cabo en cualquiera de estas condiciones, de hecho
microorganismos estrictamente anaeróbicos como Clostridium sp.y
Acetobacterium sp han sido reportados como potenciales degradadores de
compuestos nitroaromáticos como TNT (Neal & Arnett, 2004; Kutty &
Bennett, 2005).
26
Bacilos Bacilos Cocos
Otra
Mtra. Tto. Gram Gram Gram
Morfología
Positivos Negativos Positivos
T1 x - x -
BGN en
7 T2 x x x
forma de S
T3 x - - -
T1 x - - -
8 T2 x - - BGN curvo
T3 x - - -
T1 x x - -
9 T2 x - - -
T3 x - - -
T1 - - - -
10 T2 x - - -
T3 - - - -
T1 x x - -
11 T2 x x - -
T3 - x - -
BGN en
T1 x - -
forma de S
12
T2 x x x -
T3 x - - -
27
Con el objetivo de evidenciar un efecto parecido, se realizaron dos ensayos
sobre la forma de adicionar el explosivo al medio de cultivo, en superficie y
en solución. Aunque se encontraron diferencias importantes en el
crecimiento de microorganismos adicionando la solución de TNT en la
superficie del medio, es necesario estandarizar la concentración de TNT bajo
la cual se logra opacidad en el medio de cultivo, de tal forma que se puedan
observar los halos de degradación, o se logre visualizar el cambio de color
provocado por la producción de metabolitos como 2-aminodinitrotolueno y
sus isómeros.
28
medio de cultivo óptimo para el crecimiento de los microorganismos con
potencial degradador de TNT.
Diversos estudios (Gonnison et al., 1993; Zaripov et al., 2003; Stenuit et al.,
2006; Kulkarni M. & Chaudhari A., 2007), han demostrado que dichos
microorganismos utilizan el explosivo como única fuente de nitrógeno, por lo
cual recomiendan agregar al medio de cultivo una fuente adicional de
carbono fácilmente asimilable como la glucosa o el acetato (Gonnison et al.,
1993), para generar un balance de nutrientes favorable para la degradación.
En este estudio, el tratamiento con estas características (T2) no solo
presentó el mayor número de colonias, sino que fue donde mayor diversidad
morfológica se observó.
29
Tabla 8: Número de colonias seleccionadas
a partir de cada muestra.
30
muestras a partir de las cuales se seleccionaron menos colonias
aparentemente degradadoras de TNT. El impacto químico característico de
estas zonas es la causa de la carga microbiana reducida presente en estos
ambientes.
31
Figura
a 5: Diversid
dad de colo
onias obten
nidas en T2 de la Muestra No 5
En cuanto a la Mue
estra No 6,
6 que corresponde al bloque de produccto
c
comercial tomado
t dirrectamente del tanque de transsporte, no se esperab
ba
e
encontrar crecimiento
c o. Sin emb
bargo, a pa
artir de estta muestra
a se lograro
on
i
identificar 14
1 morfolog
gías diferen
ntes (Tabla
a No 8). Au
unque el crrecimiento no
n
f
fue tan ab
bundante como
c en la
as Muestra
as 1 y 2, hubo creciimiento y se
s
l
lograron ide
entificar má
ás coloniass diferentess que a parttir de muesstras con alto
i
impacto químico como
o la 10 y la 12.
Por otra pa
arte, en las Muestras 8 y 11, tom
madas del ta
anque de concentració
c ón
d
de tensoa
activos y el camp
po de tra
atamiento por fitorrremediació
ón,
r
respectivam
mente, el crecimientto fue mu
uy bajo; probablemente por la
c
concentrac
ción de aluminio provveniente de
e la PTAR y la conccentración de
d
c
compuesto
os tensoacttivos, los cuales
c adem
más de se
er molécula
as complejas
d
difíciles de degradar, tienen un efecto emu
ulsionante, que puede
e provocar la
f
floculación de los nutrrientes, hacciendo más difícil su assimilación.
e 14 y 16 colonias co
A partir de las Muesttras 4, 7 y 9 se obtuvvieron entre on
a
aparente potencial de
egradador, cifra
c muy próxima
p a la
a que se ob
btuvo a parrtir
d las primeras muesttras (Tabla 8).
de
32
6 Etapa III:
6.3 I Subculttivo y selec
cción de colonias
c
En total se
e seleccion
naron a pa
artir de lass 12 muestras, 165 colonias
c qu
ue
p
presentaron morfolog
gías apare
entemente diferentess. Estas colonias se
s
s
subcultivaro
on en los tres medioss de cultivo
o y se coloccaron en su
uspensión en
e
T con con
T2 ncentración
n doble de TNT (100
0ppm), med
dio que fue
e elegido por
p
f
favorecer la
a degradacción del exp
plosivo.
Figu
ura 6: Subc
cultivo en medio líqu
uido corres
spondiente
e a T2.
33
A
Aunque la mayoría de
d las colo
onias que se sometie
eron a este subcultivvo,
l
lograron re
ecuperarse en T2, no todas pressentaron crecimiento
c en T1 y T3.
T
Por este motivo,
m se utilizó el crecimiento
o en T1 como prime
er criterio de
d
s
selección para elegirr las colon
nias de los cultivos que sería
an evaluado
os
m
mediante HPLC,
H debido a que la presión selectiva a la que se
e sometiero
on
e
estos micro
oorganismo
os fue muccho más altta al increm
mentar la concentració
c ón
d TNT.
de
L
Las coloraciones de Gram que se realiza
aron a los subcultivoss líquidos de
d
c
colonias qu
ue se analizzaron mediante HPLC
C, revelaron
n que en su mayoría, los
m
microorgan
nismos capa ecer en un medio de cultivo con
aces de cre n condiciones
a
altamente selectivas
s c
como las de
d T1, son bacterias GN,
G las cua
ales son más
r
resistentes a conce
entraciones altas de TNT y poseen una tasa de
d
d
degradació
ón mucho más
m rápida que
q la de bacterias
b GP
P (Zaripov et al., 2004
4).
F
Figura 7: Coloracion
C nes de Gram
m de las colonias T1, T100, T54
4 y T137
34
Finalmente tras diez días de incubación de los subcultivos, fueron
seleccionadas 31 colonias, a las cuales les fue evaluada la capacidad
degradadora de TNT, mediante la técnica de HPLC.
35
explosivo, es diez veces más pequeña que la de los estándares, lo que
sugiere que la concentración de TNT presente fue mucho menor a 100ppm.
mAU
/76.301
210nm,4nm (1.00)
400
350
300
250
200
150
100
/17.410
RT3.320/1.925
RT2.365/0.995
/1.619
50
/1.661
/0.049
/0.040
-50
0.0 1.0 2.0 3.0 4.0 5.0 6.0 7.0 8.0 9.0 10.0 11.0 12.0 13.0 14.0 min
36
Tabla 9: Cromatografía Curva de Calibración de TNT
ABS 254 nm
T. RETENCIÓN ÁREA ALTURA
12,5 ppm
1,307 33432,4 2159,3
1,631 133276,8 12081,8
1,755 225116,9 15220,5
2,358 438400,4 16521,1
3,371 65185,9 1824,7
5,954 1728559,7 21870,3
9,197 100731,7 1307
25 ppm
1,331 21065,7 1319,1
1,765 265919,5 16862,5
2,348 947950,5 32981,3
5,949 3421050,0 45787,6
50 ppm
0,162 14685,5 2534
0,523 1029,3 170
0,797 1809,8 141,7
2,138 2037,3 145,5
2,549 4070,1 270,6
3,406 64397,5 1899,4
100 ppm
1,463 21826,7 1962,3
1,765 62188,5 4901,7
2,318 4221569,5 207254
4,183 2284,6 133,3
5,914 14678057,9 308678,2
37
mAU
/24.798
/17.033
210nm,4nm (1.00)
325
/55.858
300
275
250
225
200
175
150
125
100
RT2.365/0.457
75
RT3.320/0.448
50
/0.763
/0.315
/0.220
25
/0.108
-25
-50
0.0 1.0 2.0 3.0 4.0 5.0 6.0 7.0 8.0 9.0 10.0 11.0 12.0 13.0 14.0 min
ABS 254 nm
T. RETENCIÓN ÁREA ALTURA
1,694 2839784,9 115919,4
2,426 3458913,2 318677,4
3,408 5395,8 403
4,075 20630,8 1239,7
4,382 34827,2 1504,8
6,227 7966096,8 207288,9
38
mAU
/96.315
RT2.365/1.968
210nm,4nm (1.00)
350
300
250
200
150
100
/0.978
50
/0.068
/0.179
/0.493
0
-50
1.0 2.0 3.0 4.0 5.0 6.0 7.0 8.0 9.0 10.0 min
ABS 254 nm
T. RETENCIÓN ÁREA ALTURA
1,818 11441883,7 1004096,7
2,417 6378743,2 363018,5
6,159 140842,1 4185,1
7,322 366834,7 9964,6
7,986 225687,2 5188,2
El resultado para todas las cepas analizadas fue muy similar a los
cromatogramas que se muestran a continuación, correspondientes a las
cepas T1 y T100. Las curvas de mayor altura que aparecen en el extremo
izquierdo de las gráficas (Figuras 11 y 12), antes del tiempo de retención del
explosivo, corresponde quizás a la presencia de azúcares simples como
glucosa, acetato, glicerol y citrato, los cuales fueron la fuente de carbono
39
adicionada al medio y se caracterizan por tener tiempos de retención
pequeños.
Para los dos casos, la curva que corresponde al TNT (probablemente situada
entre los tiempo 6-6,1) es mucho más pequeña que la del control No 1, el
cual puede considerarse la concentración inicial de TNT en el medio, antes
de ser inoculado.
40
material diferente a la madera para inocular los medios de cultivo y así
eliminar una posible fuente de contaminación.
mAU
/97.069
RT2.365/1.879
210nm,4nm (1.00)
400
350
300
250
200
150
100
/0.089
50
/0.021
/0.443
/0.452
/0.035
/0.010
/0.003
0
0.0 1.0 2.0 3.0 4.0 5.0 6.0 7.0 8.0 9.0 10.0 11.0 12.0 min
ABS 254 nm
T. RETENCIÓN ÁREA ALTURA
1,789 11971153,5 932139,5
2,427 5137177,1 318568
3,706 71319,2 4202,9
4,619 27899,9 1403,1
5,323 4478,1 205
6,133 2960,3 130,4
7,313 150230,8 4256,9
8,054 187625,3 3853,2
41
mAU
/45.513
210nm,4nm (1.00)
RT2.066/10.834
350
300
/5.441
250
RT2.365/8.546
RT2.365/25.756
200
150
100
50
/1.538
/0.571
/0.979
/0.633
/0.099
/0.039
/0.052
-50
1.0 2.0 3.0 4.0 5.0 6.0 7.0 8.0 9.0 10.0 11.0 min
ABS 254 nm
T. RETENCIÓN ÁREA ALTURA
1,746 3479490 316794,9
2,003 357736 46789
2,418 3380758 194810,4
4,088 16003,7 1061,7
4,593 13040,4 686,2
6,077 167444,4 4817,9
7,28 196788 5403,3
42
7. CONCLUSIONES
43
8. RECOMENDACIONES
44
8. REFERENCIAS
45
Clostridium acetobutylicum ATCC 824. Arch Microbiol 184: 158-167.
‐ Lachance B., Renoux A., Sarrazin M., Hawari J., Sunahara G. 2004.
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‐ Latorre N. 2007. Evaluación de medios de cultivo altos y bajos en
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ecorregión cafetera de los andes. Tesis de Pregrado Microbiología
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47
ANEXOS
48
# Origen Caract. Macroscópicas Caract. Microscópicas
Circular, bordes irregulares,
T69 Muestra 4 BGN cortos.
cremosa, convexa, blanca.
Circular, regular, cóncava,
T73 Muestra 4 BGN cortos y levaduras.
cremosa, beige.
Irregular, convexa, cremosa,
T74 Muestra 4 BGP y BGN cortos
blanca con centro oscuro.
Irregular, seca, plana, opaca,
T87 Muestra 5 BGN cortos
transparente.
Circular, convexa, cremosa,
T89 Muestra 5 BGN
brillante, color crema.
Regular, cóncava, cremosa,
T96 Muestra 5 BGN
blanca.
Circular, convexa, cremosa,
T98 Muestra 5 amarillo pálido con centro BGN y BGP
oscuro.
Regular, plana, cremosa,
T99 Muestra 6 CGP y BGN
opaca, blanca
Irregular, convexa, brillante,
T100 Muestra 6 BGN
cremosa, blanca
Circular, regular, convexa,
T105 Muestra 6 BGP
cremosa y brillante
Circular, cóncava, cremosa,
T107 Muestra 6 BGP
blanca
Regular, convexa, cremosa,
T111 Muestra 6 BGP
brillante, blanca, traslúcida.
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